The contribution of 700,000 ORF sequence tags to the definition of the human transcriptome

open reading frame expressed sequences tags (ORESTES) differ from conventional ESTs by providing sequence data from the central protein coding portion of transcripts. We generated a total of 696,745 ORESTES sequences from 24 human tissues and used a subset of the data that correspond to a set of 15,095 full-length mRNAs as a means of assessing the efficiency of the strategy and its potential contribution to the definition of the human transcriptome. We estimate that ORESTES sampled over 80% of all highly and moderately expressed, and between 40% and 50% of rarely expressed, human genes. In our most thoroughly sequenced tissue, the breast, the 130,000 ORESTES generated are derived from transcripts from an estimated 70% of all genes expressed in that tissue, with an equally efficient representation of both highly and poorly expressed genes. In this respect, we find that the capacity of the ORESTES strategy both for gene discovery and shotgun transcript sequence generation significantly exceeds that of conventional ESTs. The distribution of ORESTES is such that many human transcripts are now represented by a scaffold of partial sequences distributed along the length of each gene product. The experimental joining of the scaffold components, by reverse transcription-PCR, represents a direct route to transcript finishing that may represent a useful alternative to full-length cDNA cloning.

Efeito da aplicação foliar de boro e zinco sobre a produção e os teores de SST e ATT dos frutos da Pereira-Japonesa e da pinheira

Pulverizações foliares com produtos contendo micronutrientes, dentre os quais os produtos quelatizados, são utilizadas com relativa freqüência em frutíferas, sem o embasamento científico adequado, principalmente entre os agricultores mais tecnificados. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi verificar o efeito da aplicação via foliar de B e Zn sobre a produção e os teores de SST e ATT dos frutos da Pereira-Japonesa e da Pinheira. O experimento foi conduzido numa área irrigada, situada no cinturão verde do município de Ilha Solteira-SP. O solo da área foi classificado como Podzólico Vermelho-Escuro. Foram utilizadas plantas de Pereira-Japonesa, cultivar Okussankichi e de Pinheira. Os tratamentos utilizados foram: T1. apenas água; T2. ácido bórico; T3. sulfato de zinco; T4. T2 + T3; T5. ácido bórico + uréia + ácido cítrico + EDTA; T6. sulfato de zinco + uréia + ácido cítrico + EDTA; T7. T5 + T6; T8. ácido bórico + uréia + ácido cítrico + EDTA + molibdato de sódio + enxofre + cloreto de cálcio; T9. sulfato de zinco + ácido cítrico + EDTA + sulfato de Fe + sulfato de Mn + sulfato de Mg, e T10. T8+T9. Foram utilizadas doses de 110 g ha-1 de B e 250 g ha-1 de Zn, em cada aplicação. O delineamento experimental adotado foi o de blocos ao acaso, com quatro repetições e, para comparação de médias, foi utilizado o teste de Tukey. Com base nos resultados obtidos, pode-se concluir que: 1) a produção e os teores de SST e ATT dos frutos da pereira-japonesa e da pinheira não foram influenciados pela aplicação foliar de B e de Zn; b) a mistura de ácido bórico com quelatos foi eficiente no fornecimento de B às plantas de pereira- japonesa, o mesmo não ocorrendo para pinheira, c) o sulfato de zinco + produtos quelatizantes foram eficientes no aumento dos teores foliares de Zn somente na pereira.

Lymphatic drainage on healthy and neoplasic mammary glands in female dogs: Can it really be altered?

The purpose of this research was to study the mammary lymphatic drainage under a macroscopic and mesoscopic view, comparing the vascular pattern of healthy and neoplasic mammary glands injected with drawing ink alcoholic and fluorescein solutions, in 46 mongrel female dogs. The results pointed out that the thoracic gland is drained by the axillary lymph centre, but in mammary neoplasia either superficial cervical or ventral thoracic lymph centres can be involved. Cranial and caudal abdominal glands may be drained by the axillary, inguinofemoral and popliteal lymph centres. However, the popliteal drainage is specific for the healthy caudal abdominal mammary gland. The inguinal gland can be drained by both inguinofemoral and popliteal lymph centres in both neoplasic and healthy conditions. Regarding the mammary lymphatic communications, this research demonstrated that neoplasic glands present more types of anastomosis (40.9%), than healthy glands (33.33%), and an increase in contralateral anastomosis (50%) compared with healthy ones (33%). Given the data, the mammary neoplasia can change the lymphatic drainage pattern in terms of lymph centres and vascular arborization, thus forming new drainage channels and recruiting a larger number of lymph nodes. Lastly, some comments were made about the severity of a specific neoplasic mammary gland and conditions to be considered before making a decision in terms of the most adequate operative procedure, and suggestions for further investigations.

Resposta tecidual a implantes de discos de poliuretana de mamona nas formas pré-moldada ou biomassa moldada

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Sintomas depressivos e ansiosos em mães de recém-nascidos com e sem malformações

OBJETIVO: comparar as condições emocionais de mães cujos filhos nascem com malformações visíveis (Grupo M) com as das mães de crianças eutróficas (Grupo E) logo após o nascimento. MÉTODO: foram avaliados os sintomas de ansiedade e depressão de 22 mães de cada grupo por meio do Inventário de Depressão de Beck (BDI) e do Inventário de Ansiedade Traço-Estado (IDATE). Foram excluídas as mães portadoras de deficiência sensorial incapacitante, HIV, distúrbios psiquiátricos e síndromes genéticas. Os dados foram complementados com consultas a prontuários médicos da criança e da mãe. Para análise comparativa entre as medianas dos grupos foi utilizado o teste não-paramétrico U de Mann-Whitney; para amostras independentes e para os escores indicativos de sintomas clínicos, o teste exato de Fisher e o teste do χ2. RESULTADOS: houve diferenças significativas nas medianas dos escores das três subescalas (ansiedade-traço, ansiedade-estado e disforia/depressão) entre os dois grupos de mães. Houve uma porcentagem significativamente maior de mães do Grupo M com escores indicativos de sinais clínicos para depressão ou ansiedade no pós-parto imediato e, para ambos os quadros, quando comparadas com mães do Grupo E. Os resultados podem ser decorrentes de traços de personalidade materna, visto que os índices de ansiedade-traço eram significativamente maiores nas mães de crianças malformadas, mas especialmente pelo estado da criança, seu encaminhamento para a UTI e sua condição de vida futura. CONCLUSÕES: a porcentagem de mães de recém-nascidos com malformações visíveis que apresentou escores indicativos de sinais clínicos para ansiedade, depressão e ambos sugerem a necessidade de suporte, individual ou em grupo.

Stress materno e hospitalização infantil pré-cirúrgica

O objetivo deste estudo foi a valiar o nível de stress de mães acompanhantes de crianças hospitalizadas para realização de procedimentos cirúrgicos eletivos, relacionando-o com variáveis demográficas da criança e experiência prévia no contexto. Participaram 54 mães acompanhantes de crianças hospitalizadas para realização de cirurgia eletiva. Utilizaram-se como instrumentos o Inventário de Sintomas de Stress para Adultos de Lipp e, para levantamento das variáveis da criança, um questionário elaborado para o estudo. Os resultados apontaram que 82% da amostra apresentavam stress, prevalencendo a fase de resistência e sintomas psicológicos. Observou-se relação estatisticamente significativa entre a presença de stress materno e o fato de o filho não ter experiência anterior com cirurgia (p=0,052). Por outro lado, não foram observadas diferenças estatisticamente significativas entre a presença de stress materno e a idade e gênero da criança. Conclui-se que o impacto dos procedimentos cirúrgicos acomete a criança e a família, o que deve ser levado em consideração a fim de que sejam propostas intervenções para a preparação pré-operatória.

In vivo and in vitro evaluation of an Acetobacter xylinum synthesized microbial cellulose membrane intended for guided tissue repair

Background: Barrier materials as cellulose membranes are used for guided tissue repair. However, it is essential that the surrounding tissues accept the device. The present study histologically evaluated tissue reaction to a microbial cellulose membrane after subcutaneous implantation in mice. Furthermore, the interaction between mesenchymal stem cells and the biomaterial was studied in vitro to evaluate its ability to act as cellular scaffold for tissue engineering.Methods: Twenty-five Swiss Albino mice were used. A 10 x 10 mm cellulose membrane obtained through biosynthesis using Acetobacter xylinum bacteria was implanted into the lumbar subcutaneous tissue of each mouse. The mice were euthanatized at seven, 15, 30, 60, and 90 days, and the membrane and surrounding tissues were collected and examined by histology.Results: A mild inflammatory response without foreign body reaction was observed until 30 days post-surgery around the implanted membrane. Polarized microscopy revealed that the membrane remained intact at all evaluation points. Scanning electron microscopy of the cellulose membrane surface showed absence of pores. The in vitro evaluation of the interaction between cells and biomaterial was performed through viability staining analysis of the cells over the biomaterial, which showed that 95% of the mesenchymal stem cells aggregating to the cellulose membrane were alive and that 5% were necrotic. Scanning electron microscopy showed mesenchymal stem cells with normal morphology and attached to the cellulose membrane surface.Conclusion: The microbial cellulose membrane evaluated was found to be nonresorbable, induced a mild inflammatory response and may prove useful as a scaffold for mesenchymal stem cells.

Isolation of brucella spp from milk of brucellosis positive cows in São Paulo and Minas Gerais states

A brucelose é uma zoonose crônica de importância para a Saúde Pública. Considerando o pequeno número de dados brasileiros sobre a sua presença em leite cru e derivados não-pasteurizados, estudamos a presença de brucelas em leite de animais sorologicamente positivos. A soroaglutinação rápida (SAR), a soroaglutinação lenta (SAL) e a soroaglutinação lenta com tratamento do soro com 2-mercaptoetanol foram utilizados para identificar os animais positivos nas propriedades estudadas. Amostras diárias de 300 ml de leite foram colhidas por três dias de todos os quartos mamários produtivos (75 ml/teto). As amostras eram misturadas e centrifugadas. Parte do sedimento e do sobrenadante foi inoculada em meios de Farrel e Brodie-Sinton (BS) suplementados com agentes antimicrobianos. As placas e tubos foram cultivados por sete dias a 37ºC, em microaerofilia. As colônias suspeitas no meio BS foram imediatamente repicadas para ágar-Brucella, e cultivadas sob a mesma condição. Os microrganismos isolados foram submetidos a procedimentos de identificação, incluindo a coloração de Gram, requerimento de CO2, produção de H2S, atividade da urease e crescimento na presença de tionina e fucsina. Das 49 amostras examinadas, isolou-se Brucella abortus de 15 (30,61%). Os biótipos isolados foram: biótipo 1 em uma amostra (2,04%), biótipo 2 em oito (16,32%) e biótipo 3 em seis amostras (12,25%)

Avaliação radiográfica de cães com displasia coxofemoral tratados pela sinfisiodese púbica

Avaliou-se a progressão dos sinais radiográficos de cães com displasia coxofemoral ou potencialmente displásicos tratados pela técnica da sinfisiodese púbica. Foram utilizados 14 cães, seis machos e oito fêmeas, com idades entre quatro e seis meses. Após exame físico, procedeu-se ao exame radiográfico para avaliação da articulação coxofemoral, segundo padrão estabelecido pelo Colégio Brasileiro de Radiologia Veterinária. Três deles foram também avaliados pelo método PennHIP. Pelo histórico clínico, nove (64%) animais foram trazidos por manifestarem sinais de dificuldade locomotora com os membros pélvicos, manifestada especialmente por claudicação unilateral ou bilateral e dificuldade de se levantar. Cinco (36%) cães não tinham qualquer sinal clínico, e em quatro (29%) realizou-se o exame radiográfico como prevenção. O sinal físico mais evidente foi dor à palpação da articulação coxofemoral, e dois (14%) cães apresentaram sinal de Ortolani positivo. Com exceção de um cão que apresentou infecção nos pontos cutâneos, todos os demais evoluíram sem complicações no período pós-operatório. Radiograficamente houve progressão das lesões articulares em seis (43%) animais e oito (57%) mantiveram a classificação inicial. Concluiu-se que cães tratados pela sinfisiodese púbica não apresentam melhora dos sinais radiográficos iniciais.

Two Surgical Approaches to Fracture Malunion Repair

Two birds were presented with malunion fractures. The first was a young toco toucan (Ramphastos toco) with malunion of the tarsometatarsus that was treated by an opening-corrective osteotomy and an acrylic-pin external skeletal fixator (type II) to stabilize the osteotomy. The second bird was m adult southern caracara (Caracara plancus) with radial and ulnar malunion that was treated by closing-wedge osteotomies. Stabilization of the osteotomy sites was accomplished through 1 bone plate fixed cranially on the ulna with 6 cortical screws and an interfragmentary single wire in radius. In both cases, the malunion was corrected, but the manus of the southern caracara was amputated because of carpal joint luxation that induced malposition of the feathers.

Radiographic measurement of tibial joint angles in sheep

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Low-level laser on femoral growth plate in rats

OBJETIVO: Determinar a influência do Laser Terapêutico de Baixa Potência sobre a placa de crescimento de ratos. MÉTODOS: Trinta ratos Wistar machos com 40 dias de idade foram divididos em dois grupos, G1 e G2. O grupo G1 foi submetido à irradiação com laser GaAlAs 830 nm, potência de saída de 40 mW, e densidade de energia de 10 J/cm2. A irradiação foi aplicada diariamente por um período máximo de 21 dias. O mesmo procedimento foi realizado no grupo G2, com a probe desativada. Cinco animais em cada grupo foram sacrificados nos dias 7, 14 e 21 e submetidas à análise histomorfométrica. RESULTADOS: em ambos os grupos, o disco fisário esteve radiograficamente visível em todos os momentos nas incidências craniocaudal e médio-lateral. No 21º dia a porcentagem de comprimento longitudinal do fêmur foi maior em G1 que em G2 em relação ao valor basal, e o número de condrócitos da zona hipertrófica foi maior em G1 que em G2. A zona de cartilagem calcificada estava maior em G1 em relação a G2 em todos os momentos de avaliação. A angiogênese foi maior em G1 que em G2 nos 14º e 21º dias. CONCLUSÃO: A terapia com laser terapêutico de baixa potência influenciou negativamente o disco fisário distal do fêmur de ratos.

Identification of human chromosome 22 transcribed sequences with ORF expressed sequence tags

Transcribed sequences in the human genome can be identified with confidence only by alignment with sequences derived from cDNAs synthesized from naturally occurring mRNAs. We constructed a set of 250,000 cDNAs that represent partial expressed gene sequences and that are biased toward the central coding regions of the resulting transcripts. They are termed ORF expressed sequence tags (ORESTES). The 250,000 ORESTEs were assembled into 81,429 contigs. of these, 1,181 (1.45%) were found to match sequences in chromosome 22 with at least one ORESTES contig for 162 (65.6%) of the 247 known genes, for 67 (44.6%) of the 150 related genes, and for 45 of the 148 (30.4%) EST-predicted genes on this chromosome. Using a set of stringent criteria to validate our sequences, we identified a further 219 previously unannotated transcribed sequences on chromosome 22. of these, 171 were in fact also defined by EST or full length cDNA sequences available in GenBank but not utilized in the initial annotation of the first human chromosome sequence. Thus despite representing less than 15% of all expressed human sequences in the public databases at the time of the present analysis, ORESTEs sequences defined 48 transcribed sequences on chromosome 22 not defined by other sequences. All of the transcribed sequences defined by ORESTEs coincided with DNA regions predicted as encoding exons by GENSCAN.