Multidimensional cluster stability analysis from a Brazilian Bradyrhizobium sp RFLP/PCR data set

The taxonomy of the N(2)-fixing bacteria belonging to the genus Bradyrhizobium is still poorly refined, mainly due to conflicting results obtained by the analysis of the phenotypic and genotypic properties. This paper presents an application of a method aiming at the identification of possible new clusters within a Brazilian collection of 119 Bradryrhizobium strains showing phenotypic characteristics of B. japonicum and B. elkanii. The stability was studied as a function of the number of restriction enzymes used in the RFLP-PCR analysis of three ribosomal regions with three restriction enzymes per region. The method proposed here uses Clustering algorithms with distances calculated by average-linkage clustering. Introducing perturbations using sub-sampling techniques makes the stability analysis. The method showed efficacy in the grouping of the species B. japonicum and B. elkanii. Furthermore, two new clusters were clearly defined, indicating possible new species, and sub-clusters within each detected cluster. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.

First Description of a Cluster of Acute/Subacute Paracoccidioidomycosis Cases and Its Association with a Climatic Anomaly

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Transtornos mentais comuns e uso de psicofármacos: impacto das condições socioeconômicas

OBJETIVO: Avaliar a influência das condições socioeconômicas na associação entre transtornos mentais comuns, uso de serviços de saúde e de psicofármacos. MÉTODOS: Estudo transversal populacional conduzido na cidade de Botucatu, SP, com amostragem probabilística, estratificada e por conglomerados. Foram realizadas entrevistas domiciliares com 1.023 sujeitos de 15 anos ou mais de idade, entre 2001 e 2002. Transtorno mental comum foi avaliado utilizando o Self Reporting Questionnaire (SRQ-20). O uso de serviços foi investigado com relação à quinzena anterior à entrevista e uso de psicotrópicos, nos três dias anteriores. Utilizou-se regressão logística para análise multivariável, considerando o efeito do desenho. RESULTADOS: No total da amostra, 13,4% (IC 95%: 10,7;16,0) procuraram serviços de saúde na quinzena anterior à entrevista. A procura de serviços de saúde se associou ao sexo feminino (OR=2,0) e à presença de transtorno mental comum (OR=2,2). Na amostra 13,3% (IC 95%: 9,2;17,5) referiram ter usado ao menos um psicotrópico, destacando-se os antidepressivos (5,0%) e os benzodiazepínicos (3,1%). Na análise multivariável, sexo feminino e presença de transtorno mental comum mantiveram-se associados ao uso de benzodiazepínicos. Renda per capita mostrou-se direta e independentemente associada ao uso de psicofármacos, conforme aumento da renda. CONCLUSÕES: Menor renda associou-se à presença de transtorno mental comum, mas não ao uso de psicotrópicos. A associação entre transtorno mental comum e uso de psicotrópicos e maior renda reforça a hipótese da existência de iniqüidades no acesso à assistência médica na população estudada.

Sorteio de domicílios em favelas em inquéritos por amostragem

OBJETIVO: Identificar vantagens e desvantagens do uso de segmentos em relação ao sorteio feito a partir da lista completa de endereços, para o sorteio de domicílios em amostragem por conglomerados em múltiplos estágios em favelas. PROCEDIMENTOS METODOLÓGICOS: Estudo qualitativo realizado em quatro favelas sorteadas no Inquérito de Saúde do Município de São Paulo, SP, 2008, nas quais foram aplicadas as duas técnicas. Foram realizados grupos focais com pesquisadores de campo - arroladores e entrevistadores do inquérito. Os conteúdos das conversações foram analisados, agrupados em categorias e organizados em núcleos temáticos. ANÁLISE DOS RESULTADOS: A utilização de segmentos de domicílios foi associada a numerosas vantagens e poucas desvantagens. Entre as vantagens, constaram a rapidez e facilidade na elaboração do cadastro de endereços e na localização e identificação de domicílios na etapa de realização das entrevistas, maior segurança dos entrevistadores e da população, maior acesso aos entrevistados, maior estabilidade e maior cobertura do cadastro produzido, e menor ocorrência de erros na identificação dos domicílios sorteados. CONCLUSÕES: A construção de cadastro de domicílios por meio da criação de segmentos é vantajosa em relação à listagem completa de endereços, quando feita em favelas. Por ter se mostrado uma opção econômica e fácil de ser aplicada, constitui alternativa para a simplificação do processo de amostragem em áreas com as suas características de desorganização e adensamento de domicílios.

Evidence of epigenetic regulation of the tumor suppressor gene cluster flanking RASSF1 in breast cancer cell lines

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Morphological aspects of cluster formation in the germarium of the sugarcane borer Diatraea saccharalis Fabricius (Lepidoptera : Pyralidae)

Diatraea saccharalis F. is one of the greatest pests of the sugar cane culture. This report aimed to characterize the germanium region of the sugarcane borer by light and transmission electron microscopy, emphasizing the morphological steps of the ovarian cluster formation. In the germanium of this insect, four zones could be morphologically identified during the cluster formation. In the most apical end of each ovariole - Zone I - the germ line stem cells undergo complete mitotic division, originating the cystoblasts. In the Zone II, each cystoblast produces a group of eight cells, the cystocytes, which are interconnected by the ring canals. Clusters containing all the cystocytes in the meiosis, characterizes the Zone III. Germ cells with ultrastructural features of apoptosis are also detected in this Zone. In the Zone IV the cystocytes differentiate, morphologically, into one oocyte and seven nurse cells. Interstitial somatic cells and pre-follicle cells exhibit, in their cytoplasm, heterogeneous vacuoles containing degenerated cellular fragments, characterized as apoptotic bodies. Our results pointed out to the morphological evidences related with important control mechanisms for new clusters/follicles production and for the cellular arrangement into the germanium, resulting from the programmed cell death. We believe that the morphological characterization of ovarian cluster formation in D. saccharalis provided valuable information for the understanding of the initial steps of oogenesis and contributed for the knowledge of the cellular mechanisms related with the oocyte production and with reproduction in insects.

Evaluation of the courtship and of the hybrid male sterility among Drosophila buzzatii cluster species (Diptera, Drosophilidae)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Reproductive relationships and degree of synapsis in the polytene chromosomes of the Drosophila buzzatii species cluster

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Test of nucleon-nucleon quark cluster model

The description of the short-range part of the nucleon forces in terms of quark degrees of freedom is tested by supplementing, to the short range quark cluster model, a long range mesonic force well founded theoretically.

Testing the quark cluster model in nucleon-nucleon scattering

The description of the short-range part of the nucleon-nucleon forces in terms of quark degrees of freedom is tested against experimental observables. We consider, for this purpose, a model where the short-range part of the forces is given by the quark cluster model and the long- and medium-range forces by well established meson exchanges. The investigation is performed using different quark cluster models coming from different sets of quark-quark interactions. The predictions of this model are compared not only with the phase shifts but also directly with the experimental observables. Agreement with the existing pp and np world set of data is poor. This suggests that the current description of the nucleon-nucleon interaction, at short distances, in the framework of the nonrelativistic quark models, is at present only qualitative.

The signature of dark energy perturbations in galaxy cluster surveys

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Strain and vacancy cluster behavior of vanadium and tungsten-doped Ba[Zr(0.10)Ti(0.90)]O(3) ceramics

Strain and vacancy clusters behavior of polycrystalline vanadium (V) and tungsten (W)-doped Ba[Zr(0.10)Ti(0.90)]O(3), (BZT:2%V) and (BZT:2%W) ceramics obtained by the mixed oxide method was evaluated. Substitution of V and W reduces the distortion of octahedral clusters, decreasing the Raman modes. Electron paramagnetic resonance data indicate that the addition of dopants leads to defects and symmetry changes in the BZT lattice. Remnant polarization and coercive field are affected by V and W substitution due the electron-relaxation mode. The unipolar strain E curves as a function of electric field reach its maximum value for BZT:2%V and BZT:2%W ceramics. (c) 2008 American Institute of Physics.

Prevalência de atividade física no lazer e fatores associados: estudo de base populacional em São Paulo, Brasil, 2008-2009

O objetivo deste estudo foi estimar a prevalência e os fatores associados à atividade física no lazer. Estudo transversal, de base populacional, utilizando-se os dados do Inquérito de Saúde no Município de São Paulo 2008 (ISA-Capital 2008), com 2.691 indivíduos de ambos os sexos e com 12 anos ou mais. As informações foram coletadas por entrevistas domiciliares e os participantes foram selecionados com base em amostragem probabilística por conglomerados em dois estágios. Para estimar atividade física no lazer foi utilizado o IPAQ, versão longa. Foram usados estatísticas descritivas, testes de associação pelo qui-quadrado, razões de prevalência e intervalos de 95% de confiança. Para análise ajustada foi realizada regressão múltipla de Poisson. Dos entrevistados, 16,4% referiram praticar atividade física suficiente no lazer. Os achados deste trabalho apontam a importância de incentivar a atividade física no lazer, associada ao sexo masculino, maior renda, idades mais jovens entre 12 e 29 anos, não uso do cigarro e referir não sentir-se cansado(a) frequentemente.

Incidence of self-reported hearing loss and associated risk factors among the elderly in São Paulo, Brazil: the SABE survey

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Doença pulmonar obstrutiva crônica e fatores associados em São Paulo, SP, 2008-2009

OBJETIVO: Estimar a prevalência e fatores associados à doença pulmonar obstrutiva crônica. MÉTODOS: Estudo transversal, de base populacional com 1.441 indivíduos de ambos os sexos e com 40 anos de idade ou mais no município de São Paulo, SP, entre 2008 e 2009. As informações foram coletadas por meio de entrevistas domiciliares e os participantes foram selecionados a partir de amostragem probabilística, estratificada por sexo e idade, e por conglomerados em dois estágios (setores censitários e domicílios). Foi realizada regressão múltipla de Poisson na análise ajustada. RESULTADOS: Dos entrevistados, 4,2% (IC95% 3,1;5,4) referiram doença pulmonar obstrutiva crônica. Após análise ajustada, identificaram-se os seguintes fatores independentemente associados ao agravo: número de cigarros fumados na vida (> 1.500/nenhum) RP = 3,85 (IC95%: 1,87;7,94), cansar-se com facilidade (sim/não) RP = 2,61 (IC95% 1,39;4,90), idade (60 a 69 anos/50 a 59 anos) RP = 3,27 (IC95% 1,01;11,24), idade (70 anos e mais/50 a 59 anos) RP = 4,29 (IC95% 1,30;14,29), problemas de saúde nos últimos 15 dias (sim/não) RP = 1,31 (IC95% 1,02;1,77), e atividade física no tempo livre (sim/não) RP = 0,57 (IC95% 0,26;0,97). CONCLUSÕES: A prevalência da doença pulmonar obstrutiva crônica é elevada e está associada ao uso do tabaco e idade acima de 60 anos. Os problemas de saúde freqüentes e redução da atividade física no tempo livre podem ser considerados conseqüências dessa doença.