Compositional Data in Biomedical Research

Modern methods of compositional data analysis are not well known in biomedical research. Moreover, there appear to be few mathematical and statistical researchers working on compositional biomedical problems. Like the earth and environmental sciences, biomedicine has many problems in which the relevant scienti c information is encoded in the relative abundance of key species or categories. I introduce three problems in cancer research in which analysis of compositions plays an important role. The problems involve 1) the classi cation of serum proteomic pro les for early detection of lung cancer, 2) inference of the relative amounts of di erent tissue types in a diagnostic tumor biopsy, and 3) the subcellular localization of the BRCA1 protein, and it's role in breast cancer patient prognosis. For each of these problems I outline a partial solution. However, none of these problems is \solved". I attempt to identify areas in which additional statistical development is needed with the hope of encouraging more compositional data analysts to become involved in biomedical research

Interactions between grain size and composition of sediments: two examples

Two contrasting case studies of sediment and detrital mineral composition are investigated in order to outline interactions between chemical composition and grain size. Modern glacial sediments exhibit a strong dependence of the two parameters due to the preferential enrichment of mafic minerals, especially biotite, in the fine-grained fractions. On the other hand, the composition of detrital heavy minerals (here: rutile) appears to be not systematically related to grain-size, but is strongly controlled by location, i.e. the petrology of the source rocks of detrital grains. This supports the use of rutile as a well-suited tracer mineral for provenance studies. The results further suggest that (i) interpretations derived from whole-rock sediment geochemistry should be flanked by grain-size observations, and (ii) a more sound statistical evaluation of these interactions require the development of new tailor-made statistical tools to deal with such so-called two-way compositions

Citation auctions as a method to improve selection of scientific papers

This paper describes the basis of citation auctions as a new approach to selecting scientific papers for publication. Our main idea is to use an auction for selecting papers for publication through - differently from the state of the art - bids that consist of the number of citations that a scientist expects to receive if the paper is published. Hence, a citation auction is the selection process itself, and no reviewers are involved. The benefits of the proposed approach are two-fold. First, the cost of refereeing will be either totally eliminated or significantly reduced, because the process of citation auction does not need prior understanding of the paper's content to judge the quality of its contribution. Additionally, the method will not prejudge the content of the paper, so it will increase the openness of publications to new ideas. Second, scientists will be much more committed to the quality of their papers, paying close attention to distributing and explaining their papers in detail to maximize the number of citations that the paper receives. Sample analyses of the number of citations collected in papers published in years 1999-2004 for one journal, and in years 2003-2005 for a series of conferences (in a totally different discipline), via Google scholar, are provided. Finally, a simple simulation of an auction is given to outline the behaviour of the citation auction approach

Embodied Autonomy in Digital Ecosystems: From Bio-Inspired Agents to Cognitive Systems

This paper proposes to promote autonomy in digital ecosystems so that it provides agents with information to improve the behavior of the digital ecosystem in terms of stability. This work proposes that, in digital ecosystems, autonomous agents can provide fundamental services and information. The final goal is to run the ecosystem, generate novel conditions and let agents exploit them. A set of evaluation measures must be defined as well. We want to provide an outline of some global indicators, such as heterogeneity and diversity, and establish relationships between agent behavior and these global indicators to fully understand interactions between agents, and to understand the dependence and autonomy relations that emerge between the interacting agents. Individual variations, interaction dependencies, and environmental factors are determinants of autonomy that would be considered. The paper concludes with a discussion of situations when autonomy is a milestone

Cronologia dels programes femenins a la ràdio catalana d’abans de la Guerra Civil

El propòsit d’aquest article és endreçar la cronologia dels programes femenins que les estacions de ràdio pioneres emetien a Catalunya abans de la Guerra Civil i conèixer-ne els trets diferenciadors que tenien. Tal com ja he posat de manifest en les conclusions de la meva tesi doctoral, i en alguns dels articles que se n’han derivat, els programes femenins que les emissores catalanes varen dur a terme abans de 1939 van ser els primers espais de la radiodifusió espanyola que varen tenir el que ara coneixem com a format. Aquesta manera d’entendre un programa de ràdio, que ja va tenir una locutora a finals dels anys vint, ha permès que ara investiguem, per ordenar-los cronològicament, aquests espais tan vells i tan preuats de la ràdio pionera, i que a més a més puguem revelar quines característiques comunes tenien tots aquests espais femenins, a partir de saber els detalls de tots els que varen coincidir, en el temps, a les ones de Barcelona

Metodologia de disseny conceptual d'estacions depuradores d'aigües residuals que combina el procés de decisió jeràrquic amb l'anàlisi de decisions multicriteri

La present tesi proposa una metodologia de disseny conceptual d'estacions depuradores d'aigües residuals (EDAR) mitjançant la combinació del procés de decisió jeràrquic i l'anàlisi de decisions multicriteri. El document s'inicia amb una breu introducció als principals camps abordats pel treball: el disseny dels processos químics en general, el disseny de les estacions depuradores d'aigües residuals en particular, i l'anàlisi de decisions multicriteri aplicada a la gestió ambiental. Seguidament, es fixen els objectius del treball i es descriuen tant la metodologia com el material de suport informàtic utilitzats. Per validar i contrastar la metodologia de disseny presentada, es desenvolupa un cas d'estudi on es porta a terme el disseny conceptual d'una EDAR que presenta els mateixos requeriments que l'EDAR que opera actualment al municipi de Granollers. Inicialment es presenta la informació de partida i tot seguit es defineixen els objectius de disseny, així com el conjunt de criteris que s'utilitzaran per avaluar en quina mesura es compleixen aquests objectius. Els objectius de disseny són de diferents tipus: ambientals, tècnics, socials i econòmics, i el conjunt de criteris utilitzats, concretament 33, també es classifica segons aquestes quatre categories. Cadascun dels criteris presenta un determinat pes d'importància relativa en la presa de decisions. Finalment, es desenvolupa tot el procés de decisió fins a obtenir el disseny complet de l'EDAR. El procés de decisió s'ha dividit en dues parts diferenciades però que alhora s'entrellacen: la línia d'aigua i la línia de fang. El procés de decisió presenta un total de divuit qüestions amb un màxim de quatre alternatives per pregunta (dotze qüestions corresponen a la línia d'aigua, i sis a la línia de fangs). Per solucionar cadascuna d'aquestes qüestions, s'avaluen les alternatives proposades respecte a un conjunt de criteris triats de la llista inicial. Aplicant el procés de decisió multicriteri anomenat SMART (simple multiattribute rating technique), es combinen els resultats de les alternatives respecte a cada criteri, tenint en compte la importància de cada criteri per obtenir un sol valor per alternativa. Per quantificar els criteris referents a l'operació del procés i les de tipus econòmic s'han utilitzat els programes GPS-X i CapdetWorks respectivament. Pel que fa als criteris no quantificats mitjançant aquests programes, s'han resolt de manera qualitativa i mitjançant manuals de disseny i també tenint en compte l'opinió d'experts en aquest camp. L'alternativa que obté un pes més elevat és la recomanada per al procés de decisió. El cas d'estudi finalitza un cop s'obté el disseny complet de l'EDAR. Per integrar tots aquests elements que hem esmentat i donar suport al desenvolupament del procés de decisió s'ha utilitzat el programa DRAMA (Design Rationale Management). A continuació, es fa una anàlisi comparativa entre l'EDAR que hi ha actualment al municipi de Granollers i l'EDAR resultat del cas d'estudi. Es descriu el diagrama de flux que conforma l'EDAR de Granollers i el diagrama de flux de l'EDAR resultat de l'estudi, se'n fa una anàlisi comparativa justificant cadascuna de les decisions preses en el cas d'estudi i, finalment, es fa una discussió de resultats on es reflecteixen els avantatges associats d'aplicar la metodologia de disseny conceptual proposada. Finalment, es presenten les conclusions de la tesi. Els principals resultats de la tesi es van publicar el 2002 a la revista internacional Industrial and Engineering Chemistry Research (N. Vidal, R. Bañares-Alcántara, I. Rodríguez-Roda i M. Poch: "Design of wastewater treatment plants using a conceptual design methodology", Industrial and Engineering Chemistry Research, 41 (20), pàg. 4993-5005) i la continuació de la línia de recerca al Laboratori d'Enginyeria Química i Ambiental de la UdG ha comportat la presentació del treball de recerca de Xavi Flores "Procés de decisió jeràrquic combinat amb anàlisi multicriteri per al suport al disseny conceptual de sistemes de fangs actius d'una estació depuradora d'aigües residuals" i la presentació dels resultats parcials al congrés internacional de la 9th IWA Conference on Design, Operation and Economics of Large Wastewater Treatment, que va tenir lloc el setembre passat a Praga ("Combining hierarchical decision process with multi-criteria analysis for conceptual design of WWTP", X. Flores, N. Vidal, A. Bonmatí, J. B. Copp i I. Rodríguez-Roda).

El coneixement de la llengua catalana i la llengua castellana per part de l'alumnat estranger escolaritzat a l'educació primària de Catalunya: factors explicatius i relacions d'interdependència lingüística.

La tesi presenta els resultats de coneixement de català i castellà de 515 alumnes estrangers escolaritzats a Catalunya al finalitzar sisè de primària durant el curs 2006/07. En concret, analitza la incidència d'algunes variables en el seu coneixement lingüístic (el temps d'estada, la llengua inicial, l'escolaritat prèvia, el nivell educatiu familiar, el context sociolingüístic del centre, la concentració d'alumnat estranger per aula, els usos de les diferents llengües a l'entorn social, escolar i familiar, entre altres) i també estudia les relacions d'interdependència lingüística (Cummins, 1979) que es produeixen entre les llengües que aquest alumnat aprèn des de l'escola. Les proves utilitzades avaluen diferents habilitats relacionades amb el coneixement de llengua oral i escrita de català i castellà. El tractament que es fa de les dades és estadístic. Les conclusions apunten alguns dels elements que cal considerar pel tractament educatiu i lingüístic de la infància i l'adolescència estrangera escolaritzada a Catalunya.

Régimen jurídico de la seguridad alimentaria. De la policía administrativa a la gestión de riesgos

La policia administrativa, una de les més clàssiques formes d'intervenció pública en l'esfera jurídica dels particulars, ha vingut caracteritzant fins a temps recents l'acció administrativa en el sector dels aliments. No obstant, les limitacions que sembla presentar aquesta forma d'intervenció davant el riscos que avui emergeixen de tal sector, i en particular de l'industria alimentària, han propiciat la construcció d´un nou i, fins a cert punt, complex sistema, caracteritzat a grans trets per la intersecció entre agents públics i privats: els sistema d´anàlisis i gestió de riscos.

La transformació del paisatge litoral de la Costa Brava: Anàlisi de l'evolució (1956-2003), diagnosi de l'estat actual i prognosi de futur

En la tesi es presenta una anàlisi de l'evolució dels canvis succeïts en el paisatge costaner de la Costa Brava (22 municipis litorals) en els darrers cinquanta anys (1956-2003); un estudi de la seva estructura ecopaisatgística, actual i passada, amb una especial èmfasi en la diagnosi de les conseqüències geoambientals de l'esclat urbanístic iniciat a la dècada de 1960, i s'ha determinat quina ha estat la tendència de canvi en els darrers vint-i-cinc anys la qual s'ha utilitzat per a elaborar models explicatius de la dinàmica territorial seguida i projectar-los cap al futur tot dissenyant escenaris probables. A les Bases teòriques s'exposa en quina parcel·la del coneixement científic es situa aquesta recerca i es repassa l'evolució dels diferents corrents i enfocaments que han precedit, dins la Ciència Geogràfica, els estudis sobre transformació del paisatge. Es posa especial en els principis i metodologies que plantegen les dues escoles d'anàlisi del paisatge en que es basa aquesta tesi: la Landscape Ecology i la estructurada a l'entorn del programa internacional Land Use and Land Cover Change (LUCC). S'ha dissenyat una pauta metodològica per a l'anàlisi paisatgística d'un territori a diferents escales: des de l'àmbit regional de tota la Costa Brava (66.230 ha), on es poden detectar les tendències generals, fins l'estudi detallat a escala local, on s'ha pres com a àrea d'estudi tres municipis del centre de la Costa Brava (6.960 Ha): Palamós, Calonge i Castell-Platja d'Aro. Els principals resultats obtinguts són els següents: Una cartografia d'usos i cobertes del sòl de tres períodes temporals i la conseqüent interpretació espacial per a cada etapa: 1957 (situació preturística), 1980 (inici de les actuacions dels ajuntaments democràtics) i 2003 (actualitat). Una anàlisi quantitativa de la transformació del paisatge i de les relacions espacials associades al canvi, a partir de la cartografia d'usos i cobertes del sòl dels tres períodes mapificats (1956, 1980, 2003). Amb l'objectiu d'arribar a definir quina ha estat la dinàmica dels canvis ocorreguts al llarg dels darrers gairebé cinquanta anys. Una anàlisi de l'estructura del mosaic paisatgístic de cadascun dels talls temporals per mitjà de l'aplicació dels principals índexs de l'Ecologia del Paisatge. S'ha analitzat la geometria de la conversió dels usos del sòl i s'han posat de manifest les repercussions ecològiques i paisatgístiques d'aquests canvis. Per una banda, a partir del càlcul i interpretació dels índexos esmentats s'ha analitzat l'evolució de la morfologia i la distribució territorial dels quatre principals usos i cobertes del sòl de la Costa Brava. Per l'altra, per a la Costa Brava centre s'ha analitzat l'estat dels dos sistemes naturals del litoral amb més pressió antròpica: la franja estrictament costanera i les masses forestals. Respecte als tres municipis de la Costa Brava centre s'han tingut en compte en l'anàlisi de l'evolució del paisatge a escala local, les actuacions desenvolupades en l'àmbit urbanístic municipal i les seves conseqüències paisatgístiques i ambientals. A partir de la informació ja processada, s'han detectat les tendències de canvi a partir de models de canvi d'usos i cobertes del sòl. S'han incorporat també els factors biofísics i antròpics, socials i econòmics, condicionants i responsables d'una determinada utilització del territori en cadascun dels tres períodes. Mitjançant l'anàlisi multivariable s'ha intentat descobrir el conjunt de factors que influencien en la taxa i el patró espacial de canvi d'usos i les seves conseqüències territorials. Finalment s'ha aplicat un model de simulació, basat en els automatismes cel·lulars de Markov, per tal de projectar les tendències de canvi i plantejar escenaris futurs, una eina bàsica per a la planificació futura del territori i per al control de les problemàtiques ambientals. Aquestes mesures serveixen per a definir, per a la Costa Brava centre, un patró espacial dels canvis d'usos del sòl a nivell local, i, per al conjunt de la Costa Brava, per a predir, mitjançant models de simulació quantitativa, els possibles desenvolupaments i per estimar els impactes.