Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource

O café é um dos principais produtos agrícolas, sendo considerado o segundo item em importância do comércio internacional de commodities. O gênero Coffea pertence à família Rubiaceae que também inclui outras plantas importantes. Este gênero contém aproximadamente 100 espécies, mas a produção comercial é baseada somente em duas espécies, Coffea arabica e Coffea canephora, que representam aproximadamente 70 % e 30 % do mercado total de café, respectivamente. O Projeto Genoma Café Brasileiro foi desenvolvido com o objetivo de disponibilizar os modernos recursos da genômica à comunidade científica e aos diferentes segmentos da cadeia produtiva do café. Para isso, foram seqüenciados 214.964 clones escolhidos aleatoriamente de 37 bibliotecas de cDNA de C. arabica, C. canephora e C. racemosa representando estádios específicos do desenvolvimento de células e de tecidos do cafeeiro, resultando em 130.792, 12.381 e 10.566 seqüências de cada espécie, respectivamente, após processo de trimagem. Os ESTs foram agrupados em 17.982 contigs e em 32.155 singletons. A comparação destas seqüências pelo programa BLAST revelou que 22 % não tiveram nenhuma similaridade significativa às seqüências no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (de função conhecida ou desconhecida). A base de dados de ESTs do cafeeiro resultou na identificação de cerca de 33.000 unigenes diferentes. Os resultados de anotação das seqüências foram armazenados em base de dados online em ibi.unicamp.br/cafe>http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe. Os recursos desenvolvidos por este projeto disponibilizam ferramentas genéticas e genômicas que podem ser decisivas para a sustentabilidade, a competitividade e a futura viabilidade da agroindústria cafeeira nos mercados interno e externo.

Variabilidade genética entre populações de Pistia stratiotes

O manejo de plantas daninhas em ambientes aquáticos requer cuidado diferencial e específico, a fim de evitar a contaminação ou alteração nas funções dos corpos hídricos e otimização do custo-benefício das operações. O estudo das características genéticas de populações de plantas daninhas aquáticas fornece informações que podem auxiliar no seu controle e manejo. A alface-d'água é uma planta aquática flutuante livre amplamente distribuída em todo o Brasil, mas é em ambientes aquáticos eutrofizados que essa e outras espécies de rápido desenvolvimento causam problemas sociais e econômicos, devido à grande massa vegetal produzida. Este estudo caracterizou geneticamente populações de alface-d'água coletadas em 15 reservatórios de hidrelétricas (Barra Bonita-BAB, Bariri-BAR, Ibitinga-IBI, Chavantes-CHA, Salto Grande-SAG, Jurumirim-JUR, Promissão-PRO Jaguari-JAG, Nova Avanhandava-NAV, Mogi-Guaçu-MOG, Limoeiro-LIM, Três Irmãos-TRI, Ilha Solteira-ILS, Jupiá-JUP e Porto Primavera-PPR) do Estado de São Paulo. As análises foram realizadas no NUPAM (Núcleo de Pesquisas Avançadas em Matologia), ligado à FCA/UNESP, campus de Botucatu-SP. A técnica utilizada no estudo da diversidade genética foi o RAPD. Os materiais amostrados nos reservatórios do Estado foram muito similares em sua maioria. As populações de NAV, MOG, IBI, JUR, PRO e CHA foram idênticas geneticamente. BAB e SAG, LIM e TRI também foram muito parecidas, apresentando índice de distância genética de 0,0093 e 0,0178, respectivamente. A grande maioria dos reservatórios estudados (93%) apresentou distâncias inferiores a 0,30, formando um grupo definido. No entanto, a população de Jupiá, em média, foi a que apresentou maior diversidade genética (0,45).

Adaptation of the reservoir fish assemblage index (RFAI) for assessing the Barra Bonita Reservoir (São Paulo, Brazil)

In order to evaluate the environmental condition of the Barra Bonita Reservoir, we adapted the Index of Biotic Integrity (IBI). We chose 24 sampling sites in which three types of habitats were sampled: the mouths of tributaries, the central reservoir and the lateral reservoir. Fish were caught in two seasons (dry and rainy) using 10 gillnet gangs, with meshes ranging from 3 to 12 cm between opposite knots, and funnel traps. Abiotic and biotic variables were measured. Due to the artificial nature of the reservoir, the term biotic integrity was considered inappropriate and the term RFAI (Reservoir Fish Assemblage Index) was adopted. Twelve metrics from sixteen possibles were selected using the Pearson correlation coefficient. The reference conditions were set up based on the criteria of the best condition observed. For each metric, a score of 1, 3 or 5 was assigned as it strongly departs (1), slightly departs (3) or approaches (5) the reference condition. The index value is the sum of the metrics partial scores and ranges from 12 to 60. To evaluate the importance of the unit of measurement of the metric, the index was calculated in fish number (RFAI(N)) and in weight (RFAI(w)). The correlation between RFAIN and RFAIw was very high (r = 0.90, n = 46) indicating that the unit of measurement does not influence the final result of the index. Most of the sampling sites were classified in the 'reasonable' RFAI category. Only the central sites were classified as 'poor'. To validate the RFAI, another index, the Habitat Quality Index (HQI), was built starting from the physiochemical and habitat variables collected. The correlation of the RFAI with the HQI was highly significant (RFAIN, r = 0.37; RFAI(w), r = 0.47; n = 46), indicating that they respond in the same way to environmental degradation. The HQI metrics which most affect RFAI were depth, surrounding landscape and macrophyte presence/absence. Copyright C) 2007 John Wiley & Sons, Ltd.

A fish-based biotic integrity index for assessment of lowland streams in southeastern Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Integridade biótica de um córrego na bacia do Alto Rio Paraná avaliada por meio da comunidade de peixes

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

A multimetric index based on fish fauna for the evaluation of the biotic integrity of streams at a mesohabitat scale

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Comunidades de peixes e integridade biótica do Córrego da Água Limpa na fase de pré-recuperação de matas ciliares

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Aplicação do Método de Rietveld em caracterização estrutural e nanoestrutural do espinélio 'Ni IND. 1'- 'delta' Co'delta''Fe IND.2''O IND.4' preparado por reação de combustão

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Caracterização da ictiofauna da represa de Barra Bonita (SP) e adaptação do índice de integridade biótica (IIB)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Combining plant and bird data increases the accuracy of an Index of Biotic Integrity to assess conservation levels of tropical forest fragments

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)