Comparative cytogenetic mapping of Sox2 and Sox14 in cichlid fishes and inferences on the genomic organization of both genes in vertebrates

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Populations analysis of the Brazilian Sharpnose Shark Rhizoprionodon lalandii (Chondrichthyes: Carcharhinidae) on the São Paulo coast, Southern Brazil: inferences from mt DNA sequences

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Inferences about the coefficient of correlation in the standard bivariate normal distribution

The study of the association between two random variables that have a joint normal distribution is of interest in applied statistics; for example, in statistical genetics. This article, targeted to applied statisticians, addresses inferences about the coefficient of correlation (ρ) in the bivariate normal and standard bivariate normal distributions using likelihood, frequentist, and Baycsian perspectives. Some results are surprising. For instance, the maximum likelihood estimator and the posterior distribution of ρ in the standard bivariate normal distribution do not follow directly from results for a general bivariate normal distribution. An example employing bootstrap and rejection sampling procedures is used to illustrate some of the peculiarities.

Comparative cytogenetic analysis of some species of the Dendropsophus microcephalus group (Anura, Hylidae) in the light of phylogenetic inferences

Background: Dendropsophus is a monophyletic anuran genus with a diploid number of 30 chromosomes as an important synapomorphy. However, the internal phylogenetic relationships of this genus are poorly understood. Interestingly, an intriguing interspecific variation in the telocentric chromosome number has been useful in species identification. To address certain uncertainties related to one of the species groups of Dendropsophus, the D. microcephalus group, we carried out a cytogenetic analysis combined with phylogenetic inferences based on mitochondrial sequences, which aimed to aid in the analysis of chromosomal characters. Populations of Dendropsophus nanus, Dendropsophus walfordi, Dendropsophus sanborni, Dendropsophus jimi and Dendropsophus elianeae, ranging from the extreme south to the north of Brazil, were cytogenetically compared. A mitochondrial region of the ribosomal 12S gene from these populations, as well as from 30 other species of Dendropsophus, was used for the phylogenetic inferences. Phylogenetic relationships were inferred using maximum parsimony and Bayesian analyses.Results: The species D. nanus and D. walfordi exhibited identical karyotypes (2n = 30; FN = 52), with four pairs of telocentric chromosomes and a NOR located on metacentric chromosome pair 13. In all of the phylogenetic hypotheses, the paraphyly of D. nanus and D. walfordi was inferred. D. sanborni from Botucatu-SP and Torres-RS showed the same karyotype as D. jimi, with 5 pairs of telocentric chromosomes (2n = 30; FN = 50) and a terminal NOR in the long arm of the telocentric chromosome pair 12. Despite their karyotypic similarity, these species were not found to compose a monophyletic group. Finally, the phylogenetic and cytogenetic analyses did not cluster the specimens of D. elianeae according to their geographical occurrence or recognized morphotypes.Conclusions: We suggest that a taxonomic revision of the taxa D. nanus and D. walfordi is quite necessary. We also observe that the number of telocentric chromosomes is useful to distinguish among valid species in some cases, although it is unchanged in species that are not necessarily closely related phylogenetically. Therefore, inferences based on this chromosomal character must be made with caution; a proper evolutionary analysis of the karyotypic variation in Dendropsophus depends on further characterization of the telocentric chromosomes found in this group. © 2013 Medeiros et al.; licensee BioMed Central Ltd.

Assessing Paternity in Japanese Quails (Coturnix Japonica) Using Microsatellite Markers - Inferences for Its Mating System and Reproductive Success

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Inferences of body energy reserves on conception rate of suckled Zebu beef cows subjected to timed artificial insemination followed by natural mating

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Function inferences from a molecular structural model of bacterial ParE toxin

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Morphological Notes on the Worker and Queen Larvae of the Thief Ant Solenopsis helena (Hymenoptera, Formicidae, Myrmicinae) from Brazil

Young and mature larvae of queen and workers of the thief ant, Solenopsis helena, are herein described for the first time. Specimens were treated and described by usual methods of light and scanning electron microscopy. Many of the observed characteristics confirmed traits of the thief ant larva, reinforcing the assumption that they are a distinct group from fire ants. The larva of S. helena can be recognized from other close species by details of the mouthparts, but seem extensively similar to Solenopsis molesta. These findings are useful for taxonomic studies and phylogenetic inferences.

Anurans of the sandy coastal plains of the Lagamar Paulista, state of São Paulo, Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Caracterização molecular e diversidade genética de diferentes variedades de abacate por marcadores microssatélites

Pertencente à família Lauraceae, o abacateiro compreende três raças hortícolas: antilhana, guatemalense e mexicana. Os marcadores moleculares são uma ferramenta rápida e eficaz para estudos genômicos, uma vez que detectam o polimorfismo diretamente ao nível do DNA e não sofrem qualquer tipo de influência ambiental. Com base nesse polimorfismo, é possível fazer inferências sobre as relações entre o genótipo e o fenótipo dos indivíduos, o que, em última análise, permite aumentar a eficiência dos programas de melhoramento. Diante o exposto, o objetivo foi investigar a diversidade genética entre sete variedades de abacate a partir de 5 lócus de marcadores moleculares microssatélites (SSR). Nas amostras de abacateiros avaliadas, encontrou-se um total de 18 alelos, com uma média de 3,6 alelos por lócus. O dendrograma gerado a partir de análise de agrupamento UPGMA agrupou, separadamente do resto dos genótipos, a cultivar Geada da raça Antilhana, possivelmente por esta variedade ser uma raça pura, e o restante foi agrupado em dois grandes grupos das raças, a Guatemalense e a Mexicana. Os genótipos das sete variedades de abacate apresentam diversidade genética nos cinco lócus de marcadores moleculares microssatélites (SSR) avaliados, o que indica que são materiais promissores para utilização em futuros programas de melhoramento.

Análise espacial da distribuição longitudinal de sementes de milho em uma semeadora-adubadora de precisão

In the operation of sowing with planter numerous factors interfere with the establishment of the plant stand, among them, the longitudinal distribution of seeds depending on the displacement speed can significantly affect crop productivity.The present study aimed the evaluation of longitudinal distribution of maize seeds in two different speeds of dislocation of a precision grain drill, through classical and geostatistics. A regular grid sample, totalizing 100 points in each area, was built with 10-meter distance among the points. Each sample point comprised 3.6m(2) (1.8 x 2.0) where the percentage of acceptable, double and fail spacing among the plants was measured after sowing at 4.58 and 5.94 km h(-1) speed of dislocation. Classical and geostatistics were used for data analyses. The percentage of acceptable and failed spacing has shown significant difference between 4.58 and 5.94 km h(-1) speed. The results has shown absence of spatial dependence regarding the percentage of the studied spacing (acceptable, fail and double) at both speeds, showing that studies and statistical inferences can occur based on parameters of classical statistics for distances higher than the shortest one used in the sampling.

Use of Poisson spatiotemporal regression models for the Brazilian Amazon Forest: malaria count data

INTRODUÇÃO: A malaria é uma doença endêmica na região da Amazônia Brasileira, e a detecção de possíveis fatores de risco pode ser de grande interesse às autoridades em saúde pública. O objetivo deste artigo é investigar a associação entre variáveis ambientais e os registros anuais de malária na região amazônica usando métodos bayesianos espaço-temporais. MÉTODOS: Utilizaram-se modelos de regressão espaço-temporais de Poisson para analisar os dados anuais de contagem de casos de malária entre os anos de 1999 a 2008, considerando a presença de alguns fatores como a taxa de desflorestamento. em uma abordagem bayesiana, as inferências foram obtidas por métodos Monte Carlo em cadeias de Markov (MCMC) que simularam amostras para a distribuição conjunta a posteriori de interesse. A discriminação de diferentes modelos também foi discutida. RESULTADOS: O modelo aqui proposto sugeriu que a taxa de desflorestamento, o número de habitants por km² e o índice de desenvolvimento humano (IDH) são importantes para a predição de casos de malária. CONCLUSÕES: É possível concluir que o desenvolvimento humano, o crescimento populacional, o desflorestamento e as alterações ecológicas associadas a estes fatores estão associados ao aumento do risco de malária. Pode-se ainda concluir que o uso de modelos de regressão de Poisson que capturam o efeito temporal e espacial em um enfoque bayesiano é uma boa estratégia para modelar dados de contagem de malária.

Construção de Conceitos Matemáticos na Educação Básica numa Abordagem Peirceana

Peircean semiotic analysis is employed to examine the construction/representation of signs-thinking of 32 early elementary school students regarding the concept of length measurement. The work consisted of developing concepts of standard unit, reading and interpretation of measurement by instruments, so that the mathematical language presented in the concrete materials was being signified and re-signified as a tool for perception and representation of new concepts. The pedagogical triad Feeling-Perceiving, Relating-Concept (F-P/R/C) co-related with the dynamism of the semiosis process, defined by Charles Sanders Peirce (1839-1914) in his semiotic theory on the production of the sign (Object, Representamen and Interpretant), enabled the interpretation and analysis of the students' inferences in the phase of perception (feel, admire), induction (experience), and deduction (concept).

Modelos de tomada de decisão e sua relação com a informação orgânica

O processo decisório compreende a aplicação de diferentes modelos de tomada de decisão, cada um deles pertinente a uma determinada situação. Entre eles, destacamos como principais os modelos racional, processual, anárquico e político. Para este trabalho, utilizamos os conceitos de Choo (2003), por se tratar de uma das principais obras a respeito do tema existente na literatura e, assim, analisamos cada um dos modelos propostos pelo autor. A partir da análise dos modelos, foi possível estabelecer relações entre eles e maneira pela qual a informação orgânica - produzida internamente à organização, participa do processo decisório, mais especificamente no âmbito de cada modelo. Por último, a partir das inferências realizadas, propomos um novo modelo de tomada de decisão, cuja base de sustentação é a informação orgânica.