108 resultados para Variação no número de cópias de DNA
Resumo:
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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Pós-graduação em Química - IQ
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
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Pós-graduação em Ciências Biológicas (Genética) - IBB
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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
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Os peixes se apresentam como um dos grupos com maior biodiversidade e com ampla distribuição pela superfície do planeta. O conhecimento desse grupo se faz necessário por sua importância ecológica e evolutiva e por ser uma das mais importantes fontes de proteína da alimentação humana. Numa tentativa de estabelecer um melhor conhecimento acerca das relações entre os representantes da subfamília Neoplecostominae o presente trabalho analisou o maior número possível de representantes deste grupo através de dois genes mitocondriais. Numa primeira parte, um estudo populacional englobando apenas o gênero Neoplecostomus (anteriormente o único da subfamília Neoplecostominae), permitiu verificar a existência de uma alta divergência genética entre alguns indivíduos de localidades isoladas. Com esse índice pôde-se estimar a possibilidade de ocorrência de novas espécies para este gênero na bacia do alto Paraná. Na segunda parte do trabalho a relação entre os representantes da subfamília Neoplecostominae foi determinada através de segmentos de dois genes mitocondriais o gene COI e o gene 16S. Os resultados permitiram a elaboração de filogenias robustas para o grupo sugerindo uma condição de parafilia para o mesmo. Assim estudos adicionais devem ser realizados para caracterização das possíveis espécies novas encontradas e confirmação das relações entre elas, principalmente sua relação com a subfamília Hypoptopomatinae que também se apresentou como parafilética.
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Tuberculose (TB), causada por Mycobacterium tuberculosis, é uma das doenças infecciosas que mais causam mortes. Estima-se que mais de dois bilhões de pessoas estejam infectadas no mundo. O tratamento da TB consite em associação de fármacos, isoniazida, rifampicina, pirazinamida e etambutol, nos primeiros 2 meses e 4 meses de isoniazida e de rifampicina. Internacionalmente, são consideradas cepas multi resistentes (MDR), as que apresentam resistência simultânea a isoniazida e a rifampicina. A rápida detecção de resistência é essencial para o controle e tratamento da TB, reduzindo, assim, o custo do tratamento e a transmissão da doença. Neste projeto, os isolados já identificados fenotipicamente como resistentes a isoniazida e/ou rifampicina, foram submetidos ao sequenciamento de Sanger para pesquisa de 3 genes relacionados a resistência a isoniazida (katG, inhA e ahpC) e 1 gene de resistência a rifampicina (rpoB). Foi realizada uma comparação destes genes mutados para a resistência utilizando o novo teste desenvolvido pela Biomérieux, denominado GenoType® MTBDRplus, que se baseia na tecnologia DNA-STRIP. Através deste novo teste, foi observada mutação em 22 isolados clínicos de M. tuberculosis para genes de resistência a isoniazida e/ou rifampicina, sendo 4 provenientes do MS e 18 de SP. Já pelo sequenciamento genético foi observada mutação em 24 isolados para genes de resistência a isoniazida e/ou rifampicina, sendo 6 provenientes do MS e 18 de SP. Portanto, através do sequenciamento de Sanger, foi possível detectar um número maior de isolados mutados e mais mutações quando comparado ao teste GenoType® MTBDRplus. Isso acontece porque na técnica de sequenciamento, um fragmento do gene como um todo é analisado e no caso do teste GenoType® MTBDRplus, é verificada apenas a ausência ou presença das mutações mais frequentes descritas na literatura, além de não ser analisado o gene ahpC. A grande ...
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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Pós-graduação em Ciências Biológicas (Zoologia) - IBB
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
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Introduction: Several reasons may lead to the failure of polymerase chain reaction (PCR) using DNA purified from paraffin-embedded materials: presence of inhibitors and degradation of target DNA. DNA dilution will often reduce the concentration of potential inhibitors and still contain enough DNA to allow PCR amplification. Objective: To evaluate the dilution influence of DNA purified from paraffin-embedded materials on β-globin PCR amplification. Material and Method: Paraffin-embedded blocks from 30 patients with oropharynx squamous cell carcinomas, diagnosed and treated at the Oral Oncology Center were selected. DNA extraction was performed using QIAmp minikit (Quiagen). DNA was quantified and evaluated for purity by spectrophotometer analysis. Two groups were formed with different amounts of DNA: group I had the originally extracted DNA and group II had the same DNA, however diluted with ultrapure water addition. PCR was performed in both groups using oligonucleotides for human β-globin gene. Results: For Group I, amplification of the β-globin gene sequence was successful in 33.33% of the samples and for Group II, in 23.33%. Conclusion: Dilution of the DNA extracted of paraffin-embedded materials did not modify statistically the amount of positive samples β-globin gene amplified in PCR, although the results suggest that this is a way to increase the method for efficacy amplification of PCR.
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)