Método rápido de extração de DNA de bactérias

Desenvolveu-se um método rápido para extração de DNA de bactérias, que ao contrário de outros métodos, não requer o uso de enzimas, como lisozima e proteinase K, previamente, utilizado-se o carbonato de silício (carborundum) como agente físico para efetuar a quebrar da parede celular da bactéria. Com este método conseguiu-se extrair DNA bacteriano num menor tempo, além de mais rápido, ele mostrou-se mais simples e econômico, quando comparado aos métodos convencionais. O DNA obtido pode ser utilizado para diversas finalidades relacionadas ao DNA de bactérias, obtendo-se uma quantidade razoável de DNA, que varia de 725 µg/mL a 1170 µg/mL por cada 0,1 g de célula bacteriana, com ótima qualidade.

Liberação de cálcio e magnésio por cápsulas porosas de porcelana usadas na extração de solução do solo

O uso de cápsulas porosas para extração de solução do solo é interessante por ser um ensaio não-destrutivo. Entretanto, persistem dúvidas sobre a liberação de íons da própria cápsula, que podem contaminar a solução extraída. Foram realizados testes na Faculdade de Ciências Agronômicas/UNESP, Botucatu (SP), com o objetivo de verificar a liberação de Ca e de Mg por cápsulas porosas de porcelana. No primeiro, foram empregados quatro tratamentos: T1 - lavagem das cápsulas com água destilada, forçando sua passagem pelas cápsulas, utilizando uma bomba a vácuo; T2 - lavagem das cápsulas com HCl 0,1 mol L-1, forçando sua passagem pelas cápsulas, utilizando uma bomba a vácuo; T3 - lavagem das cápsulas com água destilada, sem vácuo, e T4 - lavagem das cápsulas com HCl 0,1 mol L-1, sem vácuo, em um tempo de imersão de 24 h (para T3 e T4). No segundo teste, as cápsulas tratadas com HCl 0,1 mol L-1 no primeiro teste foram lavadas com água destilada novamente e deixadas de molho em água destilada e deionizada durante 45 min. Após estes procedimentos, as cápsulas foram imersas em água destilada, tomando-se alícotas desta solução para determinação de pH e dos teores de Ca e Mg após contato com as cápsulas por 0; 0,5; 1,0; 2,0; 4,0 e 24 h. Cada tratamento teve quatro repetições. Não se observou liberação significativa de Ca e Mg das cápsulas porosas para a solução, quando foram preparadas utilizando-se da passagem de HCl 0,1 mol L-1 a vácuo e água destilada, e deixadas, a seguir, em água destilada e deionizada durante 4 h.

Extração e exportação de nutrientes em cultivares de batata: I - macronutrientes

A determinação das quantidades de nutrientes absorvidas durante o ciclo de desenvolvimento é de suma importância para estabelecer as épocas em que esses elementos são mais exigidos e as quantidades corretas que devem ser disponibilizadas à cultura da batata. No entanto, quase não existem essas informações para as principais cultivares utilizadas no Brasil. O objetivo deste trabalho foi avaliar a extração e a exportação de macronutrientes pelas cultivares de batata Ágata, Asterix, Atlantic, Markies e Mondial. O experimento foi conduzido durante a safra de inverno, em um Latossolo Vermelho, no município de Itaí (SP). As parcelas foram constituídas pelas cinco cultivares, e as subparcelas, por épocas de coletas, realizadas no momento do plantio e a cada sete dias após a emergência. As cultivares Mondial e Asterix, mais produtivas, apresentaram maior extração de macronutrientes, com quantidades médias por hectare de 116 kg de N, 18 kg de P, 243 kg de K, 50 kg de Ca e 13 kg de Mg, enquanto as cultivares Ágata, Atlantic e Markies extraíram menor quantidade, com valores médios de 92, 14, 178, 35 e 9 kg ha-1, respectivamente. A maior demanda por macronutrientes pelas cultivares estudadas ocorreu na fase inicial de enchimento dos tubérculos (42 a 70 DAP). A exportação de macronutrientes não esteve diretamente relacionada com a produtividade de tubérculos, já que a cultivar mais produtiva (Mondial) não foi a que exportou a maior quantidade de macronutrientes. A cultivar Asterix exportou maior quantidade de N, P, K e Mg, com valores de 88, 15, 220 e 8 kg ha-1, respectivamente, enquanto a menor exportação foi observada na cultivar Atlantic, com 48 kg ha-1 de N, 10 kg ha-1 de P, 143 kg ha-1 de K e 5 kg ha-1 de Mg. A variação entre as cultivares na extração, especialmente de K e N, indica necessidade de manejo diferencial da adubação.

Extração e exportação de nutrientes pelo híbrido de mamona Savana: I – macronutrientes

Low height castor bean hybrids and highly productive possibly need larger quantity of macronutients during its development cycle. However, in Brazil there is little information on extraction and exportation of macronutrients by low height castor bean hybrids, as on season as out-of-season growing. This study aimed to evaluate the nutrients extraction and exportation by Savana hybrid castor bean on season and out-of-season growing. The experiments were conducted during the season of 2005/2006 and out-of-season of 2006 in an Oxisol. The experimental design was a randomized block with four replications. The plots were consisted by harvest times of plants, which were composed by six plant rows to 5 m, spaced 0.45 m between rows. Samples were collected at 17, 31, 45, 59, 73, 97 and 120 days after emergence (DAE) during the season and at 17, 31, 45, 59, 80; 100 and 120 DAE in the out-of-season. The nutrients accumulation by Savana hybrid was small until the flowering (30 DAE), but intensified after this period. The period of greatest nutrient absorption occurred at 65 and 90 DAE for N, 70 and 80 DAE for P, 60 DAE for K and Mg, 55 and 60 DAE for Ca and S. The amounts absorbed per hectare by hybrid Savana ranged 155 to 31 kg of N, 17 to 3 kg of P, 71 to 13 kg of K, 56 to 12 kg of Ca, 28 to 4 kg of Mg and 29,5 to 7 kg of S in season and out-of-season, respectively. The yield was higher in growing season, but the nutrients extraction and exportation per ton of grain were similar among the seasons. Among 40% and 50% of N and S and most part of Mg, K and Ca accumulated in the plants returned to soil with crop residues, but less than 35% of P remained in the residues.

Extração e exportação de nutrientes pelo híbrido de mamona Savana: II – micronutrientes

Information about micronutrients extraction and exportation by castor bean hybrids of short stature, and the periods of highest demand for each micronutrient, are most importance for correct management to fertilization. This study aimed to evaluate the micronutrients extraction and exportation by Savana hybrid castor bean, on season and out-of-season growing. The experiments were conducted during season of 2005/2006 and out-of-season of 2006 in an Oxisol. The experimental design was a randomized block with four replications. The plots were consisted by harvest times of plants, which were carried out at 17, 31, 45, 59, 73, 97 and 120 days after emergence (DAE) during the season and at 17, 31, 45, 59, 80; 100 and 120 DAE in the out-of-season. In both seasons the order of micronutrients extraction by hybrid Savanna is: Fe> Mn> Zn> B> Cu> Mo, but with larger amounts of season cultivation. The time of greatest Zn and Mo absorption during the season and the Fe in out-of-season occurs at 80 DAE, although the other micronutrients are absorbed at higher rates between 50 and 65 DAE. In season the yield, nutrients extraction and exportation from soil are higher than out-of-season, but the nutrients extraction and exportation per ton show less variation between growing seasons. Fifty percent of zinc and 60% of Cu uptaken, on average, in out-of-season is exported with grains, but for the other micronutrients the proportion exported with grains is less than 40%.

Extração semiautomática de contornos de telhado de edifícios com base em snakes e programação dinâmica

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Extração de feições retas com precisão subpixel: estudo comparativo entre três métodos

In the fields of Machine Vision and Photogrammetry, extracted straight lines from digital images can be used either as vector elements of a digital representation or as control entities that allow the determination of the camera interior and exterior orientation parameters. Applications related with image orientation require feature extraction with subpixel precision, to guarantee the reliability of the estimated parameters. This paper presents three approaches for straight line extraction with subpixel precision. The first approach considers the subpixel refinement based on the weighted average of subpixel positions calculated on the direction perpendicular to the segmented straight line. In the second approach, a parabolic function is adjusted to the grey level profile of neighboring pixels in a perpendicular direction to the segmented line, followed by an interpolation of this model to estimate subpixel coordinates of the line center. In the third approach, the subpixel refinement is performed with a parabolic surface adjustment to the grey level values of neighboring pixels around the segmented line. The intersection of this surface with a normal plane to the line direction generates a parabolic equation that allows estimating the subpixel coordinates of the point in the straight line, assuming that this is the critical point of this function. Three experiments with real images were made and the approach based on parabolic surface adjustment has presented better results.

Extração automática de contornos de telhados usando dados de varredura a laser e campos randômicos de Markov

This paper proposes a methodology for automatic extraction of building roof contours from a Digital Elevation Model (DEM), which is generated through the regularization of an available laser point cloud. The methodology is based on two steps. First, in order to detect high objects (buildings, trees etc.), the DEM is segmented through a recursive splitting technique and a Bayesian merging technique. The recursive splitting technique uses the quadtree structure for subdividing the DEM into homogeneous regions. In order to minimize the fragmentation, which is commonly observed in the results of the recursive splitting segmentation, a region merging technique based on the Bayesian framework is applied to the previously segmented data. The high object polygons are extracted by using vectorization and polygonization techniques. Second, the building roof contours are identified among all high objects extracted previously. Taking into account some roof properties and some feature measurements (e. g., area, rectangularity, and angles between principal axes of the roofs), an energy function was developed based on the Markov Random Field (MRF) model. The solution of this function is a polygon set corresponding to building roof contours and is found by using a minimization technique, like the Simulated Annealing (SA) algorithm. Experiments carried out with laser scanning DEM's showed that the methodology works properly, as it delivered roof contours with approximately 90% shape accuracy and no false positive was verified.

Extração automatica de segmentos lineares de rodovias em imagens de resoluções variadas

In this paper a methodology for automatic extraction of road segments from images with different resolutions (low, middle and high resolution) is presented. It is based on a generalized concept of lines in digital images, by which lines can be described by the centerlines of two parallel edges. In the specific case of low resolution images, where roads are manifested as entities of 1 or 2 pixels wide, the proposed methodology combines an automatic image enhancement operation with the following strategies: automatic selection of the hysteresis thresholds and the Gaussian scale factor; line length thresholding; and polygonization. In medium and high resolution images roads manifest as narrow and elongated ribbons and, consequently, the extraction goal becomes the road centerlines. In this case, it is not necessary to apply the previous enhancement step used to enhance roads in low resolution images. The results obtained in the experimental evaluation satisfied all criteria established for the efficient extraction of road segments from different resolution images, providing satisfactory results in a completely automatic way.

Efeito de aditivos no valor nutritivo de silagens feitas com subproduto da extração do palmito de pupunha (Bactris gasipaes H.B.K.)

O objetivo deste experimento foi determinar a qualidade e o valor nutritivo de silagens do subproduto da pupunha, produzidas com aditivos, conforme os tratamentos: T1 - Testemunha (sem aditivo); T2 - Adição de 2,5% de açúcar; T3 - Adição de 10,0% de polpa cítrica e T4 - Adição de 10,0% de milho moído, base da matéria natural. Verificou-se que a adição 10% de polpa cítrica (PC) ou milho moído (MM) elevou o teor de matéria seca da massa a ser ensilada, bem como da silagem, em 6,5 e 8,0 unidades percentuais, respectivamente. Silagens com aditivos apresentaram menores valores de nitrogênio amoniacal (N-NH3 / NT) e pH. O consumo de matéria seca foi maior para as silagens feitas com PC ou MM, atingindo 85 g/kg PV0,75 ou 2,1% do PV, contra 44,7 g/kgPV0,75 ou 1,12%, para as silagens sem aditivo ou com 2,5% de açúcar. O coeficiente de digestibilidade aparente da matéria seca, também foi superior para as silagens contendo 10% de PC ou MM (65,0%) em relação à média das demais (52,0%). A digestibilidade da parede celular não mostrou tendência definida em função dos tratamentos. A silagem de subproduto da pupunha feita com a adição de 10% de polpa cítrica ou milho moído, apresentou valor nutritivo semelhante às silagens de forrageiras convencionais.

Extração de DNA de materiais de arquivo e fontes escassas para utilização em reação de polimerização em cadeia (PCR)

Este trabalho visou a comparação de cinco métodos diferentes de extração de DNA de materiais de arquivo (tecidos incluídos em parafina, esfregaços de sangue periférico - corados e não corados com Leishman, lâminas com mielogramas, gotas de sangue em Guthrie Card) e de fontes escassas (células bucais, um e três bulbos capilares e 2 mL de urina), para que fossem avaliadas a facilidade de aplicação e a facilidade de amplificação deste DNA pela técnica da reação de polimerização em cadeia (PCR). Os métodos incluíram digestão por proteinase K, seguida ou não por purificação com fenol/clorofórmio; Chelex 100® (BioRad); Insta Gene® (BioRad) e fervura em água estéril. O DNA obtido foi testado para amplificação de três fragmentos gênicos: Brain-derived neutrophic factor (764 pb), Factor V Leiden (220 pb) e Abelson (106 pb). de acordo com o comprimento do fragmento gênico estudado, da fonte potencial de DNA e do método de extração utilizado, os resultados caracterizaram o melhor caminho para padronização de procedimentos técnicos a serem incluídos no manual de Procedimentos Operacionais Padrão do Laboratório de Biologia Molecular do Hemocentro - HC - Unesp - Botucatu.

Extração da fécula retida no resíduo fibroso do processo de produção de fécula de mandioca

A melhoria do processo de extração da fécula de mandioca é um problema bastante discutido entre industriais e pesquisadores. Atualmente, para cada tonelada de raiz de mandioca processada obtêm-se por volta de 250kg de fécula e perde-se no resíduo fibroso cerca de 140kg de fécula que não foi extraída no processamento. Neste trabalho objetivou-se analisar o efeito de uma segunda extração em paralelo e o uso de soluções auxiliares na extração da fécula retida no resíduo fibroso (farelo), visando a melhoria no rendimento industrial. Foram avaliados quatro tratamentos utilizando-se: água (T1), solução de NaOH 0,2% (T2), solução água-álcool 10%v/v (T3) e solução água- Tween 80 0,002% (T4). A partir dos resultados obtidos foi possível concluir que a adição de soluções auxiliares não promoveu diferença significativa (p< 0,05) de extração em relação à água (T1), e que uma nova extração da fécula retida no farelo possibilitaria uma redução de cerca de 20% no teor de amido do farelo, o qual não é extraído no processo convencional.

Extração e caracterização de amido de jacatupé (Pachyrhizus ahipa)

O gênero Pachyrhizus tem sido estudado como fonte de matéria-prima amilácea devido ao considerável teor de amido nas raízes de suas espécies. Neste trabalho objetivou-se caracterizar raízes de P. ahipa, processar em laboratório para a extração do amido e analisá-lo quanto à composição centesimal, teor de amilose, formato e tamanho de grânulos em microscópio eletrônico de varredura e viscosidade das pastas (RVA). As raízes de P. ahipa apresentaram 18% de massa seca sendo 7,68% amido. O rendimento obtido de amido foi baixo (4,28%), apontando para a necessidade de estudos que melhorem o processo de extração. O produto obtido apresentou 12,3% de umidade, 84% de amido com 13% de amilose e baixos teores de outros componentes (base úmida). A análise em microscópio eletrônico de varredura mostrou grânulos de amido de formas circular e poligonal, com tamanho variando entre 10 e 25mm. O perfil de viscosidade apresentado por este amido mostrou baixa temperatura de pasta (56ºC) e pico de viscosidade a 272 RVU, estando este último valor próximo ao observado para amido de mandioca, sob as mesmas condições. O amido de P. ahipa apresentou ainda, baixa estabilidade da pasta a quente e tendência à retrogradação com o resfriamento.

Avaliação de dois métodos de extração de DNA de material parafinado para amplificação em PCR

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Programa de extrações seriadas: variáveis relacionadas com a extração de pré-molares

OBJETIVO: verificar o percentual de pacientes que necessitaram extração de dentes permanentes, pré-molares, dentre aqueles tratados com extração de dentes decíduos para correção do apinhamento primário na dentição mista, bem como analisar as possíveis variáveis relacionadas. MÉTODOS: a amostra foi composta por documentações ortodônticas de 70 pacientes na dentição permanente, cujo tratamento iniciou-se na dentição mista com planejamento de um programa de extrações seriadas (PES). Todos os prontuários foram analisados por um único examinador, no intuito de verificar se o PES havia sido cumprido com a extração de dentes permanentes ou se havia sido realizada apenas extração de dentes decíduos. Verificou-se a associação entre a extração de dentes permanentes e as variáveis padrão facial; relação sagital entre as arcadas dentárias; IMPA; proporção tamanho do segundo molar permanente inferior/espaço retromolar; mecânica de controle de espaço e discrepância de modelo (teste exato de Fisher para as variáveis categóricas e modelo de regressão logística para as variáveis numéricas). Os resultados foram considerados para p<0,05. RESULTADOS: dos pacientes que haviam sido tratados com extração de dentes decíduos para a correção do apinhamento na dentição mista, 70% necessitaram de extração de dentes permanentes. A análise estatística não mostrou associação significativa entre as variáveis estudadas e a necessidade de extração de dentes permanentes, com exceção da variável discrepância de modelo. CONCLUSÃO: a discrepância de modelo representou a principal determinante de extração de pré-molares no PES.