Ooplast-mediated developmental rescue of bovine oocytes exposed to ethidium bromide

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Analysis of the ethidium bromide bound to DNA by photoacoustic and FTIR spectroscopy

Under physiological conditions B-form DNA is an exceedingly stable structure. However, experimental evidences obtained through nuclear magnetic resonance and fluorescence anisotropy suggest that the structure of the double helix fluctuates substantially. We describe photoacoustic phase modulation frequency measurements of ethidium bromide (Eb) with calf thymus, DNA. As in fluorescence phase modulation measurements, we used an intercalating dye as a probe; however, we monitored the triplet excited state lifetime at different ionic strengths. The triplet lifetime of Eb varied from about 0.30 ms, with no DNA present, to 20 ms, (at a DNA:Eb molar ratio of 5). With salt titration, this value falls, to about 2.0 ms. This result suggests, a strong coupling between the phenantridinium ring of the ethidium and the base pairs because of the stacking movement of the DNA molecule under salt effect. This, effect may be understood considering DNA as a polyelectrolyte. The counterions, in the solution shield the phosphate groups, reducing the electrostatic repulsion force between them, hence compacting the DNA molecule. The results from Fourier transform infrared demonstrated two important bands: 3187 cm(-1) corresponding to the symmetric stretching of the NH group of the bases, and 1225 cm(-1) corresponding to the asymmetric stretching of phosphate groups shifted toward higher wavenumbers, suggesting a proximity between the intercalant and base pairs and a modification of the DNA backbone state, both induced by salt accretion.

A new biophysics approach using photoacoustic spectroscopy to study the DNA-ethidium bromide interaction

We have examined the binding processes of ethidium bromide interacting with calf thymus DNA using photoacoustic spectroscopy. These binding processes are generally investigated by a combination of absorption or fluorescence spectroscopies with hydrodynamic techniques. The employment of photoacoustic spectroscopy for the DNA-ethidium bromide system identified two binding manners for the dye. The presence of two isosbestic points (522 and 498 nm) during DNA titration was evidence of these binding modes. Analysis of the photoacoustic amplitude signal data was performed using the McGhee-von Hippel excluded site model. The binding constant obtained was 3.4 x 10(8) M(bp)(-1), and the number of base pairs excluded to another dye molecule by each bound dye molecule (n) was 2. A DNA drug dissociation process was applied using sodium dodecyl sulfate to elucidate the existence of a second and weaker binding mode. The dissociation constant determined was 0.43 mM, whose inverse value was less than the previously obtained binding constant, demonstrating the existence of the weaker binding mode. The calculated binding constant was adjusted by considering the dissociation constant and its new value was 1.2 x 10(9) M(bp)(-1) and the number of excluded sites was 2.6. Using the photoacoustic technique it is also possible to obtain results regarding the dependence of the quantum yield of the dye on its binding mode. While intercalated between two adjacent base pairs the quantum yield found was 0.87 and when associated with an external site it was 0.04. These results reinforce the presence of these two binding processes and show that photoacoustic spectroscopy is more extensive than commonly applied spectroscopies.

Identification of new isolates of Bacillus thuringiensis using rep-PCR products and delta-endotoxin electron microscopy

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Sexagem de embriões bovinos fecundados in vitro pela técnica de PCR multiplex

Neste trabalho, a técnica de PCR (polymerase chain reaction) foi utilizada para a sexagem de 92 embriões bovinos fertilizados in vitro. Os embriões originaram-se de fertilização in vitro de oócitos aspirados de ovários de fêmeas bovinas, provenientes de abatedouros comerciais. Os oócitos foram maturados, fertilizados e cultivados até o estádio de blastocisto. Os embriões foram lavados em solução de PBS, transferidos para tubos de polipropileno contendo água ultrapura, e imediatamente congelados a -196ºC. Os embriões foram descongelados sobre isopor contendo gelo picado e tratados com proteinase K. Para a reação de PCR, utilizaram-se alíquotas de 34 µl de cada tudo, onde foram acrescidos dois pares de primers, seqüência BC1.2 e seqüência satélite 1.715, desoxinucleotídeos, MgCl2, tampão PCR 10X, TaqDNA polimerase e água, em um volume final de 50 µl. As amostras foram amplificadas e a eletroforese realizada em gel de poliacrilamida a 8%. Os géis foram corados com solução de brometo de etídio e analisados em transiluminador de luz ultravioleta. Um índice de 93,47% de amplificação foi atingido, com 41 embriões (47,67%) machos e 45 (52,32%) embriões fêmeas. O uso de gel de poliacrilamida a 8% foi eficaz na separação de fragmentos de DNA muito próximos.

Cytotoxicity of Portland Cement with Different Radiopacifying Agents: A Cell Death Study

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Detection of the single nucleotide polymorphism (rs2227307) in the human interleukin 8 gene using a pcr-rflp assay

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Isolation and characterization of a satellite DNA family in Achirus lineatus (Teleostei : Pleuronectiformes : Achiridae)

Agarose gels stained with Ethidium bromide and Southern blot experiments of HindIII-digested genomic DNA of Achirus lineatus evidenced the presence of monomers and multimers of a DNA segment of about 200 bp, named here Al-HindIII sequence. No signals were observed in Southern blot experiments with genomic DNA of other flatfish species. The DNA sequencing of four recombinant clones showed that Al-HindIII sequences had 204 bp and were 63.72% AT-rich. FISH experiments using a Al-HindIII sequence as probe showed bright signals in the centromeric position of all chromosomes of A. lineatus.

Application of the comet assay in erythrocytes of Oreochromis niloticus (Pisces): a methodological comparison

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Freqüência da mutação 844ins68 do gene da cistationina beta-sintetase em pacientes com trombose venosa profunda

A hiper-homocisteinemia, resultante da deficiência na conversão da homocisteína em cistationina, constitui em fator de risco isolado para doenças vasculares. A mutação 844ins68 do gene da cistationina beta-sintetase é um fator adicional de risco para a trombose venosa profunda. O objetivo deste estudo foi avaliar a freqüência da mutação 844ins68 do gene da cistationina beta-sintetase em pacientes com trombose venosa profunda. Foram avaliados em estudo caso-controle 95 pacientes com trombose venosa profunda, a presença da mutação 844ins68 no éxon 8 do gene da cistationina beta-sintetase. Como critério de inclusão foi adotada a presença de trombose venosa profunda confirmada pelo dúplex ou flebografia. O grupo controle constituiu-se de 95 doadores de sangue, sem história familiar prévia de trombose venosa, com sexo, grupo étnico e idades pareados aos do grupo de estudo. Foram coletados 5 mL de sangue venoso com o uso de anticoagulante EDTA de cada participante. O DNA foi extraído dos leucócitos pelo método DTAB e CTAB. A detecção da mutação do gene foi realizada por amplificação de um segmento gênico por PCR, com iniciadores que flanqueiam a região de inserção e com revelação em gel de agarose a 2%, corado com brometo de etídio, sob luz UV. O fragmento correspondente ao alelo normal contém 184 pares de base e o correspondente ao alelo mutante, 252 pares de base. O teste exato de Fisher foi utilizado na análise dos resultados. A condição heterozigota para a mutação foi encontrada em 14,73% dos pacientes e em 3,1% dos indivíduos do grupo controle (p = 0,009). A freqüência do alelo mutante mostrou diferença significativa (p = 0,01), sendo 0,074 para os pacientes versus 0,016 para o grupo controle. Não foram encontrados casos de homozigose.

Physicochemical characterization of nanoparticles formed between DNA and phosphorylcholine substituted chitosans

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)