Identification of plasmodium vivax proteins with potential role in invasion using sequence redundancy reduction and profile hidden markov models

Background: This study describes a bioinformatics approach designed to identify Plasmodium vivax proteins potentially involved in reticulocyte invasion. Specifically, different protein training sets were built and tuned based on different biological parameters, such as experimental evidence of secretion and/or involvement in invasion-related processes. A profile-based sequence method supported by hidden Markov models (HMMs) was then used to build classifiers to search for biologically-related proteins. The transcriptional profile of the P. vivax intra-erythrocyte developmental cycle was then screened using these classifiers. Results: A bioinformatics methodology for identifying potentially secreted P. vivax proteins was designed using sequence redundancy reduction and probabilistic profiles. This methodology led to identifying a set of 45 proteins that are potentially secreted during the P. vivax intra-erythrocyte development cycle and could be involved in cell invasion. Thirteen of the 45 proteins have already been described as vaccine candidates; there is experimental evidence of protein expression for 7 of the 32 remaining ones, while no previous studies of expression, function or immunology have been carried out for the additional 25. Conclusions: The results support the idea that probabilistic techniques like profile HMMs improve similarity searches. Also, different adjustments such as sequence redundancy reduction using Pisces or Cd-Hit allowed data clustering based on rational reproducible measurements. This kind of approach for selecting proteins with specific functions is highly important for supporting large-scale analyses that could aid in the identification of genes encoding potential new target antigens for vaccine development and drug design. The present study has led to targeting 32 proteins for further testing regarding their ability to induce protective immune responses against P. vivax malaria.

Efecto del consumo concomitante de inhibidores de bomba protones y levotiroxina : revisión sistemática y metaanálisis

Estudios afirman que la acidez gástrica es importante en la absorción de levotiroxina (LT4) con resultados controversiales sobre la interacción entre inhibidores de bomba de protones (IBP) y LT4. El objetivo del estudio fue establecer el efecto del uso concomitante de LT4 e IBP en los niveles de TSH en pacientes adultos con hipotiroidismo primario. Se realizó una revisión sistemática mediante búsqueda en Medline, Embase, Lilacs, Bireme, Scielo, Cochrane y Universidad de York, Access Pharmacy, Google Scholar, Dialnet y Opengray. La búsqueda no se limito por lenguaje. Se evaluó el efecto en la diferencia de medias de TSH luego del consumo de LT4 y luego del consumo concomitante con IBP. Se hizo un metaanálisis, análisis de subgrupos y análisis de sensibilidad utilizando el programa Review Manager 5.3. Se eligieron 5 artículos para el análisis cualitativo y 3 para el metaanálisis. La calidad de los estudios fue buena y el riesgo de sesgos bajo. La diferencia de medias obtenida fue 0.21 mUI/L (IC95%: 0.02-0.40; p=0.03; I2:0%). En el análisis de subgrupos en pacientes mayores de 55 años la diferencia de medias fue 0.21 mUI/L (IC95%: 0.01-0.40; p=0.27; I2:19%). En el análisis de sensibilidad se excluyo el estudio con mayor muestra y la diferencia de medias fue 0.49 mUI/L (IC95%: -0.12 a 1.11; p=0.12; I2:0%). La diferencia de medias de TSH luego del consumo concomitante no se considera clínicamente significativa pues no representa riesgo para el paciente. Son necesarios estudios clínicos aleatorizados y evaluar el efecto en los niveles de T4 libre.

Territorialización de la inseguridad ciudadana en Bogotá: La Calle del Bronx

La tesis devela la connotación sistemática y multicausal de lo que a través de la investigación se denomina como "Procesos de Territorialización de la Inseguridad Ciudadana". Mediante un estudio de caso, se pone en evidencia la apropiación y captura sostenida en el tiempo de fenómenos como la inseguridad y la criminalidad, sobre determinadas zonas o barrios urbanos que por sus características socioeconómicas, políticas, geográficas, culturales, laborales y de mercado de quienes los habitan o frecuentan, se consideran como sectores "críticos y/o vulnerables".