Weighted Logratio Biplots, Correspondence Analysis and Spectral Maps

Starting with logratio biplots for compositional data, which are based on the principle of subcompositional coherence, and then adding weights, as in correspondence analysis, we rediscover Lewi's spectral map and many connections to analyses of two-way tables of non-negative data. Thanks to the weighting, the method also achieves the property of distributional equivalence

“Unmixing” Tissue Gene Expression Signatures from Tumor Biopsies

Emergent molecular measurement methods, such as DNA microarray, qRTPCR, and many others, offer tremendous promise for the personalized treatment of cancer. These technologies measure the amount of specific proteins, RNA, DNA or other molecular targets from tumor specimens with the goal of “fingerprinting” individual cancers. Tumor specimens are heterogeneous; an individual specimen typically contains unknown amounts of multiple tissues types. Thus, the measured molecular concentrations result from an unknown mixture of tissue types, and must be normalized to account for the composition of the mixture. For example, a breast tumor biopsy may contain normal, dysplastic and cancerous epithelial cells, as well as stromal components (fatty and connective tissue) and blood and lymphatic vessels. Our diagnostic interest focuses solely on the dysplastic and cancerous epithelial cells. The remaining tissue components serve to “contaminate” the signal of interest. The proportion of each of the tissue components changes as a function of patient characteristics (e.g., age), and varies spatially across the tumor region. Because each of the tissue components produces a different molecular signature, and the amount of each tissue type is specimen dependent, we must estimate the tissue composition of the specimen, and adjust the molecular signal for this composition. Using the idea of a chemical mass balance, we consider the total measured concentrations to be a weighted sum of the individual tissue signatures, where weights are determined by the relative amounts of the different tissue types. We develop a compositional source apportionment model to estimate the relative amounts of tissue components in a tumor specimen. We then use these estimates to infer the tissuespecific concentrations of key molecular targets for sub-typing individual tumors. We anticipate these specific measurements will greatly improve our ability to discriminate between different classes of tumors, and allow more precise matching of each patient to the appropriate treatment

Statistical treatment of grain-size curves and empirical distributions: densities as compositions?

The preceding two editions of CoDaWork included talks on the possible consideration of densities as infinite compositions: Egozcue and D´ıaz-Barrero (2003) extended the Euclidean structure of the simplex to a Hilbert space structure of the set of densities within a bounded interval, and van den Boogaart (2005) generalized this to the set of densities bounded by an arbitrary reference density. From the many variations of the Hilbert structures available, we work with three cases. For bounded variables, a basis derived from Legendre polynomials is used. For variables with a lower bound, we standardize them with respect to an exponential distribution and express their densities as coordinates in a basis derived from Laguerre polynomials. Finally, for unbounded variables, a normal distribution is used as reference, and coordinates are obtained with respect to a Hermite-polynomials-based basis. To get the coordinates, several approaches can be considered. A numerical accuracy problem occurs if one estimates the coordinates directly by using discretized scalar products. Thus we propose to use a weighted linear regression approach, where all k- order polynomials are used as predictand variables and weights are proportional to the reference density. Finally, for the case of 2-order Hermite polinomials (normal reference) and 1-order Laguerre polinomials (exponential), one can also derive the coordinates from their relationships to the classical mean and variance. Apart of these theoretical issues, this contribution focuses on the application of this theory to two main problems in sedimentary geology: the comparison of several grain size distributions, and the comparison among different rocks of the empirical distribution of a property measured on a batch of individual grains from the same rock or sediment, like their composition

Mesura de la qualitat en el sector serveis

El treball desenvolupat en aquesta tesi consisteix en l'adaptació a la llengua catalana d'un model de mesura de la qualitat en el sector serveis, el model servqual, i la seva contrastació a través d'una aplicació empírica al sector de les entitats financeres de les comarques gironines. El primers capítols del treball constitueixen un bloc introductori al tema principal de la tesi, la mesura de la qualitat en el sector serveis, i indiquen la necessitat i la conveniència d'obtenir una mesura fiable de la qualitat per tal d'aconseguir un avantatge competitiu sostenible tant en el mercat nacional com en el mercat internacional actual. El desenvolupament metodològic de la tesi es realitza en dues vessants diferents, per una banda es procedeix a l'adaptació a la llengua catalana de l'instrument de mesura que es vol contrastar, i per l'altra es descriu, es discuteix i s'aplica la metodologia estadística que permet descobrir variables latents, és a dir, constructes no observables directament, a través de l'estudi de la covariació de les variables observables o indicadors adequats. L'objectiu general que es vol aconseguir és l'avaluació de la qualitat percebuda del servei que ofereixen les entitats financeres de la província de Girona. Els objectius específics que es planteja el treball, a part de la obtenció de l'instrument adaptat a la llengua catalana per a la mesura de la qualitat percebuda en el sector de les entitats financeres, són: a) L'estudi de la validesa i de la fiabilitat de l'instrument, així com l'anàlisi de l'estabilitat de les dimensions inherents al model i que porten a la formació del constructe qualitat percebuda. b) L'anàlisi de la relació entre les percepcions i les expectatives com a manera d'avaluar la qualitat percebuda. c) La discriminació deis constructes qualitat, qualitat percebuda i satisfacció i les possibles relacions existents entre ells. d) L'estudi del poder predictiu del constructe qualitat percebuda sobre el comportament futur dels clients. e) L'impacte que tenen les característiques socioeconòmiqes deis clients, així com la distinció entre tipus d'entitat (caixes i bancs), en l'avaluació de la qualitat percebuda. L'elecció del sector empíric d'aplicació del treball no ha estat gratuïta i obeeix a dos motius principals. En primer lloc, i a diferència d'altres treballs empírics d'aplicació de l''escala servqual, no es vol fer l' estudi sobre una mostra de conveniència o sobre una llista de clients d'una determinada entitat sinó que planteja l'estudi sobre una mostra aleatòria geogràfica presa sobre el total poblacional censat a les comarques gironines. L' altra motiu l'imposa la mateixa metodologia al exigir que el client ha d'haver pogut escollir lliurament l'entitat que avalua i per tant que el seu judici sobre l'entitat no ha estat condicionat a priori. La mostra s'ha seleccionat realitzant mostreig aleatori simple proporcional a la mesura de l'hàbitat prèvia estratificació dels municipis segons tinguin mida censal inferior als 2.000 habitants, entre 2.000 i 10.000 habitants, entre 10.000 i 50.000 habitants i superior als 50.000 habitants. El total de la mostra de la primera fase (500 persones), s'ha administrat mitjançant entrevista personal per enquestadors entrenats prèviament. El nivell de resposta útil consta de 430 qüestionaris. La mostra utilitzada en la segona fase consta de 150 persones, seleccionades aleatòriament entre les que havien donar resposta valida en la primera fase i l'administració es va fer per correu. Les anàlisis exploradores realitzades mostren la poca estabilitat de les dimensions del model encara que l'escala de les percepcions recull un percentatge de variabilitat superior a l'escala servqual i proporciona valors superiors per l'alfa de Cronbach. Les anàlisis confirmatòries efectuades per a contrastar l'existència de les cinc dimensions del model (tangible, fiabilitat, interès, seguretat i empatia), com a variables latents associades als seus corresponents models de mesura. ens permeten rebutjar-les globalment encara que observem ajustos menys dolents per al' escala de les percepcions que per a l'escala servqual. L'anàlisi en profunditat del model ens porta a la conclusió que els aspectes més significatius en l'avaluació de qualitat són els corresponents a aspectes de seguretat, fiabilitat i interès i que els percentatges de variabilitat explicada són superiors en tots els casos per a l' escala de les percepcions que per al' escala servqual. Atès que l' anàlisi de la bateria servqual indica que les percepcions dels clients només superen les seves expectatives en tres dels ítems corresponents a la dimensió tangible, que les valoracions de qualitat i de satisfacció global són molt bones i que la comparació de les puntuacions mitjanes a les expectatives amb puntuacions mitjanes d'importància dels diferents aspectes avaluats indiquen criteris semblants, concloem que l'escala de les percepcions té un poder explicatiu superior i que la interpretació de l'escala servqual s'ha de contextualitzar en el sentit que no es poden interpretar de la mateixa manera els gaps amb mateixa puntuació, sinó que la diferencia entre percepcions i expectatives és més important si la puntuació donada a les expectatives és més alta. Les anàlisis efectuades a través de proves Anova i interpretades a través d'anàlisis de classificació múltiple indiquen que els aspectes socioeconòmics que més incideixen en les valoracions de qualitat són els que fan referència a la mida de l'hàbitat i al nivell d'estudis. Veiem el paral·lelisme en l'explicació de les dues escales, percepcions i servqual, però sempre a favor de l'escala de les percepcions pel que fa a significativitat i a percentatge de variabilitat explicada. El model estructural saturat entre els constructes que mesuren de manera global la qualitat, les percepcions de qualitat i la satisfacció global, ens permet rebutjar la hipòtesis que es tracta de mesures de tres constructes iguals i ens permet establir relacions entre ells. El modelat amb equacions estructurals de dos models equivalents excepte pel que fa a la direccionalitat entre qualitat i satisfacció entre les percepcions, la qualitat, la satisfacció i el comportament futur del client, ens porta a ajustos completament equivalents. De la mateixa manera, el planteig de models equivalents per discernir quin dels dos constructes, qualitat o satisfacció, és el que causa un efecte directe sobre el comportament futur del client ens porta també a ajustos equivalents. Les principals conclusions del treball són que les percepcions de qualitat dels clients de les entitats financeres de les comarques gironines són molt bones i que els aspectes més importants per a la valoració de la qualitat són els que fan referència a seguretat, fiabilitat i interès. Els aspectes que fan referència a les dimensions tangibles i d'empatia són molt poc significatius estadísticament. Destaca el fet que l'escala de les percepcions té un poder predictiu més alt a nivell individual que l'escala servqual analitzada i que l'escala de les expectatives permet relativitzar la importància de les conclusions extretes a través de l'escala de les percepcions. S'ha comprovat la validació de criteri de l'instrument a través de la predicció del comportament futur del client en l'ajust estructural realitzat i la fiabilitat de l'instrument s'ha comprovat a través de la prova test-retest efectuada entre les dues fases del treball empíric sobre la mateixa mostra de persones en dos moments de temps. Qualitat i satisfacció són la mesura de dos constructes diferents entre els que no hem pogut decidir el sentit de causalitat. El poder predictiu del constructe qualitat percebuda sobre el comportament futur dels clients es mesura a través d'un efecte indirecte a través de les variables de qualitat i de satisfacció global i és significatiu. Les variables socioeconòmiques són importants per entendre millor el comportament dels diferents sectors de mercat així com dels dos tipus d'entitat avaluades (bancs i caixes). L' escala servqual és un esquelet vàlid per a la mesura de la qualitat dels serveis però cal un treball qualitatiu previ a la seva implantació en un sector concret per recollir una part més gran de la variabilitat de les respostes i la seva força està en la utilització repetida al llarg del temps per captar canvis tant en les expectatives com en les percepcions de qualitat dels clients.

L'autocontrol en el procés d'abandonament de la conducta de fumar

En el marc del model transteòric de canvi (Prochaska, DiClemente i Norcross, 1992) i del model de l'autocontrol (Rachlin, 1989), s'examinen les característiques de la conducta de fumar així com la percepció de la magnitud i la demora de les conseqüències positives i negatives d'aquest consum, a fi de conèixer la seva relació amb l'etapa de canvi en la cessació tabàquica. Amb aquest objectiu s'entrevista a una mostra representativa de 281 membres (54,8% homes i 45,2% dones; mitjana d'edat = 37,26 anys, DT = 8,77; 48,8% no fumadors, 27,4% fumadors i 23,8% exfumadors) del personal acadèmic i d'administració i serveis de la Universitat de Girona. Els resultats mostren que més de la meitat dels fumadors es troben a l'etapa de Precontemplació (sense intenció ferma d'abandonar el consum de tabac en els propers 6 mesos) i la majoria d'exfumadors se situen a l'etapa de Manteniment (mínim de sis mesos sense fumar). També s'observen diferències en algunes de les variables examinades segons l'etapa de canvi de manera que els fumadors en Contemplació-Preparació (amb intenció ferma d'abandonar el consum de tabac en els propers 6 mesos) presenten un elevat índex de perjudicis percebuts, informen d'haver rebut més consell mèdic i realitzen amb major freqüència inhalacions a cada cigarreta. En canvi, els fumadors en Precontemplació són els qui més responen consumir tabac baix en nicotina mentre que els exfumadors en Acció o Manteniment són els qui més tendeixen a relacionar de manera immediata fumar i les seves conseqüències negatives a curt i mitjà termini, i els qui presenten major puntuació en l'índex de beneficis percebuts. Aquestes dades corroboren la importància de les intervencions clíniques específiques en les diferents etapes de l'abandonament del consum de tabac, suggereixen que les campanyes preventives s'haurien de focalitzar preferentment en les conseqüències negatives immediates de fumar i apunten a la conveniència de tenir en compte la notable valoració positiva dels beneficis de fumar per part dels exfumadors en els programes de prevenció de recaigudes. Així mateix, la constatació del poder explicatiu de la variable demora en la diferenciació dels subjectes en funció de l'etapa de canvi, planteja la conveniència d'incloure aquesta variable en les avaluacions dels pros i contres de fumar a fi de conèixer amb major precisió els seus pesos relatius.

La construcció de l'església de Sant Feliu de Girona al segle XIV. Els llibres d'obra

Aquesta tesi doctoral com diu el seu títol es centra en analitzar la construcció de l'església de Sant Feliu de Girona al segle XIV a través de l'anàlisi dels llibres d'obra conservats a l'Arxiu Diòcesa de Girona. Aquesta tesi doctoral esta dividida en quatre parts. En la primera part s'analitza la historiografia de l'església de Sant Feliu de Girona des del segle XVII fins a l'actualitat. Dins d'aquest apartat s'analitzen les notícies que aporten els diferents autors i es situa el context historiogràfic de cadascun dels segles. S'ha realitzat un estudi molt exhaustiu en les darreres publicacions del segle XX i inicis del segle XXI. Un cop analitzades aquestes fonts - secundàries -, dins d'aquesta primera part del treball s'ha passat a analitzar els llibres d'obra del segle XIV. S'analitzaràn els aspectes formals i els diferents escrivans encarregats de realitzar aquests llibres d'obra. Aquesta serà la documentació bàsica per realitzar aquesta tesi doctoral. En la segona part del treball es procedirà a analitzar la gestió i el finançament de l'Obra. Es tracta d'una anàlisi, bàsicament dels ingressos, per veure quines són les estratègies que es duen a terme per aconseguir el màxim de recursos per la construcció i per les necessitats "litúrgiques" de l'església de Sant Feliu de Girona. En aquest apartat s'ha analitzat l'Obra com a entitat amb les persones que formen part d'ella i el paper que correspon a cadascuna d'elles (l'obrer, l'escrivà, el mestre d'obres, el questor). També s'han analitzat els promotors i aquells ingressos que, pel seu volum, subministren el nombre més gran de diners a l'Obra ("annates", bacins, etc.). La tercera part ha consistit en l'elaboració de la cronologia constructiva de l'església de Sant Feliu de Girona partint de la informació obtinguda en els llibres d'obra corresponent a les despeses. S'han analitzat totes aquelles obres, tant pel que fa a la construcció de l'edifici com pel que fa a reparacions i manteniment, que tenen lloc entre l'any 1349 (data del primer llibre d'obra de despeses) i l'any 1391. En aquesta part no s'ha entrat a analitzar de forma exhaustiva les figures que fan possible la construcció de l'església al segle XIV ja que això pertany al contingut de la darrera part del nostre treball. La darrera part del treball correspon a l'execució de les obres. En aquesta part trobem quatre grans capítols: els mestres d'obra, la mà d'obra, els materials i els mitjans auxiliars. En cadascun d'aquests capítols s'ha incidit sobre el rol dels diferents treballadors durant la construcció del temple, els materials utilitzats i les seves característiques (pedra, fusta, aglomerants, etc.) i els mitjans auxiliars utilitzats per col.locar aquests materials en obra. S'han separat els mestres d'obres de la resta de treballadors ja que els primers juguen un rol diferenciat dels segons. S'ha intentat analitzar en ambdós casos els seus sous i les tasques de cadascun d'ells. Pel que fa als materials també s'ha procedit a analitzar d'on s'extreuen, com han arribat a peu d'obra i on s'emmagatzemen i manipulen o transformen abans d'ésser col.locats en obra. Dels mitjans auxiliars s'ha intentat analitzar les funcions per la qual es fan servir les eines (apareixen totes les de l'ofici de pedrer), els enginys (elevar pesos), les bastides (poder treballar en alçada) i el encofrats (garantir la resistència inicial dels elements constructius). Evidentment s'han establert unes conclusions de cadascuna de les parts i unes conclusions finals. La tesi també inclou els agraïments corresponents, el prefaci i la bibliografia.