libLocation: acceso a dispositivos de localización para gvSIG Desktop y Mobile

Inicialmente integrada en el piloto de gvSIG Mobile, la librería libLocation tiene como objetivo dotar a los proyectos gvSIG Desktop y gvSIG Mobile un acceso transparente a fuentes de localización. La librería se fundamenta en las especificaciones JSR-179 -API de localización para J2ME- y JSR-293 -API de localización para J2ME v2.0-, proporcionando una interfaz uniforme a diferentes fuentes de localización, mediante funciones de alto nivel. Asimismo, se extiende la funcionalidad de estas APIs para permitir la gestión de datos específicos del tipo de fuente de localización y el ajuste de parámetros de bajo nivel, además de incorporar métodos de localización adicionales, como la aplicación de correcciones vía protocolo NTRIP. La librería libLocation está actualmente en proceso de desarrollo y será publicada y liberada junto con la versión definitiva de gvSIG Mobile. Junto con libLocation se están desarrollando extensiones que permiten el acceso a esta librería desde gvSIG Desktop y gvSIG Mobile

Electronic couplings and on-site energies for hole transfer in DNA: systematic quantum mechanical/molecular dynamic study

The electron hole transfer (HT) properties of DNA are substantially affected by thermal fluctuations of the π stack structure. Depending on the mutual position of neighboring nucleobases, electronic coupling V may change by several orders of magnitude. In the present paper, we report the results of systematic QM/molecular dynamic (MD) calculations of the electronic couplings and on-site energies for the hole transfer. Based on 15 ns MD trajectories for several DNA oligomers, we calculate the average coupling squares 〈 V2 〉 and the energies of basepair triplets X G+ Y and X A+ Y, where X, Y=G, A, T, and C. For each of the 32 systems, 15 000 conformations separated by 1 ps are considered. The three-state generalized Mulliken-Hush method is used to derive electronic couplings for HT between neighboring basepairs. The adiabatic energies and dipole moment matrix elements are computed within the INDO/S method. We compare the rms values of V with the couplings estimated for the idealized B -DNA structure and show that in several important cases the couplings calculated for the idealized B -DNA structure are considerably underestimated. The rms values for intrastrand couplings G-G, A-A, G-A, and A-G are found to be similar, ∼0.07 eV, while the interstrand couplings are quite different. The energies of hole states G+ and A+ in the stack depend on the nature of the neighboring pairs. The X G+ Y are by 0.5 eV more stable than X A+ Y. The thermal fluctuations of the DNA structure facilitate the HT process from guanine to adenine. The tabulated couplings and on-site energies can be used as reference parameters in theoretical and computational studies of HT processes in DNA

Conformations of poly{G}-poly{C} π stacks with high hole mobility

Charge transfer properties of DNA depend strongly on the π stack conformation. In the present paper, we identify conformations of homogeneous poly-{G}-poly-{C} stacks that should exhibit high charge mobility. Two different computational approaches were applied. First, we calculated the electronic coupling squared, V2, between adjacent base pairs for all 1 ps snapshots extracted from 15 ns molecular dynamics trajectory of the duplex G15. The average value of the coupling squared 〈 V2 〉 is found to be 0.0065 eV2. Then we analyze the base-pair and step parameters of the configurations in which V2 is at least an order of magnitude larger than 〈 V2 〉. To obtain more consistent data, ∼65 000 configurations of the (G:C)2 stack were built using systematic screening of the step parameters shift, slide, and twist. We show that undertwisted structures (twist<20°) are of special interest, because the π stack conformations with strong electronic couplings are found for a wide range of slide and shift. Although effective hole transfer can also occur in configurations with twist=30° and 35°, large mutual displacements of neighboring base pairs are required for that. Overtwisted conformation (twist38°) seems to be of limited interest in the context of effective hole transfer. The results may be helpful in the search for DNA based elements for nanoelectronics

Herramientas de monitorización con capacidades de decisión geográficas

Osmius (http://www.osmius.net) es una herramienta de monitorización de redes que se distribuye bajo licencia GPL v2. Se encarga de monitorizar cualquier elemento conectado a nuestra red, servidores web, bases de datos, sensores... En su versión 9.07, liberada en julio del 2009, se ha iniciado un proyecto para la integración de capacidades SIG. Se busca conseguir funcionalidades SIG que aporten un valor añadido a la herramienta, y que permitan la entrada de elementos geográficos en la toma de decisiones. Mediante la integración se ha conseguido lograr un panel de control con información geográfica asociada que nos permite la toma de estas decisiones basándonos en criterios geográficos. Osmius almacena toda la información generada durante su funcionamiento en una base de datos MySQL. Esta se organiza en instancias que se encargan de monitorizar y servicios que engloban estas instancias. Para la integración, se han aprovechado las propiedades espaciales de la base de datos MySQL como fuente de datos que sirve al SIG. Se presentan estos datos utilizando un servidor SIG web, GeoServer, que se nutre de ellos y los publica bajo estándares OGC. Como capa de interfaz con el usuario, se ha desarrollado un visor web, con tecnología OpenLayers, a través del cual se puede visualizar, generar y filtrar dicha información. Para la capa base sobre la que visualizamos toda la información se ha utilizado OpenStreetMap, aunando así en un solo desarrollo tres importantes proyectos del panorama SIG libre actual. Actualmente se están desarrollando mas funcionalidades SIG para la visualización y gestión de la información intentando extraer todo el potencial de los proyectos libres que se están utilizando, utilizando las últimas versiones de estos y adaptando sus capacidades a la herramienta

gvSIG en España Virtual

España Virtual es un proyecto de I+D, subvencionado por el [CDTI] dentro del programa Ingenio 2010, orientado a la definición de la arquitectura, protocolos y estándares de la futura Internet 3D, con un foco especial en lo relativo a visualización 3D, inmersión en mundos virtuales, interacción entre usuarios y a la introducción de aspectos semánticos, sin dejar de lado el estudio y maduración de las tecnologías para el procesamiento masivo y almacenamiento de datos geográficos. Con una duración de cuatro años, el proyecto está liderado por Elecnor DEIMOS y cuenta con la participación del Centro Nacional de Información Geográfica (IGN/CNIG), Indra Espacio, Androme Ibérica, GeoSpatiumLab, DNX, [Prodevelop], Telefónica I+D y una decena de prestigiosos centros de investigación y universidades nacionales. En este contexto Prodevelop y el Ai2 (Instituto de Automática e Informática Industrial) entran a participar en el proyecto gracias a la Asociación gvSIG con el objetivo de impulsar el desarrollo de la visualización 3D , incorporación de nuevos estándares y mejoras en los ya existentes, así como la evolución de funcionalidades, sobre todo en el ámbito de los servicios remotos y mejoras del rendimiento a través de sistemas de cacheado de datos. También se pretende servir como plataforma para el volcado de resultados en los diferentes activos experimentales realizados por otros socios del proyecto. Para la consecución de objetivos se definen diferentes paquetes de trabajo que va a trabajar sobre nuevos tipos de datos, acceso a datos 3D multirresolución, integración de datos geográficos al vuelo, componentes de visualización 2D, 3D y 4D, algoritmia multirresolución y efectos audiovisuales inmersivos. Concretamente y dentro de estos paquetes de trabajo se presentarán los avances realizados e integrados dentro de gvSIG Desktop v2.0, y otras funcionalidades gvSIG sobre dispositivos móviles