Likelihood approximations and discrete models for tied survival data

Ties among event times are often recorded in survival studies. For example, in a two week laboratory study where event times are measured in days, ties are very likely to occur. The proportional hazards model might be used in this setting using an approximated partial likelihood function. This approximation works well when the number of ties is small. on the other hand, discrete regression models are suggested when the data are heavily tied. However, in many situations it is not clear which approach should be used in practice. In this work, empirical guidelines based on Monte Carlo simulations are provided. These recommendations are based on a measure of the amount of tied data present and the mean square error. An example illustrates the proposed criterion.

Comparação de modelos de regressão aleatória para estimação de parâmetros genéticos em caprinos leiteiros

Objetivou-se avaliar a melhor modelagem para as variâncias genética aditiva, de ambiente permanente e residual da produção de leite no dia do controle (PLDC) de caprinos. Utilizaram-se modelos de regressão aleatória sobre polinômios ortogonais de Legendre com diferentes ordens de ajuste e variância residual heterogênea. Consideraram-se como efeitos fixos os efeitos de grupo de contemporâneos, a idade da cabra ao parto (co-variável) e a regressão fixa da PLDC sobre polinômios de Legendre, para modelar a trajetória média da população; e, como efeitos aleatórios, os efeitos genético aditivo e de ambiente permanente. O modelo com quatro classes de variâncias residuais foi o que proporcionou melhor ajuste. Os valores do logaritmo da função de verossimilhança, de AIC e BIC apontaram para seleção de modelos com ordens mais altas (cinco para o efeito genético e sete para o efeito de ambiente permanente). Entretanto, os autovalores associados às matrizes de co-variâncias entre os coeficientes de regressão indicaram a possibilidade de redução da dimensionalidade. As altas ordens de ajuste proporcionaram estimativas de variâncias genéticas e correlações genéticas e de ambiente permanente que não condizem com o fenômeno biológico estudado. O modelo de quinta ordem para a variância genética aditiva e de sétima ordem para o ambiente permanente foi indicado. Entretanto, um modelo mais parcimonioso, de quarta ordem para o efeito genético aditivo e de sexta ordem para o efeito de ambiente permanente, foi suficiente para ajustar as variâncias nos dados.

Influência da informação à priori na escolha de modelos para avaliação genética de suínos

Programas de melhoramento são atividades que se desenvolvem durante anos e, por isso, devem ser flexíveis ao ajuste às novas situações criadas por mudanças nas tendências de mercado, na situação econômica e aquelas causadas por aumento do volume e qualidade dos dados e, também, por novas técnicas propostas pela comunidade científica. O ajuste a essas últimas deve ser feito, principalmente, por meio da substituição e escolha do modelo mais adequado para a descrição do fenômeno, em um determinado cenário. Os dados de ganho de peso médio diário, de um programa de melhoramento de suínos, envolvendo as raças Duroc, Landrace e Large White, foram analisados por meio da teoria bayesiana, por meio de dois modelos candidatos. Foram simulados três níveis de informação à priori: informativa, pouco informativa e não informativa. O comportamento das curvas das distribuições à posteriori e as respectivas estimativas associadas a cada nível de informação à priori foram analisadas e comparadas. Os resultados indicam que no modelo mais simples, as amostras das três raças são suficientes para produzir estimativas que não são alteradas pela informação à priori. Com relação ao mais parametrizado, as estimativas, para a raça Duroc, são alteradas pelo conhecimento prévio e, nesse caso, deve se buscar a melhor representação possível da distribuição à priori para obtenção de estimativas que são mais adequadas, dado o estado de conhecimento atual do melhorista.

Efeito da interação reprodutor x rebanho sobre as produções de leite e de gordura na raça Pardo-Suíça

Dados de 4.959 lactações de 2.414 vacas da raça Pardo-Suíça, filhas de 70 reprodutores, distribuídos em 51 rebanhos, foram utilizados para se estimar o componente de variância para a interação reprodutor x rebanho das produções de leite e de gordura e verificar o efeito desta interação sobre a avaliação genética dos reprodutores, por meio de modelos que diferiam na presença e ausência do termo de interação. As produções de leite e de gordura foram ajustadas para duas ordenhas diárias, 305 dias de lactação e idade adulta da vaca. O teste da razão de verossimilhança foi utilizado na verificação da efetividade da inclusão da interação no modelo. As médias das produções de leite e de gordura foram 6085,79 ± 1629,73 kg e 225,61 ± 60,44 kg, respectivamente. A proporção da variância total decorrente da interação reprodutor x rebanho foi 0,4%, para a produção de leite, e 1%, para a produção de gordura. A estimativa de herdabilidade foi 0,38, para a produção de leite, utilizando-se ambos os modelos, e reduziu de 0,40 para 0,39, para a produção de gordura, quando o modelo com interação foi considerado. A função de verossimilhança aumentou significativamente com a inclusão da interação no modelo. A correlação de Spearman foi próxima de um para ambas as características, quando todos os reprodutores foram considerados. Houve redução de 1% na estimativa de acurácia dos valores genéticos preditos para ambas as características, porém, a correlação de Pearson estimada entre as acurácias obtidas para cada modelo estudado foi próxima à unidade. A interaçãoreprodutor x rebanho não afetou as estimativas de componentes de variâncias genética e residual e a ordem de classificação dos reprodutores para ambas as características.

Solving the Levins' paradox in the logistic model to the population growth

We introduce a new method to improve Markov maps by means of a Bayesian approach. The method starts from an initial map model, wherefrom a likelihood function is defined which is regulated by a temperature-like parameter. Then, the new constraints are added by the use of Bayes rule in the prior distribution. We applied the method to the logistic map of population growth of a single species. We show that the population size is limited for all ranges of parameters, allowing thus to overcome difficulties in interpretation of the concept of carrying capacity known as the Levins paradox. © Published under licence by IOP Publishing Ltd.

New likelihoods for shape analysis

We introduce a new kind of likelihood function based on the sequence of moments of the data distribution. Both binned and unbinned data samples are discussed, and the multivariate case is also derived. Building on this approach we lay out the formalism of shape analysis for signal searches. In addition to moment-based likelihoods, standard likelihoods and approximate statistical tests are provided. Enough material is included to make the paper self-contained from the perspective of shape analysis. We argue that the moment-based likelihoods can advantageously replace unbinned standard likelihoods for the search of nonlocal signals, by avoiding the step of fitting Monte Carlo generated distributions. This benefit increases with the number of variables simultaneously analyzed. The moment-based signal search is exemplified and tested in various 1D toy models mimicking typical high-energy signal-background configurations. Moment-based techniques should be particularly appropriate for the searches for effective operators at the LHC.

Physicochemical Stability of Poly(lactide-co-glycolide) Nanocapsules Containing the Local Anesthetic Bupivacaine

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Effective diffusion coefficients behavior in osmotic dehydration of apple slices considering shrinking and local concentration dependence

The mass transfer during osmotic dehydration of apple slices immersed in 40, 50 and 60% (w/w) aqueous sucrose solutions was investigated to evaluate the influence of solution concentration on diffusivities. In the mathematical model, the diffusion coefficients were functions of the local water and sucrose concentration. The mass transfer equations were, simultaneously, solved for water and sucrose using an implicit numerical method. Material coordinates following the shrinkage of the solid were used. The predicted concentration profiles were integrated and compared to experimental data, showing a reasonable agreement with the measured data. on average, the effective diffusion coefficients for water and sucrose decreased as the osmotic solution concentration increased; that is the behavior of the binary coefficients in water-sucrose solutions. However, the diffusivities expressed as a function of the local concentration in the slices varied between the treatments. Water diffusion coefficients showed a remarkable variation throughout the slice and unusual behavior, which was associated to the cellular structure changes observed in tissue immersed in osmotic solutions. Cell structure changes occurred in different ways: moderate plasmolysis at 40%, accentuated plasmolysis at 50% and generalized damage of the cells at 60%. Intact vacuoles were observed after a long time of exposure (30 h) to 40 and 50% solutions. Effects of the concentration on tissue changes make it difficult to generalize the behavior of diffusion coefficients.

SMase II, a new sphingomyelinase D from Loxosceles laeta venom gland: Molecular cloning, expression, function and structural analysis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Relationship between global structural parameters and Enzyme Commission hierarchy: Implications for function prediction

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Femtosecond laser ablation on dental hard tissues-Analysis of ablated profile near an interface using local effective intensity

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Vector and axial-vector correlators in a non-local chiral quark model

The behavior of the non-perturbative parts of the isovector-vector and isovector and isosinglet axial-vector correlators at Euclidean momenta is studied in the framework of a covariant chiral quark model with non-local quark-quark interactions. The gauge covariance is ensured with the help of the P-exponents, with the corresponding modification of the quark-current interaction vertices taken into account. The low- and high-momentum behavior of the correlators is compared with the chiral perturbation theory and with the QCD operator product expansion, respectively. The V-A combination of the correlators obtained in the model reproduces quantitatively the ALEPH and OPAL data on hadronic tau decays, transformed into the Euclidean domain via dispersion relations. The predictions for the electromagnetic pi(+/-) - pi(0) mass difference and for the pion electric polarizability are also in agreement with the experimental values. The topological susceptibility of the vacuum is evaluated as a function of the momentum, and its first moment is predicted to be chi'(0) approximate to (50 MeV)(2). In addition, the fulfillment of the Crewther theorem is demonstrated.

Tunneling time through a barrier using the local value of a time operator

A time for a quantum particle to traverse a barrier is obtained for stationary states by setting the local value of a time operator equal to a constant. This time operator, called the tempus operator because it is distinct from the time of evolution, is defined as the operator canonically conjugate to the energy operator. The local value of the tempus operator gives a complex time for a particle to traverse a barrier. The method is applied to a particle with a semiclassical wave function, which gives, in the classical limit, the correct classical traversal time. It is also applied to a quantum particle tunneling through a rectangular barrier. The resulting complex tunneling time is compared with complex tunneling times from other methods.

Local duality and charge symmetry violation in quark distributions

We use local quark-hadron duality to calculate the nucleon structure function as seen by neutrino and muon beams. Our result indicates a possible signal of charge symmetry violation at the parton level in the very large x region.

STM probing of local oscillations of the Fano-Kondo effect: a Doniach-Sunjic approach for the Kondo peak

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)