Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parentage verification across multiple Bos taurus and Bos indicus breeds

To assist cattle producers transition from microsatellite (MS) to single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping for parental verification we previously devised an effective and inexpensive method to impute MS alleles from SNP haplotypes. While the reported method was verified with only a limited data set (N = 479) from Brown Swiss, Guernsey, Holstein, and Jersey cattle, some of the MS-SNP haplotype associations were concordant across these phylogenetically diverse breeds. This implied that some haplotypes predate modern breed formation and remain in strong linkage disequilibrium. To expand the utility of MS allele imputation across breeds, MS and SNP data from more than 8000 animals representing 39 breeds (Bos taurus and B. indicus) were used to predict 9410 SNP haplotypes, incorporating an average of 73 SNPs per haplotype, for which alleles from 12 MS markers could be accurately be imputed. Approximately 25% of the MS-SNP haplotypes were present in multiple breeds (N = 2 to 36 breeds). These shared haplotypes allowed for MS imputation in breeds that were not represented in the reference population with only a small increase in Mendelian inheritance inconsistancies. Our reported reference haplotypes can be used for any cattle breed and the reported methods can be applied to any species to aid the transition from MS to SNP genetic markers. While ~91% of the animals with imputed alleles for 12 MS markers had ≤1 Mendelian inheritance conflicts with their parents' reported MS genotypes, this figure was 96% for our reference animals, indicating potential errors in the reported MS genotypes. The workflow we suggest autocorrects for genotyping errors and rare haplotypes, by MS genotyping animals whose imputed MS alleles fail parentage verification, and then incorporating those animals into the reference dataset.

Desempenho e eficiência biológica de bubalinos de três grupos genéticos terminados em confinamento e abatidos em diferentes estádios de maturidade

Neste trabalho objetivou-se estudar o desempenho e a eficiência biológica de 48 bubalinos (16 Murrah - MUR, 16 Jafarabadi - JAF e 16 Mediterrâneo - MED) com média de 18 meses de idade e de peso vivo inicial de 330 kg terminados em confinamento. Quatro animais de cada grupo genético foram designados por sorteio para o abate inicial e serviram de referência para o estudo dos pesos iniciais de corpo vazio e de carcaça. Os 12 animais restantes de cada grupo genético foram divididos aleatoriamente em três subgrupos de quatro animais e submetidos aos seguintes tratamentos: Maturidade 1 (400 kg PV ao abate); Maturidade 2 (450 kg PV ao abate); Maturidade 3 (500 kg PV ao abate). Foi fornecida uma ração única, ad libitum, para todos os animais, composta por 50% de feno de coastcross na MS e 50% de concentrado à base de fubá de milho, uréia e farelo de soja, devidamente suplementado com minerais. Após os abates pré-fixados, determinou-se o peso corporal vazio (PCVZ) dos animais, por meio do somatório das partes integrantes do corpo. Os consumos médios diários de MS e MO não diferiram entre grupos genéticos, embora animais JAF tenham apresentado os maiores valores numéricos. Animais MUR, JAF e MED não diferiram quanto aos ganhos de peso corporal vazio e de carcaça. Não houve diferenças quanto à eficiência biológica (ganho de peso corporal vazio e ganho de carcaça por unidade de energia metabolizável ingerida) entre os grupos genéticos, embora animais Murrah tenham apresentado os maiores valores. Bubalinos abatidos aos 400 e 450 kg apresentaram melhor eficiência de ganho de peso corporal vazio e ganho de carcaça que os abatidos aos 500 kg.

Checklist das Cryptophyceae do estado de São Paulo, Brasil

Usando como base de informações a monografia sobre o grupo publicada pelo projeto Flora Ficológica do Estado de São Paulo (Programa BIOTA), o acervo depositado no Herbário Científico do Estado de São Paulo Maria Eneyda P. Kauffmann Fidalgo (SP), a Lista de Espécies da Flora do Brasil e artigos científicos, dissertações e teses (com descrições e ilustrações) temos: nove gêneros e 39 espécies de criptoficeas, sendo 16 espécies exclusivas para o Estado de São Paulo, todas registradas em ambientes de água doce. A carência de especialistas no Estado de São Paulo e no Brasil, além de problemas de estratégia amostral, necessidade de uso da microscopia eletrônica e ausência de estudos de biologia molecular, são fatores que devem ter subestimado o conhecimento taxonômico de Cryptophyceae no Estado.

Reproductive migration and population dynamics of the blue crab Callinectes danae in an estuary in southeastern Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Clinical evaluation of enalapril maleate and furosemide usage in dogs with degenerative myxomatous mitral valve, CHF functional class Ib

A doença degenerativa mixomatosa da válvula mitral (DDMVM) é uma cardiopatia de alta incidência na clínica médica de pequenos animais, acometendo mormente cães idosos e raças de pequeno porte. Desta forma, foi realizada uma investigação científica objetivando avaliar clinicamente a utilização dos fármacos maleato de enalapril e furosemida em cães com a referida enfermidade na classe funcional Ib da ICC, antes e após a terapêutica implantada. Para isso, utilizaram-se 16 cães portadores da valvulopatia supracitada, distribuídos em dois grupos; com o primeiro recebendo furosemida (n=8) e o segundo maleato de enalapril (n=8), durante 56 dias. Os cães foram avaliados em quatro momentos (T0, T14, T28 e T56 dias) quanto aos sinais clínicos e parâmetros hematológicos e bioquímico-séricos, que incluíram concentrações séricas da enzima conversora da angiotensina (ECA) e aldosterona, como também avaliações radiográficas, eletrocardiográficas, ecodopplercardiográficas e da pressão arterial. Os resultados quanto aos parâmetros clínicos, avaliações hematológicas e bioquímicas séricas não revelaram alterações significativas em ambos os grupos, mas reduções significativas nos valores de ECA e aldosterona no grupo que recebeu o maleato de enalapril foram identificadas. Ao exame radiográfico observou-se reduções nos valores de VHS e na variável onda Pms do eletrocardiograma em ambos os grupos, mas sem alterações nos valores da pressão arterial. Por sua vez, o ecodopplercardiograma evidenciou diminuição significativa das variáveis DIVEd/s nos grupos estudados e na FEC% nos cães que receberam somente enalapril. Portanto, a análise dos resultados encontrados indicou que a monoterapia fundamentada no maleato de enalapril apresentou melhor eficiência no controle do quadro clínico em pacientes da classe funcional Ib da ICC.

Perdas endógenas e coeficientes de absorção aparente e real do magnésio em caprinos

Os objetivos deste trabalho foram determinar a absorção aparente, estimar as perdas endógenas fecais e a absorção real do Mg e determinar a ingestão ad libitum da água de beber e a concentração de Mg no soro sangüíneo de caprinos da raças Anglonubiana (AN) e Saanen (SN). Foram usados doze caprinos, seis de cada raça, com 19,8 kg PV médio. Dietas semipurificadas (baixo teor de Mg) à base de quirera de arroz, glúten de milho e celulose foram suplementadas com MgO, para se obterem os níveis de 0,05 (sem supplementação) 0,20 e 0,35% Mg (%MS). Os níveis de Mg influenciaram os coeficientes de absorção aparente de Mg e Ca, com valores médios de 57,8; 73,9; e 73,2% para Mg e 55,7; 39,6; e 49,5% para Ca, para dietas com níveis 0,05; 0,20; e 0,35% de Mg, respectivamente. Entretanto, para os coeficientes de absorção aparente de P, Na e K, não houve efeito de níveis de Mg na dieta. Os resultados de absorção real de Mg apresentaram interação de níveis de Mg e raças. A média para raça NA, no nível 0,05% Mg, foi de 61,0% e para os níveis 0,20 e 0,35% Mg, 77,2 e 73,2%, respectivamente. Entretanto, para a raça SN, as médias foram 73,3; 75,5; e 76,0%, para os mesmos níveis, sem diferenças. A digestibilidade de matéria seca, proteína bruta e extrato não-nitrogenado diminuiu com os níveis crescentes de Mg nas dietas. As excreções fecais (7,0; 20,8; e 34,4 mg/kg PV0,75.d) e urinárias (3,9; 30,8; e 44,6 mg/kg PV0,75.d) de Mg elevaram-se com o aumento dos níveis crescentes de Mg nas dietas. Houve, também, influência dos níveis de Mg dietético sobre as concentrações de Mg do soro sangüíneo (1,74; 2,23; e 2,80 mg/dL para níveis de 0,05; 0,20; e 0,35% de Mg, respectivamente).

Ultra-som pulsado de baixa intensidade em fraturas diafisárias: aplicação clínica em cães

Os efeitos da estimulação ultra-sônica sobre a consolidação óssea têm sido demonstrados por trabalhos experimentais e clínicos. Este estudo teve por objetivo investigar a aplicação clínica do ultra-som pulsado de baixa intensidade como tratamento adjuvante de fraturas diafisárias em cães. Foram utilizados 16 cães de raças variadas, com faixa etária entre sete meses e seis anos, peso corpóreo entre 2,5 e 43kg, portadores de fraturas diafisárias fechadas recentes localizadas no rádio e ulna, fêmur ou tíbia e fíbula, estabilizadas por procedimentos de osteossíntese (fixação esquelética externa, pinos intramedulares ou a associação desses métodos). Os cães foram divididos em dois grupos: fraturas estabilizadas tratadas por ultra-som de baixa intensidade (grupo tratado, n=8); fraturas estabilizadas, não tratadas por estimulação ultra-sônica, (grupo controle, n=8). Os animais foram avaliados por exames clínicos e radiográficos nos períodos pré-operatório, pós-operatório imediato e a cada 30 dias posteriores aos procedimentos cirúrgicos. Realizou-se tratamento com ultra-som pulsado (sinal senoidal com freqüência de 1,5MHz, largura de pulso de 200µs e freqüência de repetição de 1kHz) de baixa intensidade (30mW cm-2), aplicado de modo estacionário no foco de fratura. A terapia ultra-sônica foi realizada 20 minutos por dia, durante 21 dias consecutivos, a partir do período compreendido entre o 1° e o 9° dia pós-operatório. O teste t de Student, empregado na análise estatística, mostrou diferença significante (P<0,001 e alfa=0,05) entre as médias dos parâmetros de tempo para consolidação óssea observadas nos animais dos grupos tratado (média de 67,5 dias) e controle (média de 106 dias). Este protocolo de estimulação ultra-sônica promoveu sinais clínicos e radiográficos acelerados da consolidação óssea nas fraturas tratadas. Os resultados deste estudo sugerem que o ultra-som pulsado de baixa intensidade pode ser indicado como terapia adjuvante de fraturas diafisárias recentes em cães.

Uso de morfina, xilazina e meloxicam para o controle da dor pós-operatória em cadelas submetidas à ovariossalpingo-histerectomia

Foram realizados estudos empregando-se analgésicos por via epidural e subcutânea em cadelas de diferentes raças e idades, submetidas à castração mediante celiotomia. Vinte animais foram tranquilizados e anestesiados com tiletamina-zolazepam, e aleatoriamente distribuídos em quatro grupos (n=5), de acordo com o fármaco e a via de administração. Os do grupo morfina (GM) foram submetidos à anestesia epidural no espaço lombossacro, com morfina (0,1mg/kg) associada ao cloreto de sódio a 0,9%. Aos do grupo xilazina (GX), foram administrados xilazina (0,2mg/kg) e cloreto de sódio a 0,9%. Os do grupo meloxicam (GME) receberam 0,2mg/kg do anti-inflamatório meloxicam associado ao cloreto de sódio a 0,9%, injetado pela via subcutânea. Os do grupo-controle (CG) receberam apenas cloreto de sódio a 0,9%. O volume final para as injeções epidurais foi padronizado para 0,3mL/kg. A mensuração inicial da concentração de cortisol plasmático, do ritmo cardíaco, da frequência respiratória e os parâmetros comportamentais foram registrados imediatamente antes do procedimento cirúrgico (M1). Registros adicionais foram apresentados às 2, 6, 12 e 24 horas após o procedimento cirúrgico (M2, M3, M4 e M5, respectivamente). As variáveis comportamentais foram avaliadas por meio de sinais clínicos e seus respectivos escores. em GX foram observadas depressão respiratória, bradicardia e concentração de cortisol mais alta do que o registrado no GM. A analgesia obtida pelo meloxicam foi considerada ineficiente. É possível concluir que a morfina, via epidural, promoveu menor incidência de efeitos colaterais e melhor analgesia e bem-estar animal.

Aspectos clínico e cirúrgicos do tumor mamário canino: clinical and surgical evolution

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Técnica para avaliação da pressão arterial pulmonar de equinos durante o exercício progressivo em esteira rolante

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Participação da excreção renal de cálcio, fósforo, sódio e potássio na homeostase em cães sadios e cães com doença renal crônica

Na doença renal crônica (DRC) a manutenção da homeostase de água e sódio é o primeiro problema a ser contornado pelo organismo e com o agravamento das lesões renais surgem outros problemas graves relacionados à homeostase de cálcio e fósforo. O presente estudo tem por escopo avaliar a excreção renal de cálcio, fósforo, sódio e potássio, e o perfil sérico destes eletrólitos em cães normais e em cães com DRC naturalmente adquirida. Foram avaliados três grupos de cães adultos, machos ou fêmeas, de raças variadas. Animais normais compuseram o grupo controle (G1) e os cães com DRC foram distribuídos em dois grupos de acordo com os estágios de comprometimento da função renal (G2 e G3, respectivamente, estágios 1-2 e estágios 3-4, descritos pela IRIS 2006 staging CKD). Os cães do G3 apresentaram aumento das concentrações séricas de cálcio ionizado e fósforo, além de diminuição da concentração sérica de sódio. Quanto à excreção renal dos eletrólitos analisados, os animais dos grupos G1 e G2 apresentaram diminuição de carga filtrada e aumento de excreção fracionada, mas as excreções urinárias não variaram significativamente. Os resultados são indicativos de que os rins de cães com DRC podem manter a excreção urinária dos eletrólitos em valores se melhantes aos dos normais. O mecanismo envolve aumento da excreção fracionada na medida em que haja diminuição da filtração glomerular. Esse processo de compensação, entretanto, pode perder a eficiência nos estágios mais avançados da enfermidade no que se refere à manutenção das concentrações séricas de fósforo e sódio.

Prevalence of DEA 1 canine blood group system in dogs (Canis familiaris, Linnaeus, 1758) reared in Brazil

Os cães possuem cinco grupos sangüíneos bem estabelecidos, compostos por sete determinantes antigênicos eritrocitários, os quais são denominados de dog erythrocyte antigen (DEA). O grupo DEA 1 (subgrupos 1.1, 1.2 e 1.3) tem sido considerado o mais importante no que se refere às transfusões de sangue. Isto ocorre porque esse grupo possui um alto potencial para estimulação antigênica e, dessa forma, pode estimular a produção de anticorpos se um receptor DEA 1 negativo receber uma transfusão de sangue DEA 1 positivo, levando a uma reação transfusional hemolítica em uma segunda transfusão com hemácias do tipo DEA 1. A freqüência de aparecimento do grupo DEA 1 é bem conhecida em outros países, porém, até então, não havia informações disponíveis sobre o referido grupo no Brasil. No presente estudo, objetivou-se avaliar a prevalência do grupo sangüíneo DEA 1 (subgrupos 1.1 e 1.2) em cães criados no Brasil. Para tanto, 150 cães de raças, sexos e idades diferentes, triados junto ao Hospital Veterinário da FCAV/UNESP, Campus de Jaboticabal, foram submetidos a tipagem sangüínea para o grupo DEA 1 (subgrupos 1.1 e 1.2) canino, utilizando-se reagentes adquiridos comercialmente junto ao Laboratório de Imunoematologia e Sorologia da Universidade de Michigan (EUA). Os resultados obtidos neste ensaio revelaram que a prevalência geral para o grupo DEA 1 é de 91,3%, consideradas as condições e características da população estudada, compreendendo 51,3% de cães do tipo DEA 1.1, 40% de cães do tipo DEA 1.2, e os 8,7% restantes sendo negativos para o referido grupo. A partir das prevalências encontradas, calculou-se que a probabilidade de um cão DEA 1 negativo receber sangue DEA 1.1, em uma primeira transfusão feita ao acaso, é de aproximadamente 4,5%. Sendo assim, este índice reflete um risco potencial para a sensibilização de um receptor DEA 1 negativo, o que deflagraria a produção de anticorpos. Posteriormente, se este mesmo paciente recebesse uma segunda transfusão de sangue, feita ao acaso, a probabilidade de receber hemácias do tipo DEA 1.1 seria de aproximadamente 2,3%, o que representaria o risco potencial de ocorrência de uma reação transfusional hemolítica aguda. Por outro lado, a probabilidade de este cão receber sangue do tipo DEA 1.2 seria cerca de 1,8%, o que levaria a uma reação transfusional menos grave, porém potencialmente prejudicial. No presente estudo, observou-se que o risco potencial para uma reação transfusional é mínimo, quando se trata de um cão mestiço.

Efeitos ambientais e genéticos sobre peso, perímetro escrotal e escores de avaliação visual à desmama em bovinos da raça Canchim

Os efeitos de ano e época de nascimento, propriedade, sexo do bezerro, regime alimentar, idade do bezerro e idade da vaca ao parto, os efeitos aditivos direto e materno da raça Charolesa e o efeito de heterose materna entre as raças Charolesa e zebu foram avaliados pelo método dos quadrados míninos sobre características de importância econômica, como peso, perímetro escrotal e escores visuais de conformação frigorífica, de umbigo e de pelame à desmama em bovinos da raça Canchim. Utilizaram-se dados de 12.334 animais Canchim nascidos de 1999 a 2005. O ano e a época de nascimento, a propriedade, o regime alimentar e a idade da vaca ao parto (linear e quadrático) tiveram efeitos significativos sobre todas as características estudadas. Houve efeitos do sexo sobre o peso do bezerro à desmama e o escore de umbigo; da idade do bezerro sobre peso, perímetro escrotal e escores de conformação frigorífica e de pelame; e das proporções de Charolês no bezerro e na mãe sobre o peso, a conformação frigorífica e a qualidade de pelagem; e da heterozigose materna sobre peso, perímetro escrotal e escores de conformação frigorífica e de umbigo. Os efeitos aditivos diretos da raça Charolesa como desvio do zebu foram negativos sobre peso, conformação frigorífica e qualidade da pelagem à demama, enquanto os efeitos aditivos maternos foram positivos. Os efeitos heteróticos maternos foram positivos sobre peso, perímetro escrotal e escores de conformação frigorífica e de umbigo. em geral, essas fontes de variação devem ser consideradas nas estimativas de parâmetros genéticos e nas avaliações genéticas dos animais Canchim para as características estudadas.

Is the American Zebu really Bos indicus?

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Chromatin and morphometry alterations of bovine sperm head after Percoll (TM) density gradient centrifugation

The aim of this work was to assess the morphometry and chromatin integrity of bovine sperm head after a three layers discontinuous Percoll (TM) density gradient centrifugation. Frozen semen doses were obtained from six bulls of different breeds, including three taurine and three Zebu animals. Three ejaculates per bull were evaluated. The semen doses were thawed and two smears were made from each sample before (control) and after the Percoll (TM) centrifugation (Percoll (TM) group). The smears were stained with toluidine blue and grayscale digital images were captured and processed in Scilab environment software. It was observed that chromatin heterogeneity was reduced (P<0.05) and chromatin decondensation was increased (P<0.05) after the Percollm treatment utilized. In addition, it was observed that sperm head length was higher (P<0.05) and the side symmetry was lower (P<0.05) in centrifuged sperm cells. When analyzed separately by subspecies, it was observed that the decrease (P<0.05) in chromatin heterogeneity and the increase (P<0.05) in chromatin decondensation occurred in Zebu sperm heads. In addition, the length and the width:length ratio of sperm heads was affected by Percoll (TM) centrifugation in Zebu semen. In conclusion, the three layers discontinuous Percoll (TM) centrifugation increased the chromatin decondensation and the morphometric alterations of frozen-thawed bovine semen. However, the real implication of these findings in fertility rates of centrifuged sperm must be investigated. (C) 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.