Sistemática molecular de Utricularia L. (Lentibulariaceae)

Pós-graduação em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) - FCAV

Caracterização molecular da microbiota e morfologia intestinal da tilápia-do-Nilo (Oreochromis niloticus) após suplementação dietética com mananoligossacarídeo (MOS)

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Análise da expressão das proteínas celulares p53, p16 e ciclina D1 em amostras de tumores penianos

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Diagnóstico morfológico e molecular de Haemonchus spp. em bovinos e ovinos

Pós-graduação em Biologia Geral e Aplicada - IBB

Produção de vetores recombinantes para análise das propriedades biológicas e cancerígenas da proteína K1 do herpesvírus associado ao sarcoma de Kaposi (KSHV/HHV-8)

Pós-graduação em Patologia - FMB

Caracterização de Aeromonas spp isoladas de amostras de ostras e água por método microbiológico e molecular

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estudo de espécies de Chrysobalanaceae com ação citotóxica: análise metabolômica visando ao entendimento de associações sinérgicas e da complexidade micromolecular

Pós-graduação em Química - IQ

Estudo de estirilpironas de Cryptocarya mandioccana por espectrometria de massas e análise configuracional por ressonância magnética nuclear e dicroísmo circular

Pós-graduação em Química - IQ

Análise in silico de uma pirofosfatase e de uma tiosterase de uma biblioteca metagenômica de solo de Eucalipto spp

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Análise tomográfica, histológica, histométrica e imunoistoquímica do beta tricálcio fosfato com osso autógeno em aumento do soalho de seio maxilar

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise de propriedades topológicas das redes biológicas integradas da Escherichia coli e da Saccharomyces cerevisiae

Biological processes are complex and possess emergent properties that can not be explained or predict by reductionism methods. To overcome the limitations of reductionism, researchers have been used a group of methods known as systems biology, a new interdisciplinary eld of study aiming to understand the non-linear interactions among components embedded in biological processes. These interactions can be represented by a mathematical object called graph or network, where the elements are represented by nodes and the interactions by edges that link pair of nodes. The networks can be classi- ed according to their topologies: if node degrees follow a Poisson distribution in a given network, i.e. most nodes have approximately the same number of links, this is a random network; if node degrees follow a power-law distribution in a given network, i.e. small number of high-degree nodes and high number of low-degree nodes, this is a scale-free network. Moreover, networks can be classi ed as hierarchical or non-hierarchical. In this study, we analised Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae integrated molecular networks, which have protein-protein interaction, metabolic and transcriptional regulation interactions. By using computational methods, such as MathematicaR , and data collected from public databases, we calculated four topological parameters: the degree distribution P(k), the clustering coe cient C(k), the closeness centrality CC(k) and the betweenness centrality CB(k). P(k) is a function that calculates the total number of nodes with k degree connection and is used to classify the network as random or scale-free. C(k) shows if a network is hierarchical, i.e. if the clusterization coe cient depends on node degree. CC(k) is an indicator of how much a node it is in the lesse way among others some nodes of the network and the CB(k) is a pointer of how a particular node is among several ...(Complete abstract click electronic access below)

Caracterização molecular do gene que codifica a TCTP (Translationally Controlled Tumor Protein) em tomate (Solanum lycopersicum cv. Santa Clara)

The gene encoding TCTP (Translationally Controlled Tumour Protein) is present in all eukaryotes and its product is involved in various cellular processes. Although well characterized in mammals, there are only few works available in the literature related to the analysis of this protein in plants. In this present work, the expression of the gene encoding TCTP was analyzed in different organs/tissues of tomato plants (Solanum lycopersicum cv. Santa Clara). A quantification performed by RT-qPCR revealed the presence of TCTP transcript in all tissues/organs analyzed, with the highest expression level found in leaves. With the exception of fruits in intermediate stage of maturation, for which a small increase on the expression was detected, there was minimal variation in the relative expression of TCTP in other organ/tissues. In parallel, the effects of the constitutive expression of TCTP were investigated using transgenic tobacco lines able to overexpress this protein at different levels (T1, T2 and T3). Seedlings of these lines, and of a non-transgenic control line, were grown in MS culture medium for 21 days. At the end of this period, the length of roots and leaves was taken and the seedlings were photographed. According to Tukey's test, the analysis of the mean root length revealed a significant difference between T1 and T3 lines when compared to the control, although the same was not observed for the T2 line. For leaves, according to Kruskal-Wallis test, there was a statistical difference between the averages of leaf growth obtained for the different lines evaluated. According to these results, we can conclude that TCTP shows an ubiquitous expression in tomato plants, with the highest expression detected in leaves, and also that its overexpression promoted a higher root and leaf development in two of three transgenic tobacco lines tested

Taxonomia molecular e filogeografia de Hypostomus strigaticeps (Teleostei: loricariidae) na bacia do alto rio Paraná

Buscando identificar marcadores populacionais que indiquem supostos mecanismos de isolamento entre as populações, no presente trabalho foram realizadas análises filogenéticas e filogeográficas em populações de Hypostomus strigaticeps, com base em sequências de DNA mitocondrial do gene ATPase 8/6. Um total de 32 exemplares provenientes de 11 populações de quatro sub-bacias: rio Mogi-Guaçu (duas), rio Paranapanema (cinco), rio Tietê (três) e Rio do Peixe (um), tiveram DNA extraído e o gene ATPase 8/6 completamente amplificado (840 pares de base) e sequenciado. As sequências obtidas foram alinhadas com o programa Bioedit, as análises filogenéticas foram realizadas no programa MEGA 5.0 através do método de Neighbor-Joining, Máxima Parcimônia e Minimun-Evolution, com 1000 réplicas de boostrap. Para as análises filogeográficas as sequências foram analisadas no programa TCS. As análises filogenéticas mostraram que a espécie forma uma unidade monofilética composta por duas linhagens: “TG” com representantes das populações dos rios Tietê, Mogi-Guaçu e Rio do Peixe, e “PC” com representantes dos rios Paranapanema e reservatório de Chavantes. A divergência genética da linhagem “TG” é de 0,1% e da linhagem “PP” é de 0,2%, enquanto a divergência genética entre as duas linhagens é de cerca de 1%. Na análise filogeográfica observou-se a existência de seis haplótipos (A-H), sendo o haplótipo A considerado ancestral para as populações analisadas. Apenas os representantes da bacia do Tietê possuem o haplótipo ancestral. Os haplótipos A, B e F possuem a maior frequência (18,51%). Os resultados obtidos para uma população do Mogi-guaçu (Cachoeira de Emas), mostram que estes peixes são muito distantes das demais populações de H. strigaticeps, tanto no ponto de vista filogenético quanto no ponto de vista fitogeográfico... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Determinação de genes mórbidos e drogáveis a partir da construção e análise da rede integrada de interações moleculares entre genes humanos

The discovering process of new morbid genes and new target proteins for drugs have been shown to be very costly and laborious. Having in view cutting costs and speeding up this process, we propose, in this work, a new method to determine the gene druggability score and morbidity score, the probabilities of the protein encoded by the gene have the characteristics that make it a new target for drugs and in case of an alteration in that gene, we observed a phenotype that characterizes a genetic based illness. To determine these characteristics, we built, analyzed and determined the characteristics of the topology of the integrated molecular interactions network among human genes containing physical interactions between proteins, metabolic interactions and interactions of transcriptional regulation, and included other data such as level of gene transcription and cellular localization of the protein encoded by the gene. We tested our model in training sets and achieved results equal or better than the ones achieved by similar methods in the literature. Finally, with the purpose of investigating whether the assigned scores resembles the potential druggabilities and morbities of the previously unclassi ed genes, we looked for evidences in biomedical literature supporting the potential druggability and morbidity status of genes with the 10 highest scores. We found clear evidences for 73% and 90% of potential druggable and morbid genes respectively

Diversidade gênica no gênero Astyanax (Teleostei : Characidae) através da análise de PCR-RFLP de DNA mitocondrial

O gênero Astyanax é um dos mais abundantes e diversificados da família Characidae (subfamília Tetragonopterinae), com mais de 100 espécies nominais, estando amplamente distribuído na bacia do Alto rio Paraná. Esse gênero é caracterizado pela similaridade quanto à forma do corpo, além da alta variabilidade citogenética intra e interpopulações, sendo comum a ocorrência de espécies crípticas ou complexos de espécies. Devido à escassez de dados sobre genética molecular referentes a esse gênero, e a dificuldade na identificação taxonômica, fazse necessário um estudo utilizando marcadores moleculares que visem desenvolver métodos rápidos e eficientes para caracterização de espécies de Astyanax com base em análises de DNA. Em vista dessa necessidade, o presente trabalho teve como objetivo avaliar a eficiência da técnica de PCR-RFLP do gene mitocondrial Citocromo b na identificação e caracterização da variabilidade genética de cinco espécies do gênero Astyanax que ocorrem na bacia do Alto rio Paraná. O mtDNA das espécies alvo foi totalmente amplificado, num total de cerca de 1140 pares de bases (pb). As análises foram obtidas através dos haplótipos gerados com a digestão por três enzimas de restrição que clivam estes genes, sendo estas ALUI, BAMHI, e HPAII. Foram analisadas 2 populações de Astyanax paranae, A. altiparanae, A. fasciatus, A. bockmanni, e uma população de A. biotae, com amostragens variando entre 5 e 10 indivíduos de cada população. Como grupo externo foram analisadas duas populações de Astyanax ribeirae da bacia hidrográfica do rio Ribeira de Iguape. Ao final do trabalho foi possível a identificação de 4 das 6 espécies analisadas, sendo que as espécies mais divergentes são A. altiparanae e A. ribeirae, as espécies A. paranae + A. bockmanni e A. fasciatus + A. ribeirae são as mais fortemente relacionadas...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)