Genetic variation and phylogenetic relationships based on RAPD analysis in section Caulorrhizae, genus Arachis (Leguminosae)

Wild Arachis germplasm includes potential forage species, such as the rhizomatous Arachis glabrata and the stoloniferous A. pinto and A. repens. Commercial cultivars of A. pintoi have already been released in Australia and in several Latin American countries, and most of these cultivars were derived from a single accession of A. pintoi (GK 12787). Arachis repens is less productive as a forage plant than is A. pintoi. However, it can be crossed with A. pintoi, and thus has good potential as germplasm for the improvement of A. pintoi. Arachis repens is also used as an ornamental plant and ground cover. Many new accessions of these two stoloniferous species are now available, and they harbor significant genetic variability beyond that available in the few older accessions, previously available. Therefore, these new accessions need to be conserved, documented and considered in terms of their potential for crop improvement and direct commercial use. Sixty-four accessions of this new germplasm were analyzed using RAPD analysis. Most of the accessions of A. repens grouped together into a clearly distinct group. In general, the accessions from the distinct valleys of the Jequitinhonha, Sao Francisco and Parana rivers did not group together, suggesting there is not a tight relation between dispersion by rivers and the geographic distribution of genetic variation in these species.

Genetic polymorphism, molecular characterization and relatedness of Macrobrachium species (Palaemonidae) based on RAPD-PCR.

The prawn genus Macrobrachium belongs to the family Palaemonidae. Its species are widely distributed in lakes, reservoirs, floodplains, and rivers in tropical and subtropical regions of South America. Globally, the genus Macrobrachium includes nearly 210 known species, many of which have economic and ecological importance. We analyzed three species of this genus (M. jelskii, M. amazonicum and M. brasiliense) using RAPD-PCR to assess their genetic variability, genetic structure and the phylogenetic relationship between them and to look for molecular markers that enable separation of M. jelskii and M. amazonicum, which are closely related syntopic species. Ten different random decamer primers were used for DNA amplification, yielding 182 fragments. Three of these fragments were monomorphic and exclusive to M. amazonicum or M. jelskii and can be used as specific molecular markers to identify and separate these two species. Similarity indices and a phylogenetic tree showed that M. amazonicum and M. jelskii are closest to each other, while M. brasiliense was the most differentiated species among them; this may be attributed to the different habitat conditions to which these species have been submitted. This information will be useful for further studies on these important crustacean species.

Genetic variability among Commelina weed species from the states of Paraná and São Paulo, Brazil

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Variabilidade genética e sensibilidade de acessos de Pistia stratiotes ao herbicida glyphosate

A alface-d'água (Pistia stratiotes) é uma das principais entre as macrófitas aquáticas que causam problemas em corpos hídricos no Brasil e são consideradas como plantas daninhas. O presente trabalho foi realizado com os objetivos de conhecer melhor a variabilidade genética dessa macrófita e relacionar essa variabilidade com a resposta à aplicação do herbicida glyphosate. Para isso, foram coletados indivíduos em 12 corpos hídricos em diferentes cidades do território nacional (Americana, Cambaratiba, Curitiba, Itapura, Jaboticabal, Lagoa Santa, Piraí, Rio Grande, Rubinéia, Salto Grande, Santa Gertrudes e Três Lagoas). Os acessos foram caracterizados pelo uso de marcadores RAPD (DNA Polimórfico Amplificado ao Acaso), que permitiram, com o auxílio de iniciadores aleatórios, a caracterização dos locos polimórficos identificados por uma matriz de ausência e presença de bandas. Utilizando essa matriz, a análise de agrupamento permitiu nítida classificação dos acessos em três grupos com diferenças genéticas entre eles. Um ensaio de controle químico, com plantas mantidas em vasos plásticos (5 L) e pulverizadas com o herbicida glyphosate nas concentrações de 0,0, 0,6, 1,2, 1,8 e 2,4 kg ha-1, identificou, utilizando avaliações aos 7, 14 e 21 dias após aplicação, que as duas maiores doses promoveram melhor efeito herbicida. Foi verificado também que os acessos de Curitiba e Cambaratiba apresentaram menor suscetibilidade ao herbicida glyphosate. Não houve correspondência entre a estrutura de grupos dos acessos pela análise multivariada de agrupamento com a técnica RAPD e a suscetibilidade da alface-d'água ao glyphosate.

Análise cromossômica e molecular do javali europeu Sus scrofa scrofa e do suíno doméstico Sus scrofa domesticus

A presente investigação teve como objetivos: analisar animais presentes em diferentes criações de javalis no estado de São Paulo, com o intuito de auxiliar a identificação de javalis puros assim como javalis híbridos provenientes do cruzamento com o suíno doméstico, para tanto foram utilizadas avaliação do fenótipo dos animais, análises citogenéticas e da técnica molecular de RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA).O estudo do número de cromossomos nas células diplóides em 104 animais destinados a análise citogenética e fenotípica, revelou polimorfismo de 2n=36, 37 e 38 cromossomos. Por meio da técnica de bandamento GTG foi possível identificação da translocação Robertsoniana entre os cromossomos 15 e 17 como responsável por esse polimorfismo. Todavia, somente com a análise citogenética isolada, não foi possível determinar se a origem desse polimorfismo é decorrente das hibridações com o suíno doméstico ou se são características inerentes ao javali. Contudo, quando associado a análise citogenética com as características fenotípicas, foi possível identificar a existência de hibridações. A análise citogenética nos animais submetidos a técnica de RAPD, revelou 2n=36 cromossomos nos 16 javalis assim como 2n=38 cromossomos nos 11 suínos e, por meio dessa técnica, foram possíveis agrupamentos, separando o suíno doméstico, javali e um possível híbrido revelando-se uma técnica com potencial no auxílio da identificação de híbridos.

Genetic markers between Biomphalaria glabrata snails susceptible and resistant to Schistosoma mansoni infection

The analysis of the genetic variability related to susceptibility to Schistosoma mansoni infection in the vector of the genus Biomphalaria is important in terms of a better understanding of the epidemiology of schistosomiasis itself, the possible pathological implications of this interaction in vertebrate hosts, and the formulation of new strategies and approaches for disease control. In the present study, the genetic variability of B. glabrata strains found to be resistant or susceptible to S. mansoni infection was investigated using DNA amplification by random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction (RAPD-PCR). The amplification products were analyzed on 8% polyacrylamide gel and stained with silver. We selected 10 primers, since they have previously been useful to detect polymorphism among B. glabrata and/or B. tenagophila. The results showed polymorphisms with 5 primers. Polymorphic bands observed only in the susceptible strain. The RAPD-PCR methodology represents an adequate approach for the analysis of genetic polymorphisms. The understanding of the genetic polymorphisms associated to resistance may contribute to the future identification of genomic sequences related to the resistance/susceptibility of Biomphalaria to the larval forms of S. mansoni and to the development of new strategies for the control of schistosomiasis.

Incompatibilidade somática em Rhizoctonia solani AG-1 IA da soja

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

RAPD genomic fingerprinting differentiates Thiobacillus ferrooxidans strains

The PCR-based technique, involving the random amplification of polymorphic DNA (RAPD), was optimized and used for assessing genomic variability among eight Thiobacillus ferrooxidans strains. RAPD fingerprints presented variation for the thirty primers used, giving a total of 269 polymorphic bands. Similarity coefficients between the strains were calculated, and UPGMA cluster analysis was used to generate a dendrogram showing relationships among them. Most primers divided T. ferrooxidans strains in two distinct groups - Group 1: S, SSP, V3, AMF and Group 2: CMV, FG-460, I-35, LR. We observed that the T. ferrooxidans strains used in this work have a high degree of genomic diversity and that RAPD is a powerful method to differentiate them.

Diversity of cry genes and genetic characterization of Bacillus thuringiensis isolated from Brazil

Two hundred and eighteen Bacillus thuringiensis isolates from Brazil were characterized by the presence of crystal protein genes by PCR with primers specific to different cry and cyt genes. Among these isolates, 95 were selected according to their geographic origin for genetic characterization with the 16S rRNA gene, RAPD, and plasmid profile. Isolates containing cryl genes were the most abundant (48%) followed by the cry11 and cyt (7%) and cry8 genes (2%). Finally, 40.3% of the isolates did not produce any PCR product. The plasmid profile and RAPD analysis showed a remarkable diversity among the isolates of B. thuringiensis not observed in the 16S rRNA gene. These results suggest that the genetic diversity of B. thuringiensis species results from the influence of different ecological factors and spatial separation between strains generated by the conquest of different habitats.

Caracterização genotípica microrganismos isolados de infecções da corrente sanguína relacionadas a cateteres em recém-nascidos

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Caracterização de uma região genômica relacionada a uma anomalia de viveiro em Eucalyptus

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estudo de staphylococcus aureus resistentes à meticilina (MRSA) por técnicas genotípicas e fenotípicas

Pós-graduação em Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia - FCFAR

Caracterização de uma região relacionada à característica Lignotúber em eucalipto

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Desenvolvimento de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) para estudos populacionais do mosquito Aedes aegypti no Brasil

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Biotecnologia para conservação ex-situ de plantas medicinais do Cerrado

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)