Single Nucleotide Variations in the Buffalo Kappa-Casein Gene (CSN3)

Caseins are the major milk proteins associated with lactation performance, milk composition and cheese yield efficiency, representing around 80% of the total amount of proteins found in milk. Among the caseins, kappa-casein is the protein that stabilizes micelle structure during milk coagulation process and being used during the cheese production. The kappa-casein gene (CSN3) has been previously mapped to buffalo chromosome 7 using a radiation hybrid panel and a comparative map was established using the sequence from bovine chromosome 6. The molecular structure of this gene has also been established in river buffalo, with a total length of 13,191 bp (GenBank: AM900443.1) and containing five exons. In this study we searched for single nucleotide variations in specific regions of the CSN3 gene in three animals representing the Murrah breed. Sequencing reactions were performed using ABI3730xl sequencer. The primer walking method was used to span the 5'-UTR and intron 2 regions of the gene, for which ten primer pairs were designed using Oligo 6 software. BLAST tool was used to verify the primers specificity. DNA sequences assemblies from all three animals were performed with Sequencher (R) software 4.1, while multiple alignments were performed using Clustal W software to identify single nucleotide variations. The sequencing revealed a total of 19 single nucleotide variations with 13 located in the upstream regulatory region of the gene (5'-UTR) and six on intron 2. These variations can be validated using commercial populations segregating specific economic traits.

Graves ophthalmopathy: low-dose glucocorticoid increases peroxisome proliferator-activated receptor-gamma gene expression

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Aeromonas salmonicida induced immune gene expression in Aloe vera fed steelhead trout, Oncorhynchus mykiss (Walbaum)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Cryotolerance and global gene-expression patterns of Bos taurus indicus and Bos taurus taurus in vitro- and in vivo-produced blastocysts

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise de metilação da região promotora do gene RASSF1 em linhagens celulares derivadas de carcinomas mamários

O câncer de mama é o tipo de neoplasia que mostra as maiores taxas de mortalidade entre as mulheres no Brasil, provavelmente pelo fato de que, na maioria dos casos, a doença é diagnosticada em estadios avançados, dificultando o sucesso do tratamento. Dessa forma, essa doença é considerada um problema crítico de saúde pública. O câncer é uma doença que se caracteriza por sucessivas alterações genéticas e epigenéticas que causam um crescimento e multiplicação celular desordenados. A hipermetilação da região promotora de genes específicos pode levar ao silenciamento gênico, um evento importante no processo da carcinogênese. Este estudo analisou o padrão de metilação da isoforma RASSF1A do gene RASSF1 em linhagens celulares derivadas de carcinoma mamário. Esse gene está mapeado na região cromossômica 3p21.3 e, segundo dados da literatura, atua como supressor tumoral. O principal objetivo desse estudo foi investigar a presença de hipermetilação na região promotora desse gene em linhagens celulares de carcinomas mamários. Para a realização dessa análise foi empregada a metodologia de MSP (Methylation-specific Polymerase Chain Reaction) convencional e de qMSP (Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction quantitativa em tempo real). Todas as linhagens de carcinomas mamários analisadas no estudo (MCF7, MDA-MB-231, MDA-MB-453, MDA-MB-134 e SKBR3) apresentaram um padrão hipermetilado na região promotora do gene RASSF1 corroborando com dados da literatura que relacionam a inativação desse gene à hipermetilação do promotor. Estes dados, associados aos obtidos em uma análise paralela realizada em nosso laboratório que demonstrou a re-expressão do gene RASSF1 após o tratamento com o agente desmetilante 5 aza 2’desoxicitidina, confirmam a regulação epigenética desse gene supressor tumoral

Carga viral e genotipagem do vírus de Epstein-Barr (EBV) e análise da frequência das variantes do gene viral BNLF-1 em indivíduos portadores do vírus da imunodeficiência humana (HIV)

Indivíduos imunocomprometidos possuem maior risco de desenvolver linfomas associados ao EBV. A detecção desse vírus em sangue periférico e a determinação de sua carga viral podem ter importância na evolução clínica de indivíduos portadores do HIV. Foram avaliadas 156 amostras de pacientes HIVpositivos pela reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) para detecção e quantificação da carga viral do EBV. 123/156 (78,8%) casos apresentaram carga viral detectável para o EBV, sendo que a carga viral média foi de 6,9x10-3 cópias de EBV/célula. Foi detectada elevada carga viral do EBV em indivíduos com falha terapêutica ou sem HAART (p =0,0076), em coinfectados pelos EBVs 1 e 2 (p=0,0205), em pacientes com altas cargas de HIV (rho=0,27614, p=0,0005) e longos períodos de infecção pelo HIV (rho= 0,24164, p =0,0026) e os que apresentavam altos níveis de linfócitos T CD8 + (rho=0,19286, p =0,0159). A amplificação do gene EBNA-2 para realização da tipagem viral foi possível em 95/123 (77,2%) amostras, das quais 72 (75,8%) revelaram infecção pelo EBV-1, 9 (9,5%) pelo EBV-2 e 14 (14,7%) apresentavam coinfecção entre os EBVs 1 e 2. Esses dados estão de acordo com a literatura visto que o tipo 1 é predominante em países ocidentais e 70,0% da coorte era composta por indivíduos caucasianos e heterossexuais. A maioria dos pacientes que apresentaram coinfecção pelos EBVs 1 e 2 tiveram contagem de linfócitos T CD4 + entre 200 e 499 células/μL de sangue segundo classificação CDC (p =0,0272). Quanto a analise do gene BNLF-1, a amplificação foi possível em 99/123 (80,5%). Desses 50/99 (50,5%) apresentavam a deleção de 30pb no gene, enquanto 49/99 (49,5%) não a possuíam. Em conjunto, os resultados obtidos evidenciam deterioração do sistema imunitário, caracterizada...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Polimorfismo do gene IL6 candidato à predisposição à rotura prematura de membranas pré-termo e ao trabalho de parto pré-termo

Introduction: Preterm Labor (PTL) and Preterm Premature Rupture of Membranes (PPROM) cause severe complications for both mother and fetus. Among the risk factors associated with preterm labor and PPROM, genetic predisposition has been gaining importance. However, the association between polymorphic genes and the pathogenesis of PTL and PPROM remains elusive. A better understanding of the genetic mechanisms underlying these adverse pregnancy outcomes may enable the identification of high risk patients and allow new approaches to minimize the deleterious effects of prematurity. Aim: To determine the association between maternal IL-6 polymorphism gene and the occurrence of PTL and PPROM. Patients and Methods: The study included 109 patients with prior history of PL and/or PPROM that delivered prematurely at the Obstetrical Unit Care of Botucatu Medical School, UNESP between 2003 and 2012. The control group consisted of 68 patients that delivered at term, matched to the case group by age, ethnicity, and sex of the newborn. Oral swabs (Cath-AllTM – Epicentre Biotechnologies) were collected for analysis of genetic polymorphisms by PCR. Statistical tests were performed to compare genotype, clinical and socio-demographic data from the groups. A p-value of <0.05 was considered significant. Results: The sociodemographic characteristics in both groups were homogeneously distributed. The frequency of the polymorphic allele C, associated with less production of IL-6, and therefore thought to be protective against PTL and PPROM, was 32,5% in the study group and 30,9% in the control group, without statistically significant differences. Conclusion: Considering the sample size included in this study, the frequency of the mutated allele is similar in pregnant women who delivered at term and gestational complications as PTL and PPROM

Análise de metilação do gene FOXE1 em carcinoma de células escamosas em cães: padronização metodológica

It is believed that epigenetic mechanisms such as DNA methylation are important for the tumorigenesis and maintenance of the altered state of tumor cells. DNA methylation occurs by the addition of a methyl group to carbon 5 of cytosine, catalyzed by the enzyme DNA methyl-transferase, which can change the expression of a gene, including the tumor suppressor genes. In human squamous cell carcinoma, several features have shown the etiological role of genes in tumor development. Among them, FOXE1 gene (forkhead box E1 - thyroid transcription factor) is presented with an important role in susceptibility to disease. Similarly the FOXE1 methylation pattern could alter the expression of this gene in dogs and predisposed to tumor on. Therefore, this study aims to investigate in dogs, the validity of the strategy employed in humans to analyze the FOXE1 methylation status. DNA extraction from fresh frozen tumoral samples was performed by Wizard Genomic® DNA Purification Kit. The methylation status was determined by MSP-PCR (methylation-specific polymerase chain reaction), using 2.0 ng of DNA treated with sodium bisulphate. One hundred micrograms of bisulphite-modified DNA was amplified using primers specific for either methylated or unmethylated DNA (primers sequences are available at http://pathology2.jhu.edu/pancreas/primer.pdf). The analysis of fragments was loaded on to 7% polyacrylamide gels and silver nitrate staining. In this stage of technical approach, 60% were FOXE1 hypermethylated. In conclusion, it was observed that the standard technique for assessing the methylation pattern of gene FOXE1 in humans can be used for the same evaluation in dogs. The correlation of these molecular data with clinical and histopathological parameters may have diagnostic and prognostic value and still be used as a tumor marker for therapeutic decision and surgical approach

Mediadores da via intrínseca da morte celular programada relacionados à infecção in vitro pelo herpesvirus bovino tipo 5

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise citogenética e investigação molecular do gene RASSF1A em indivíduos com síndrome mielodisplásica

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Alterações epigenéticas do gene RASSF1 e investigação de modulação gene-específica por non-coding RNA em linhagens celulares derivadas de carcinomas mamários

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Alterações epigenéticas e do número de cópias do gene SFN em carcinomas mamários

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Genética) - IBB

Análise da frequencia do polimorfismo rs12979860 C/T no gene IL28B em pacientes acometidos por câncer gástrico

Pós-graduação em Pesquisa e Desenvolvimento (Biotecnologia Médica) - FMB

Expressão diferencial de mRNA em células de cultivo infectadas ple herpesvírus bovino 5

Pós-graduação em Medicina Veterinária - FMVZ

Apoptose relacionada à infecção in vitro por herpesvírus bovinos tipo 1 e 5

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)