A medical information system to manage a cancer database

Cancer is the second main cause of death in Brazil, and according to statistics disclosed by INCA - National Cancer Institute 466,730 new cases of the disease are forecast for 2008. The storage and analysis of tumour tissues of various types and patients' clinical data, genetic profiles, characteristics of diseases and epidemiological data may provide more precise diagnoses, providing more effective treatments with higher chances for the cure of cancer. In this paper we present a Web system with a client-server architecture, which manages a relational database containing all information relating to the tumour tissue and their location in freezers, patients, medical forms, physicians, users, and others. Furthermore, it is also discussed the software engineering used to developing the system.

Case-based system: Indexing and retrieval with fuzzy hypercube

In some applications with case-based system, the attributes available for indexing are better described as linguistic variables instead of receiving numerical treatment. In these applications, the concept of fuzzy hypercube can be applied to give a geometrical interpretation of similarities among cases. This paper presents an approach that uses geometrical properties of fuzzy hypercube space to make indexing and retrieval processes of cases.

Subsídios para construção de estratégias de busca para revisões sistemáticas na base da dados Medline via Pubmed

Pós-graduação em Bases Gerais da Cirurgia - FMB

Ontolime: modelo de ontologia de descrição de imagens médicas

Pós-graduação em Ciência da Informação - FFC

Automatic Indexing and Information Visualization: A Study Based on Paraconsistent Logic

This paper reports a research to evaluate the potential and the effects of use of annotated Paraconsistent logic in automatic indexing. This logic attempts to deal with contradictions, concerned with studying and developing inconsistency-tolerant systems of logic. This logic, being flexible and containing logical states that go beyond the dichotomies yes and no, permits to advance the hypothesis that the results of indexing could be better than those obtained by traditional methods. Interactions between different disciplines, as information retrieval, automatic indexing, information visualization, and nonclassical logics were considered in this research. From the methodological point of view, an algorithm for treatment of uncertainty and imprecision, developed under the Paraconsistent logic, was used to modify the values of the weights assigned to indexing terms of the text collections. The tests were performed on an information visualization system named Projection Explorer (PEx), created at Institute of Mathematics and Computer Science (ICMC - USP Sao Carlos), with available source code. PEx uses traditional vector space model to represent documents of a collection. The results were evaluated by criteria built in the information visualization system itself, and demonstrated measurable gains in the quality of the displays, confirming the hypothesis that the use of the para-analyser under the conditions of the experiment has the ability to generate more effective clusters of similar documents. This is a point that draws attention, since the constitution of more significant clusters can be used to enhance information indexing and retrieval. It can be argued that the adoption of non-dichotomous (non-exclusive) parameters provides new possibilities to relate similar information.

A situação atual da indexação nas tarefas bibliotecárias

Na atualidade a atribuição dos descritores de assuntos ou indexação do conteúdo dos livros, nem sempre está associada ao contexto concreto de cada biblioteca, provocando, em muitos casos, que a recuperação por assuntos não resulte adequada. Neste trabalho analisam-se os principais desafios e perspectivas da indexação dos livros, os avanços de análises de assuntos nos catálogos de bibliotecas, examinam-se procedimentos, instrumentos, regras e condutas utilizadas nas análises e representação do conteúdo dos livros. Também se mostra a interação entre o ensino, a pesquisa e a atuação profissional necessária para que os estudantes possam desenvolver competências na análise, na representação e na procura da informação, assim como os princípios - provavelmente menos evidentes- da organização do conhecimento. Este trabalho coloca em evidência que as políticas de gestão da informação, mais quantitativas que qualitativas, deixam num segundo plano o processamento intelectual do conteúdo prejudicando, desta maneira, a recuperação por assuntos através do catalogo da biblioteca. Finalmente, se recolhe uma serie de propostas docentes relacionadas com a atribuição de descritores de assuntos em contextos bibliotecários.

O uso de linguagem documentária em catálogos coletivos de bibliotecas universitárias: um estudo de avaliação sociocognitiva com protocolo verbal

Avaliou-se o uso de linguagem documentária alfabética de catálogos coletivos, na perspectiva das bibliotecas universitárias e no contexto sociocognitivo dos indexadores e dos usuários. Concluiu-se que o uso adequado de linguagens documentárias de áreas científicas especializadas faz-se por meio da avaliação quanto à atualização, especificidade e compatibilidade para atender às necessidades de indexação e recuperação da informação.

Estudos de avaliação quantitativa e qualitativa de linguagens documentárias: uma síntese bibliográfica

Este estudo apresenta uma síntese bibliográfica sobre as metodologias de avaliação que foram propostas por pesquisadores internacionais e nacionais e utilizadas por indexadores de instituições de ensino e/ou pesquisas atuantes em unidades de informação e/ou centros de documentação, bem como aquelas que foram analisadas pelas opiniões dos próprios usuários da informação registrada e disponibilizada em inúmeros sistemas de informações, com enfoques nas abordagens quantitativa, qualitativa e qualitativa/cognitiva, respectivamente.

O ensino de procedimentos de política de indexação na perspectiva do conhecimento organizacional: uma proposta de programa para a educação à distância do bibliotecário

A política de indexação deve ser constituída de estratégias que permitam o alcance dos objetivos de recuperação do sistema de informação. O indexador tem a função primordial de compreender o documento ao realizar uma análise conceitual que represente adequadamente seu conteúdo. Utilizando a leitura como evento social/protocolo verbal em grupo, nosso objetivo é contribuir com a literatura sobre política de indexação e apresentar propostas de ensino de política de indexação direcionadas a alunos de graduação e pós-graduação, além de uma experiência de educação à distância com vistas à formação do bibliotecário em serviço. Os resultados obtidos demonstraram que a metodologia pode ser utilizada por sistemas de informação para que se tenha acesso ao conhecimento do indexador. Conclui que o indexador deve ser o alvo de investimento dos sistemas de informação e sugere aos sistemas de informação que a experiência do indexador também seja utilizada como parâmetro para política de indexação.

Indexação automatizada de artigos de periódicos científicos: análise da aplicação do software SISA com uso da terminologia DeCS na área de Odontologia

The indexing automation has been discussed by researches in the area of Information Science however the discussions have not been so clear on the use of indexing software. Thus, it is necessary to know the indexing software, as well as its application in the analysis of documentary contents. To do so, it is proposed, here, to investigate both the consistency of indexing and the exhaustiveness and precision of the information retrieval, by means of comparative analysis between SISA (Sistema de Indizacion Semi-Automatico) automatic index and BIREME ( Centro Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciencias da Saude) manual indexing. The aim of this paper is to contribute to the theoretical development of the indexing automation and the improvement of SISA. Thus, SISA application and evaluation was used based on the calculation of the consistency indexes between the two types of indexing, and the calculation of the exhaustiveness and precision indexes in information retrieval, by means of searching into BDSISA and BIREME databases, composed by descriptors taken from SISA and manual indexing respectively. The differences among the terms used in scientific papers comparing to the DeCS ones were the main difficult factor to achieve higher consistency indexes in the indexing. These differences influenced the exhaustiveness and precision indexes in the information retrieval, showing that it is necessary to improve the documentary language used by SISA software and to incorporate linguistic methods.

Desigualdade de indicadores de mortalidade no Sudeste do Brasil

INTRODUÇÃO: Há indícios de que a deterioração das condições de trabalho ocorrida em anos recentes influencie a mortalidade. O objetivo do estudo é estimar indicadores de mortalidade para a população de Botucatu, classificada de acordo com as ocupações exercidas. MÉTODO: Foram calculados os indicadores coeficiente de mortalidade padronizado (CMP), razão de risco padronizada e anos potenciais de vida perdidos (APVP) para a população de Botucatu, em 1997, segundo ocupações e causas básicas do óbito. RESULTADOS: Os indicadores CMP e APVP variaram entre 0,6 e 39,9 óbitos/1000 trabalhadores e entre 33 e 334 anos/1000 trabalhadores, respectivamente, de acordo com a ocupação principal exercida. Observou-se que a ordenação quantitativa das causas de óbito depende da ocupação e do indicador utilizado. CONCLUSÕES: Os indicadores de mortalidade verificados apresentam uma grande heterogeneidade quando analisados de acordo com ocupação e causas básicas de óbito, refletindo a enorme desigualdade social existente na população estudada.

Desempenho de escolares com transtorno de déficit de atenção e hiperatividade em tarefas metalinguisticas e de leitura

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

A SYSTEMIC CONCEPT OF THE GENE

The univocal correspondence between one gene and one polypeptide has been challenged by many examples of ambiguities. A rapidly expanding list of one-to-many or many-to-one correspondences includes: genomic rearrangements, alternative processing of transcripts, overlapping translation frames, RNA editing, alternative translation modes, and polyprotein cleavage.The genomic message requires interpretation through decoding by a sophisticated information retrieval system which should also carry some kind of information. The full meaning of the whole cell, as a unit, is emphasized.The gene is a combination of (one or more) nucleic acid (DNA or RNA) sequences, defined by the system (the whole cell, interacting with the environment, or the environment alone, in subcellular or pre-cellular systems), that gives origin to a product (RNA or polypeptide).

Knowledge Representation and Orthophemism: A Reflection Aiming to a Concept

Characteristics of speech, especially figures of speech, are used by specific communities or domains, and, in this way, reflect their identities through their choice of vocabulary. This topic should be an object of study in the context of knowledge representation once it deals with different contexts of production of documents. This study aims to explore the dimensions of the concepts of euphemism, dysphemism, and orthophemism, focusing on the latter with the goal of extracting a concept which can be included in discussions about subject analysis and indexing. Euphemism is used as an alternative to a non-preferred expression or as an alternative to an offensive attribution-to avoid potential offense taken by the listener or by other persons, for instance, pass away. Dysphemism, on the other hand, is used by speakers to talk about people and things that frustrate and annoy them-their choice of language indicates disapproval and the topic is therefore denigrated, humiliated, or degraded, for instance, kick the bucket. While euphemism tries to make something sound better, dysphemism tries to make something sound worse. Orthophemism (Allan and Burridge 2006) is also used as an alternative to expressions, but it is a preferred, formal, and direct language of expression when representing an object or a situation, for instance, die. This paper suggests that the comprehension and use of such concepts could support the following issues: possible contributions from linguistics and terminology to subject analysis as demonstrated by Talamo et al. (1992); decrease of polysemy and ambiguity of terms used to represent certain topics of documents; and construction and evaluation of indexing languages. The concept of orthophemism can also serves to support associative relationships in the context of subject analysis, indexing, and even information retrieval related to more specific requests.

Uso do óxido nítrico em pediatria

Objective: To review the literature on inhaled nitric oxide and to describe its main clinical applications in pediatrics. Sources of data: A 10 year literature review with selection of the most important publications on inhaled nitric oxide, using the Medline and Cochrane Systematic Review databases. Summary of the findings: This review was organized as follows: introduction; metabolism and biological effects; clinical applications; dosage, gas administration and weaning; precautions and side-effects. Inhaled nitric oxide use was described in persistent pulmonary hypertension and hypoxia of the newborn, acute respiratory distress syndrome, primary pulmonary hypertension, heart surgery, chronic obstructive pulmonary disease, sickle cell anemia, and bronchospastic disease. Conclusions: Inhaled nitric oxide is a therapeutic approach with wide clinical applications in pediatrics. Its use is safe when administered in pediatric intensive care units under strict monitoring. As a pulmonary vasodilator, nitric oxide has beneficial effects on gas exchange and ventilation. Controlled trials, focusing on early gas administration should be performed under many clinical conditions, especially acute respiratory distress syndrome.