An R Library for Compositional Data Analysis in Archaeometry

Compositional data naturally arises from the scientific analysis of the chemical composition of archaeological material such as ceramic and glass artefacts. Data of this type can be explored using a variety of techniques, from standard multivariate methods such as principal components analysis and cluster analysis, to methods based upon the use of log-ratios. The general aim is to identify groups of chemically similar artefacts that could potentially be used to answer questions of provenance. This paper will demonstrate work in progress on the development of a documented library of methods, implemented using the statistical package R, for the analysis of compositional data. R is an open source package that makes available very powerful statistical facilities at no cost. We aim to show how, with the aid of statistical software such as R, traditional exploratory multivariate analysis can easily be used alongside, or in combination with, specialist techniques of compositional data analysis. The library has been developed from a core of basic R functionality, together with purpose-written routines arising from our own research (for example that reported at CoDaWork'03). In addition, we have included other appropriate publicly available techniques and libraries that have been implemented in R by other authors. Available functions range from standard multivariate techniques through to various approaches to log-ratio analysis and zero replacement. We also discuss and demonstrate a small selection of relatively new techniques that have hitherto been little-used in archaeometric applications involving compositional data. The application of the library to the analysis of data arising in archaeometry will be demonstrated; results from different analyses will be compared; and the utility of the various methods discussed

Gepa: Garantia d'espai per la preservació de l'accés

Conferència emmarcada dins el 2on Workshop Biblioteca UdG: La Universitat de Girona davant els reptes del nou Espai Europeu d'Educació Superior, on s'exposa la missió, objectius i abast del projecte GEPA. Es parla de l'edifici, de la propietat del material dipositat i de la seva tipologia, a més de les càrregues de material i del préstec de documents

Estudi d'una metal·lotioneïna d'alzina surera (QsMT)

En aquest treball es caracteriza per primera vegada la capacitat de coordinació metàl·lica d'una metal·lotineïna (MT) de planta i es proposa un model de plegament per a les MTs de planta en general. Els resultat mostren que aquestes proteïnes poden tenir un paper molt important en la regulació de l'estat redox de les cèl·lules, probablement a través de la coordinació a Cu. Les MTs de planta són proteïnes molt desconegudes. Es postula que participen en l'homeòstasi del Cu i en la protecció contra l'estrès oxidatiu, però es desconeix la capacitat de coordinació metàl·lica i el plegament. En aquest treball s'han estudiat una metal·lotioneïna d'alzina surera, QsMT, aïllada d'una llibreria de cDNA de fel·lema. Els objectius concrets han estat: (1) estudiar l'expressió de QsMT i la resposta a l'estrès oxidatiu; (2) determinar la capacitat de coordinació metàl·lica i la funcionalitat in vivo; (3) fer una aproximació al plegament de les MTs de planta. L'expressió del gen s'ha estudiat mitjançant hibridació in situ en plàntules i en embrions d'alzina surera. QsMT s'expressa majoritàriament en cèl·lules amb fort estrès oxidatiu, associat a la síntesi de polifenols (suberització i lignificació) i a la senescència. També s'expressa en cèl·lules meristemàtiques, cèl·lules en divisió molt activa on la funció de les MTs podria estar relacionada amb el manteniment de l'estat redox. L'aplicació d'estrès oxidatiu exogen (H2O2 i paraquat) incrementa fortament l'expressió de QsMT en teixits amb expressió constitutiva, confirmant la regulació de l'expressió del gen per estrès oxidatiu. Per l'estudi de les propietats de coordinació metàl·lica es va expressar QsMT en cèl·lules d'E. coli en medi de cultiu suplementat amb Cu, Zn o Cd. Es van aïllar els agregats metàl·lics corresponents i es van analitzar mitjançant tècniques espectroscòpiques i espectromètriques (ICP-OES, ESI-MS i CD). Els resultats mostren que QsMT coordina de forma estable Cu (8 ions metàl·lics/molècula), Zn (4 ions de Zn/molècula) i Cd (6 ions de Cd/molècula), i adopta una estructura especialment quiral en coordinació a Cu. L'elevada capacitat quelant de la proteïna i la quiralitat de l'estructura indiquen que QsMT possiblement té preferència metàl·lica pel Cu i per tant una funció relacionada amb aquest metall in vivo. Estudis de complementació en llevat demostren que QsMT coordina Cu de forma funcional in vivo. En coordinació a Cd QsMT presenta una peculiaritat no observada fins ara en altres MTs: la participació d'ions sulfur en la formació de l'agregat metàl·lic incrementant la capacitat de coordinació metàl·lica (6 ions metàl·lics divalents de Cd enlloc de 4 ions de Zn). A més QsMT coordina Cd de forma funcional en llevat, i per tant la seva funció també podria estar relacionada amb la destoxicació de Cd en la planta. QsMT s'ha utilitzat com a model per fer una aproximació al plegament de les MTs de planta. Amb aquest objectiu vam dissenyar tres pèptids mutants derivats de QsMT: N25 corresponent a la zona rica en cisteïna en posició amino-terminal, C18 corresponent a la zona rica en cisteïna en posició carboxil-terminal, i N25-C18 corresponent a les dues zones riques en cisteïna enllaçades per 4 glicines substituint la zona central de 39 aminoàcids. Es van expressar i estudiar aquests pèptids per les mateixes tècniques utilitzades en l'estudi de QsMT. Els resultats indiquen que QsMT es plega formant un sol agregat metàl·lic per la interacció de les dues zones riques en cisteïna. En aquest model la zona central d'enllaç, típica de les MTs de planta, no participa en la coordinació metàl·lica però és imprescindible per a la funció de la proteïna. El paper de la zona central podria variar en funció del metall que coordina, participant en el plegament i estructura de la proteïna quan coordina Zn i Cd i en la seva regulació i estabilització quan coordina Cu.

L'obra filològica d'Antoni de Bastero i Lledó. Edició de la Història de la llengua catalana

S'estudia l'obra filològica d' Antoni de Bastero i Lledó (1675-1737), des d'una perspectiva de conjunt, per tal de concretar I'activitat d'aquest estudiós en els camps de la lingüística, la filologia o la crítica literària, i fer-ne una valoració adequada als coneixements actuals sobre I'exercici d'aquestes disciplines durant la primera meitat del segle XVIII. La tesi inclou un estudi biogràfic, absolutament necessari per establir moltes de les circumstancies vitals del canonge Bastero, que ens resultaven obscures i que són decisives per explicar el propi interès per la filologia, les relacions amb determinats cercles acadèmics, la datació aproximada dels diversos projectes iniciats, la interpretació correcta de la seva activitat. S'inclou, així mateix, un catàleg exhaustiu de tots els manuscrits conservats d'Antoni de Bastero i que tenen alguna relació amb el seu treball filològic. En total es tenen en compte 69 volums manuscrits, actualment escampats per diversos arxius i biblioteques de Barcelona i Girona, alguns dels quals eren fins ara desconeguts. D'aquests 69 volums, 48 contenen pròpiament obres de Bastero o altres materials publicables, i la resta són materials de treball. En conseqüència, l' obra filològica del canonge es pot concretar en: la producció d'una gramàtica italiana i d'una gramàtica francesa, en català, que va deixar inacabades; la realització de La Crusca provenzale, un magne diccionari etimològic i d'autoritats que recull una gran quantitat d'hipotètics provençalismes italians -només es va publicar el primer volum d'aquesta obra a Roma, l'any 1724, però n'he localitzat pràcticament tot el contingut; l'elaboració d'una extensa antologia de poesies trobadoresques, copiades amb gran rigor d'alguns còdexs de la Biblioteca Vaticana; el plantejament d'una Història de llengua catalana, que havia de ser una gran compilació dels mèrits i les excel·lències d'aquesta llengua -que l'autor identifica amb la provençal- i la seva literatura, i que es va poder desenvolupar nomes de forma parcial. Precisament, la part central de la tesi l'ocupa l'estudi particular i l'edició crítica de les parts redactades d'aquesta obra, que suposa la concreció de la particular percepció lingüística i literària que Bastero havia anat perfilant al llarg dels seus anys d'estudi. Es tracta d'una edició molt complexa, perquè l'obra ens ha arribat només en un esborrany, que presenta múltiples correccions i esmenes i evidencia diferents estadis redaccionals; els manuscrits inclouen, així mateix, nombrosos papers amb anotacions o fragments que, o no pertanyen al cos de l'obra, o bé s'han hagut de resituar en el lloc que els correspon. EI resultat és, tanmateix, un text prou coherent que comprèn quasi la totalitat del Llibre primer -sobre l'origen, el naixement i els diversos noms de la llengua, i sobre el nom de Catalunya- i un capítol del Llibre tercer -sobre la primitiva extensió del català per tot Espanya. EI més rellevant d'aquesta obra és el fet que s'hi basteix una original teoria sobre la formació de les diverses llengües romàniques que té el català com a eix central -proposa la identificació del català provençal amb la lingua romana dels documents alt medievals, en una operació que s'avança quasi cent anys a François Raynouard, que propugnava això mateix, referint-se nomes al provençal, amb un àmplia aprovació de la comunitat científica del seu temps. Destaquen també un excepcional rigor històric i documental, i una notable sensibilitat vers l'oralitat lingüística, que és objecte d'algunes anotacions ben interessants. Tanquen la tesi un seguit d'annexos documentals on es transcriuen diversos documents relacionats amb els aspectes tractats anteriorment.