“Unmixing” Tissue Gene Expression Signatures from Tumor Biopsies

Emergent molecular measurement methods, such as DNA microarray, qRTPCR, and many others, offer tremendous promise for the personalized treatment of cancer. These technologies measure the amount of specific proteins, RNA, DNA or other molecular targets from tumor specimens with the goal of “fingerprinting” individual cancers. Tumor specimens are heterogeneous; an individual specimen typically contains unknown amounts of multiple tissues types. Thus, the measured molecular concentrations result from an unknown mixture of tissue types, and must be normalized to account for the composition of the mixture. For example, a breast tumor biopsy may contain normal, dysplastic and cancerous epithelial cells, as well as stromal components (fatty and connective tissue) and blood and lymphatic vessels. Our diagnostic interest focuses solely on the dysplastic and cancerous epithelial cells. The remaining tissue components serve to “contaminate” the signal of interest. The proportion of each of the tissue components changes as a function of patient characteristics (e.g., age), and varies spatially across the tumor region. Because each of the tissue components produces a different molecular signature, and the amount of each tissue type is specimen dependent, we must estimate the tissue composition of the specimen, and adjust the molecular signal for this composition. Using the idea of a chemical mass balance, we consider the total measured concentrations to be a weighted sum of the individual tissue signatures, where weights are determined by the relative amounts of the different tissue types. We develop a compositional source apportionment model to estimate the relative amounts of tissue components in a tumor specimen. We then use these estimates to infer the tissuespecific concentrations of key molecular targets for sub-typing individual tumors. We anticipate these specific measurements will greatly improve our ability to discriminate between different classes of tumors, and allow more precise matching of each patient to the appropriate treatment

La gestió turística local en el litoral català: una lectura des de la dialèctica socioespacial

L'aportació principal d'aquesta tesi és l'anàlisi de la gestió turística i les estratègies que els municipis del litoral català han desenvolupat per fer front a la crisi (o a la sensació de crisi) del model turístic tradicional que es va manifestar a principis dels anys noranta del segle passat. També proposa una nova visió de l'estructura territorial del litoral i aporta noves dades sobre l'evolució de l'oferta d'allotjament turístic a nivell municipal de tota la costa mediterrània espanyola entre els anys 1981 i 2001. El cos de la tesi s'estructura en tres parts: un marc teòric on es fa una anàlisi sistemàtica de les principals interpretacions sobre l'evolució de les destinacions madures, un capítol dedicat al models territorials litorals que, a més de l'anàlisi estadística descriptiva de les dades fa una anàlisi de conglomerats jeràrquics per definir els clusters territorials turístics, i finalment, una classificació de les estratègies que han desenvolupat els municipis litorals per adaptar-se a les noves formes de la demanda turística. Per a aquest darrer capítol s'ha entrevistat a 150 persones relacionades amb la gestió turística local i territorial dels municipis litorals catalans, a més d'estudiar els plans urbanístics i els documents d'estratègia turística. Això ha permès constatar que és principalment de l'àmbit local d'on parteixen les estratègies per adaptar-se a les noves formes de la demanda, i que aquestes respostes són diverses per què depenen del context (l'habitus habermasià) de cada municipi. Malgrat la diversitat, s'han pogut classificar les estratègies en cinc grups: les que intenten recrear l'espai turístic per convertir-lo en una autèntica ciutat per viure-hi tot l'any, les que es basen en la sostenibilitat, les que aposten per la hiperealitat, les que desenvolupen esdeveniments efímers i les que impulsen la millora de la qualitat del producte turístic tradicional. Generalment aquests canvis es desenvolupen per assaig-error, per intuïció, sense que responguin a un model preestablert. Una de les principals conclusions d'aquest apartat ens indica que hi ha pocs municipis que puguin explicitar el fons i la forma de la seva política turística. Per això es desenvolupen estratègies que es superposen, es barregen i, a vegades es contradiuen, fent que la política turística del municipi es reinventi contínuament. De fet, com dedueix una altra de les altres conclusions, el model turístic actual es basa en la innovació constant. Pel que fa al capítol teòric s'identifiquen les principals interpretacions sobre el canvi de model turístic i es classifiquen en cinc grups: les teories evolucionistes (Butler, Doxey, Miossec, Gormsen, Holder) que estableixen que les destinacions turístiques han de passar necessàriament per determinades fases, les teories que pronostiquen el col·lapse del sistema per superació de la capacitat de càrrega, les interpretacions que es basen en el canvi de l'escala, que parteixen de la idea que el turisme ha deixat de ser una activitat regional a un fenomen global, les que atribueixen als avenços tecnològics el canvi en el model i les que emmarquen els canvis turístics en un canvi més ampli que afecta a una societat que passa a ser postmoderna. De l'estudi teòric es desprèn que hi ha consens sobre la idea de crisi del model turístic però no hi ha unanimitat sobre les causes d'aquesta crisi ni sobre el nou model turístic que ha de sorgir. L'estudi empíric de les variables de l'oferta turística litoral, que és l'aportació principal del capítol dos, ha permès treure moltes conclusions, tant per l'estudi descriptiu de les dades com per l'anàlisi de conglomerats jeràrquics. En aquest breu resum només destacarem dues idees. La primera d'elles contempla que el litoral no és homogeni sinó que està constituït per cinc tipus diferents de municipis que formen unitats orgàniques que es repeteixen per tota la costa. Entre aquests tipus de municipis hi ha el que hem anomenat ociurbs, que concentren gran part de l'oferta turística, els nuclis turístics que tenen un nombre important de població resident i aporten mà d'obra i serveis, i les ciutats perifèriques que tot i estar a la costa viuen al marge del negoci turístic. L'altra idea a destacar és que en vint anys la distribució de l'oferta turística en el territori ha canviat poc: als lloc on hi havia una gran concentració de places al 1981, l'any 2001 encara són els llocs que ofereixen més serveis d'allotjament. S'observa però un important canvi en la tipologia dels allotjaments: en els 20 anys estudiats els habitatges turístics s'han consolidat com la modalitat d'allotjament emergent, a molta distància dels càmpings i l'oferta hotelera.