Triplet entropy analysis of hemagglutinin and neuraminidase sequences measures influenza virus phylodynamics

The influenza virus has been a challenge to science due to its ability to withstand new environmental conditions. Taking into account the development of virus sequence databases, computational approaches can be helpful to understand virus behavior over time. Furthermore, they can suggest new directions to deal with influenza. This work presents triplet entropy analysis as a potential phylodynamic tool to quantify nucleotide organization of viral sequences. The application of this measure to segments of hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) of H1N1 and H3N2 virus subtypes has shown some variability effects along timeline, inferring about virus evolution. Sequences were divided by year and compared for virus subtype (H1N1 and H3N2). The nonparametric Mann-Whitney test was used for comparison between groups. Results show that differentiation in entropy precedes differentiation in GC content for both groups. Considering the HA fragment, both triplet entropy as well as GC concentration show intersection in 2009, year of the recent pandemic. Some conclusions about possible flu evolutionary lines were drawn. © 2013 Elsevier B.V.

A gripe de longe e de perto: comparações entre as pandemias de 1918 e 2009

Neste debate, historiadores latino-americanos comparam a pandemia de gripe de 1918-1919 com a que varre o continente em 2009, sobretudo as experiências de México, Argentina e Brasil. Analisam as estratégias adotadas nos dois momentos, com ênfase em isolamento, vigilância em portos e aeroportos, intervenções nas cidades. Comparam a atuação dos Estados nacionais e governos locais, a posição dos médicos e dos meios de comunicação e o comportamento das populações, especialmente no tocante ao medo e à morte. Analisam o desempenho das estruturas de assistência às populações e as medidas terapêuticas e profiláticas recomendadas por órgãos públicos de saúde, por interesses privados ligados à venda de medicamentos e pelas medicinas populares e caseiras. O debate trata, ainda, da influência que a experiência de 1918 teve sobre as avaliações da crise atual, bem como do legado que deixará para o futuro.

Modelos matemáticos em epidemiologia

Pós-graduação em Matemática Universitária - IGCE

Knowledge and attitudes of health care workers from intensive care units regarding nosocomial transmission of influenza: a study on the immediate pre-pandemic period

The transmission of influenza in health care settings is a major threat to patients, especially those with severe diseases. The attitude of health care workers (HCWs) may influence the transmission of countless infections. The current study aimed to quantify knowledge and identify attitudes of HCWs involved in intensive care units (ICUs) regarding the risk of nosocomial influenza transmission. A questionnaire was applied through interviews to HCWs who worked in one of the five ICUs from a teaching hospital. Questions about influenza were deliberately dispersed among others that assessed several infectious agents. Forty-two HCWs were interviewed: nine physicians, ten nurses and 23 nursing technicians or auxiliaries. Among the 42 HCWs, 98% were aware of the potential transmission of influenza virus in the ICUs, but only 31% would indicate droplet precautions for patients with suspected infection. Moreover, only 31% of them had been vaccinated against influenza in the last campaign (2008). Nursing technicians or auxiliaries were more likely to have been vaccinated, both by univariate and multivariable analysis. When asked about absenteeism, only 10% of the study subjects stated that they would not go to work if they had an influenza-like illness. Those findings suggest that, in non-pandemic periods, influenza control in hospitals requires strategies that combine continuous education with changes in organizational culture.

Caracterização da criança com infecção por H1N1 e da intervenção fisioterapêutica: relato de casos em série

A infecção por influenza A, subtipo H1N1, é considerada uma doença viral aguda e importante causa de doença respiratória. As crianças foram consideradas como um dos grupos de risco, devido à imaturidade do sistema imunológico. A fisioterapia pode atuar na prevenção e no tratamento das doenças respiratórias em crianças, utilizando-se de diversas técnicas e procedimentos terapêuticos. Assim, o presente estudo teve como objetivo descrever o atendimento de fisioterapia em crianças internadas em um hospital-escola com diagnóstico/suspeita de infecção por H1N1. Estudo do tipo descritivo de relato de casos em série realizado por meio de análise de prontuário. Investigados 14 prontuários de crianças com mediana de idade de 1 ano e 5 meses, 10 do sexo masculino e 4 do feminino. A manifestação clínica mais frequente foi esforço respiratório, seguida por tosse, febre, coriza, vômitos e dor no corpo. As técnicas de fisioterapia mais realizadas foram respiratórias, seguidas de cinesioterapia, orientações para os pais, suporte de oxigênio e estímulo ao (DNPM). O tempo médio de internação foi de 4,57 dias. Algumas crianças somavam ao diagnóstico/suspeita de infecção por H1N1 diagnósticos e doenças associadas. A fisioterapia realizada foi principalmente no sentido de melhorar a mecânica respiratória por meio de técnicas desobstrutivas e outras condutas respiratórias, porém preocupação com mobilizações, orientações para os pais e desenvolvimento motor também foi destacada.

Predictors of adherence to influenza vaccination for healthcare workers from a teaching hospital: a study in the prepandemic era

Introduction: Even before the 2009 pandemics, influenza in healthcare workers (HCW) was a known threat to patient safety, while Influenza vaccine coverage in the same group was generally low. Identification of predictors for HCW adherence to Influenza vaccination has challenged infection control committees. Methods: Our group conducted a cross-sectional survey in December 2007, interviewing 125 HCWs from a teaching hospital to identify adherence predictors for Influenza vaccination. The outcomes of interest were: A - adherence to the 2007 vaccination campaign; B - adherence to at least three yearly campaigns in the past five years. Demographic and professional data were assessed through univariate and multivariate analysis. Results: of the HCWs interviewed, 43.2% were vaccinated against Influenza in 2007. However, only 34.3% of HCWs working in healthcare for more than five years had adhered to at least three of the last five vaccination campaigns. Multivariate analysis showed that working in a pediatric unit (OR = 7.35, 95% I = 1.90-28.44, p = 0.004) and number of years in the job (OR = 1.32, 95%CI = 1.00-1.74, p = 0.049) were significant predictors of adherence to the 2007 campaign. Physicians returned the worst outcome performances in A (OR = 0.40, 95%CI = 0.16-0.97, p = 0.04) and B (OR = 0.17, 95%CI = 0.05-0.60, p = 0.006). Conclusions: Strategies to improve adherence to Influenza vaccination should focus on physicians and newly-recruited HCWs. New studies are required to assess the impact of the recent Influenza A pandemics on HCW-directed immunization policies.

Fatores associados à vacinação contra influenza em idosos em município do Sudeste do Brasil

OBJETIVO: Mesmo gratuita e disponível no Brasil desde 1999, a cobertura vacinal contra a influenza ainda é inadequada em diversos municípios do País. O objetivo da pesquisa foi estimar a cobertura vacinal e identificar fatores relacionados à vacinação contra a influenza em idosos. MÉTODOS: Realizou-se inquérito domiciliar em amostra aleatória sistemática (N=365) da população urbana maior de 60 anos em Botucatu, São Paulo. Foi aplicado modelo de regressão logística múltipla, cuja variável dependente foi ter sido vacinado em 2002. Foram testadas no modelo as covariáveis: sexo, idade, socioeconômicas (renda per capita, número de pessoas por cômodo, escolaridade, estado civil, ocupação, tempo de moradia), antecedentes mórbidos, de internação, hábito de fumar, sintomas respiratórios nos últimos 15 dias e atividades comunitárias (trabalho voluntário, atividades no bairro, igreja). RESULTADOS: Registrou-se cobertura vacinal de 63,2% (IC 95%: 58,3-68,2). Foi observado menor percentual de vacinados entre os idosos na faixa etária de 60 a 64 anos. As variáveis que se mostraram associadas à vacinação e permaneceram no modelo final foram: idade (OR=1,09 por ano; IC 95%: 1,06-1,13); hipertensão arterial (OR=1,92; IC 95%: 1,18-3,13); inserção em atividades na comunidade (OR=1,63; IC 95%: 1,01-2,65). A vacinação em portadores de doenças crônicas não atingiu níveis adequados conforme esperado para este grupo de risco, com exceção dos hipertensos. A participação em atividades comunitárias e sociais foi relacionada com o estado vacinal. CONCLUSÕES: Condições socioeconômicas, hábitos e idade não restringiram o acesso à campanha vacinal. Por outro lado, campanhas específicas, endereçadas a indivíduos da faixa de 60 a 64 anos, podem ampliar a cobertura da vacinação.

Vacinação contra influenza em idosos por área de residência: prevalência e fatores associados

A vacinação contra influenza é a principal forma de prevenir e reduzir a morbidade e mortalidade associadas à doença entre os idosos e grupos de risco. O objetivo deste estudo é determinar fatores demográficos, socioeconômicos, comportamentais e de saúde associados à vacinação, entre idosos residentes em diferentes áreas do Estado de São Paulo, no período de 2001 a 2002. Trata-se de um delineamento transversal de base populacional que considerou os idosos residentes em duas áreas do Estado: uma composta pelo município de Campinas e distrito do Butantã, na cidade de São Paulo, e outra pelos municípios de Taboão da Serra, Embu e Itapecerica da Serra (região metropolitana do município de São Paulo). A amostra foi composta por 849 e 641 indivíduos com 60 anos ou mais, residentes em tais localidades, respectivamente. Na análise bruta foram utilizadas razões de prevalência e intervalos de confiança de 95% e a análise multivariada foi realizada pela regressão de Poisson. A prevalência de vacinação auto-referida foi de 66,9% entre os residentes em Campinas e no distrito do Butantã e 67,6% naqueles das demais localidades. Após análise ajustada, para os idosos de Campinas e Butantã, apenas menor escolaridade (RP = 1,25; IC 95%: 1,02-1,54) esteve associada à vacinação. Já na área composta pelos municípios menos populosos, idade mais avançada (RP = 1,15; IC 95%: 1,02-1,31), hipertensão arterial (RP = 1,21; IC 95%: 1,02-1,45), diabetes (RP = 1,16; IC 95%: 1,01-1,33) e doença crônica de pulmão (RP = 1,30; IC 95%: 1,03-1,64) referidas, estiveram também associadas. Apesar de a prevalência de vacinação contra influenza entre os idosos das diversas localidades ser praticamente a mesma, pôde-se observar diferenças no perfil do idoso quanto à referência desse procedimento preventivo.

Eventos adversos após vacinação contra influenza em idosos, Distrito de Campinas, SP, 2000

Há poucos dados sistematizados sobre eventos adversos da vacina contra influenza no Brasil. Este trabalho visou identificar estes eventos em população acima de 60 anos que compareceu à Campanha Nacional de Vacinação do Idoso, em Distrito de Campinas, SP, em 2000. Foi realizada entrevista para relato de sintomas gerais e locais, com nexo temporal após a aplicação do imunobiológico, em amostra aleatória sistemática da população (n=206). Registraram-se 20,38% (IC 14,87-25,88) dos indivíduos com um ou mais sintomas, sendo a dor no local da vacina, a mais freqüente 12,6% (IC 8,09-17,15). Ajustou-se um modelo de regressão logística múltipla, tendo como variável dependente, a ocorrência de pelo menos um evento adverso. A variável independente que se mostrou associada às reações adversas foi o sexo (feminino) (OR=5,89 e IC 2,08-16,68). Os achados deste estudo reafirmam a pequena reatogenicidade da vacina contra a influenza.

Viral etiology among the elderly presenting acute respiratory infection during the influenza season

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Vacinação de idosos contra a influenza em um centro de saúde escola do interior do estado de São Paulo

Este estudo objetivou descrever o perfil dos idosos e avaliar informações que eles possuem sobre a vacinação contra a influenza. A coleta de dados foi realizada através de questionário, aplicado a 162 idosos de um Centro de Saúde Escola do interior de São Paulo, no período de abril a junho de 2006. Através da análise estatística descritiva, verificou-se que a maioria dos idosos tinha idade entre 70-79 anos e prevaleceu o sexo feminino (66%). em relação à vacinação, 83,8% dos entrevistados receberam a vacina e referiram não apresentar reação pós-vacinal. Os idosos obtiveram informação da vacinação por meio de rádio e televisão, e mencionaram que sua importância está relacionada com a prevenção. Concluiu-se que os idosos possuíam informações sobre a vacinação, porém ainda existe a necessidade de enfermeiros e outros profissionais da área, se responsabilizarem por uma orientação mais clara sobre a importância da vacinação contra influenza e suas complicações.

Fatores associados à vacinação contra a influenza em idosos

Objective. To investigate the epidemiologic profile of elderly persons who do or do not participate in influenza vaccination campaigns and to identify the variables that bear an influence on participation. Method. A cross-sectional population-based study was performed using data on individuals aged 60 years or older who were living in the municipalities of São Paulo, Itapecerica da Serra, Embu, Taboão da Serra, Campinas and Botucatu, Brazil, in 2001 and 2002. A stratified random sample of 1 908 elderly individuals was selected by means of two-stage cluster sampling. Exploratory data analysis was performed, including bivariate analysis and multiple logistic regression. Results. Sixty-six percent of the elderly subjects reported having received vaccination against influenza. After adjustment, the following factors were found to be associated with having received vaccination, based on self-report: age (OR = 1.47; 95% CI = 1.09 to 1.99), self-reported hypertension (OR = 1.39; 95% CI = 1.03 to 1.87) and educational level (OR = 0.64; 95% CI = 0.41 to 0.98). The highest number of vaccinated individuals was observed in the group = 70 years of age and in the hypertension group. Individuals with 9 or more years of schooling reported less adherence to influenza vaccination. Conclusions. The results suggest the need for campaigns to make information on the benefits of influenza vaccination more easily accessible to the elderly and health professionals.

Influenza among the elderly in the Americas: A consensus statement

Influenza exacts a heavy burden on the elderly, a segment of the population that is estimated to experience rapid growth in the near future. In the past decade most developed and several developing countries have recommended influenza vaccination for those > 65 years of age. The World Health Organization (WHO) set a goal of 75% influenza vaccination coverage among the elderly by 2010, but it was not achieved. In 2011, the Technical Advisory Group at the Pan American Health Organization, Regional Office of WHO for the Americas, reiterated the influenza vaccine recommendation for older adults. Relatively little information has been compiled on the immunological aspect of aging or on reducing its impact, information particularly relevant for clinicians and gerontologist with firsthand experience confronting its effects. To fill this data gap, in 2012 the Americas Health Foundation (Washington, D.C., United States) and the nonprofit, Fighting Infectious Diseases in Emerging Countries (Miami, Florida, United States), convened a panel of Latin American clinicians and gerontologists with expertise in influenza to discuss key issues and develop a consensus statement. The major recommendations were to improve influenza surveillance throughout Latin America so that its impact can be quantified; and to conduct laboratory confirmation of influenza for all patients who have flu-like symptoms and are frail, immunosuppressed, have comorbidities, are respiratory compromised, or have been admitted to a hospital. The panel also noted that: since evidence for antivirals in the elderly is unclear, their use should be handled on a case-by-case basis; despite decreased immunological response, influenza vaccination in older adults is still crucial; indirect immunization strategies should be encouraged; and traditional infection control measures are essential in long-term care facilities.

Presence of antibodies against H5, H7 and H9 influenza a virus in wild birds in the state of São Paulo, Brazil

Although the natural reservoirs of the avian influenza (AI) virus have been extensively studied in many countries, there is a clear lack of information on this subject in South America, particularly in Brazil. The objective of this study was to conduct a serological survey for H5, H7 and H9 antibodies to AI-subtype viruses in wild birds in the state of São Paulo, Brazil. Serum samples were tested using the hemagglutination-inhibition assay. Out of the 31 wild birds sampled between January and December of 2006, seven (22.58%), were seropositive for H5, H7 and H9; four (12.90%) were seropositive for H5 and H7; 13 (41.94%), were seropositive only for H7; three (9.7%), were seropositive only for H9; and four (12.90%) were negative for all three hemagglutinin subtypes. These results indicate that AI viruses belonging to H5, H7 and H9 subtypes circulate among wild birds in the state of São Paulo in the form of either concurrent or consecutive infections. This study contributes to the knowledge of AI epidemiology in Brazil, and stresses the need of further detailed and long-term epidemiological and ecological investigation to determine the current status of this virus.

Pesquisa do vírus influenza HRSV e hMPV em uma população de idosos da cidade de Botucatu - São Paulo, Brasil

Pós-graduação em Doenças Tropicais - FMB