Purification, characterization, crystallization and theoretical molecular modeling of gyroxin fraction from Crotalus durissus terrificus venom (Laurenti, 1768)

The venom of Crotalus durissus terrificus snakes presents various substances, including a serine protease with thrombin-like activity, called gyroxin, that clots plasmatic fibrinogen and promote the fibrin formation. The aim of this study was to purify and structurally characterize the gyroxin enzyme from Crotalus durissus terrificus venom. For isolation and purification, the following methods were employed: gel filtration on Sephadex G75 column and affinity chromatography on benzamidine Sepharose 6B; 12% SDS-PAGE under reducing conditions; N-terminal sequence analysis; cDNA cloning and expression through RT-PCR and crystallization tests. Theoretical molecular modeling was performed using bioinformatics tools based on comparative analysis of other serine proteases deposited in the NCBI (National Center for Biotechnology Information) database. Protein N-terminal sequencing produced a single chain with a molecular mass of similar to 30 kDa while its full-length cDNA had 714 bp which encoded a mature protein containing 238 amino acids. Crystals were obtained from the solutions 2 and 5 of the Crystal Screen Kit (R), two and one respectively, that reveal the protein constitution of the sample. For multiple sequence alignments of gyroxin-like B2.1 with six other serine proteases obtained from snake venoms (SVSPs), the preservation of cysteine residues and their main structural elements (alpha-helices, beta-barrel and loops) was indicated. The localization of the catalytic triad in His57, Asp102 and Ser198 as well as S1 and S2 specific activity sites in Thr193 and Gli215 amino acids was pointed. The area of recognition and cleavage of fibrinogen in SVSPs for modeling gyroxin B2.1 sequence was located at Arg60, Arg72, Gln75, Arg81, Arg82, Lis85, Glu86 and Lis87 residues. Theoretical modeling of gyroxin fraction generated a classical structure consisting of two alpha-helices, two beta-barrel structures, five disulfide bridges and loops in positions 37, 60, 70, 99, 148, 174 and 218. These results provided information about the functional structure of gyroxin allowing its application in the design of new drugs.

Molecular analysis of the bacterial diversity in a specialized consortium for diesel oil degradation

Diesel oil is a compound derived from petroleum, consisting primarily of hydrocarbons. Poor conditions in transportation and storage of this product can contribute significantly to accidental spills causing serious ecological problems in soil and water and affecting the diversity of the microbial environment. The cloning and sequencing of the 16S rRNA gene is one of the molecular techniques that allows estimation and comparison of the microbial diversity in different environmental samples. The aim of this work was to estimate the diversity of microorganisms from the Bacteria domain in a consortium specialized in diesel oil degradation through partial sequencing of the 16S rRNA gene. After the extraction of DNA metagenomics, the material was amplified by PCR reaction using specific oligonucleotide primers for the 16S rRNA gene. The PCR products were cloned into a pGEM-T-Easy vector (Promega), and Escherichia coli was used as the host cell for recombinant DNAs. The partial clone sequencing was obtained using universal oligonucleotide primers from the vector. The genetic library obtained generated 431 clones. All the sequenced clones presented similarity to phylum Proteobacteria, with Gammaproteobacteria the most present group (49.8 % of the clones), followed by Alphaproteobacteira (44.8 %) and Betaproteobacteria (5.4 %). The Pseudomonas genus was the most abundant in the metagenomic library, followed by the Parvibaculum and the Sphingobium genus, respectively. After partial sequencing of the 16S rRNA, the diversity of the bacterial consortium was estimated using DOTUR software. When comparing these sequences to the database from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), a strong correlation was found between the data generated by the software used and the data deposited in NCBI.

Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource

O café é um dos principais produtos agrícolas, sendo considerado o segundo item em importância do comércio internacional de commodities. O gênero Coffea pertence à família Rubiaceae que também inclui outras plantas importantes. Este gênero contém aproximadamente 100 espécies, mas a produção comercial é baseada somente em duas espécies, Coffea arabica e Coffea canephora, que representam aproximadamente 70 % e 30 % do mercado total de café, respectivamente. O Projeto Genoma Café Brasileiro foi desenvolvido com o objetivo de disponibilizar os modernos recursos da genômica à comunidade científica e aos diferentes segmentos da cadeia produtiva do café. Para isso, foram seqüenciados 214.964 clones escolhidos aleatoriamente de 37 bibliotecas de cDNA de C. arabica, C. canephora e C. racemosa representando estádios específicos do desenvolvimento de células e de tecidos do cafeeiro, resultando em 130.792, 12.381 e 10.566 seqüências de cada espécie, respectivamente, após processo de trimagem. Os ESTs foram agrupados em 17.982 contigs e em 32.155 singletons. A comparação destas seqüências pelo programa BLAST revelou que 22 % não tiveram nenhuma similaridade significativa às seqüências no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (de função conhecida ou desconhecida). A base de dados de ESTs do cafeeiro resultou na identificação de cerca de 33.000 unigenes diferentes. Os resultados de anotação das seqüências foram armazenados em base de dados online em http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe. Os recursos desenvolvidos por este projeto disponibilizam ferramentas genéticas e genômicas que podem ser decisivas para a sustentabilidade, a competitividade e a futura viabilidade da agroindústria cafeeira nos mercados interno e externo.

Variação periódica da triiodotironina (T3) plasmática e sua ação na reprodução induzida do matrinxã, Brycon cephalus (Günther, 1869) em cativeiro

O matrinxã, Brycon cephalus, espécie nativa oriunda da Bacia Amazônica, apresenta características adequadas para a piscicultura. Entretanto, trata-se de peixe reofílico, sendo necessário manejo adequado para induzir à reprodução. O objetivo deste trabalho foi caracterizar o perfil da triiodotironina (T3) plasmática no matrinxã, durante 16 meses (outubro/97 a janeiro/99), relacionando-o com a maturação sexual, além de testar a ação do T3 associado ao extrato pituitário de carpa na reprodução induzida da espécie. O experimento foi conduzido no Centro Nacional de Pesquisa de Peixes Tropicais - CEPTA, Pirassununga, SP, e no Departamento de Morfologia e Fisiologia Animal, da Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal - UNESP. Foram amostrados, mensalmente, 8 a 12 peixes, de ambos os sexos, totalizando 173 animais, de onde retirou-se sangue para dosagem do T3 plasmático. As gônadas foram removidas para análise histológica com identificação do sexo e determinação do estádio de maturação. Analisaram-se testículos e ovários de 161 peixes em corte transversal, tendo predominado machos (63,35%) e o estádio sexual imaturo entre ambos. A concentração plasmática de T3 foi maior de dezembro a janeiro, para machos e fêmeas, coincidindo com o período de maior atividade reprodutiva da espécie e maiores temperaturas da água. em janeiro/99, reprodutores de matrinxã foram induzidos com extrato de pituitária de carpa (EPC) associado à administração de T3 (20 mg/kg em 0,1 mL de suspensão oleosa). Os resultados sugeriram que o T3 atuou sinergicamente à gonadotropina do extrato hipofisário e que o tratamento agudo de triiodotironina com o EPC pode estimular o eixo hipotálamo-hipófise-ovário. O tempo de eclosão das larvas provenientes das fêmeas tratadas com o T3 foi menor e o crescimento inicial e a sobrevivência dessas larvas, maiores.

Social support and infant malnutrition: a case-control study in an urban area of Southeastern Brazil

The relationship between malnutrition and social support was first suggested in the mid-1990s. Despite its plausibility, no empirical studies aimed at obtaining evidence of this association could be located. The goal of the present study was to investigate such evidence. A case-control study was carried out including 101 malnourished children (weight-for-age National Center for Health Statistics/WHO 5th percentile) aged 12-23 months, who were compared with 200 well-nourished children with regard to exposure to a series of factors related to their social support system. Univariate and multiple logistic regressions were carried out, odds ratios being adjusted for per capita family income, mother's schooling, and number of children. The presence of an interaction between income and social support variables was also tested. Absence of a partner living with the mother increased risk of malnutrition (odds ratio 2.4 (95 % CI 1.19, 4.89)), even after adjustment for per capita family income, mother's schooling, and number of children. The lack of economic support during adverse situations accounted for a very high risk of malnutrition (odds ratio 10.1 (95 % CI 3.48, 29.13)) among low-income children, but had no effect on children of higher-income families. Results indicate that receiving economic support is an efficient risk modulator for malnutrition among low-income children. In addition, it was shown that the absence of a partner living with the mother is an important risk factor for malnutrition, with an effect independent from per capita family income, mother's schooling, and number of children.

Detection of the single nucleotide polymorphism (rs2227307) in the human interleukin 8 gene using a pcr-rflp assay

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Evaluation of the Diramic system for urine cultures

O sistema Diramic foi avaliado para o diagnóstico das infecções do trato urinário (ITU). O sistema Diramic foi desenvolvido em Cuba e possibilita resultados de diagnóstico das infecções do trato urinário (ITU) em quatro horas e baseia-se na variação da turvação do crescimento microbiano no meio de cultura após incubação a 37ºC/4 horas. 396 amostras de urinas provenientes de ambulatórios e enfermarias do HC da FMB-UNESP-Botucatu/SP foram analisadas pelo sistema Diramic. O método da alça calibrada (AC) foi adotado como método de referência. A taxa de coincidência entre os dois métodos foi de 96,46% (382 amostras de urina), não havendo diferença significativa entre os resultados obtidos nos dois métodos. Os resultados para sensibilidade e especificidade foram 84,37 e 98,80% respectivamente e 10 resultados no Diramic foram falsos negativos (2,5%) e 4 falso positivos (1,01%). Os microrganismos identificados nas urinas positivas foram Escherichia coli (68,75%), Klebsiella pneumoniae (10,94%), leveduras (6,25%), Pseudomonas aeruginosa (4,69%), Enterobacter cloacae (3,12%) e Proteus mirabilis, Staphyloccocus coagulase negativo, Morganella morganii e Citrobacter freundii também foram identificadas (1,56% para cada espécie). O método Diramic foi eficiente na triagem das urinoculturas, porém verificou-se algumas restrições quanto ao diagnóstico das infecções do trato urinário quando causadas por leveduras e em pacientes submetidos a antibioticoterapia.

Comprimento de estacas e parte do ramo na formação de mudas de aceroleira

A capacidade rizogênica, a brotação e o vigor de estacas caulinares de aceroleira foram avaliados em condições de casa de vegetação na Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Agroindústria Tropical, em Fortaleza-CE, no período de novembro de 2000 a janeiro de 2001, objetivando determinar a parte do ramo e o tamanho mais apropriado para estaquia. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, no esquema fatorial 3x3, correspondendo a três posições no ramo (apical, mediano e basal) e três comprimentos de estacas (10; 15 e 20 cm), com três repetições de 10 estacas por parcela. As estacas, colhidas de plantas com 2,5 anos de idade, foram plantadas em tubetes de 288cm³ contendo uma mistura de casca de arroz carbonizada e vermicomposto, na proporção volumétrica de 2:3, e cultivadas por um período de 60 dias sob condições de nebulização intermitente. Avaliaram-se a percentagem de estacas enraizadas, o peso da matéria seca do sistema radicular e parte aérea, o número de folhas, de gemas sem brotação e as ramificações emitidas por estaca. Os resultados indicaram que estacas caulinares com 10 centímetros de comprimento e colhidas da porção mediana dos ramos são mais apropriadas para a produção de mudas de aceroleira por estaquia, sob condições de casa de vegetação com nebulização intermitente.

Variação sazonal da concentração de macronutrientes em folhas de diferentes genótipos de aceroleira

A aceroleira produz durante o ano inteiro, e seus frutos são ricos em vitaminas e sais minerais. Para a obtenção de produções elevadas e frutos de boa qualidade, é necessário conhecer as necessidades nutricionais e as épocas mais apropriadas para a adubação das plantas. Este trabalho, conduzido em área do Campo Experimental da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Agroindústria Tropical, em Pacajus, Ceará, de dezembro de 1999 a outubro de 2000, teve por objetivo estudar a variação sazonal dos teores de nutrientes (N, P, K, Ca, Mg e S) e determinar a época mais indicada para a análise foliar de seis genótipos (P 52, P 66, P 78, P 91, P 93 e P 97) de aceroleira (Malpighia emarginata D.C.). Adotou-se o delineamento de blocos ao acaso, em esquema de parcelas subdivididas no tempo, com 4 repetições e uma planta por unidade experimental. Existem poucas diferenças no teor de macronutrientes das folhas de distintos genótipos de aceroleiras. O mês de dezembro é a época mais apropriada para diagnosticar os teores de macronutrientes em genótipos de aceroleira no Estado do Ceará, pois é o período menos influenciado pela falta ou excesso de chuva ou pela demanda dos órgãos em formação na planta.

Sea waves generated by extratropical cyclones in the South Atlantic Ocean: Hindcast and validation against altimeter data

This work presents analyses of the atmospheric conditions and the hindcast of the surface wave field when six extratropical cyclones formed and displaced over the South Atlantic Ocean (10degreesN, 60degreesS; 75degreesW, 15degreesE) between April and September 1999. These events caused high sea waves associated with hazardous conditions along the south and southeast coast of Brazil. The meteorological composite fields for these cyclones show a strong near-surface wind velocity (up to 14 m s(-1)) during its mature phase. The sea-state wave hindcast was obtained using a third-generation wave model forced by the 10-m above ground level wind field from the National Centers for Environmental Prediction-National Center for Atmospheric Research reanalysis dataset. Closer to the south and southeast Brazilian coast, the hindcast results showed significant wave heights of up to 5 m in some of the events. The wave hindcast results for the significant wave height were compared against satellite altimeter data at 6 h intervals. The statistical index showed a systematic underestimation of the significant wave height by 0.5 m. The correlation between wave hindcast and altimeter measurements was greater than 90%, showing a good phase reproduction by the wave model.

Convective storm initiation in a moist tropical environment

Radar and satellite data from the Tropical Rainfall Measuring Mission-Large-Scale Biosphere-Atmosphere (TRMM-LBA) project have been examined to determine causes for convective storm initiation in the southwest Amazon region. The locations and times of storm initiation were based on the National Center for Atmospheric Research (NCAR) S-band dual-polarization Doppler radar (S-Pol). Both the radar and the Geostationary Operational Environmental Satellite-8 (GOES-8) visible data were used to identify cold pools produced by convective precipitation. These data along with high-resolution topographic data were used to determine possible convective storm triggering mechanisms. The terrain elevation varied from 100 to 600 m. Tropical forests cover the area with numerous clear-cut areas used for cattle grazing and farming. This paper presents the results from 5 February 1999. A total of 315 storms were initiated within 130 km of the S-Pol radar. This day was classified as a weak monsoon regime where convection developed in response to the diurnal cycle of solar heating. Scattered shallow cumulus during the morning developed into deep convection by early afternoon. Storm initiation began about 1100 LST and peaked around 1500-1600 LST. The causes of storm initiation were classified into four categories. The most common initiation mechanism was caused by forced lifting by a gust front (GF; 36%). Forcing by terrain (>300 m) without any other triggering mechanism accounted for 21% of the initiations and colliding GFs accounted for 16%. For the remaining 27% a triggering mechanism was not identified. Examination of all days during TRMM-LBA showed that this one detailed study day was representative of many days. A conceptual model of storm initiation and evolution is presented. The results of this study should have implications for other locations when synoptic-scale forcing mechanisms are at a minimum. These results should also have implications for very short-period forecasting techniques in any location where terrain, GFs, and colliding boundaries influence storm evolution.

Spurious shifts in the pattern of diurnal variation of sea level pressure of reanalysis datasets

The main purpose of this work is to report the presence of spurious discontinuities in the pattern of diurnal variation of sea level pressure of the three reanalysis datasets from: the National Centers for Environmental Prediction (NCEP) and National Center for Atmospheric Science (R1), the NCEP and Department of Energy (R2), and the European Centre for Medium Range Weather Forecasting (ERA-40). Such discontinuities can be connected to the major changes in the global observing system that have occurred throughout reanalyses years. In the R1, the richest period in discontinuities is 1956-1958, coinciding with the start of modern radiosonde observation network. Rapid increase in the density of surface-based observations from 1967 also had an important impact on both R1 and ERA-40, with larger impact on R1. The reanalyses show discontinuities in the 1970s related to the assimilation of radiances measured by the Vertical Temperature Profile Radiometer and TIROS-N Operational Vertical Sounders onboard satellites. In the ERA-40, which additionally assimilated Special Sensor Microwave/Imager data, there are discontinuities in 1987-1989. The R1 also presents further discontinuities, in 1988-1993 likely connected to replacement/introduction of NOAA-series satellites with different biases, and to the volcanic eruption of Mount Pinatubo in June 1991, which is known to have severely affected measurements of infrared radiances for several years. The discontinuities in 1996-1998 might be partially connected to change in the type of radiosonde, from VIZ-B to VIZ-B2. The R2, which covers only satellite era (1979-on), shows discontinuities mainly in 1992, 1996-1997, and 2001. The discontinuities in 1992 and 2001 might have been caused by change in the satellite measurements and those in 1996-1997 by some changes in land-based observations network. © 2012 Springer-Verlag.

Purificação, caracterização, cristalização e modelagem molecular teórica da fração giroxina do veneno de Crotalus durissus terrificus (Laurenti 1768)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise de acidez graxa como índice de qualidade em grãos de soja

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Exercício físico no diabete transgeracional de ratas: efeito na performance reprodutiva e nos hormônios sexuais

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)