A nested-PCR assay for detection of Xylella fastidiosa in citrus plants and sharpshooter leafhoppers

Aims: Detection of Xylella fastidiosa in citrus plants and insect vectors.Methods and Results: Chelex 100 resin matrix was successfully standardized allowing a fast DNA extraction of X. fastidiosa. An amplicon of 500 bp was observed in samples of citrus leaf and citrus xylem extract, with and without symptoms of citrus variegated chlorosis, using PCR with a specific primer set indicating the presence of X. fastidiosa. The addition of insoluble acid-washed polyvinylpyrrolidone (PVPP) prior to DNA extraction of insect samples using Chelex 100 resin together with nested-PCR permitted the detection of X. fastidiosa within sharpshooter heads with great sensitivity. It was possible to detect up to two bacteria per reaction. From 250 sharpshooter samples comprising four species (Dilobopterus costalimai, Oncometopia facialis, Bucephalogonia xanthopis and Acrogonia sp.), 87 individuals showed positive results for X. fastidiosa in a nested-PCR assay.Conclusions: the use of Chelex 100 resin allowed a fast and efficient DNA extraction to be used in the detection of X. fastidiosa in citrus plants and insect vectors by PCR and nested-PCR assays, respectively.Significance and Impact of the study: the employment of efficient and sensitive methods to detect X. fastidiosa in citrus plants and insect vectors will greatly assist epidemiological studies.

Whole-genome expression profiling of Xylella fastidiosa in response to growth on glucose

Xylella fastidiosa is the etiologic agent of diseases in a wide range of economically important crops including citrus variegated chlorosis, a major threat to the Brazilian citrus industry. The genomes of several strains of this phytopathogen have been completely sequenced enabling large-scale functional studies. In this work we used whole-genome DNA microarrays to investigate the transcription profile of X. fastidiosa grown in defined media with different glucose concentrations. Our analysis revealed that while transcripts related to fastidian gum production were unaffected, colicin-V-like and fimbria precursors were induced in high glucose medium. Based on these results, we suggest a model for colicin-defense mechanism in X. fastidiosa.

Genomics-based design of defined growth media for the plant pathogen Xylella fastidiosa

Based on the genetic analysis of the phytopathogen Xylella fastidiosa genome, five media with defined composition were developed and the growth abilities of this fastidious prokaryote were evaluated in liquid media and on solid plates. All media had a common salt composition and included the same amounts of glucose and vitamins but differed in their amino acid content. XDM1 medium contained amino acids threonine, serine, glycine, alanine, aspartic acid and glutamic acid, for which complete degradation pathways occur in X fastidiosa; XDM2 included serine and methionine, amino acids for which biosynthetic enzymes are absent, plus asparagine and glutamine, which are abundant in the xylem sap; XDM3 had the same composition as XDM2 but with asparagine replaced by aspartic acid due to the presence of complete degradation pathway for aspartic acid; XDM4 was a minimal medium with glutamine as a sole nitrogen source; XDM5 had the same composition as XDM4, plus methionine. The liquid and solidified XDM2 and XDM3 media were the most effective for the growth of X. fastidiosa. This work opens the opportunity for the in silico design of bacterial defined media once their genome is sequenced. (C) 2002 Federation of European Microbiological Societies. Published by Elsevier B.V. B.V. All rights reserved.

Comparison of the genomes of two Xanthomonas pathogens with differing host specificities

The genus Xanthomonas is a diverse and economically important group of bacterial phytopathogens, belonging to the gamma-subdivision of the Proteobacteria. Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) causes citrus canker, which affects most commercial citrus cultivars, resulting in significant losses worldwide. Symptoms include canker lesions, leading to abscission of fruit and leaves and general tree decline(1). Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) causes black rot, which affects crucifers such as Brassica and Arabidopsis. Symptoms include marginal leaf chlorosis and darkening of vascular tissue, accompanied by extensive wilting and necrosis(2). Xanthomonas campestris pv. campestris is grown commercially to produce the exopolysaccharide xanthan gum, which is used as a viscosifying and stabilizing agent in many industries(3). Here we report and compare the complete genome sequences of Xac and Xcc. Their distinct disease phenotypes and host ranges belie a high degree of similarity at the genomic level. More than 80% of genes are shared, and gene order is conserved along most of their respective chromosomes. We identified several groups of strain-specific genes, and on the basis of these groups we propose mechanisms that may explain the differing host specificities and pathogenic processes.

Avaliação do valor prognóstico da detecção do status quimérico de pacientes após o transplante alogênico de células progenitoras hematopoéticas

Este trabalho teve por objetivo correlacionar o status quimérico de pacientes pós -TCPH alogênico com parâmetros clínicos, para avaliar o valor preditivo dos achados laboratorias de quimerismo. Amostras de sangue de 98 pacientes (67 em seguimento e 31 novos casos) foram submetidas à análise do status quimérico pós-TCPH. Os locianalisados por biologia molecular foram CS1PO, TPOX, F13A1, FESFPS, HUMTH01, VWA, SE33, HUMARA, HUMD21S11 e Amelogenina. Precocidade da evidência laboratorial de quimerismo misto (QM), em relação ao aparecimento dos sintomas clínicos de recaída, foi observada em 9 dos 12 pacientes nas LA, ou seja, nesses casos, a primeira manifestação de QM foi detectada pelo exame laboratorial antes de qualquer evidência citológica ou clínica de recaída. em todos eles, houve uma mudança terapêutica relacionada com esse momento do aparecimento do QM. em 100% dos pacientes com QM na LMC, a detecção do quimerismo pelo exame laboratorial foi anterior a qualquer evidência citológica ou clínica de recaída. de uma maneira geral, o exame laboratorial da avaliação do status quimérico pós-TCPH alogênico pela análise dos locihipervariáveis do genoma, mostrou ser um exame sensível, com detecção de até 1% de QM e precoce, visto que, muitas vezes, foi a primeira manifestação de doença residual antes de qualquer evidência citológica ou clínica da mesma. A associação da existência de QM e a recaída clínica e/ou óbito fica mais evidente nos casos de LA do que nos casos de LMC e AAS.

Methylation status of the SOCS 1 and JUNB genes in chronic myeloid leukemia patients

Alteração no padrão de metilação gênica pode contribuir para a progressão da leucemia mielóide crônica (LMC). Neste estudo, o padrão de metilação no exon 2 do gene SOCS- 1 e região promotora de ambos SOCS- 1 e JUNB foram avaliadas em pacientes com LMC. O padrão de metilação desses genes foi analisado usando a técnicamethylation- specific polymerase chain reaction (MSP) em 30 amostras de pacientes com LMC, 30 amostras desses mesmos pacientes após transplante de medula óssea (TMO) e 30 amostras controle de indivíduos saudáveis. As amostras de pacientes com LMC apresentaram o seguinte padrão de metilação: gene JUNB (3.3%), região promotora do gene SOCS- 1 (6.6%) e exon2 do gene SOCS- 1 (46.6%). Amostras dos indivíduos saudáveis apresentaram metilação somente no exon 2 do gene SOCS- 1 (10%, P = 0.002). Após o transplante, os pacientes apresentaram alterações no padrão de metilação da região promotora do gene SOCS- 1 (6.6%), no exon2 do gene SOCS- 1 (46.6%) e na região promotora do gene JUNB (16.6%). Metilação das regiões promotoras dos genes SOCS- 1 e JUNB não é um evento frequente em LMC. em contraste, metilação no exon 2 do gene SOCS- 1 apresenta- se como um evento frequente, suscetível a alterações no padrão de metilação após TMO.

Comparative analyses of the complete genome sequences of Pierce's disease and citrus variegated chlorosis strains of Xylella fastidiosa

Xylella fastidiosa is a xylem-dwelling, insect-transmitted, gamma-proteobacterium that causes diseases in many plants, including grapevine, citrus, periwinkle, almond, oleander, and coffee. X. fastidiosa has an unusually broad host range, has an extensive geographical distribution throughout the American continent, and induces diverse disease phenotypes. Previous molecular analyses indicated three distinct groups of X.fastidiosa isolates that were expected to be genetically divergent. Here we report the genome sequence of X. fastidiosa (Temecula strain), isolated from a naturally infected grapevine with Pierce's disease (PD) in a wine-grape-growing region of California. Comparative analyses with a previously sequenced X.fastidiosa strain responsible for citrus variegated chlorosis (CVC) revealed that 98% of the PD X.fastidiosa Temecula genes are shared with the CVC X. fastidiosa strain 9a5c genes. Furthermore, the average amino acid identity of the open reading frames in the strains is 95.7%. Genomic differences are limited to phage-associated chromosomal rearrangements and deletions that also account for the strain-specific genes present in each genome. Genomic islands, one in each genome, were identified, and their presence in other X.fastidiosa strains was analyzed. We conclude that these two organisms have identical metabolic functions and are likely to use a common set of genes in plant colonization and pathogenesis, permitting convergence of functional genomic strategies.

seco-Irldoids from Calycophyllum spruceanum (Rubiaceae)

Three seco-iridoids 7-methoxydidcrrosidc, 6'-O-acetyldiderroside and 8-O-tigloyldiderroside, were isolated from the wood bark of Calycophyllum spruceanum together with the known iridoids loganetin, loganin and the seco-iridoids secoxyloganin, kingiside and diderroside. Their structures were elucidated by means of NMR and MS spectral data analysis. Using NOE correlations and coupling constants, the relative stereochernistry of the new derivatives was established. 7-Methoxydiderroside, 6'-O-acetyldiderroside and the known secoxyloganin and diderroside showed in vitro activity against trypomastigote forms of Trypanosonla Cruzi, with IC50 values of 59.0, 90.2, 74,2 and 84.9 mug/mL, respectively and were compared to the standard gentian violet (IC50 7.5 mug/ml). (C) 2003 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Perfil de textura em conserva de carne bovina (Corned Beef) submetida a diferentes tratamentos térmicos e sua relação com a concentração das proteínas dos tecidos muscular e conjuntivo colagenoso

Pós-graduação em Engenharia e Ciência de Alimentos - IBILCE

Desenvolvimento de ensaio quimiluminescente baseado na determinação de fosfatase alcalina para diagnóstico diferencial entre leucemia mielóide crônica e reações leucemóides

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

A pílula mágica e o (pré)conceito: a realidade e o impacto da leucemia mielóide crônica na vida do paciente

Pós-graduação em Saúde Coletiva - FMB

Geoestatística multivariada na delimitação de zonas de manejo na cultura de cana-de-açúcar

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Influência dos antígenos de histocompatibilidade na incidência de leucemia na região de Campinas, SP

Foi investigada a freqüência dos antígenos HLA-A, B, DR, DQ em 237 pacientes com vários tipos de leucemia, candidatos ao transplante de células tronco hematopoiéticas. O grupo controle foi constituído de 20.933 indivíduos saudáveis, tipados e cadastrados no Registro Brasileiro de Doadores Voluntários de Medula Óssea (REDOME), ou candidatos a doadores de órgãos, pertencentes ao mesmo grupo étnico e região geográfica que os pacientes. Para a determinação dos antígenos HLA foi definido o equivalente sorológico da genotipagem por Citometria de Fluxo PCR-SSO (Reação em cadeia da Polimerase – Oligonucleotídeo Seqüência Específica) com baixa resolução (One Lambda, Canoga Park, CA, US). Foram encontradas associações de suscetibilidade para os antígenos HLA-B70, HLA-B71, HLADR9 e HLA-DR10 associados a LMC (Leucemia Mielóide Crônica); HLA-A32 e HLA-B12 associados a LLC (Leucemia Linfóide Crônica); HLA-A19 e HLA-DR10 associados a LLA (Leucemia Linfóide Aguda). Associações de proteção foram encontradas para HLA-A19 associado a LMA (Leucemia Mielóide Aguda) e LMC; HLA-B44 e HLA-DR6 associados a LMC; HLA-DQ6 associado a LLC.

Simulação sequencial na interpolação dos dados de entrada ou saída do modelo de lixiviação do software Araquá

Pós-graduação em Agronomia (Irrigação e Drenagem) - FCA

Potenciais microRNAs circulantes como biomarcadores de Leucemia Mieloide Crônica - Fase Crônica: recém diagnosticada e tratada com mesilato de imatinibe

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)