A compositional data analysis package for R providing multiple approaches

”compositions” is a new R-package for the analysis of compositional and positive data. It contains four classes corresponding to the four different types of compositional and positive geometry (including the Aitchison geometry). It provides means for computation, plotting and high-level multivariate statistical analysis in all four geometries. These geometries are treated in an fully analogous way, based on the principle of working in coordinates, and the object-oriented programming paradigm of R. In this way, called functions automatically select the most appropriate type of analysis as a function of the geometry. The graphical capabilities include ternary diagrams and tetrahedrons, various compositional plots (boxplots, barplots, piecharts) and extensive graphical tools for principal components. Afterwards, ortion and proportion lines, straight lines and ellipses in all geometries can be added to plots. The package is accompanied by a hands-on-introduction, documentation for every function, demos of the graphical capabilities and plenty of usage examples. It allows direct and parallel computation in all four vector spaces and provides the beginner with a copy-and-paste style of data analysis, while letting advanced users keep the functionality and customizability they demand of R, as well as all necessary tools to add own analysis routines. A complete example is included in the appendix

Regression analysis of compositional data when both the dependent variable and independent variable are components

It is well known that regression analyses involving compositional data need special attention because the data are not of full rank. For a regression analysis where both the dependent and independent variable are components we propose a transformation of the components emphasizing their role as dependent and independent variables. A simple linear regression can be performed on the transformed components. The regression line can be depicted in a ternary diagram facilitating the interpretation of the analysis in terms of components. An exemple with time-budgets illustrates the method and the graphical features

Combined Analysis of the Short-Term Effects of Photochemical Air Pollutants on Mortality within the EMECAM Project

In recent years, some epidemiologic studies have attributed adverse effects of air pollutants on health not only to particles and sulfur dioxide but also to photochemical air pollutants (nitrogen dioxide and ozone). The effects are usually small, leading to some inconsistencies in the results of the studies. Furthermore, the different methodologic approaches of the studies used has made it difficult to derive generic conclusions. We provide here a quantitative summary of the short-term effects of photochemical air pollutants on mortality in seven Spanish cities involved in the EMECAM project, using generalized additive models from analyses of single and multiple pollutants. Nitrogen dioxide and ozone data were provided by seven EMECAM cities (Barcelona, Gijón, Huelva, Madrid, Oviedo, Seville, and Valencia). Mortality indicators included daily total mortality from all causes excluding external causes, daily cardiovascular mortality, and daily respiratory mortality. Individual estimates, obtained from city-specific generalized additive Poisson autoregressive models, were combined by means of fixed effects models and, if significant heterogeneity among local estimates was found, also by random effects models. Significant positive associations were found between daily mortality (all causes and cardiovascular) and NO2, once the rest of air pollutants were taken into account. A 10 μg/m3 increase in the 24-hr average 1-day NO2 level was associated with an increase in the daily number of deaths of 0.43% [95% confidence interval(CI), –0.003–0.86%] for all causes excluding external. In the case of significant relationships, relative risks for cause-specific mortality were nearly twice as much as that for total mortality for all the photochemical pollutants. Ozone was independently related only to cardiovascular daily mortality. No independent statistically significant relationship between photochemical air pollutants and respiratory mortality was found. The results in this study suggest that, given the present levels of photochemical pollutants, people living in Spanish cities are exposed to health risks derived from air pollution

Comparing meta-analysis and ecological-longitudinal analysis in time-series studies: a case study of the effects of air pollution on mortality in three Spanish cities

The objective of this paper is to introduce a diVerent approach, called the ecological-longitudinal, to carrying out pooled analysis in time series ecological studies. Because it gives a larger number of data points and, hence, increases the statistical power of the analysis, this approach, unlike conventional ones, allows the complementation of aspects such as accommodation of random effect models, of lags, of interaction between pollutants and between pollutants and meteorological variables, that are hardly implemented in conventional approaches. Design—The approach is illustrated by providing quantitative estimates of the short-termeVects of air pollution on mortality in three Spanish cities, Barcelona,Valencia and Vigo, for the period 1992–1994. Because the dependent variable was a count, a Poisson generalised linear model was first specified. Several modelling issues are worth mentioning. Firstly, because the relations between mortality and explanatory variables were nonlinear, cubic splines were used for covariate control, leading to a generalised additive model, GAM. Secondly, the effects of the predictors on the response were allowed to occur with some lag. Thirdly, the residual autocorrelation, because of imperfect control, was controlled for by means of an autoregressive Poisson GAM. Finally, the longitudinal design demanded the consideration of the existence of individual heterogeneity, requiring the consideration of mixed models. Main results—The estimates of the relative risks obtained from the individual analyses varied across cities, particularly those associated with sulphur dioxide. The highest relative risks corresponded to black smoke in Valencia. These estimates were higher than those obtained from the ecological-longitudinal analysis. Relative risks estimated from this latter analysis were practically identical across cities, 1.00638 (95% confidence intervals 1.0002, 1.0011) for a black smoke increase of 10 μg/m3 and 1.00415 (95% CI 1.0001, 1.0007) for a increase of 10 μg/m3 of sulphur dioxide. Because the statistical power is higher than in the individual analysis more interactions were statistically significant,especially those among air pollutants and meteorological variables. Conclusions—Air pollutant levels were related to mortality in the three cities of the study, Barcelona, Valencia and Vigo. These results were consistent with similar studies in other cities, with other multicentric studies and coherent with both, previous individual, for each city, and multicentric studies for all three cities

Conceptual design of wastewater treatment plants using multiple objectives

La implementació de la Directiva Europea 91/271/CEE referent a tractament d'aigües residuals urbanes va promoure la construcció de noves instal·lacions al mateix temps que la introducció de noves tecnologies per tractar nutrients en àrees designades com a sensibles. Tant el disseny d'aquestes noves infraestructures com el redisseny de les ja existents es va portar a terme a partir d'aproximacions basades fonamentalment en objectius econòmics degut a la necessitat d'acabar les obres en un període de temps relativament curt. Aquests estudis estaven basats en coneixement heurístic o correlacions numèriques provinents de models determinístics simplificats. Així doncs, moltes de les estacions depuradores d'aigües residuals (EDARs) resultants van estar caracteritzades per una manca de robustesa i flexibilitat, poca controlabilitat, amb freqüents problemes microbiològics de separació de sòlids en el decantador secundari, elevats costos d'operació i eliminació parcial de nutrients allunyant-les de l'òptim de funcionament. Molts d'aquestes problemes van sorgir degut a un disseny inadequat, de manera que la comunitat científica es va adonar de la importància de les etapes inicials de disseny conceptual. Precisament per aquesta raó, els mètodes tradicionals de disseny han d'evolucionar cap a sistemes d'avaluació mes complexos, que tinguin en compte múltiples objectius, assegurant així un millor funcionament de la planta. Tot i la importància del disseny conceptual tenint en compte múltiples objectius, encara hi ha un buit important en la literatura científica tractant aquest camp d'investigació. L'objectiu que persegueix aquesta tesi és el de desenvolupar un mètode de disseny conceptual d'EDARs considerant múltiples objectius, de manera que serveixi d'eina de suport a la presa de decisions al seleccionar la millor alternativa entre diferents opcions de disseny. Aquest treball de recerca contribueix amb un mètode de disseny modular i evolutiu que combina diferent tècniques com: el procés de decisió jeràrquic, anàlisi multicriteri, optimació preliminar multiobjectiu basada en anàlisi de sensibilitat, tècniques d'extracció de coneixement i mineria de dades, anàlisi multivariant i anàlisi d'incertesa a partir de simulacions de Monte Carlo. Això s'ha aconseguit subdividint el mètode de disseny desenvolupat en aquesta tesis en quatre blocs principals: (1) generació jeràrquica i anàlisi multicriteri d'alternatives, (2) anàlisi de decisions crítiques, (3) anàlisi multivariant i (4) anàlisi d'incertesa. El primer dels blocs combina un procés de decisió jeràrquic amb anàlisi multicriteri. El procés de decisió jeràrquic subdivideix el disseny conceptual en una sèrie de qüestions mes fàcilment analitzables i avaluables mentre que l'anàlisi multicriteri permet la consideració de diferent objectius al mateix temps. D'aquesta manera es redueix el nombre d'alternatives a avaluar i fa que el futur disseny i operació de la planta estigui influenciat per aspectes ambientals, econòmics, tècnics i legals. Finalment aquest bloc inclou una anàlisi de sensibilitat dels pesos que proporciona informació de com varien les diferents alternatives al mateix temps que canvia la importància relativa del objectius de disseny. El segon bloc engloba tècniques d'anàlisi de sensibilitat, optimització preliminar multiobjectiu i extracció de coneixement per donar suport al disseny conceptual d'EDAR, seleccionant la millor alternativa un cop s'han identificat decisions crítiques. Les decisions crítiques són aquelles en les que s'ha de seleccionar entre alternatives que compleixen de forma similar els objectius de disseny però amb diferents implicacions pel que respecte a la futura estructura i operació de la planta. Aquest tipus d'anàlisi proporciona una visió més àmplia de l'espai de disseny i permet identificar direccions desitjables (o indesitjables) cap on el procés de disseny pot derivar. El tercer bloc de la tesi proporciona l'anàlisi multivariant de les matrius multicriteri obtingudes durant l'avaluació de les alternatives de disseny. Específicament, les tècniques utilitzades en aquest treball de recerca engloben: 1) anàlisi de conglomerats, 2) anàlisi de components principals/anàlisi factorial i 3) anàlisi discriminant. Com a resultat és possible un millor accés a les dades per realitzar la selecció de les alternatives, proporcionant més informació per a una avaluació mes efectiva, i finalment incrementant el coneixement del procés d'avaluació de les alternatives de disseny generades. En el quart i últim bloc desenvolupat en aquesta tesi, les diferents alternatives de disseny són avaluades amb incertesa. L'objectiu d'aquest bloc és el d'estudiar el canvi en la presa de decisions quan una alternativa és avaluada incloent o no incertesa en els paràmetres dels models que descriuen el seu comportament. La incertesa en el paràmetres del model s'introdueix a partir de funcions de probabilitat. Desprès es porten a terme simulacions Monte Carlo, on d'aquestes distribucions se n'extrauen números aleatoris que es subsisteixen pels paràmetres del model i permeten estudiar com la incertesa es propaga a través del model. Així és possible analitzar la variació en l'acompliment global dels objectius de disseny per a cada una de les alternatives, quines són les contribucions en aquesta variació que hi tenen els aspectes ambientals, legals, econòmics i tècnics, i finalment el canvi en la selecció d'alternatives quan hi ha una variació de la importància relativa dels objectius de disseny. En comparació amb les aproximacions tradicionals de disseny, el mètode desenvolupat en aquesta tesi adreça problemes de disseny/redisseny tenint en compte múltiples objectius i múltiples criteris. Al mateix temps, el procés de presa de decisions mostra de forma objectiva, transparent i sistemàtica el perquè una alternativa és seleccionada en front de les altres, proporcionant l'opció que més bé acompleix els objectius marcats, mostrant els punts forts i febles, les principals correlacions entre objectius i alternatives, i finalment tenint en compte la possible incertesa inherent en els paràmetres del model que es fan servir durant les anàlisis. Les possibilitats del mètode desenvolupat es demostren en aquesta tesi a partir de diferents casos d'estudi: selecció del tipus d'eliminació biològica de nitrogen (cas d'estudi # 1), optimització d'una estratègia de control (cas d'estudi # 2), redisseny d'una planta per aconseguir eliminació simultània de carboni, nitrogen i fòsfor (cas d'estudi # 3) i finalment anàlisi d'estratègies control a nivell de planta (casos d'estudi # 4 i # 5).

Single and multiple addition to C60. A computational chemistry study

Des del seu descobriment, a la molècula C60 se li coneixen una varietat de derivats segons el tipus de funcionalització amb propietats fisicoquímiques específiques de gran interès científic. Una sel·lecció de derivats corresponents a addicions simple o múltiple al C60 s'ha considerat en aquest treball d'investigació. L'estudi a nivell de química computacional de diversos tipus d'addició al C60 s'han portat a terme per tal de poder donar resposta a aspectes que experimentalment no s'entenen o són poc clars. Els sistemes estudiats en referència a l'addició simple al C60 han estat en primer lloc els monoiminoful·lerens, C60NR, (de les dues vies proposades per la seva síntesi, anàlisis cinètic i termodinàmic han ajudat a explicar els mecanismes de formació i justificar l'addició a enllaços tipus [5,6]), i en segon lloc els metanoful·lerens i els hidroful·lerens substituits, C60CHR i C60HR, (raons geomètriques, electròniques, energètiques i magnètiques justifiquen el diferent caràcter àcid ente ambdós derivats tenint en compte una sèrie de substituents R amb diferent caràcter electrònic donor/acceptor). Els fluoroful·lerens, C60Fn, i els epoxid ful·lerens, C60On, (anàlisi sistemàtic dels seus patrons d'addició en base a poder justificar la força que els governa han aportat dades complementàries a les poques que existeixen experimentalment al respecte).

Variable mixed-mode delamination in composite laminates under fatigue conditions: testing & analysis

La majoria de les fallades en elements estructurals són degudes a càrrega per fatiga. En conseqüència, la fatiga mecànica és un factor clau per al disseny d'elements mecànics. En el cas de materials compòsits laminats, el procés de fallada per fatiga inclou diferents mecanismes de dany que resulten en la degradació del material. Un dels mecanismes de dany més importants és la delaminació entre capes del laminat. En el cas de components aeronàutics, les plaques de composit estan exposades a impactes i les delaminacions apareixen facilment en un laminat després d'un impacte. Molts components fets de compòsit tenen formes corbes, superposició de capes i capes amb diferents orientacions que fan que la delaminació es propagui en un mode mixt que depen de la grandària de la delaminació. És a dir, les delaminacions generalment es propaguen en mode mixt variable. És per això que és important desenvolupar nous mètodes per caracteritzar el creixement subcrític en mode mixt per fatiga de les delaminacions. El principal objectiu d'aquest treball és la caracterització del creixement en mode mixt variable de les delaminacions en compòsits laminats per efecte de càrregues a fatiga. Amb aquest fi, es proposa un nou model per al creixement per fatiga de la delaminació en mode mixt. Contràriament als models ja existents, el model que es proposa es formula d'acord a la variació no-monotònica dels paràmetres de propagació amb el mode mixt observada en diferents resultats experimentals. A més, es du a terme un anàlisi de l'assaig mixed-mode end load split (MMELS), la característica més important del qual és la variació del mode mixt a mesura que la delaminació creix. Per a aquest anàlisi, es tenen em compte dos mètodes teòrics presents en la literatura. No obstant, les expressions resultants per l'assaig MMELS no són equivalents i les diferències entre els dos mètodes poden ser importants, fins a 50 vegades. Per aquest motiu, en aquest treball es porta a terme un anàlisi alternatiu més acurat del MMELS per tal d'establir una comparació. Aquest anàlisi alternatiu es basa en el mètode dels elements finits i virtual crack closure technique (VCCT). D'aquest anàlisi en resulten importants aspectes a considerar per a la bona caracterització de materials utilitzant l'assaig MMELS. Durant l'estudi s'ha dissenyat i construït un utillatge per l'assaig MMELS. Per a la caracterització experimental de la propagació per fatiga de delaminacions en mode mixt variable s'utilitzen diferents provetes de laminats carboni/epoxy essencialment unidireccionals. També es du a terme un anàlisi fractogràfic d'algunes de les superfícies de fractura per delaminació. Els resultats experimentals són comparats amb les prediccions del model proposat per la propagació per fatiga d'esquerdes interlaminars.

Image classification for a large number of object categories

L'increment de bases de dades que cada vegada contenen imatges més difícils i amb un nombre més elevat de categories, està forçant el desenvolupament de tècniques de representació d'imatges que siguin discriminatives quan es vol treballar amb múltiples classes i d'algorismes que siguin eficients en l'aprenentatge i classificació. Aquesta tesi explora el problema de classificar les imatges segons l'objecte que contenen quan es disposa d'un gran nombre de categories. Primerament s'investiga com un sistema híbrid format per un model generatiu i un model discriminatiu pot beneficiar la tasca de classificació d'imatges on el nivell d'anotació humà sigui mínim. Per aquesta tasca introduïm un nou vocabulari utilitzant una representació densa de descriptors color-SIFT, i desprès s'investiga com els diferents paràmetres afecten la classificació final. Tot seguit es proposa un mètode par tal d'incorporar informació espacial amb el sistema híbrid, mostrant que la informació de context es de gran ajuda per la classificació d'imatges. Desprès introduïm un nou descriptor de forma que representa la imatge segons la seva forma local i la seva forma espacial, tot junt amb un kernel que incorpora aquesta informació espacial en forma piramidal. La forma es representada per un vector compacte obtenint un descriptor molt adequat per ésser utilitzat amb algorismes d'aprenentatge amb kernels. Els experiments realitzats postren que aquesta informació de forma te uns resultats semblants (i a vegades millors) als descriptors basats en aparença. També s'investiga com diferents característiques es poden combinar per ésser utilitzades en la classificació d'imatges i es mostra com el descriptor de forma proposat juntament amb un descriptor d'aparença millora substancialment la classificació. Finalment es descriu un algoritme que detecta les regions d'interès automàticament durant l'entrenament i la classificació. Això proporciona un mètode per inhibir el fons de la imatge i afegeix invariança a la posició dels objectes dins les imatges. S'ensenya que la forma i l'aparença sobre aquesta regió d'interès i utilitzant els classificadors random forests millora la classificació i el temps computacional. Es comparen els postres resultats amb resultats de la literatura utilitzant les mateixes bases de dades que els autors Aixa com els mateixos protocols d'aprenentatge i classificació. Es veu com totes les innovacions introduïdes incrementen la classificació final de les imatges.