PCR fluorescente associada à eletroforese capilar como ferramenta de diagnóstico de bactérias no semen

This study was performed in order to evaluate the detection limit of PCR with fluorescent capillary electrophoresis for Brucella abortus diagnosis in bovine semen. Negative bovine semen samples were artificially contaminated with B. abortus (10(0) to 10(7) bacteria/mL) and DNA was extracted by phenol/chloroform protocol. DNA was amplified by PCR with oligonucleotides previously described BF-5'gcgctcaggctgccgacgcaa3' (6-FAM labeled) and BR-5'accagccattgcggtcggta3' for B. abortus. Oligonucleotides generated DNA fragments of 193 bp. DNA fragments visualization was done under UV light at silver stained 8% poliacrylamide gel, and fluorescent capillary electrophoresis performed in an automatic DNA fragment analyzer. The detection limit of capillary electrophoresis for B. abortus was 10³ bacteria/mL, while for silver stained 8% poliacrylamide gel it was 10(5) bacteria/mL. PCR with fluorescent capillary electrophoresis is fast, efficient and highly sensitive test for DNA detection of Brucella in bovine semen, and itcan be an important tool for health evaluation of the herd and semen sanitary control in artificial insemination centers.

Detecção do operon ica da produção de biofilme, gene mecA de resistência à oxacilina e identificação de espécies de Staphylococcus spp. diretamente dos frascos de hemoculturas pela técnica de PCR multiplex

Pós-graduação em Doenças Tropicais - FMB

Allele frequency of hereditary equine regional dermal asthenia in American Quarter horses in Brazil determined by quantitative real-time PCR with high resolution melting analysis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Evaluation of ERIC-PCR as Genotyping Method for Corynebacterium pseudotuberculosis Isolates

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Multiplex-PCR for differentiation of Mycobacterium bovis from Mycobacterium tuberculosis complex

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Comparison of PCR with stained slides of bone marrow and lymph nodes aspirates with suspect diagnosis for leishmaniasis

Visceral leishmaniasis (VL), also known as kala-azar, is a disseminated protozoan infection caused by Leishmania donovani complex. Traditionally the definite diagnosis is made by amastigote detection in the tissue. The aim this study was to evaluate the PCR technique in stained slides of bone marrow and lymph nodes aspirates with suspect diagnosis for leishmaniasis. Slides were selected totaling 62 suspect cases (33 bone marrow samples and 29 lymph node samples) and 17 positive cases (8 bone marrow and 9 lymph node). From 62 suspect cases, 39 (62.90%) were confirmed to be positive being 17 (n = 29) lymph node aspirates and 22 (n = 33) bone marrow. This finding is in agreement with the higher sensitivity of the PCR assay compared to direct microscopic observation. In conclusion, the findings of this study supports the use of PCR on archive cytological preparation stained slides for the diagnosis of canine visceral leishmaniasis, emphasizing the higher sensitivity of this technique when compared to direct microscopic examination and mostly the use of the suspect status for the cytology samples that presents the previously mentioned particularities with focus on detecting the oligosymptomatic or assymptomatic dogs in endemic areas functioning as potential reservoirs for this disease. (C) 2014 Elsevier B.V. All rights reserved.

Species-specific PCR for the identification of Cooperia curticei (Nematoda: Trichostrongylidae) in sheep

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Analysis of the intestinal bacterial microbiota in maize- or sorghum-fed broiler chickens using real-time PCR

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Metodologia microbiológica convencional e reação em cadeia pela polimerase (PCR) na detecção de Salmonellasp. a partir de caldos de enriquecimento – Tetrathionato e Rappaport-Vassiliadis

The progressive increase in consumption and production of poultry meat in later years comes forth with an increase of the occurrence of foodborne diseases, including salmonellosis. Salmonellosis is caused by the ingestion of contaminated products, mainly by the consumption of poultry meat which processing and preparation for consumption were not effective to eliminate pathogens. Thus, there is a need for the development of faster more sensitive methods of detection of pathogens as a way to ensure the quality of the food offered to consumers. The goal of this essay was to evaluate the effect of enrichment broths on naturally contaminated poultry meat samples. A total of 65 samples was collected, these samples were rinsed with 370 mL of buffered peptone water (BPS) 1% according with the traditional methodology. All of the samples were enriched with both Tetrathionate (TT) and Rappaport-Vassiliadis (RV) and all were analyzed by the convencional identification method and polimerasis chain reaction (PCR). Of the 65 analized samples, 34 (52%) were positive when analized by the conventional method, while 45 (69%) were positive when analized by the PCR. Amongst the 45 positive PCR samples, 44 samples were positive when enriched with TT, while just 32 samples were positive when enriched by RV. Of the 34 positive conventional samples, 29 samples were positive when enriched by TT and 31 were positive when enriched by RV

Diversidade gênica no gênero Astyanax (Teleostei : Characidae) através da análise de PCR-RFLP de DNA mitocondrial

O gênero Astyanax é um dos mais abundantes e diversificados da família Characidae (subfamília Tetragonopterinae), com mais de 100 espécies nominais, estando amplamente distribuído na bacia do Alto rio Paraná. Esse gênero é caracterizado pela similaridade quanto à forma do corpo, além da alta variabilidade citogenética intra e interpopulações, sendo comum a ocorrência de espécies crípticas ou complexos de espécies. Devido à escassez de dados sobre genética molecular referentes a esse gênero, e a dificuldade na identificação taxonômica, fazse necessário um estudo utilizando marcadores moleculares que visem desenvolver métodos rápidos e eficientes para caracterização de espécies de Astyanax com base em análises de DNA. Em vista dessa necessidade, o presente trabalho teve como objetivo avaliar a eficiência da técnica de PCR-RFLP do gene mitocondrial Citocromo b na identificação e caracterização da variabilidade genética de cinco espécies do gênero Astyanax que ocorrem na bacia do Alto rio Paraná. O mtDNA das espécies alvo foi totalmente amplificado, num total de cerca de 1140 pares de bases (pb). As análises foram obtidas através dos haplótipos gerados com a digestão por três enzimas de restrição que clivam estes genes, sendo estas ALUI, BAMHI, e HPAII. Foram analisadas 2 populações de Astyanax paranae, A. altiparanae, A. fasciatus, A. bockmanni, e uma população de A. biotae, com amostragens variando entre 5 e 10 indivíduos de cada população. Como grupo externo foram analisadas duas populações de Astyanax ribeirae da bacia hidrográfica do rio Ribeira de Iguape. Ao final do trabalho foi possível a identificação de 4 das 6 espécies analisadas, sendo que as espécies mais divergentes são A. altiparanae e A. ribeirae, as espécies A. paranae + A. bockmanni e A. fasciatus + A. ribeirae são as mais fortemente relacionadas...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Freqüência do parvovírus suíno em fetos mumificados, abortados e natimortos detectado através da reação em cadeia pela polimerase (PCR)

Porcine parvovirus (PPV) is associated with reproductive failure and it has been found worldwide, including Brazil. Many diagnostic procedures are used for its detection, for example, immunofluorescence, HA, HI and PCR and this is an important technique because it is very specific and sensitive. In this work, the presence of PPV in fetuses from swine farms with reproductive problems was detected by PCR. All of 170 samples from aborted fetuses, mummies or stillborns were sampled by PCR with primers designed to VP2 region of PPV and c-myc (endogenous control). Only 142 samples (83,53%) were positive for c-myc and among them six samples (4,22%) were positive for PPV which were tested in HA. In this test, erythrocytes suspension 1% was used and three samples (50%) agglutinated but they presented low titer (4). For this work, porcine parvovirus was detected in the samples analyzed by PCR and HA. It is important to emphasize the use of endogenous control when material with elevated degree of autolysis is examined

Perfil sanitário e pesquisa de Salmonella em frangos e lingüiças pela metodologia tradicional e pela PCR

Novos hábitos alimentares da população e as mudanças nos sistemas de produção e distribuição dos alimentos podem estar fortemente relacionados aos casos de doenças transmitidas pelo consumo de alimentos contaminados por microorganismos. Isso faz com que a preocupação com a qualidade microbiológica dos alimentos aumente mundialmente. Dentre os principais patógenos, destaca-se a Salmonella sp, que pertence à microbiota gatrentestinal de animais silvestres e de animais domésticos criados para o consumo humano (aves, bovinos e suínos). Este fato torna o problema de grande relevância para as autoridades de saúde pública, pois esses microrganismos podem estar associados às infecções ou surtos provocados pela ingestão de alimentos contaminados. Foram coletadas 35 amostras de lingüiças e 25 cortes de frango, nos principais supermercados do município de Botucatu-SP e avaliados quanto à qualidade higiênico-sanitária através da determinação do número mais provável de coliformes termotolerantes (CT), além da presença de Salmonella sp. Os resultados obtidos mostram que 31% das lingüiças e 84% das amostras de frango estavam fora dos padrões higiênico-sanitários estabelecido pela ANVISA (RDC n° 12), que determina uma quantidade máxima de 5x103 CT/g em lingüiça e 104 /g em carne de aves. Em relação à Salmonella sp, estabeleceu-se a ausência dessa bactéria em 25g de lingüiça e não determina nenhum parâmetro para o frango. Entre as 25 amostras de frango analisadas, duas (8%) foram positivas pela metodologia tradicional. Esse... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Comparação da sensibilidade da técnica parasitológica (OPG) e da PCR para o diagnóstico de Strongyloides venezuelensis em fezes de ratos (Rattus norvegicus) da linhagem Lewis infectados experimentalmente

Espécies do gênero Strongyloides são importantes parasitas de humanos e animais domésticos e aquelas que parasitam roedores são freqüentemente utilizadas como modelos experimentais para o estudo da estrongiloidíase. S. venezuelensis parasita ratos (Rattus norvegicus) e seu estudo tem permitido o entendimento de mecanismos imunológicos envolvidos na relação parasita–hospedeiro da estrongiloidíase humana e animal. O diagnóstico parasitológico de S. venezuelensis pode ser realizado pela detecção de ovos embrionados nas fezes, com o uso do OPG (ovos por grama de fezes), também empregado no monitoramento da infecção. Entretanto, essa técnica se mostra pouco sensível quando a carga parasitária é leve. Os métodos moleculares aumentam a sensibilidade e a especificidade das análises. A PCR tem se mostrado como uma técnica sensível e precisa na detecção de parasitas em tecidos e fezes de hospedeiros infectados. A fim de comparar a sensibilidade das técnicas de OPG e PCR em ratos Lewis infectados por S. venezuelensis, foram realizados dois protocolos no presente estudo. No Protocolo I foi comparada a sensibilidade das duas técnicas em amostras de ratos Lewis com diferentes cargas parasitárias. A PCR com o emprego par de primers descrito por Dorris et al. (2002) obteve melhores resultados que o OPG nos grupos inoculados com 40 L3, considerada como infecção leve. Entretanto, não foi verificada diferença estatística significativa entre as técnicas (P>0,05), provavelmente por terem sido utilizados poucos animais (n=10). O outro par de primers utilizado foi desenhado a partir de uma seqüência parcial do gene do rDNA de S. venezuelensis e não foi capaz de detectar a presença do DNA do helminto em nenhuma amostra desse grupo. Já nos grupos inoculados com 400 e 4000 L3, tanto a PCR com...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Metodologia Microbiológica Convencional e Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR) na detecção de Salmonella spp em carcaças de frango

Salmonella is the etiological agent responsible for one of the most important Food Borne Disease (FBD), Salmonellosis, which generates significant economic consequences in several countries, including Brazil. Poultry meat is one of the most important disseminators of the pathogen. Accordingly, several countries have developed programs trying to reduce the prevalence of Salmonella in poultry meat. Such programs are based on the research of the pathogen in the carcasses, establishing a maximum limit of positive samples at each set of analysis. The Salmonella scans are usually made using the conventional microbiological methods, which tend to be expensive and time consuming. In recent years were developed rapid methods such as polymerase chain reaction (PCR), which can greatly shorten the results time, showing greater sensitivity and specificity than conventional methodology