Cooperative RNA Polymerase Molecules Behavior on a Stochastic Sequence-Dependent Model for Transcription Elongation

The transcription process is crucial to life and the enzyme RNA polymerase (RNAP) is the major component of the transcription machinery. The development of single-molecule techniques, such as magnetic and optical tweezers, atomic-force microscopy and single-molecule fluorescence, increased our understanding of the transcription process and complements traditional biochemical studies. Based on these studies, theoretical models have been proposed to explain and predict the kinetics of the RNAP during the polymerization, highlighting the results achieved by models based on the thermodynamic stability of the transcription elongation complex. However, experiments showed that if more than one RNAP initiates from the same promoter, the transcription behavior slightly changes and new phenomenona are observed. We proposed and implemented a theoretical model that considers collisions between RNAPs and predicts their cooperative behavior during multi-round transcription generalizing the Bai et al. stochastic sequence-dependent model. In our approach, collisions between elongating enzymes modify their transcription rate values. We performed the simulations in Mathematica® and compared the results of the single and the multiple-molecule transcription with experimental results and other theoretical models. Our multi-round approach can recover several expected behaviors, showing that the transcription process for the studied sequences can be accelerated up to 48% when collisions are allowed: the dwell times on pause sites are reduced as well as the distance that the RNAPs backtracked from backtracking sites. © 2013 Costa et al.

Influence of HVOF parameters on the corrosion and wear resistance of WC-Co coatings sprayed on AA7050 T7

Thermal spray WC-based coatings are widely used in the aircraft industry mainly for their resistance to wear, reworking and rebuilding operations and repair of worn components on landing gear, hydraulic cylinders, actuators, propeller hub assemblies, gas turbine engines, and so on. The aircraft industry is also trying to use thermal spray technology to replace electroplating coatings such as hard chromium. In the present work, WC-Co coatings were built up on an AA 7050 aluminum alloy using high velocity oxygen fuel (HVOF) technology and a liquid nitrogen cooling prototype system. The influence of the spray parameters (standard conditions, W19S, increasing the oxygen flux, W19H, and also increasing the carrier gas flux, W19F) on corrosion, friction, and abrasive wear resistance were also studied. The coatings were characterized using optical (OM) and scanning electron (SEM) microscopy, and X-ray diffraction (XRD). The friction and abrasive wear resistance of the coatings were studied using Rubber Wheel and Ball on Disk tests. The electrochemical studies were conducted using open-circuit potential (E(oc)) measurements and electrochemical impedance spectroscopy (EIS). Differences among coated samples were mainly related to the variation of the thermal spray parameters used during the spray process. No significant differences were observed in the wear resistance for the coatings studied, and all of them showed a wear rate around 10 times lower than that of the aluminum alloy. The results of mass loss and wear rate were interpreted considering different mechanisms. Comparing the different spray parameters, the oxygen flux (higher flame temperature) produced the sample which showed the highest corrosion resistance in aerated and unstirred 3.5% NaCl solution. Aluminum ions were detected on the surface almost immediately after the immersion of samples W19S and W19F in chloride solution, showing that the electrolyte reached the substrate and galvanic corrosion probably occurred. For sample W19H, aluminum ions were not detected even after 120 min of immersion in NaCl solution. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.

Corrosion and Wear Studies of Cr3C2NiCr-HVOF Coatings Sprayed on AA7050 T7 Under Cooling

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Use of lytic bacteriophage for control of experimental Escherichia coli septicemia and meningitis in chickens and calves

A lytic bacteriophage, which was previously isolated from sewage and which attaches to the K1 capsular antigen, has been used to prevent septicemia and a meningitis-like infection in chickens caused by a K1+ bacteremic strain of Escherichia coli. Protection was obtained even when administration of the phage was delayed until signs of disease appeared. The phage was able to multiply in the blood. In newly borne colostrum-deprived calves given the E. coli orally, intramuscular inoculation of phage delayed appearance of the bacterium in the blood and lengthened life span. With some provisos there is considerable potential for this approach to bacterial-disease therapy.

Bacteriophage- induced reduction in Salmonella Enteritidis counts in the crop of broiler chickens undergoing preslaughter feed withdrawal

Salmonella food poisoning is a public health problem. Feed withdrawal from broiler chickens before slaughter can favor the multiplication of Salmonella in the cecum and crop of contaminated animals and subsequently lead to contamination of carcasses in the processing plant. In the present study, a cocktail of lytic bacteriophages isolated from sewage water was orally administered to 45-d-old broiler chickens 1 h after they received an oral dose of 107 cfu/mL Salmonella enterica subspecies enterica serotype Enteritidis. Immediately after phage administration and 30 min, 1, 3, 6, and 12 h thereafter, groups of chicken were killed. Ceca and crops were analyzed for the presence of Salmonella. At 3 h posttreatment, there were 103 cfu/g and 101 cfu/g of cecal and crop suspension, respectively. At 6 h after treatment, the number of Salmonella was 103 cfu/g in the cecal suspension, but below the detection limit in the crops. our results suggest that bacteriophage therapy may be able to reduce the contamination of chicken carcasses by reducing the preslaughter load of Salmonella in the birds.

Influência da temperatura e do pH do meio sobre a resistência à corrosão das ligas Al(20204-T3), Al(7010-T7) e Al(7050-T7) utilizadas na indústria aeronáutica

Pós-graduação em Engenharia Mecânica - FEG

Effects of Lactobacillus Probiotic, P22 Bacteriophage and Salmonella Typhimurium on the Heterophilic Burst Activity of Broiler Chickens

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Eradication of Salmonella Typhimurium in broiler chicks by combined use of P22 bacteriophage and probiotic

It has been reported that the phage therapy is effective in controlling the number of colony-forming unit (CFU) of Salmonella spp. in chicken gut. This paper describes the protective effect of phage and Lactobacilli administration on Salmonella infection in 1-day-old chicks. We administered the bacteriophage P22 in a single dose and a probiotic mixture of four species of bacteriocin-producing Lactobacillus once a day for one week. Samples were analyzed every 48 hours, and intestinal eradication of S. Typhimurium was confirmed after treatments. We observed an increase in the size of duodenal villi and cecal crypts, as well as an increase in body weight in groups that received daily doses of Lactobacilli. This study confirms the efficiency of bacteriophage therapy in controlling salmonellosis in chicks and the beneficial effect of Lactobacilli mixtures in the weight gain of the birds.

Características celulares e bioquímicas do líquido peritoneal de equinos submetidos à obstrução experimental do duodeno, íleo e cólon maior

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Superação da dormência em sementes de Caesalpinia pyramidalis Tul

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Avaliação de diferentes tipos de atmosferas modificadas na vida útil de carambolas minimamente processadas

Este trabalho teve por objetivo a avaliação da vida útil potencial de carambolas cv. Golden Star, minimamente processadas, armazenadas em diferentes tipos de embalagens plásticas, para a concepção da atmosfera modificada. Os frutos colhidos fisiologicamente maturos apresentaram coloração verde-amarelada, sólidos solúveis (SS) médios de 6,8 ºBrix e massa média de 185 g. Antes da aplicação dos tratamentos, os frutos foram selecionados, higienizados em solução de hipoclorito de sódio (NaOCl) a 100 mg. L-1, resfriados por 12 horas a 15 ± 0,5 °C, seccionados transversalmente, sendo então novamente higienizados em solução de NaOCl a 10 mg.L-1, por 3 minutos. em seguida, os pedaços em forma de estrelas foram acondicionados em bandejas rígidas de poliestireno, com capacidade para 250 g, e revestidas com os seguintes materiais: T1: filme plástico perfurado de polietileno de baixa densidade (PEBD), de 0,006 mm; T2: filme plástico poliolefínico com antiembassamento da Dupont® (AGF), de 0,015 mm; T3: filme plástico poliolefínico da Dupont® (HF), de 0,015 mm; T4: filme plástico de PEBD, de 60 µm; T5: filme plástico de PEBD, de 80 µm; T6: filme plástico de polipropileno (PP), de 22 µm, e T7: bandeja rígida de polietileno tereftalato (PET), com capacidade para 500 mL, com tampa do mesmo material. As embalagens foram então armazenadas em câmara frigorífica a 12 ± 0,5 °C e 90 ± 3% de U.R, por 18 dias. Observou-se que não houve diferença significativa quanto aos sólidos solúveis (SS) e acidez titulável (AT). O maior número de microrganismos e valor de pH foram observados nos frutos embalados nos filmes plásticos de PEBD de 0,006 mm, AGF e HF de 0,015 mm da Dupont®. Entretanto, os frutos acondicionados nas embalagens PET apresentaram o maior teor de ácido ascórbico. da mesma forma, somente nas embalagens PET é que se conseguiu modificação atmosférica eficiente do ponto de vista da manutenção dos atributos de qualidade durante o AR. Assim, esse tratamento proporcionou adequado controle microbiológico e manutenção das características de qualidade por 18 dias para as carambolas minimamente processadas.

Avaliação de diferentes materiais no ensacamento de pêssegos

O trabalho foi realizado em um pomar comercial de pêssego da cultivar Aurora 2, de três anos de idade, conduzida em sistema de vaso moderno e espaçamento de 6 x 4 m. O delineamento experimental foi em blocos casualizados, utilizando-se de 15 tratamentos, 8 repetições e 16 frutos por tratamento. Os tratamentos foram os seguintes: T1 - Sacolas de TNT branco de 45 gramaturas por m² (45G/m², fechado; T2 - Sacolas de TNT branco de 45 gramaturas por m² (45G/m²) aberto; T3 - Sacolas de TNT branco de 20 gramaturas por m² (20G/m²) fechado; T4 - Sacolas de TNT branco de 20 gramaturas por m² (20G/m²) aberto; T5 - Sacolas de polipropileno microperfurado transparente (furos de 1mm) fechado; T6 - Sacolas de polipropileno microperfurado transparente (furos de 1mm) aberto; T7 - Sacolas de polipropileno microperfurado transparente (furos de 2mm) fechado; T8 - Sacolas de polipropileno microperfurado transparente (furos de 2mm) aberto; T9 - Sacolas de polietileno microperfurado leitoso (furos de 1mm) fechado; T10 Sacolas de polietileno microperfurado leitoso (furos de 1mm) aberto; T11 Sacolas de polietileno microperfurado leitoso (furos de 2mm) fechado; T12 - Sacolas de polietileno microperfurado leitoso (furos de 2mm) aberto; T13 - Sacolas de papel impermeável fechado; T14 - Sacolas de papel impermeável aberto; T15 - Testemunha (sem ensacamento). As sacolas de TNT (Tecido-não-Tecido) e as de papel impermeável tinham as dimensões de 11,5 x 15,0 cm, e as de polipropileno microperfurado, de 13,0 x 20,0 cm. Os resultados obtidos permitiram concluir que as embalagens de polipropileno transparentes podem ser empregadas para o ensacamento de frutos de pessegueiro, uma vez que as mesmas possibilitam a visualização da coloração dos frutos no momento da colheita, não comprometem o desenvolvimento da coloração dos mesmos e apresentam facilidade no manuseio.

Reguladores vegetais na quebra da dominância apical de mamoeiro (Carica papaya L.)

O trabalho avaliou os efeitos de reguladores vegetais sobre a quebra da dominância apical de mamoeiro (Carica papaya L. cv. Improved Sunrise Solo). A aplicação dos reguladores vegetais foi iniciada quando as plantas tinham seis meses de idade, totalizando três aplicações, a intervalos de sete dias, constando dos seguintes tratamentos: T1- água (testemunha); T2- GA3 250 mg L-1; T3- GA3 500 mg L-1; T4- benziladenina (BA) 250 mg L-1; T5- BA 500 mg L-1; T6- GA3 125 mg L-1 + BA 125 mg L-1; T7- GA3 250 mg L-1 + BA 250 mg L-1. Esses tratamentos foram acompanhados da remoção ou não da gema apical. Os resultados mostraram que plantas tratadas com GA3 + BA a 125 e 250 mg L-1, com e sem a remoção da gema apical, apresentaram maior número de brotações que a testemunha, a qual não apresentou nenhuma brotação das gemas laterais.

Uso de reguladores de crescimento para a superação da dormência e sua influência na brotação, no florescimento e na produção da amoreira-preta

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Controle de pragas do pessegueiro através do ensacamento dos frutos

Objetivou-se, no trabalho, buscar opções ao ensacamento de pêssegos, visando o controle eficiente das principais pragas do pessegueiro. Para isso, instalou-se um experimento em um pomar comercial de pêssego do cultivar Aurora 2, conduzido em sistema de vaso e espaçamento de 6 x 4 m. Os tratamentos foram os seguintes: T1 - Sacolas de TNT branco (45 g/m²) fechado, T2 - Sacolas de TNT branco (45 g/m²) aberto, T3 - Sacolas de TNT branco (20 g/m²) fechado; T4 - Sacolas de TNT branco (20 g/m²) aberto; T5 - Sacolas de polipropileno microperfurado transparente (furos de 1mm) fechado; T6 - Sacolas de polipropileno microperfurado transparente (furos de 1mm) aberto; T7 - Sacolas de polipropileno microperfurado transparente (furos de 2mm) fechado; T8 - Sacolas de polipropileno microperfurado transparente (furos de 2mm) aberto; T9 - Sacolas de polietileno microperfurado leitoso (furos de 1mm) fechado; T10 - Sacolas de polietileno microperfurado leitoso (furos de 1mm) aberto; T11 - Sacolas de polietileno microperfurado leitoso (furos de 2mm) fechado; T12 - Sacolas de polietileno microperfurado leitoso (furos de 2mm) aberto; T13 - Sacolas de papel impermeável fechado; T14 - Sacolas de papel impermeável aberto; T15 - Testemunha (sem ensacamento). de acordo com os resultados concluiu-se que todas as embalagens foram eficientes no controle de moscas-das-frutas e pássaros, porém não para mariposa oriental. As sacolas com abertura no fundo podem ser utilizadas como opção ao ensacamento de pêssegos.