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- RDBU - Repositório Digital da Biblioteca da Unisinos (2)
- ReCiL - Repositório Científico Lusófona - Grupo Lusófona, Portugal (1)
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- Repositório da Escola Nacional de Administração Pública (ENAP) (1)
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- Repositório da Universidade Federal do Espírito Santo (UFES), Brazil (2)
- Repositorio de la Universidad de Cuenca (1)
- Repositório digital da Fundação Getúlio Vargas - FGV (4)
- Repositório Digital da UNIVERSIDADE DA MADEIRA - Portugal (2)
- REPOSITORIO DIGITAL IMARPE - INSTITUTO DEL MAR DEL PERÚ, Peru (1)
- Repositório do Centro Hospitalar de Lisboa Central, EPE - Centro Hospitalar de Lisboa Central, EPE, Portugal (3)
- Repositório Institucional UNESP - Universidade Estadual Paulista "Julio de Mesquita Filho" (17)
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- Scielo Saúde Pública - SP (35)
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- Universidad de Alicante (3)
- Universidad del Rosario, Colombia (1)
- Universidad Politécnica de Madrid (12)
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- Universidade dos Açores - Portugal (11)
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- Universitat de Girona, Spain (2)
- Universitätsbibliothek Kassel, Universität Kassel, Germany (2)
- Université de Lausanne, Switzerland (35)
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- University of Southampton, United Kingdom (1)
- University of Washington (2)
- Worcester Research and Publications - Worcester Research and Publications - UK (1)
Resumo:
The past years have shown an enormous advancement in sequencing and array-based technologies, producing supplementary or alternative views of the genome stored in various formats and databases. Their sheer volume and different data scope pose a challenge to jointly visualize and integrate diverse data types. We present AmalgamScope a new interactive software tool focusing on assisting scientists with the annotation of the human genome and particularly the integration of the annotation files from multiple data types, using gene identifiers and genomic coordinates. Supported platforms include next-generation sequencing and microarray technologies. The available features of AmalgamScope range from the annotation of diverse data types across the human genome to integration of the data based on the annotational information and visualization of the merged files within chromosomal regions or the whole genome. Additionally, users can define custom transcriptome library files for any species and use the file exchanging distant server options of the tool.