2 resultados para Complementary Therapies
em Universitat de Girona, Spain
Resumo:
In the present paper we discuss and compare two different energy decomposition schemes: Mayer's Hartree-Fock energy decomposition into diatomic and monoatomic contributions [Chem. Phys. Lett. 382, 265 (2003)], and the Ziegler-Rauk dissociation energy decomposition [Inorg. Chem. 18, 1558 (1979)]. The Ziegler-Rauk scheme is based on a separation of a molecule into fragments, while Mayer's scheme can be used in the cases where a fragmentation of the system in clearly separable parts is not possible. In the Mayer scheme, the density of a free atom is deformed to give the one-atom Mulliken density that subsequently interacts to give rise to the diatomic interaction energy. We give a detailed analysis of the diatomic energy contributions in the Mayer scheme and a close look onto the one-atom Mulliken densities. The Mulliken density A has a single large maximum around the nuclear position of the atom A, but exhibits slightly negative values in the vicinity of neighboring atoms. The main connecting point between both analysis schemes is the electrostatic energy. Both decomposition schemes utilize the same electrostatic energy expression, but differ in how fragment densities are defined. In the Mayer scheme, the electrostatic component originates from the interaction of the Mulliken densities, while in the Ziegler-Rauk scheme, the undisturbed fragment densities interact. The values of the electrostatic energy resulting from the two schemes differ significantly but typically have the same order of magnitude. Both methods are useful and complementary since Mayer's decomposition focuses on the energy of the finally formed molecule, whereas the Ziegler-Rauk scheme describes the bond formation starting from undeformed fragment densities
Resumo:
El virus de l'hepatitis C (VHC) provoca una hepatitis crnica que afecta a ms de 170 milions de persones d'arreu del mn. s un virus petit que es classifica dins de la famlia Flaviviridae i s un virus d'RNA de cadena positiva amb un genoma d'aproximadament 9.600 nucletids. A l'extrem 5' del genoma viral s'hi troba una regi no codificant (5'NCR) que comprn els primers 341 nucletids i la seva funci est relaciona amb la traducci. Immediatament desprs hi ha una pauta de lectura oberta ORF que acaba en un nic cod d'aturada i codifica una poliprotena de 3.010 aminocids. A continuaci l'extrem 3' no codificant (3'NCR), que malgrat es desconeixen les seves funcions exactes, s'ha demostrat que s essencial per a la replicaci vrica. La nica poliprotena generada s processada co- i postraduccionalment mitjanant proteases de l'hoste i vriques, donant lloc a les protenes estructurals (Core, E1 i E2-p7) i no estructurals (NS2-NS5B). Igual que la majoria de virus RNA, el VHC es caracteritza per tenir una taxa de mutaci elevada. De fet, el genoma del virus no es pot definir com una nica seqncia sin per una poblaci de variants molt relacionades entre s. A aquesta manera d'organitzar la informaci gentica se l'anomena quasiespcie viral i una de les seves implicacions principals s la facilitat amb qu sorgeixen resistents al tractament. Els tractaments disponibles sn llargs, cars, provoquen efectes secundaris considerables i noms es resolen completament el 40% dels casos. Per aquesta ra es busquen altres solucions teraputiques per combatre el virus entre les quals s'hi inclouen diferents estratgies. Una de les ms innovadores i prometedores s la utilitzaci de ribozims dirigits directament contra el genoma del virus. Aquest treball es centra en l'estudi de les noves estratgies teraputiques basades en ribozims, concretament la ribonucleasa P. La ribonucleasa P s un ribozim que est present en tots els organismes ja que s l'enzim responsable de la maduraci dels precursors d'RNA de transferncia. El ms interessant a nivell teraputic s que s'ha demostrat que es pot dirigir la seva activitat cap a qualsevol RNA utilitzant una seqncia guia d'RNA que quan hibrida amb l'RNA diana, l'hbrid imita l'estructura secundria del substrat natural. En el cas del VHC, s'han estudiat ribozims dependents de seqncia (ribozims derivats d'RNAs satllits i de viroides de plantes), sempre dirigits contra la regi ms conservada del virus per evitar una disminuci de l'eficincia del ribozim deguda a la variaci de la diana. La ribonucleasa P s una endonucleasa d'activitat molt especfica i es diferencia dels altres ribozims naturals en el sistema de reconeixement del substrat, reconeix elements estructurals i no de seqncia. L'objectiu final del treball s tallar in vitro l'RNA del VHC aprofitant la propietat que presenta aquest ribozim de reconixer elements estructurals i no de seqncia ja que per a un mateix nombre de seqncies, el nombre d'estructures viables que pot adoptar l'RNA genmic s molt ms petit i per tant la variabilitat de la diana disminueix. S'han estudiat dos models d'RNasa P, la RNasa P humana guiada per seqncia guia externa (EGS) i l'RNA M1 de l'RNasa P d'E.coli unit a la seqncia guia per l'extrem 3' (ribozim M1GS). Abans per de dirigir el ribozim, s'han estudiat l'estructura i la variabilitat d'una regi del genoma del virus ja que s'ha descrit que sn factors que poden limitar l'eficincia de qualsevol ribozim. Derivat d'aquests estudis s'aporten dades sobre accessibilitat i variabilitat d'una regi interna del genoma del virus de l'hepatitis C, la zona d'uni de la regi E2/NS2 (regi 2658-2869). L'estudi d'accessibilitat revela que la regi 2658-2869 del genoma del virus cont dominis oberts i tancats i que la transici entre uns i altres no s brusca si es compara amb altres regions d'estructura coneguda (regi 5' no codificant). Els resultats dels assajos in vitro amb els dos models de RNasa P mostren que s'ha aconseguit dirigir tant la ribonucleasa P humana com el ribozim M1GS cap a una zona, predeterminada segons l'estudi d'accessibilitat, com a poc estructurada i tallar l'RNA del virus. De l'anlisi de mutacions, per, es dedueix que la regi estudiada s variable. Tot i dirigir el ribozim cap a la zona ms accessible, la variaci de la diana podria afectar la interacci amb la seqncia guia i per tant disminuir l'eficincia de tall. Si es proposs una estratgia teraputica consistiria en un atac simultani de vries dianes.D'altra banda i derivat d'un resultat inesperat on s'ha observat en els experiments control que l'extracte de RNasa P humana tallava l'RNA viral en absncia de seqncies guia externes, s'ha caracteritzat una nova interacci entre l'RNA del VHC i la RNasa P humana. Per a la identificaci de l'enzim responsable dels talls s'han aplicat diferents tcniques que es poden dividir en mtodes directes (RNA fingerprinting) i indirectes (immunoprecipitaci i inhibicions competitives). Els resultats demostren que la ribonucleasa P humana, i no un altre enzim contaminant de l'extracte purificat, s la responsable dels dos talls especfics observats i que es localitzen, un a l'entrada interna al ribosoma (IRES) i molt a prop del cod AUG d'inici de la traducci i l'altre entre la regi codificant estructural i no estructural. La ribonucleasa P s un dels enzims del metabolisme del tRNA que s'utilitza per identificar estructures similars al tRNA en substrats diferents del substrat natural. Aix doncs, el fet que la ribonucleasa P reconegui i talli el genoma del VHC en dues posicions determinades suggereix que, a les zones de tall, el virus cont estructures semblants al substrat natural, s a dir estructures tipus tRNA. A ms, tot i que el VHC s molt variable, els resultats indiquen que aquestes estructures poden ser importants per el virus, ja que es mantenen en totes les variants naturals analitzades. Creiem que la seva presncia podria permetre al genoma interaccionar amb factors cellulars que intervenen en la biologia del tRNA,particularment en el cas de l'estructura tipus tRNA que es localitza a l'element IRES. Independentment per de la seva funci, es converteixen en unes noves dianes teraputiques per a la RNasa P. S'ha de replantejar per l'estratgia inicial ja que la similitud amb el tRNA les fa susceptibles a l'atac de la ribonucleasa P, directament, en absncia de seqncies guia externes.
