Short interspersed repetitive elements (SINEs) from the cichlid fish, Oreochromis niloticus, and their chromosomal localization by fluorescent in situ hybridization

In the present study, we describe the cloning and characterization of a new SINE-like element from O. niloticus (ROn-2) and show the distribution of this SINE and a previously isolated SINE, ROn-1, in the chromosomes of O. niloticus. The ROn-2 element is 359 base pairs (bp) in length, contains short direct terminal repeats, a tRNA-related region similar to tRNA Val and tRNA Arg, a tRNA-unrelated region, and a poly-A tail. Analysis of the chromosomal distribution of ROn-1 and ROn-2 by fluorescent in situ hybridization showed that both SINE sequences are present in all chromosomes of tilapia, and organized in small clusters. The only exception was a large cluster of ROn-1 repeats found in the middle of the long arm of chromosome 1. In view of our data we discuss the hypothesis that the absence of large clusters of SINE sequences and the structural composition of these sequences may explain the absence of base-specific fluorochrome bands in the chromosomes of tilapia.

Ductal carcinoma in situ in core needle biopsies and its association with extensive in situ component in the surgical specimen

Background: We evaluated the presence of ductal carcinoma in situ (DCIS) in core needle biopsies (CNB) from invasive ductal lesions. Methods: Retrospective study, which analyzed 90 cases of invasive ductal carcinoma lesions. The percentage of DCIS was quantified in each specimens obtained from CNB, which were compared to the surgical specimens. CNB and surgical specimens were evaluated by the same pathologist, and the percentage of DCIS in CNB was evaluated (percentage) and divided into categories. We considered the following parameters regarding the amount of DCIS: 1 = 0; 2 = 1 for 5%; 3 = 6 for 24%; 4 = 25 for 50%; 5 = 51 for 75% and 6 = 76 for 99%. The number of fragments and the histological pattern of DCIS was found. Results: We found the following results regarding the distribution of the percentage of DCIS in the CNB: 1 = 63.3%; 2 = 12.2%; 3 = 12.2%; 4 = 5.6%; 5 = 1.1% and 6 = 5.6%. The logistic regression analysis showed that CNB percentages above 45% reflected the presence of DCIS in the surgical specimen in 100% of the cases (p<0.001), with a specificity of 100%, accuracy of 83.3% and false positive rate of 0% (p <0.001). Conclusion: There is direct relationship between extensive intraductal component in the surgical specimen when the core biopsy shows 45% or more of the DCI or microinvasive in the material examined. © 2012 Barbalaco Neto et al.

Life mode of in situ Conularia in a Middle Devonian epibole

Exceptionally abundant specimens of Conularia aff. desiderata Hall occur in multiple marine obrution deposits, in a single sixth-order parasequence composed of argillaceous and silty very fine sandstone, in the Otsego Member of the Mount Marion Formation (Middle Devonian, Givetian) in eastern New York State, USA. Associated fossils consist mostly of rhynchonelliform brachiopods but also include bivalve molluscs, orthoconic nautiloids, linguliform brachiopods and gastropods. Many of the brachiopods, bivalve molluscs and conulariids have been buried in situ. Conulariids buried in situ are oriented with their aperture facing obliquely upward and with their long axis inclined at up to 87degree to bedding. Most specimens are solitary, but some occur in V-like pairs or in radial clusters consisting of three specimens, with the component specimens being about equally long or (less frequently) substantially different in length. The compacted apical end of Conularia buried in situ generally rests upon argillaceous sandstone. With one possible exception, none of the examined specimens terminates in a schott (apical wall), and internal schotts appear to be absent. The apical ends of specimens in V-like pairs and radial clusters show no direct evidence of interconnection of their periderms. The apical, middle or apertural region of some inclined specimens abuts or is in close lateral proximity to a recumbent conulariid or to one or more spiriferid brachiopods, some of which have been buried in their original life orientation. The azimuthal bearings of Conularia and nautiloid long axes and the directions in which conulariids open are nonrandom, with conulariids being preferentially aligned between 350 and 50degree and with their apertural end facing north-east, and nautiloids being preferentially aligned between 30 and 70degree. Otsego Member Conularia were erect or semi-erect, epifaunal or partially infaunal animals, the apical end of which rested upon very fine bottom sediment. The origin of V-like pairs and radial clusters remains enigmatic, but it is probable that production of schotts was not a regular feature of this animal's life history. Finally, conulariids and associated fauna were occasionally smothered by distal storm deposits, under the influence of relatively weak bottom currents. © The Palaeontological Association.

Desenvolvimento de novos procedimentos analíticos para diferenciação in situ de espécies lábeis e inertes em sistemas aquáticos e para especiação de Cu(II) e Pb(II) complexados com nanopartículas de sílica

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Identification of Sudan III-(deoxy)-guanosine adducts formed in situ in a reaction with no catalyst

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

In situ differentiation of labile/inert metal species in Brazilian tropical rivers by means of a time-controlled batch-procedure based on TEPHA resin

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Degradabilidade in situ e parâmetros ruminais em bovinos alimentados com dietas balanceadas para diferentes ganhos de peso e potenciais de fermentação microbiana

Um experimento foi realizado com o objetivo de avaliar os parâmetros ruminais, a produção de ácidos graxos voláteis e a degradabilidade in situ em tourinhos Santa Gertrudes canulados no rúmen alimentados com dietas compostas de feno de capim-marandu e concentrado. Empregou-se o delineamento em quadrado latino 4 ´ 4, no qual os tratamentos foram compostos dos concentrados, ajustados para ganho de peso corporal (GPC) diário de 0,5 e 1 kg/animal e potencial de fermentação microbiana (y) de 9,5 e 11 g de proteína bruta microbiana/MJ energia metabolizável fermentável. Não foram encontradas interações significativas nem diferenças entre as dietas para pH, concentração molar dos ácidos acético e butírico e proporção molar dos ácidos acético, propiônico e butírico e relação acético:propiônico. Os teores de amônia diferiram entre os potenciais de fermentação microbiana, 14,67 e 20,83 mg/100 mL para baixo e alto, respectivamente, e a concentração molar de ácido propiônico foi diferente entre os potenciais de ganho de peso, 7,62 e 8,94 mM, respectivamente, para baixo e alto ganho de peso. Não foram detectadas diferenças entre dietas para as degradabilidades das frações do feno de capim-marandu e da soja em grão. Houve diferença no parâmetro b e na degradabilidade efetiva a 5%/hora da proteína bruta para os potencias de GPC do milho em grão moído. Para o farelo de soja, ocorreu interação significativa entre os potencias de GPC e de fermentação microbiana para alguns dos parâmetros da MS e PB, o mesmo observado para o farelo de algodão. As diferenças encontradas não justificaram o balanceamento dos concentrados para os diferentes potenciais de produção avaliados.

Vitrification with DAP 213 and Cryotop of Ex Situ and In Situ Feline Cumulus-Oocyte Complexes

This study was undertaken to compare cryotolerance, in terms of viability and resumption of meiosis after warming and culture (24 and 48 h), of ex situ (isolated) and in situ (enclosed in the ovarian tissue) feline cumulusoocyte complexes (COCs) vitrified with DAP 213 (2 M DMSO, 1 M acetamide, 3 M propylene glycol) in cryotubes or Cryotop method. Ovaries were harvested from 49 pubertal queens. of each pair of ovaries, one was dissected to release COCs randomly divided into three groups: fresh COCs (control), ex situ COCs vitrified with DAP 213 and Cryotop. The cortex of the other ovary was sectioned into small fragments (approximately 1.5 mm3) and randomly assigned to be vitrified by DAP 213 or Cryotop. After warming, ex situ and in situ (retrieved form vitrified ovarian tissue) COCs were matured in vitro. Viability of oocytes was highly preserved after warming and culture in all treatments. Proportions of oocytes surrounded by complete layers of viable cumulus cells were remarkably decreased (p < 0.00001) in both vitrification procedures compared to fresh oocytes. Resumption of meiosis occurred in all treatments. After 24 h of culture, results were similar in ex situ and in situ vitrified oocytes regardless of the vitrification protocol used (range 29-40%), albeit lower (p < 0.05) than those of fresh oocytes (65.8%). After 48 h of culture, ex situ oocytes vitrified with Cryotop achieved the rates of meiosis resumption similar to fresh oocytes (53.8% vs 67.5%; p > 0.05) and ex situ and in situ oocytes vitrified with DAP 213 showed similar rates of resumption of meiosis. These findings demonstrated that DAP 213 and Cryotop preserve the viability of ex situ and in situ oocytes, but cumulus cells are highly susceptible to vitrification. However, the capability to resume meiosis evidences that feline immature oocytes vitrified as isolated or enclosed in the ovarian cortex have comparable cryotolerance.

Efeito de Diferentes Volumosos sobre a Degradabilidade in situ de Nutrientes e Variáveis da Fermentação Ruminal, Mediante a Aplicação da Somatotropina Bovina

The objective of this work was to evaluate the effect of diets with different forages (sugarcane, corn silage, hydrolyzed bagasse and sugarcane + corn silage) on the ruminal Fermentation and ruminal nutrients degradability, by the application of bovine somatotropin. Three bovines with ruminal cannulas were used in a factorial scheme (4 x 2). The pH, number of protozoa, ammonia and volatile fatty acids concentration were quantified. The potential and the effective degradability and degradation rate of dry matter and crude protein in each diet were evaluated, beyond gross energy disappearance. There were differences among diets on the effective degradability of dry matter and potential degradability, effective degradability and potentially degradable fraction of crude protein, being verified the same for the rBST application. There was effect of different forages on the variables of ruminal Fermentation. The treatments did not affect the gross energy disappearance. The rBST application did not affect the variables of ruminal fermentation.

In vitro and in situ activity of carboxymethyl cellulase and glutamate dehydrogenase according to supplementation with different nitrogenous compounds

Two experiments were carried out to evaluate the effect of supplementation with different nitrogenous compounds on the activities of carboxymethil cellulase (CMCase) and glutamate dehydrogenase (GDH). In the first experiment, four treatments were evaluated in vitro: cellulose, cellulose with casein, cellulose with urea, and cellulose with casamino acids. After 6, 12 and 24 hours of incubation, CMCase and GDH activity, pH, and concentrations of ammonia nitrogen (AN) and microbial protein were measured. In the three incubation periods, the concentration of AN was higher when urea was used as a supplemental source of nitrogen. The activity of CMCase was higher with the addition of urea and casamino acids when compared with the control and the casein treatment. Supplementation with casamino acids provided higher GDH activity when compared with the control at 6 hours of incubation. At 12 hours of incubation, the GHD activity was also stimulated by casein. At 24 hours, there was no difference in GHD activity among treatments. In the second experiment, three rumen-fistulated bulls were used for in situ evaluation. Animals were fed Tifton hay (Cynodon sp.) ad libitum. The treatments consisted of control (no supplementation), supplementation with non-protein nitrogenous compounds (urea and ammonium sulphate, 9:1) and supplementation with protein (albumin). In treatments with nitrogenous compound supplementation, 1 g of crude protein/kg of body weight was supplied. The experiment was conducted in a 3 × 3 Latin square design. The measurements were performed at 6, 12 and 24 hours after supplementation. No difference in GDH activity was observed among treatments. The control treatment showed higher CMCase activity when compared with the treatments containing supplemental sources of nitrogen. However, urea supplementation provided higher CMCase activity compared to albumin.

Degradação in situ da matéria seca e da fração fibrosa do capim marandu obtido por diferentes métodos de amostragem, no período seco do ano

Este trabalho foi realizado na Faculdade de Ciências Agrárias Veterinárias - Unesp - Jaboticabal e foi conduzido, com o objetivo de avaliar a influência do método de amostragem do pasto sobre a degradabilidade in situ da matéria seca e da fração fibrosa de capim Marandu, colhido no período seco dos anos de 2003 e 2005. O experimento foi instalado em delineamento de blocos casualizados com parcela subdividida, com três repetições, representadas pelos piquetes amostrados. Nas parcelas, foram avaliados cinco métodos de amostragens de forragem (método do quadrado metálico; método de avaliação através de extrusa de bovino da raça Nelore; método de avaliação por meio de extrusa de bovino Cruzado (Red Angus x Nelore); método de avaliação por meio do pastejo, simulando bovino da raça Nelore; método de avaliação por meio do pastejo, simulando bovino Cruzado (Red Angus x Nelore) e as subparcelas foram constituídas pelos anos de amostragem, 2003 e 2005. Foram determinadas as frações da cinética ruminal: solúvel A; insolúvel potencialmente degradável B; taxa de degradação Kd; degradação potencial (DP) e fração não degradável C da MS e degradação potencial (DP), fração não degradável C e taxa de degradação Kd da FDN e da FDA. de acordo com os resultados obtidos, observou-se que o método do quadrado metálico subestimou as características da degradação do capim. Os métodos do pastejo simulado se assemelharam muito ao das extrusas, no entanto, a prática do simulador é que assegurou a amostragem eficiente, conforme foi constatado pelos dados obtidos no ano de 2003 e 2005.

Degradabilidade in situ e observações microscópicas de volumosos em bovinos suplementados com enzimas fibrolíticas exógenas

Avaliou-se o efeito de enzimas fibrolíticas (celulase e xilanase) sobre a degradabilidade in situ da MS, PB, FDN, FDA e hemicelulose do feno de Tifton-85 (Cynodon spp.) cortado aos 30 e 90 dias e do bagaço de cana, utilizando-se seis bovinos com cânula no rúmen. As enzimas foram extraídas dos fungos Aspergillus niger e Trichoderma longibrachiatum e fornecidas, na quantidade de 0,75 g/kgMS.dia, por meio da cânula ruminal. Os tempos de incubação ruminal foram de 0, 3, 6, 12, 24, 48, 72 e 96 horas. Os resíduos de incubação foram avaliados por meio de microscopia eletrônica de varredura (MEV). O efeito da adição de enzimas sobre a degradação da MS e PB variou em função do volumoso estudado. A degradabilidade efetiva da MS do feno Tifton cortado aos 30 e 90 dias e do bagaço de cana sem a adição de enzimas foi de 61,85; 42,35 e 28,22%, respectivamente, e de 63,51; 40,64 e 31,43%, respectivamente, com a adição das enzimas. Não houve efeito das enzimas sobre a degradação da fibra. As observações ao MEV indicaram aumento da colonização bacteriana sobre a parede celular com a suplementação enzimática. A adição de enzimas fibrolíticas na dieta de ruminantes apresentou efeito pouco expressivo sobre os parâmetros de degradação ruminal dos volumosos estudados.

Efeito do emurchecimento e da adição de fubá na degradabilidade in situ da silagem de alfafa (Medicago sativa L.)

O objetivo deste ensaio foi avaliar o efeito do emurchecimento e da adição de fubá durante o processo de ensilagem da alfafa sobre a degradabilidade in situ da matéria seca (MS), da fibra em detergente neutro (FDN) e da proteína bruta (PB). Foram utilizados três bovinos adultos mestiços fistulados no rúmen, nos quais foram incubados seis tipos de silagens (1-alfafa fresca; 2-alfafa fresca +5% de fubá; 3-alfafa fresca +10% de fubá; 4-alfafa emurchecida; 5-alfafa emurchecida + 5% de fubá ; 6-alfafa emurchecida + 10% de fubá) durante três tempos de incubação (6, 24, 96 horas). O delineamento experimental foi em parcelas subdivididas, com tratamentos em parcelas, tempos em subparcelas e animais como blocos. A adição de fubá à silagem aumentou (P<0,05) a degradação da MS e FDN com o tempo de incubação. O emurchecimento proporcionou diminuição (P<0,05) na degradabilidade dos nutrientes, entretanto esse efeito foi ligeiramente contornado pela adição de 10% de fubá. Os tratamentos com a adição de fubá e o emurchecimento proporcionaram maior taxa de degradabilidade da MS de fração b, entretanto o emurchecimento diminuiu o potencial de degradação a, enquanto que a adição de níveis de fubá não alterou a degradabilidade da MS dessa fração. A degradação da fração b da FDN aumentou com a adição de fubá e diminuiu com o emurchecimento, entretanto houve aumento dessa fração quando se adicionou fubá à forragem emurchecida. A degradação da fração a da PB aumentou com a adição de fubá e diminuiu com o emurchecimento; para a fração b ocorreu o inverso. Concluiu-se que a prática do emurchecimento, por reduzir a fração solúvel da forragem, diminui a degradabilidade dos nutrientes da silagem de alfafa, que no entanto pode ser melhorada com a adição de fubá.

Degradabilidade ruminal in situ da matéria seca e da fibra em detergente neutro em silagens de híbridos de sorgo colhidos em diferentes épocas

O objetivo deste trabalho foi o de avaliar o efeito das silagens de três híbridos de sorgo: granífero (Conti-Silo, de porte baixo), duplo propósito (Conti-Silo-03, de porte médio) e forrageiro (547-F, de porte alto) e de três épocas distintas (aos 105, 112 e 119 dias após a semeadura) sobre a degradabilidade in situ da matéria seca (MS) e da fibra em detergente neutro (FDN). Foram utilizados três bovinos adultos mestiços fistulados no rúmem, distribuídos em um delineamento experimental em parcelas subdivididas, com três tempos de incubação (6, 24, 96 horas). Houve diferença (P<0,05) nas frações de desaparecimento da MS e de FDN após 6, 24 e 96 horas de incubação ruminal entre as diferentes silagens. Quanto à época de colheita, a diferença na degradação de MS foi observada após 96 horas de incubação, destacando-se a variedade de duplo propósito, superior nos três diferentes cortes. Com a maturação, observou-se tendência de aumento na fração degradável da MS, porém esse efeito foi menos evidente nas silagens de sorgo forrageiro. Para a FDN não houve diferença (P<0,05) entre silagens em nenhum dos tempos de incubação.

Influência do nitrogênio degradável no rúmen sobre a degradabilidade in situ, os parâmetros ruminais e a eficiência de síntese microbiana em novilhos alimentados com cana-de-açúcar

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)