Biosurfactants production by yeasts using soybean oil and glycerol as low cost substrate

Biosurfactants are bioactive agents that can be produced by many different microorganisms. Among those, special attention is given to yeasts, since they can produce many types of biosurfactants in large scale, using several kinds of substrates, justifying its use for industrial production of those products. For this production to be economically viable, the use of residual carbon sources is recommended. The present study isolated yeasts from soil contaminated with petroleum oil hydrocarbons and assessed their capacity for producing biosurfactants in low cost substrates. From a microbial consortium enriched, seven yeasts were isolated, all showing potential for producing biosurfactants in soybean oil. The isolate LBPF 3, characterized as Candida antarctica, obtained the highest levels of production - with a final production of 13.86 g/L. The isolate LBPF 9, using glycerol carbon source, obtained the highest reduction in surface tension in the growth medium: approximately 43% of reduction after 24 hours of incubation. The products obtained by the isolates presented surfactant activity, which reduced water surface tension to values that varied from 34 mN/m, obtained from the product of isolates LBPF 3 and 16 LBPF 7 (respectively characterized as Candida antarctica and Candida albicans) to 43 mN/m from the isolate LPPF 9, using glycerol as substrate. The assessed isolates all showed potential for the production of biosurfactants in conventional sources of carbon as well as in agroindustrial residue, especially in glycerol.

Períodos de interferência das plantas daninhas em algodoeiro de fibra colorida ‘BRS Safira’

This study aimed to determine the late-season presence of weeds in reddish brown cotton (cultivar BRS Safira) and the critical times for removing weeds. The experiment was carried out in the area of Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) in Missao Velha-CE, Brazil, located at 7 degrees 42'07" S latitude and 39 degrees 24'18" WGr. longitude, during the 2007/2008 season. The treatments consisted of two control groups: weed-free crop during the initial period after crop emergency, and crop kept with weeds during initial period after plant emergency. Both consisted, 0; 20; 40; 60; 80 e 120 days after crop emergency (DAE), the weed community was evaluated by two phytosociological indices (relative dominance and relative importance). Regression analysis was performed as the model of sigmoidal Boltzman, using data from productivity separately within each type of competition, to identify the critical periods of competition, considering 2; 5 and 10% reduction in yield. The community of weeds was composed by 21 species, standing out among them: Richardia grandiflora, Amaranthus deflexus, Eleusine indica, Merremia aegyptia, Eragrotis pilosa, Cenchrus echinatus and Waltheria indica. Considering 2; 5 and 10% reduction in yield fiber as acceptable, the critical period before weed interference were, respectively, 8; 14 and 20 DAE. The critical period of weed interference, for those same levels of losses, were respectively, 100; 82 and 60 days.

Xylella fastidiosa: An in vivo system to study possible survival strategies within citrus xylem vessels based on global gene expression analysis

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Molecular analysis of the bacterial diversity in a specialized consortium for diesel oil degradation

Diesel oil is a compound derived from petroleum, consisting primarily of hydrocarbons. Poor conditions in transportation and storage of this product can contribute significantly to accidental spills causing serious ecological problems in soil and water and affecting the diversity of the microbial environment. The cloning and sequencing of the 16S rRNA gene is one of the molecular techniques that allows estimation and comparison of the microbial diversity in different environmental samples. The aim of this work was to estimate the diversity of microorganisms from the Bacteria domain in a consortium specialized in diesel oil degradation through partial sequencing of the 16S rRNA gene. After the extraction of DNA metagenomics, the material was amplified by PCR reaction using specific oligonucleotide primers for the 16S rRNA gene. The PCR products were cloned into a pGEM-T-Easy vector (Promega), and Escherichia coli was used as the host cell for recombinant DNAs. The partial clone sequencing was obtained using universal oligonucleotide primers from the vector. The genetic library obtained generated 431 clones. All the sequenced clones presented similarity to phylum Proteobacteria, with Gammaproteobacteria the most present group (49.8 % of the clones), followed by Alphaproteobacteira (44.8 %) and Betaproteobacteria (5.4 %). The Pseudomonas genus was the most abundant in the metagenomic library, followed by the Parvibaculum and the Sphingobium genus, respectively. After partial sequencing of the 16S rRNA, the diversity of the bacterial consortium was estimated using DOTUR software. When comparing these sequences to the database from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), a strong correlation was found between the data generated by the software used and the data deposited in NCBI.

Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource

O café é um dos principais produtos agrícolas, sendo considerado o segundo item em importância do comércio internacional de commodities. O gênero Coffea pertence à família Rubiaceae que também inclui outras plantas importantes. Este gênero contém aproximadamente 100 espécies, mas a produção comercial é baseada somente em duas espécies, Coffea arabica e Coffea canephora, que representam aproximadamente 70 % e 30 % do mercado total de café, respectivamente. O Projeto Genoma Café Brasileiro foi desenvolvido com o objetivo de disponibilizar os modernos recursos da genômica à comunidade científica e aos diferentes segmentos da cadeia produtiva do café. Para isso, foram seqüenciados 214.964 clones escolhidos aleatoriamente de 37 bibliotecas de cDNA de C. arabica, C. canephora e C. racemosa representando estádios específicos do desenvolvimento de células e de tecidos do cafeeiro, resultando em 130.792, 12.381 e 10.566 seqüências de cada espécie, respectivamente, após processo de trimagem. Os ESTs foram agrupados em 17.982 contigs e em 32.155 singletons. A comparação destas seqüências pelo programa BLAST revelou que 22 % não tiveram nenhuma similaridade significativa às seqüências no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (de função conhecida ou desconhecida). A base de dados de ESTs do cafeeiro resultou na identificação de cerca de 33.000 unigenes diferentes. Os resultados de anotação das seqüências foram armazenados em base de dados online em http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe. Os recursos desenvolvidos por este projeto disponibilizam ferramentas genéticas e genômicas que podem ser decisivas para a sustentabilidade, a competitividade e a futura viabilidade da agroindústria cafeeira nos mercados interno e externo.

Draft Genome Sequence of the Nitrogen-Fixing Symbiotic Bacterium Bradyrhizobium elkanii 587

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Comportamento de cultivares de manga (Mangifera indica L.) em relação à malformação

A malformação da mangueira causada pelo fungo Fusarium subglutinans Wollenweb & Reinking é provavelmente a doença que mais causa prejuízos à produção de manga no Brasil e em outros países produtores. Esse fungo foi isolado de uma planta-matriz da cultivar Tommy Atkins com avançados sintomas da doença, purificado e preparado para ser inoculado em 15 cultivares de manga nacionais e importadas. Inicialmente, foram inoculadas, em julho de 2000, 10 cultivares: Bourbon IAC - 100, Coração-de-Boi, Keitt, Parvin, Primor de Amoreira, Sensation, Smith, Surpresa, Tommy Atkins e Van Dyke. O segundo grupo foi inoculado em dezembro de 2000, com as cultivares: Adams, Bhadauran, Palmer, Princesa e Zill, e repetiu-se a inoculação com outras mudas das cultivares Primor de Amoreira, Sensation e Tommy Atkins, com a finalidade de se compararem as duas épocas de inoculação. Através dos dados obtidos com as plantas avaliadas nas duas épocas de inoculação, após 11 meses de observações, realizou-se o teste de médias Z para comparar a proporção de plantas doentes entre as cultivares, podendo-se concluir, com os resultados obtidos, que as cultivares Bhadauran, Palmer, Parvin, Sensation, Surpresa, Van Dyke e Zill apresentam menor porcentagem de plantas com sintomas de malformação ou menor progressão de sintomas em relação às outras cultivares inoculadas, para as condições de ambiente protegido em que foram realizados os ensaios.

Late pest control in determinate tomato cultivars

O uso de plantas inseticidas e de variedades pode ser forte aliado ao Manejo Integrado de Pragas (MIP), podendo reduzir o número de aplicações de inseticidas e minimizar seus efeitos ao homem e ao meio ambiente. em condições de campo, visando o controle de pragas tardias do tomateiro em duas cultivares de crescimento determinado, compararam-se as seguintes táticas de controle: a) Convencional - pulverizações com os produtos metamidofós, buprofezin, acefato, cipermetrina, abamectina, permetrina, teflubenzuron e lufenuron, aplicados em intervalos de três a seis dias; b) MIP - nível de ação de cada praga para aplicações de imidacloprid, triflumuron, lufenuron e abamectina; c) MIP - Azadirachta indica (nim) - nível de ação de cada praga para aplicações de óleo de nim (1,2% de azadiractina) a 0,5%. As táticas de controle MIP e MIP - nim foram eficientes no controle das pragas tardias do tomateiro, quando a pressão da população é baixa, não diferindo do tratamento convencional que apresentou as menores médias de infestação. As táticas de controle convencional, MIP e MIP-nim promoveram maiores produções do tomateiro, com incrementos de até 74%. O número de pulverizações foi reduzido em até 77% com as táticas MIP e MIP - nim, comparado ao método convencional. O produto nim pode ser alternativa promissora no controle de pragas tardias do tomateiro em campo, que se ajusta ao MIP.

Genetic Diversity and Population Differentiation of Guignardia mangiferae from Tahiti Acid Lime

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Caracterização molecular através da técnica fAFLP de isolados de Diaporthe citri

A citricultura é um mercado em expansão, principalmente no Estado de São Paulo, cuja importância na balança comercial já é reconhecida. Como em qualquer espécie cultivada, o crescimento das áreas de cultivo favorecem também o crescimento de problemas fitossanitários. Desta forma, as espécies de citros são afetadas por diversas doenças destacando-se entre elas a melanose, causada por Diaporthe citri (Wolf.), à qual a grande maioria das variedades comerciais são suscetíveis. O conhecimento da diversidade intra-específica é de grande importância, já que esta poderá auxiliar na seleção de variedades com resistência. O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética em isolados de Diaporthe citri, originários de diferentes locais, variedades e partes da planta, utilizando marcadores moleculares. Marcadores do tipo AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) foram utilizados para caracterização de dez isolados do patógeno. Os DNAs genômicos extraídos da massa micelial foram utilizados nas reações de amplificação. A técnica fluorescent AFLP permitiu a distinção dos isolados estudados, tendo sido classificados em quatro grupos distintos. Contudo, estes grupos não foram formados em razão da região geográfica, parte da planta ou variedade.

Genetic Diversity and Population Differentiation of the Causal Agent of Citrus Black Spot in Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Microbiology quality in continuous water flow fish ponds

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Efeito da técnica de curtimento e do método utilizado para remoção da pele da tilápia-do-nilo sobre as características de resistência do couro

Um estudo foi realizado com o objetivo de avaliar os efeitos do método de remoção da pele do filé (com alicate e com máquina) e da técnica de curtimento (com ou sem sais de cromo, bioleather) sobre a resistência da pele de tilápia-do-nilo (Oreochromis niloticus). Foram retiradas as peles de 40 tilápias (450 g), 20 com uso de alicates e 20 com auxílio de máquina. Após o curtimento e a retirada dos corpos-de-prova, as peles foram encaminhadas a um laboratório aclimatizado (23ºC e 50% de umidade relativa do ar) para realização dos testes de resistência em dinamômetro EMIC, com velocidade de afastamento entre cargas de 100 ± 20 mm/mm. O método de retirada da pele do filé não afetou os resultados dos testes de tração e rasgamento progressivo. A pele retirada com a máquina apresentou elongação superior (88,48%) à removida com alicate (71,09%). Peles curtidas com sais de cromo (25,54 N/mm; 12,18 N/mm²) foram mais resistentes que as curtidas sem sais de cromo (bioleather) (13,11 N/mm; 9,89 N/mm²). Peles curtidas por estas técnicas (com cromo e bioleather) podem ser utilizadas na confecção de vestuários, pois as médias dos testes de tração, alongamento e rasgamento progressivo foram superiores a 9,80 N/mm², 60% e 14,72 N/mm, respectivamente, valores mínimos recomendados para couros curtidos ao cromo.

Characterization of Escherichia coli isolated from carcasses of beef cattle during their processing at an abattoir in Brazil

Beef carcass sponge samples collected between March 2003 and August 2005 at an abattoir in Brazil were surveyed for the presence of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC). Only one carcass among the 80 tested showed a STEC, stx2-encoding gene by PCR amplification. The frequency of carcass contamination by E. coli during processing was tested at three situations, respectively: preevisceration, postevisceration and postprocessing, during the rain and dry seasons. The prevalence of E. coli at the three points was of 30.0%, 70.0%, 27.5% in the rain season and of 22.5%, 55.0%, 17.5% during the dry season, respectively. The E. coli isolates exhibited a high level (45.0%) of multidrug resistance to two or more antimicrobial agents. (c) 2006 Elsevier B.V. All rights reserved.

Virulence factors of Escherichia coli isolated from diarrheic calves

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)