Identification of plasmodium vivax proteins with potential role in invasion using sequence redundancy reduction and profile hidden markov models

Background: This study describes a bioinformatics approach designed to identify Plasmodium vivax proteins potentially involved in reticulocyte invasion. Specifically, different protein training sets were built and tuned based on different biological parameters, such as experimental evidence of secretion and/or involvement in invasion-related processes. A profile-based sequence method supported by hidden Markov models (HMMs) was then used to build classifiers to search for biologically-related proteins. The transcriptional profile of the P. vivax intra-erythrocyte developmental cycle was then screened using these classifiers. Results: A bioinformatics methodology for identifying potentially secreted P. vivax proteins was designed using sequence redundancy reduction and probabilistic profiles. This methodology led to identifying a set of 45 proteins that are potentially secreted during the P. vivax intra-erythrocyte development cycle and could be involved in cell invasion. Thirteen of the 45 proteins have already been described as vaccine candidates; there is experimental evidence of protein expression for 7 of the 32 remaining ones, while no previous studies of expression, function or immunology have been carried out for the additional 25. Conclusions: The results support the idea that probabilistic techniques like profile HMMs improve similarity searches. Also, different adjustments such as sequence redundancy reduction using Pisces or Cd-Hit allowed data clustering based on rational reproducible measurements. This kind of approach for selecting proteins with specific functions is highly important for supporting large-scale analyses that could aid in the identification of genes encoding potential new target antigens for vaccine development and drug design. The present study has led to targeting 32 proteins for further testing regarding their ability to induce protective immune responses against P. vivax malaria.

Visión y análisis de las propuestas de reforma al Sistema General de Seguridad Social en Salud en Colombia, vigencia 2012-2013

Con la Constitución Política de 1991, se inicia una nueva estructura funcional en el país a partir de los preceptos consagrados en la carta magna como un estado social de derecho, situación que no fue ajena al sector salud en el cual se estableció la seguridad social como un servicio público basado en los principios fundamentales de universalidad, solidaridad y eficiencia, enunciados que fueron plasmados entre otros en la Ley 100 de 1993, la cual incorporó estos elementos que resultaban innovadores en el contexto. Hoy después de 18 años de promulgada la Ley, se ha generado un modelo estructural que ha permitido mejorar los resultados en esta área, que si bien posee falencias en algunos de sus componentes (Acceso, Flujo de Recursos, Salud Pública), las mismas pueden ser superadas, con una reforma estructural al sistema que elimine los intereses particulares de los diferentes actores al momento de su elaboración y promulgación. Uno de los avances significativos en la reforma al sistema es la promulgación de la salud como derecho fundamental, inherente al ser humano, otorgando el carácter de inalienable, imprescriptible y sagrado, dejando en segundo plano su condición prestacional establecida. El derecho a la salud tendrá como eje principal la salud pública armonizada con la promoción y prevención, diagnóstico y tratamiento integral de la enfermedad, las cuales deben ser articuladas con las políticas sociales, ambientales, culturales y económicas que permitan incidir en los determinantes sociales de la salud para mejorar la calidad de vida de la población. La reforma a la salud en el eje de la financiación como se encuentra propuesta, no generará cambios sustanciales toda vez que se avanza hacia un sistema en que el estado será el principal actor con las funciones afiliación, recaudo, pago, giro o transferencia de los recursos, responsable de la información. Sin embargo la administración del riesgo en salud seguirá delegada, función que es determinante para la administración de los recursos del sistema, en resumen se demuestra el interés del estado en retomar la gobernanza y su empoderamiento como administrador de lo público, sin que esto responda a las necesidades de cambio en el sistema de salud.

Biological Basis and Clinical Application of Serum Tumor Markers

Cancer is the result of the accumulation of changes in molecules with important functions in processes such as cell proliferation, apoptosis, cell death and gene repair. Molecules, substances or altered pathways constitute tumor markers or biomarkers useful in clinical monitoring of cancer patients, because they have demonstrated to be suitable for the valuation of the patient’s treatment and it efficiency. Determination of tumor markers has not been very successful due to the low sensitivity and specificity of the techniques used and the requirement of large volumes of biological samples or the use of invasive methods for collecting them. The serum tumor markers arise, as a useful tool to obtain information about the disease progress and constitute as a scientific challenge to improve its applicability in early diagnosis, prognosis, monitoring of the disease and evaluation of therapeutic efficacy.

Caracterización de la exposición ocupacional a los gases, dióxido de azufre (so2), sulfuro de hidrógeno (h2s), y monóxido de carbono (co), y la percepción de salud de los trabajadores, en una empresa del sector hidrocarburo en Colombia

En el proceso de extracción de petróleo (crudo) deben realizarse tratamientos físicos y químicos en estaciones de recolección del hidrocarburo con el fin de garantizar su calidad antes de su entrega para el transporte y comercialización. Para la realización de esta actividad el personal operativo requerido (operadores) debe realizar diferentes actividades, tales como ronda operacional, verificación de sistemas de almacenamiento del crudo, agua residual del proceso e insumos químicos utilizados en su tratamiento y manipulación de facilidades en las estaciones de recolección, entre otras. Como resultados de las actividades rutinarias los operadores están expuestos a factores de riesgo químico asociados a gases y vapores orgánicos generados en los procesos de tratamiento del crudo. En el presente trabajo se realizaron mediciones de calidad de aire e higiene industrial en diferentes estaciones tratamiento de crudo, con el propósito de evaluar los niveles de exposición de los operadores a gases y vapores de hidrocarburos durante el proceso de tratamiento de crudo y dar respuesta a la siguiente pregunta: ¿existe relación entre la exposición ocupacional, las emisiones atmosféricas de gases (SO2, CO, H2S) y la percepción de afectación de la salud de los trabajadores que se encuentran expuestos durante la actividad laboral, en una empresa del sector de hidrocarburos? Se realizó un estudio de corte transversal, mediante la aplicación de cuestionarios sobre las condiciones de trabajo y de salud a 30 trabajadores que laboran en una estación de tratamiento de crudo de una compañía del sector de hidrocarburos. Los operadores objeto de estudio laboran en turnos rotativos, han estado vinculados con la compañía por más de dos años y tienen contrato directo, adicionalmente, se identificaron los factores de riesgos ambientales y ocupacionales para el grupo de trabajadores y se realizó una revisión de los informes de medición de higiene industrial y de calidad de aire de las estaciones donde labora el personal seleccionado con el fin de establecer si los resultados se relacionan. Los resultados obtenidos indican que el 100% de los trabajadores son de género masculino y se desempeñan en cargos de operadores, recorredores de pozos de crudo y supervisores. El 97% de los operadores tiene más de cuarenta años de edad y el 80% de los mismos ha laborado por más de 6 años en la compañía. Acerca de la percepción de los trabajadores sobre su estado de salud el 90% afirma que su salud es buena, el 97% respondió que no presenta problemas respiratorios, el 23% manifiesta que presenta trastornos dermatológicos y el 27% indican que presenta dolor de cabeza constante. De la revisión de los informes de calidad de aire disponibles se encontró que las mediciones de Dióxido de Azufre SO2, Monóxido de Carbono CO se encuentran dentro del rango definido como el de menor impacto para la salud humana. De los datos del informe se puede concluir que la calidad del aire es buena en el 100% de las áreas de influencia de las estaciones de tratamiento de crudo. Según los informes de higiene industrial el 34% de las instalaciones presenta concentraciones de Sulfuro de Hidrógeno (H2S) en el límite permisible para exposiciones crónicas en un promedio ponderado de tiempo (TLV-TWA) y el límite permisible para exposiciones agudas en un límite de exposición a corto plazo (TLV-STEL). Solo el 37% de los trabajadores objeto de este estudio percibe el riesgo por la exposición a factores de riesgo químicos y son claramente consientes que se encuentran expuestos a estos riesgos por la manipulación de productos químicos y exposición a sustancias químicas producto de sus actividades rutinarias, el 73% no percibe el riesgo de exposición por su actividad laboral. Se recomienda que la compañía fortalezca su esquema de vigilancia para generar alternativas que eleven los niveles de consciencia del riesgo del trabajador. Los factores de riesgo ambiental y ocupacional, de los gases y vapores generados se deben al proceso de tratamiento de crudo, están mutuamente relacionados dado que al generarse una emisión y/o escape no controlado como consecuencia se tiene una afectación directa al medio ambiente y a los trabajadores.

Variación en la resistencia al flujo de los tubos endotraqueales pediátricos modificando su longitud

Introducción: Se conocen los beneficios del uso de los tubos endotraqueales con neumotaponador, aunque dicha práctica tiene un impacto sobre el trabajo respiratorio durante el acto anestésico sin embargo se propone estudiar las consecuencias físicas de la variación en la longitud de los tubos para compensar dicha perdida de flujo, con base en la ley de Hagen-Poiseuille. Metodología: Se realizó un estudio experimental in vitro, en el cual se realizaron mediciones repetidas de flujo, variando la longitud y diámetro de diferentes tubos endotraqueales pediátricos (desde calibre 3.5mm hasta 6.5mm), con longitudes de 20cm, 15 cm, 10 cm y manteniendo su longitud original. Se analizaron los datos con el fin de medir el impacto sobre el flujo. Resultados: A pesar que los resultados muestran diferencias estadísticamente significativas (p0,000), la variación en la longitud de los tubos endotraqueales pediátricos tiene mucho menor impacto sobre la variación en el flujo, que la modificación del diámetro. Discusión: Si bien la práctica de acortar la longitud de un tubo endotraqueal pediátrico puede ayudar a reducir el espacio muerto y la retención de CO2, el impacto que tiene sobre el flujo es poco. Cuando se trata de disminuir el trabajo respiratorio de un niño en ventilación espontánea durante el acto anestésico, se debe escoger de forma apropiada el calibre de tubo correspondiente para la edad.

Measuring and testing for the systemically important financial institutions

This paper analyzes the measure of systemic importance ∆CoV aR proposed by Adrian and Brunnermeier (2009, 2010) within the context of a similar class of risk measures used in the risk management literature. In addition, we develop a series of testing procedures, based on ∆CoV aR, to identify and rank the systemically important institutions. We stress the importance of statistical testing in interpreting the measure of systemic importance. An empirical application illustrates the testing procedures, using equity data for three European banks.

Hallazgos tomográficos como predictores del resultado funcional en edema macular secundario a oclusiones venosas retinianas

INTRODUCCIÓN: El Edema Macular (EM) es la principal causa de perdida de agudeza visual en pacientes con Oclusión Venosa Retiniana (OVR); luego del tratamiento, algunos pacientes persisten con mala agudeza visual. OBJETIVO: Realizar una Revisión Sistemática de la Literatura (RSL), para identificar la evidencia existente sobre factores tomográficos que predicen el resultado visual en pacientes con EM secundario a OVR. FUENTE DE LA INFORMACIÓN: PUBMED, MEDLINE, EMBASE, LILACS, COCHRANE, literatura gris. SELECCIÓN DE LOS ESTUDIOS: Ensayos Clínicos Controlados (ECC) y estudios observacionales analíticos. EXTRACCIÓN Y SÍNTESIS DE LOS DATOS: Dos investigadores seleccionaron los artículos de forma independiente. Se realizó una síntesis cualitativa de la información siguiendo las recomendaciones de la declaración PRISMA 2009. MEDIDAS Y DESENLACE PRINCIPAL: Grosor Retiniano Central (GRC), integridad de Banda Elipsoide e Integridad de Membrana Limitante Externa (MLE), determinados por SD OCT. El desenlace principal es la Agudeza Visual Mejor Corregida (AVMC) a los 6, 12,18 y/o 24 meses. RESULTADOS: Se identificaron 872 abstract y se incluyeron 8 artículos en el análisis cualitativo. Seis estudios evaluaron el GRC sin encontrar asociación con resultado visual final. Solo 2 estudios evaluaron y encontraron asociación estadísticamente significativa de la integridad de la MLE con el desenlace visual, Kang, H 2012 (r2 0,51 p 0,000), Rodriguez, F 2014 (p< 0,001). La integridad de la BE fue asociada a pronostico visual en 4 de 5 estudios que evaluaron esta variable, con resultados estadísticamente significativos. La AVMC de base también se asocio con desenlace visual en 4 de 5 estudios que la evaluaron. El mejor modelo que predice el resultado funcional según el estudio de Kang, H 2012 fue: Integridad de MLE, integridad de BE y AVMC de base (R2 0,671 p 0,000), a los 12 meses de seguimiento. CONCLUSION: La evidencia actual sugiere que la integridad de la BE y la MLE son predictores del resultados funcional en pacientes con EM secundario a OVR después de 6 o mas meses de seguimiento. Es necesario la realización de estudios controlados para llegar a resultados mas concluyentes.

Estudio molecular en dos hermanas afectadas por ictiosis congénita autosómica recesiva : descripción de una nueva mutación causal en TGM1

Se describe la variante homocigota c.320-2A>G de TGM1 en dos hermanas con ictiosis congénita autosómica recesiva. El clonaje de los transcritos generados por esta variante permitió identificar tres mecanismos moleculares de splicing alternativos.