314 resultados para BIOLOGIA MOLECULAR
Resumo:
The reducionism method has helped in the clari cation of functioning of many biological process. However, such process are extremely complex and have emergent properties that can not be explained or even predicted by reducionism methods. To overcome these limits, researchers have been used a set of methods known as systems biology, a new area of biology aiming to understand the interactions between the multiple components of biological processes. These interactions can be represented by a mathematical object called graph or network, where the interacting elements are represented by a vertex and the interactions by edges that connect a pair of vertexes. Into graphs it is possible to nd subgraphs, occurring in complex networks at numbers that are signi cantly higher than those in randomized networks, they are de ned as motifs. As motifs in biological networks may represent the structural units of biological processess, their detection is important. Therefore, the aim of this present work was detect, count and classify motifs present in biological integrated networks of bacteria Escherichia coli and yeast Saccharomyces cere- visiae. For this purpose, we implemented codes in MathematicaR and Python environments for detecting, counting and classifying motifs in these networks. The composition and types of motifs detected in these integrated networks indicate that such networks are organized in three main bridged modules composed by motifs in which edges are all the same type. The connecting bridges are composed by motifs in which the types of edges are diferent
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A leishmaniose é um conjunto de doenças infecciosas causadas por parasitas do gênero Leishmania, que afligem milhões de pessoas no mundo, tendo a cada ano dois milhões de novos casos e 70 mil mortes. As drogas utilizadas no tratamento das diferentes formas clínicas da doença apresentam alta toxicidade e baixa eficácia, além de apresentarem muitos efeitos colaterais e colaborarem com o aparecimento de parasitas e vetores resistentes. Devido a estas adversidades, o desenvolvimento de novas terapias para o tratamento desta parasitose é incentivada pela Organização Mundial da Saúde (OMS) e um maior conhecimento sobre a biologia molecular destes protozoários poderá facilitar estas descobertas. Ultimamente, os telômeros, estruturas nucleoproteícas nos terminais dos cromossomos de eucariotos, têm sido alvo intenso de estudos, que visam utilizá-los como alvo terapêutico contra tumores malignos e microrganismos patogênicos. Os telômeros geralmente se apresentam como estruturas dinâmicas onde ocorrem interações entre o DNA e proteínas, resultando na formação do complexo telomérico, que é responsável pela proteção e manutenção dos cromossomos e estabilidade do genoma, caracterizando uma função imprescindível para viabilidade celular. Componentes do complexo telomérico de Leishmania amazonensis foram identificados por ensaios bioquímicos em extratos positivos para a atividade de telomerase. Entre estes componentes identificou-se as proteínas LaRPA-1 (L. amazonensis Replication Protein A-1) e a LaRbp38 (L. amazonensis RNA binding protein) as quais mostraram habilidade de interagir com o DNA telomérico in vitro e in vivo. Mais recentemente, utilizando-se ensaios de imunoprecipitação e de captura por “pull-down” foi demonstrado que estas proteínas fazem parte de um mesmo complexo nos telômeros do parasita. Este trabalho pretende confirmar estas possíveis interações entre as proteínas teloméricas LaRPA-1 e ...
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A metilação de ilhas CpG em regiões regulatórias de vários genes tem sido descrita como um processo importante no silenciamento de genes supressores de tumor e diretamente envolvida no processo de carcinogênese de uma série de tumores. O estudo desses genes afetados pela metilação em tumores visa à procura de marcadores moleculares para o diagnóstico, prognóstico e tratamento de tumores, e também a caracterização do seu papel no processo biológico do câncer. O nosso grupo de pesquisa participou de um Projeto Temático que visa a identificação de genes metilados em tumores de cabeça e pescoço (processo 03/09497-3) e foi então proposta a utilização do sistema de duplo-híbrido de levedura como ferramenta no início da análise funcional destes genes. Dessa maneira, utilizando como isca o gene CRABP2 identificado como diferencialmente metilado em câncer de cabeça e pescoço, foi realizado o rastreamento de duplo-híbrido para a identificação de interações físicas proteína-proteína. Foram rastreados aproximadamente 2,1x105 transformantes neste sistema, dos quais 550 foram inicialmente positivos para His+. Desses, 182 transformantes confirmaram a marca His+ e foram testados para -galactosidase. Em seguida, 19 foram selecionados para passar pela etapa do “plasmid linkage”. Após esse teste, 9 clones confirmaram a ligação dos marcadores His+ e β-gal+ com a presença do plasmídeo LEU2 . Assim, após o sequenciamento dos insertos contidos nos clones identificados, ciclina D3 (CCND3), alfa-macroglobulina 2 (A2M) (2 clones), canal aniônico dependente de voltagem 2 (VDAC2), tubulina alfa 1 (TUBA1), tubulina alfa 2 (TUBA2), tubulina beta (TUBB), fator de ligação ao “enhancer” do gene interleucina 2 (ILF2) e desoxi-hipusina sintase (DHPS) emergiram como ligantes de CRABP2
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O agente etiológico da doença de Chagas, Trypanosoma cruzi, é responsável pela infecção de milhões de pessoas na América Latina. No momento há apenas dois fármacos disponíveis, o nifurtimox (5-nitrofurano), teve o uso descontinuado no Brasil, e o benzonidazol (2-nitroimidazole), embora ambos possuam ações limitadas, visto que dependem da fase da doença, das condições fisiológicas do hospedeiro, da suscetibilidade e variabilidade genética da cepa. Assim, a busca de novas moléculas torna-se urgente e necessária, bem como a compreensão do mecanismo de resistência aos fármacos tripanocidas. Alguns estudos relatam aumento na produção de enzimas que atuam na defesa celular, as quais, provavelmente, poderiam ser responsáveis pela resistência de certas cepas do parasita. Tais enzimas têm funções importantes na sobrevivência e crescimento dos parasitas: superóxido dismutase (SOD), uma metaloenzima que elimina radicais superóxido ao convertê-los em peróxido de hidrogênio e oxigênio molecular; old yellow enzyme (OYE), que é uma NADPH flavina oxidoredutase e pode estar envolvida na redução de substâncias tripanocidas; e, peroxiredoxina (Prx), que catalisa a redução de peróxidos. O objetivo deste projeto é avaliar a suscetibilidade de diferentes cepas ao benzonidazol, clonar, sequenciar e expressar enzimas possivelmente envolvidas na resistência a este fármaco e realizar análises morfológicas serão nos parasitos após serem expostos à substância em questão. Futuramente os anticorpos policlonais obtidos a partir das proteínas recombinantes de Prx, SOD e OYE serão empregados para avaliar o nível de expressão das mesmas em parasitas tratados e não tratados com o benzonidazol.
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Espécies do gênero Strongyloides são importantes parasitas de humanos e animais domésticos e aquelas que parasitam roedores são freqüentemente utilizadas como modelos experimentais para o estudo da estrongiloidíase. S. venezuelensis parasita ratos (Rattus norvegicus) e seu estudo tem permitido o entendimento de mecanismos imunológicos envolvidos na relação parasita–hospedeiro da estrongiloidíase humana e animal. O diagnóstico parasitológico de S. venezuelensis pode ser realizado pela detecção de ovos embrionados nas fezes, com o uso do OPG (ovos por grama de fezes), também empregado no monitoramento da infecção. Entretanto, essa técnica se mostra pouco sensível quando a carga parasitária é leve. Os métodos moleculares aumentam a sensibilidade e a especificidade das análises. A PCR tem se mostrado como uma técnica sensível e precisa na detecção de parasitas em tecidos e fezes de hospedeiros infectados. A fim de comparar a sensibilidade das técnicas de OPG e PCR em ratos Lewis infectados por S. venezuelensis, foram realizados dois protocolos no presente estudo. No Protocolo I foi comparada a sensibilidade das duas técnicas em amostras de ratos Lewis com diferentes cargas parasitárias. A PCR com o emprego par de primers descrito por Dorris et al. (2002) obteve melhores resultados que o OPG nos grupos inoculados com 40 L3, considerada como infecção leve. Entretanto, não foi verificada diferença estatística significativa entre as técnicas (P>0,05), provavelmente por terem sido utilizados poucos animais (n=10). O outro par de primers utilizado foi desenhado a partir de uma seqüência parcial do gene do rDNA de S. venezuelensis e não foi capaz de detectar a presença do DNA do helminto em nenhuma amostra desse grupo. Já nos grupos inoculados com 400 e 4000 L3, tanto a PCR com...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
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As formigas da tribo Attini apresentam reconhecida simbiose com microrganismos: fungos mutualistas basidiomicetos nas famílias Lepiotaceae e Pterulaceae cultivados pelas formigas, bactérias actinomicetas ou no gênero Burkholderia produtoras de antibióticos contra fungos entomopatogênicos, fungos ascomicetos do gênero Escovopsis micófagos para o mutualista, e comensais como fungos, leveduras e bactérias que degradam celulose. Um novo mutualista é descrito no presente trabalho: uma espécie de bactéria no gênero Mesoplasma, detectada via PCR para 16S no DNA genômico de Attini derivadas (gêneros Acromyrmex, Atta, Serycomyrmex e Cyphomyrmex), intermediárias (Trachymyrmex) e basais (Apterostigma, Mycetarotes, Mycocepurus e Mycetagroicos). Uma única linhagem de Mesoplasma com baixíssima diversidade 16S esteve presente nas Attini, mas não em formigas de tribos filogeneticamente próximas a Attini, como Dolichoderini (Tapinoma sp), Camponotini (Camponotus sp), Cephalotini (Cephalotes sp), Crematogastrini (Crematogaster sp), Pheidolini (Pheidole sp) e Ponerini (Pachycondyla sp), indicando uma simbiose Mesoplasma-Attini recente e específica.
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The genetic inheritance, beyond determining the regular features of all the live beings, can also be the cause of diseases, called as hereditary or genetic diseases. In the case of livestock, especially cattle, little genetic variation, by the use of the same sires for a long time, can facilitate the emergence of problems. In this study, we reviewed eight of the most important genetic diseases in cattle herds around the world, whose mutation has already been characterized. Some of these diseases are reported in Brazil, but there are few studies and articles on this subject, due to the difficulty of a definitive diagnosis, which often is only possible with the use of molecular biology techniques. The knowledge of the disorders and the correct diagnosis are essential to initiate an action plan aimed at eradicating them
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Experimental models composed by human and animal cell lines are simplified and informative, allowing them to be widely used for biomedical research. Most laboratories that use in vitro cultivated cells maintain a variation of cell lines stored and cultivated. Therefore, misidentification and cross-contamination events can happen during cell lines handling. This problem can generate a repertoire of dubious results and papers, which may prejudice biomedical research. Recently it was created the International Cell Line Authentication Committee (ICLAC), which aims to spread knowledge about cross-contamination and misidentification of in vitro cell lines. Despite of the efforts spent trying to aware scientific community about the importance of the correct identification of cells, the number of papers based on misidentified cell lines it´s still worrying, compromising the reliability of out coming results and conclusions regarding them. The present study aims to analyze and discuss the main advantages and limitations of eukaryote in vitro cell lines use, characterizing the cell lines authentication problems. Therefore, compilation and critical analyses of literature data was realized, aiming to improve the understanding about this subject. Based on information about 445 cell lines with issues published by ICLAC it´s clear that contamination in human cell lines represented 89,2 % of mentioned problems. HeLa cell line was the responsible for most contamination, especially in 92 normal tissue cell lines, representing 44,6% of the contamination. These results reinforce the importance of periodic maintenance of cell lines cultures by labs and implementation of authentication methods as polymorphic STRs, besides obtaining cell lines from reliable sources and cell banks
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To isolate, to concentrate and to purify bacteriophages from isolates of P. aeruginosa; To observe the capacity of bacteriophages to infect isolates of P. aeruginosa susceptible and multiresitant to antimicrobial; To caractherize bacteriphages by electronic microscopy techniques. 10 isolates of Pseudomonas aeruginosa from LEMC culture collection were submitted to the experiments of ideal temperature for the lyse region appearance in the MaConkey culture plate and 2 extraction methods for the concentration of the phages, clorophorm (Silankorva) and filtration plus centrifugation (Bergan). Three infected clinical isolates of multiresistant P. aeruginosa an one susceptible isolate ( PA01) were evaluated by 3 transmission electron microscopy techniques to caractherize phages morphologically (“on grid”, “on drop” and direct extraction from the lyse region of the culture plate). The ideal temperature to obtain lyses region was 37°C. The stock solutions, obtained through the methodologies of Sillankorva and Bergan, had satisfactory results in infecting the multiresistant isolate and the negative control. Among the 3 techniques of electronic microscopy tested the direct from the lyse plate was the best to obtain the micrography of the phages
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Proteínas que apresentam atividades no núcleo e possuem sequência de localização nuclear (NLS) tem seu deslocamento dependente do heterodímero importina-α/β. A importina- (ImpA) é responsável pelo reconhecimento inicial do substrato a ser importado através da interação com os NLS. Os sinais são caracterizados por apresentar um ou mais grupos de aminoácidos básicos, denominados como sequências monopartidas e bipartidas. O fungo Neurospora crassa vem sendo utilizado há mais de 70 anos como organismo modelo em estudos de expressão gênica, desenvolvimento e diferenciação celular, ritmo circadiano, defesa do genoma, bem como outros aspectos da biologia de eucariotos. A presença de um grande número de genes no genoma de N. crassa ainda com funções desconhecidas aponta este organismo como um promissor modelo para o estudo de novos mecanismos genéticos e bioquímicos ainda não identificados. Considerando a importância do metabolismo do glicogênio para os organismos, o presente trabalho teve como objetivo o estudo estrutural de complexos de ImpA com peptídeos NLSs (NCM e NCB) de proteínas envolvidas no metabolismo de glicogênio do fungo N. crassa, utilizando técnicas de cristalografia de proteínas. Monocristais dos complexos ImpA-NCM e ImpA-NCB foram obtidos para a coleta dos dados de difração de raios-X, resultando em dois conjuntos de dados à 2,1Å e 2,45Å de resolução, respectivamente. Após elucidação da estrutura da ImpA, mapas de densidade eletrônica gerados revelaram uma densidade eletrônica no sítio principal de reconhecimento de NLS da ImpA de ambas estruturas, possibilitando modelagem dos peptídeos. Em uma comparação do mapa de densidade eletrônica obtido de ambos complexos com um mapa de uma estrutura nativa de ImpA (70-529) coletada à 2,0Å de resolução, a qual usualmente apresenta um peptídeo “contaminante” no sitio de ligação... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
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A leishmaniose é uma doença que atinge milhões de pessoas no mundo e, de acordo com a FUNASA, está se espalhando por todas as regiões do Brasil. O tratamento desta zoonose é ineficaz, pois os fármacos utilizados apresentam muitos efeitos colaterais e colaboram com o aparecimento de parasitas e vetores resistentes. Portanto um maior conhecimento sobre a biologia molecular destes protozoários poderá facilitar o descobrimento de novas terapias e desenvolvimento de drogas antiparasitárias. O complexo telomérico é formado pela interação de DNA com proteínas, sendo que estas últimas podem também interagir entre si. A proteína RPA de eucariotos compreende um complexo trimérico subdividido em três subunidades. Este cumpre independentemente ou juntamente com outras proteínas diversas funções vitais para a célula, entre elas, auxiliar na manutenção dos telômeros e ajudar a recrutar a telomerase. Além disso, ela parece ser um dos principais componentes do complexo de proteínas que interagem com o terminal simples fita telomérico de protozoários tripanosomatídeos. Curiosamente, em Leishmania spp., as subunidades 2 e 3, ao contrário da subunidade 1 da RPA, não fazem parte do complexo telomérico. Portanto a LaRPA-1 pode apresentar comportamentos peculiares quando comparada a RPA dos outros eucariotos, e se tornar um importante alvo ao se estudar a biologia molecular do parasita. Este trabalho tem como objetivo clonar, expressar e purificar os três diferentes mutantes truncados da proteína LaRPA-1 para, futuramente, utilizar-se estas proteínas recombinantes como ligantes em ensaios de interação proteína:proteína, visando mapear possíveis sítios ou domínios na proteína LaRPA-1.O gene que codifica LaRPA-1 já encontrava-se clonado e sequenciado no laboratório de Telômeros da UNESP de Botucatu....(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
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Small non coding RNAs emerged as important characters in several biology aspects. Among then, the most studied are microRNAs (miRNAs) and short interfering RNAs (siRNAs), that regulate their target gene post-transcriptionally in plants, animals and RNAi pathway intermediates, respectively. Both of classes have similar biogenesis being processed by Dicer enzymes and subsequent association with Argonaute enzymes. In plants, miRNAs and siRNAs have important functions in development, genome integrity and biotic and abiotic stress responses. The advances in high-throughtput sequencing and in silico analisys provide the uncover of new small non coding RNAs classes, many of them with unknown functions and biogenesis. tRNA derived small RNAs (tRFs) are a small non coding RNA class, that have as precursor a tRNA molecule. These were uncovers in the last decade in many organisms and, recently, in plants. Recent works detected tRFs from different sizes, with different source portions of the mature tRNA molecule (5’ end; 3’ end, anti-codon loop) and some from the tRNA precursor (pre-tRNA), suggesting that may be a novel class of small RNA and not random degradation products. Works in humans showed that some tRFs are processed by the Dicer enzymes, have association with the Argonaute enzymes and cell differentiation, tumor appearance and gene silencing related functions. Works in Arabidopsis and pumpkin (Cucurbita maxima) showed, respectively, that the tRFs have nutritional stress response possible functions and long distance signaling function between source and drain tissues, and may affect the translation. The tRFs biogenesis in plants are, until now an unknown, absence information about it in the literature and its possible biological functions are few studied yet, making then interesting target for studies among the small non coding RNAs in plants
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Em eucariotos os íntrons de mRNAs codificantes de proteína são retirados e os éxons são mantidos junto ao transcrito primário pela maquinaria do spliceossomo. Este consiste em um grande complexo RNA-proteína que contém mais de 200 proteínas e cinco tipos de RNAs não codificantes, metabolicamente estáveis, conhecidos como snRNAs U, que incluem U1, U2, U4, U5 e U6. Os genes snRNA U estão presentes em múltiplas cópias dispersas no genoma de diversos eucariotos e parecem apresentar comportamento semelhante aqueles dos elementos móveis exibindo pouca conservação sintênica. No presente trabalho pretendia-se estudar a organização genômica e a localização cromossômica do gene snRNA U1 em espécies de peixes do gênero Leporinus, que é um grupo de peixes que se configura como um modelo interessante para estudo de DNAs repetitivos e evolução genômica em peixes. Porém, após diversas tentativas não foi possível amplificar este gene e então optou-se por estudar o gene snRNA U2. O DNA genômico de diferentes espécies de Leporinus e de Schizodon (grupo próximo evolutivamente) foi amplificado utilizando primers específicos para o gene, por meio da técnica de PCR e os produtos obtidos enviados para o sequenciamento. O tamanho encontrado para essa sequência correspondeu a aproximadamente 200 pb, valor esse já encontrado para outras espécies. As sequências foram analisadas e resultados não concisos das sequencias obtidas não permitiram análises subsequentes. A localização cromossômica do gene foi realizada por meio da técnica de hibridação in situ e as marcações foram evidenciadas em um par cromossômico submetacêntrico de tamanho médio em todas as espécies. A localização destas sequências não mostrou relação com cromossomos sexuais, presentes em algumas das espécies analisadas, mas demonstrou forte evidência de conservação do gene entre as diferentes espécies estudadas
Resumo:
A grande diversidade das formigas implica na enorme variedade de hábitats de nidificação, preferências alimentares e comportamento social com divisão de trabalho, além da estruturação de seu ninho que por sua vez, podem revelar parte de sua história evolutiva. Camponotus textor é uma espécie tecelã, a qual constrói seu ninho a partir da seda produzida pelas suas próprias larvas, garantindo um dos mais notáveis exemplos de cooperação social. É uma formiga arborícola e de grande importância para a agricultura, já que pode nidificar no cafeeiro (Coffea arabica) e ser usada como agente de controle biológico impedindo o estabelecimento de outras pragas. Atualmente, existem poucos estudos abordando comportamento, fisiologia, genética, endossimbiontes e filogenia desse grupo. Segundo dados da literatura, o DNA mitocondrial tem sido utilizado em análises de filogenia devido ao ótimo número de cópias por célula, altas taxas mutacionais e pouca ou nenhuma recombinação. Sendo assim, o presente trabalho visa realizar o sequenciamento de um fragmento do DNA mitocondrial de populações distintas de Camponotus textor para ser utilizado como marcador molecular, tornandose uma ferramenta para diferenciação de populações e determinação das relações filogenéticas entre outras espécies de formigas relacionadas. Foi feita a extração do DNA em TNES (Tris, NaCl, EDTA, SDS), seguida da amplificação da região COI (citocromo oxidase I) do DNA mitocondrial utilizando-se os primers elaborados para este trabalho e o sequencimento foi realizado no 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems). As seqüências obtidas foram editadas no BioEdit, e posteriormente comparadas com o banco de dados GenBank, utilizando-se a ferramenta BLAST, e assim a construção da análise filogenética através do programa MEGA. Foi possível a separação das cinco populações em duas linhagens distantes geograficamente
Resumo:
O trabalho de parto prematuro (TPP) é uma intercorrência obstétrica com etiologia multifatorial, que tem como principal complicação a prematuridade. A infecção da cavidade amniótica (CA) é um fator associado ao TPP e, nos últimos anos, inúmeros trabalhos têm demonstrado a presença de diferentes espécies bacterianas no líquido amniótico (LA) de pacientes em TPP. Dentre essas, destacam-se duas espécies de micoplasmas genitais, Mycoplasma hominis e Ureaplasma urealyticum, que embora sejam freqüentemente detectadas no LA ainda são pouco estudadas quanto à sua relação com essa complicação obstétrica. Avaliar a infecção na cavidade amniótica por M. hominis e U. urealyticum bem como determinar os níveis de IL-6 e IL-10 no líquido amniótico de gestantes com trabalho de parto prematuro. Foi realizado estudo prospectivo com 20 gestantes em TPP, atendidas no Serviço de Obstetrícia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu, UNESP. O grupo controle foi constituído de 20 gestantes com indicação para amniocentese transabdominal para avaliação da maturidade fetal. Foram obtidas amostras do líquido amniótico e das membranas corioamnióticas de todas as pacientes incluídas no estudo. A pesquisa de M.hominis e U.urealyticum no LA foi realizada empregando-se a técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) e os níveis de IL-6 e IL-10 quantificados por ensaio imunoenzimático (ELISA). Os dados obtidos referentes às características maternas, infecção da cavidade amniótica e concentração de citocinas no LA foram submetidos ao teste z de proporção e ao teste de Mann-Whitney e o nível de significância adotado foi de 5%. A incidência de TPP no período do estudo foi de 5,8%. No grupo TPP, a pesquisa de invasão microbiana da CA foi positiva para... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)