Taxonomia molecular e filogeografia de Hypostomus strigaticeps (Teleostei: loricariidae) na bacia do alto rio Paraná

Buscando identificar marcadores populacionais que indiquem supostos mecanismos de isolamento entre as populações, no presente trabalho foram realizadas análises filogenéticas e filogeográficas em populações de Hypostomus strigaticeps, com base em sequências de DNA mitocondrial do gene ATPase 8/6. Um total de 32 exemplares provenientes de 11 populações de quatro sub-bacias: rio Mogi-Guaçu (duas), rio Paranapanema (cinco), rio Tietê (três) e Rio do Peixe (um), tiveram DNA extraído e o gene ATPase 8/6 completamente amplificado (840 pares de base) e sequenciado. As sequências obtidas foram alinhadas com o programa Bioedit, as análises filogenéticas foram realizadas no programa MEGA 5.0 através do método de Neighbor-Joining, Máxima Parcimônia e Minimun-Evolution, com 1000 réplicas de boostrap. Para as análises filogeográficas as sequências foram analisadas no programa TCS. As análises filogenéticas mostraram que a espécie forma uma unidade monofilética composta por duas linhagens: “TG” com representantes das populações dos rios Tietê, Mogi-Guaçu e Rio do Peixe, e “PC” com representantes dos rios Paranapanema e reservatório de Chavantes. A divergência genética da linhagem “TG” é de 0,1% e da linhagem “PP” é de 0,2%, enquanto a divergência genética entre as duas linhagens é de cerca de 1%. Na análise filogeográfica observou-se a existência de seis haplótipos (A-H), sendo o haplótipo A considerado ancestral para as populações analisadas. Apenas os representantes da bacia do Tietê possuem o haplótipo ancestral. Os haplótipos A, B e F possuem a maior frequência (18,51%). Os resultados obtidos para uma população do Mogi-guaçu (Cachoeira de Emas), mostram que estes peixes são muito distantes das demais populações de H. strigaticeps, tanto no ponto de vista filogenético quanto no ponto de vista fitogeográfico... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Inventário da ictiofauna do alto rio Paraíba do Sul e caracterização molecular das espécies encontradas

The state of São Paulo has four main drainages: Paraná river, Paraíba do Sul river, Ribeira do Iguape river and coastal rivers. The Paraíba do Sul river is born in Sao Paulo and drains an important range of land east of the state. Its ichthyofauna has some similarities and many differences from the continental and coastal drainages which highlights the importance of this study. Surveys conducted in the ichthyofauna of this basin, as in other large river basins in Brazil, is still incomplete. Moreover, there is no consensus about the taxonomic status of many species listed in these surveys. Considering the promising use of DNA barcode as a global system for species identification, the present study is aimed to establishing an inventory of the ichthyofauna of the São Paulo portion of the river Paraíba do Sul and simultaneously build a DNA barcode reference sequence library for fish found. Were obtained and analyzed 354 sequences of the gene cytochrome oxidase c subunit I (COI) belonging to 66 species of São Paulo portion of the Paraíba do Sul river. The average K2P distance between individuals within species of this basin was 0.48%, and 9,87% between species within a genus. Five pairs of species (10 species) showed low levels of interspecific genetic divergence (<2%),but all could be correctly identified. This study showed that the fish species analyzed could be identified efficiently through the use of barcode generating data that can provide information for further studies of this fauna, besides contributing to the global initiative to characterize the species of fish in the world of a molecular point of view. Five pairs of species (10 species) showed low levels of interspecific genetic divergence (<2%), but all could be correctly identified. This study showed that the fish species analyzed could be identified efficiently through the use of barcode generating data that can provide subsidies for further studies in this fauna, as well as ...

Polimorfismo genético-molecular de diferentes populações de cateto (Mammalia – Dicotylidae – Tayassu tajacu), Brasil

O estudo de populações naturais é imprescindível para compreendermos melhor a sua dinâmica, importância no ecossistema, necessidade de recursos, nível de preservação das espécies, entre outras. O cateto (Tayassu tajacu), apesar de possuir ampla distribuição geográfica e ocupar diversos tipos de habitats, pode sofrer alterações no equilíbrio de suas populações devido às grandes pressões sofridas pela caça e alterações ambientais. Vale lembrar que o sucesso reprodutivo de muitas espécies vegetais está ligado à disseminação de frutos e sementes realizada pelo cateto. Considerando a necessidade de preservação das espécies silvestres, a aplicação de metodologias moleculares é uma das formas de sabermos como se encontra a diversidade genética dessas populações e, a partir daí, criarmos medidas para trabalhos conservacionistas. Nesse sentido, o objetivo deste trabalho foi identificar o nível de polimorfismo genético-molecular entre diferentes populações de Tayassu tajacu no Brasil, demonstrando como essas populações, sujeitas a tantas interferências, encontram-se na natureza. Foram analisadas amostras de 17 indivíduos referentes a oito localidades do Brasil (Cascavel - PR, Foz do Iguaçu - PR, Cuiabá - MT, Ariquemes - RO, Rio Branco - AC, Manaus - AM, Belém - PA, e Carajás - PR). O polimorfismo foi identificado com marcadores de RAPD. Foram testados 38 primers, sendo que desses apenas nove forneceram as 30 marcas polimórficas para o estudo. Foi possível notar que a maioria dos indivíduos da mesma população ou de populações próximas não são os mais semelhantes entre si. Indivíduos de localidade distantes, como os de Foz de Iguaçu (PR) e Manaus (AM) mostraram-se mais semelhantes entre si do que com os animais das suas próprias populações. A variabilidade entre os indivíduos...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Variabilidade e diversidade genética de populações de Ocotea notata (Nees & Mart.) Mez (Lauraceae)

O presente trabalho analisou os parâmetros genéticos populacionais de variabilidade e diversidade genética de diferentes populações de Ocotea notata (Nees & Mart.) Mez, através de marcadores de DNA do tipo ISSR (Inter Single Sequence Repeats). Para tanto, foram amostrados 243 indivíduos de 12 populações selecionadas na Bahia e Espírito Santo, que ocorrem em campos rupestres e vegetações de restinga, a saber, morfotipos de Ocotea glaucina (Meisn.) Mez: Morro do Chapéu: populações do Tabuleiro dos Guaribas, Ferro Doido, Cria Bode e Lajes; Umburanas; Jacobina; Lençóis: população da Serra das Paridas, e os morfotipos de O. notata, Esplanada: população de Baixios; Salvador: população das Dunas do Abaeté, Alcobaça, Mucuri, e Vila Velha, ES: população de Jacarenema. O DNA total já se encontrava extraído e quantificado em gel de agarose. Foram testados 20 primers de ISSR (University of British Columbia), dos quais quatro apresentaram resultados adequados para as análises, a saber: Manny, Mao, John e UBC 844. A otimização dos protocolos de reações de PCR foi feita no Laboratório de Evolução Molecular, da UNESP de Rio Claro, com a execução das reações de PCR para cada um dos primers, para cada população, e subsequentemente foram feitas as análises dos resultados sob o arcabouço teóricometodológico da genética de populações. A Análise de Variância Molecular (AMOVA) indicou que 23% da variabilidade ocorre entre populações dentro de regiões e 76% entre indivíduos dentro de populações, com variação significativa de 1% ocorrendo entre regiões (populações de Restinga vs. Campos Rupestres)

Sensibilidade ambiental ao derrame de biocombustível e óleo: uma análise da estrutura genética populacional do Curimba (Prochilodus lineatus)

As atividades humanas vêm causando grandes pressões nos ecossistemas aquáticos continentais e nos organismos que ai vivem, sendo os peixes o grupo mais afetado. Para compreender o grau de impacto sofrido por uma comunidade é necessário conhecer como esta se encontra estruturada. Este estudo foi organizado em dois capítulos: 1) dedicado a compreender aspectos relacionados à comunidade de peixes da represa de Barra Bonita; 2) análise sobre a estrutura genética do curimba (P. lineatus) no rio Tietê, em diversos segmentos antes e depois das barragens. A estrutura da comunidade de peixes reflete a integridade ecológica do ecossistema, uma vez que diversos comportamentos dependem de determinadas condições ambientais. Por se tratar de um ambiente modificado e exposto a diversos agentes impactantes, estudos sobre a comunidade de peixes na represa de Barra Bonita (rio Tietê) se tornam essenciais para verificar as condições ambientais, auxiliando na gestão deste ecossistema. Para uma análise mais profunda das condições ambientais deste ecossistema, foi realizada também uma análise genética da população do curimba (Prochilodus lineatus), uma vez que o conhecimento da estrutura populacional é fundamental para auxiliar no manejo e conservação das populações de peixes nativos. Os resultados das análises populacionais mostraram que a comunidade de peixes encontrada é típica de ambientes represados, sendo formada por uma maioria de espécies de pequeno e médio porte, do tipo restrategistas, com desova parcelada, sedentárias e que apresentam uma alta plasticidade trófica. No entanto, a presença de espécies com algum grau de ameaça mostra que a região ainda mantém espécies sensíveis mantidas provavelmente pelos tributário que deságuam no rio Tietê. Mesmo a comunidade sendo formada por uma maioria de espécies autóctones, a presença de espécies não nativas nos faz pensar sobre a falta de valorização e conhecimento...

Ecologia molecular como ferramenta no estudo populacional do último megamamífero sulamericano: a anta (Tapirus terrestris) no Pantanal de Nhecolândia, MS

O presente estudo foi desenvolvido no Núcleo São Miguel Arcanjo do Parque Estadual Carlos Botelho, situado na Serra de Paranapiacaba, região sudeste do estado de São Paulo, Brasil. Quantificaram-se os regenerantes lenhosos ≤ 10 cm de altura sob interferência da cobertura de Calathea communis Wanderley & S. Vieira (Maranthaceae), envolvendo os ambientes de encosta e fundo de vale, em três períodos: junho e outubro de 2011, assim como em fevereiro de 2012. Foram utilizados os parâmetros de densidade, sobrevivência e colonização (input) para a caracterização da regeneração. No sorteio dos pontos de amostragem, cada um de 6transectos (aproximadamente 1 Km de extensão) foi sub-dividido em 20 frações de 50 metros, sendo sorteados 10 pontos por transecção. Do total de 120 parcelas (1X1m) que amostraram as plântulas, 60 localizaram-se em ambiente de fundo de vale e 60 na encosta, sendo que em cada condição topográfica 30 parcelas foram montadas sob a cobertura de C.communis e 30 na sua ausência. Os dados foram discutidos com base na aplicação de uma análise de variância fatorial, associada ao teste de Tukey de comparação de médias “a posteriori”. Observou-se que, para a densidade, a presença e ausência de Calathea communis geraram diferenças significativas (p≤0,05) nos períodos de outubro/2011 e fevereiro/2012, no entanto, para os ambientes topográficos só ocorreu variação significativa da densidade no período de fevereiro/2012. Quanto à sobrevivência, as diferenças significativas foram relacionadas à topografia, mas apenas no período de fevereiro/2012. Considerando-se os valores de input, estes foram maiores nas parcelas situadas em fundo de vale e em condições de ausência de Calathea, embora tais diferenças não sejam significativas (p≥0,05), segundo indicações da análise de variância

Diversidade genética em Staphylococcus aureus resistentes à oxacilina em isolados de pacientes pediátricos do Hospital das Clínicas de Botucatu

Staphylococcus aureus é um patógeno ubíquo capaz de causar uma variedade de infecções em humanos. A resistência desse microrganismo a antibióticos como oxacilina e meticilina é um problema sério, de crescimento significativo para a terapêutica antimicrobiana clínica em pacientes acometidos por infecções estafilocócicas. A resistência à meticilina em S. aureus é decorrente da alteração do sítio de ação dos antibióticos β-lactâmicos, os quais agem através da inibição de enzimas que catalisam a síntese da parede celular. Essas enzimas são o sítio de ação das penicilinas, e por isso, passaram a ser chamadas de proteínas ligadoras de penicilinas (PBPs). O gene mecA codifica a PBP2a, que substitui a função das outras PBPs neste patógeno e confere resistência a β-lactâmicos. A PBP2a exibe uma afinidade reduzida pelo anel β-lactâmico e permite que a bactéria continue a sintetizar a parede bacteriana. Este gene faz parte de um elemento genético móvel encontrado em isolados de MRSA, designado cassete cromossômico estafilocócico mec (SCCmec), integrado ao cromossomo de S. aureus. O objetivo do estudo foi a caracterização molecular de 139 isolados de S.aureus provenientes de pacientes pediátricos com bacteremia durante o período de 1991 a 2010. Métodos moleculares foram utilizados para a determinação do perfil genético das amostras, incluindo, identificação do tipo de SCCmec, detecção do gene codificador de leucocidina de panton valentine (PVL) e similaridade clonal em gel de eletroforese em campo pulsado (PFGE). O gene mecA foi detectado em 32 (23%) amostras e houve predomínio do SCCmec IV (68,8%) em relação ao SCCmec III (31,2%). A presença de PVL foi encontrada em 18 amostras (12,9%), todas sensíveis à oxacilina. O clone epidêmico brasileiro, relacionado ao SCCmec tipo III, esteve presente na unidade neonatal do hospital... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Análise citogenética e investigação molecular do gene RASSF1A em indivíduos com síndrome mielodisplásica

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise da variabilidade genética e expressão de HPV em papilomatose de laringe

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Investigação de genes de resistência a carbapenêmicos e aminoglicosídeos e tipagem molecular de amostras de Acinetobacter baumannii isoladas de pacientes internados em unidades de terapia intensiva de um hospital terciário

Pós-graduação em Microbiologia - IBILCE

Prospecção de marcadores microssatélites, análise de viriabilidade e estrutura genética populacional de arara-azul-grande Anodorhynchus hyacinthinus (Latham, 1790) com ênfase na região do mosaico dos Carajás-PA

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Receptor tipo quinase de tomate: caracterização molecular e implicações nas infecções virais

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Genética) - IBB

Caracterização molecular de Colletotrichum acutatum e C. gloeosporioides associados a citros, por marcadores ISSR

Pós-graduação em Agronomia (Produção Vegetal) - FCAV

Análise celular e molecular da ação do peptídeo Ac2-26 da proteína anti-inflamatória Anexina A nas células de carcinoma de colo de útero

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Diversidade clínica, epidemiológica e Genética do Mycobacterium tuberculosis na região Noroeste paulista

Pós-graduação em Genética - IBILCE