Improvement of strategies for the management of fire blight (Erwinia amylovora). Evaluation and optimization of physical and chemical control methods, and use of decision support systems

El foc bacterià és una malaltia que afecta a plantes de la família de la rosàcies, causada pel bacteri Erwinia amylovora. El seu rang d'hostes inclou arbres fruiters, com la perera, la pomera o el codonyer, i plantes ornamentals de gran interès comercial i econòmic. Actualment, la malaltia s'ha dispersat i es troba àmpliament distribuïda en totes les zones de clima temperat del món. A Espanya, on la malaltia no és endèmica, el foc bacterià es va detectar per primer cop al 1995 al nord del país (Euskadi) i posteriorment, han aparegut varis focus en altres localitzacions, que han estat convenientment eradicats. El control del foc bacterià, és molt poc efectiu en plantes afectades per la malaltia, de manera que es basa en mesures encaminades a evitar la dispersió del patogen, i la introducció de la malaltia en regions no endèmiques. En aquest treball, la termoteràpia ha estat avaluada com a mètode d'eradicació d'E. amylovora de material vegetal de propagació asimptomàtic. S'ha demostrat que la termoteràpia és un mètode viable d'eradicar E. amylovora de material de propagació. Gairebé totes les espècies i varietats de rosàcies mantingudes en condicions d'humitat sobrevivien 7 hores a 45 ºC i més de 3 hores a 50 ºC, mentre que més d'1 hora d'exposició a 50 ºC amb calor seca produïa danys en el material vegetal i reduïa la brotació. Tractaments de 60 min a 45 ºC o 30 min a 50 ºC van ser suficients per reduir la població epífita d'E. amylovora a nivells no detectables (5 x 102 ufc g-1 p.f.) en branques de perera. Els derivats dels fosfonats i el benzotiadiazol són efectius en el control del foc bacterià en perera i pomera, tant en condicions de laboratori, com d'hivernacle i camp. Els inductors de defensa de les plantes redueixen els nivells de malaltia fins al 40-60%. Els intervals de temps mínims per aconseguir el millor control de la malaltia van ser 5 dies pel fosetil-Al, i 7 dies per l'etefon i el benzotiadiazol, i les dosis òptimes pel fosetil-Al i el benzotiadiazol van ser 3.72 g HPO32- L-1 i 150 mg i.a. L-1, respectivament. Es millora l'eficàcia del fosetil-Al i del benzotiadiazol en el control del foc bacterià, quan es combinen amb els antibiòtics a la meitat de la dosi d'aquests últims. Tot i que l'estratègia de barrejar productes és més pràctica i fàcil de dur a terme a camp, que l'estratègia de combinar productes, el millor nivell de control de la malaltia s'aconsegueix amb l'estratègia de combinar productes. Es va analitzar a nivell histològic i ultrastructural l'efecte del benzotiadiazol i dels fosfonats en la interacció Erwinia amylovora-perera. Ni el benzotiadiazol, ni el fosetil-Al, ni l'etefon van induir canvis estructurals en els teixits de perera 7 dies després de la seva aplicació. No obstant, després de la inoculació d'E. amylovora es va observar en plantes tractades amb fosetil-Al i etefon una desorganització estructural cel·lular, mentre que en les plantes tractades amb benzotiadiazol aquestes alteracions tissulars van ser retardades. S'han avaluat dos models (Maryblyt, Cougarblight) en un camp a Espanya afectat per la malaltia, per determinar la precisió de les prediccions. Es van utilitzar dos models per elaborar el mapa de risc, el BRS-Powell combinat i el BIS95 modificat. Els resultats van mostrar dos zones amb elevat i baix risc de la malaltia. Maryblyt i Cougarblight són dos models de fàcil ús, tot i que la seva implementació en programes de maneig de la malaltia requereix que siguin avaluats i validats per un període de temps més llarg i en àrees on la malaltia hi estigui present.

Arbres a canvi de CO2

Una marca de vehicles anuncia que, amb la venda dels seus models, es compromet a plantar prou arbres per fixar el CO2 que els cotxes trauran pel tub d’escapament. Malgrat el que digui la publicitat, el càlcul de l’absorció del gas que fan els arbres resulta una qüestió no gens fàcil d’esbrinar

Els Valors cristians dels arbres

Aquest article pretén analitzar els principals valors espirituals i simbòlics que presenten els arbres de la riba mediterrània europea en relació amb la religió cristiana. Article que es centra en les relacions entre arbres i cristianisme i, en conseqüència, és en els textos cristians on es capbussa per trobar referències simbòliques dels arbres mediterranis

Anàlisi polifàsica de soques de "Pseudomonas fluorescens" potencials agents de biocontrol de malalties de fruiters

Molts bacteris del grup fluorescent del gènere Pseudomonas són capaços de controlar malalties de les plantes causades per fongs i bacteris fitopatògens (ACBs) o mostren activitat com a bacteris promotors del creixement de les plantes (BPCPs). S'han descrit diversos metabòlits que intervenen de manera important en la seva activitat com a ACBs i BPCPs entre els quals en destaquen el 2,4-diacetilfloroglucinol (Phl), àcid fenazin-1-carboxílic (PCA), Pirrolnitrina (Prn), àcid cianhídric (HCN), àcid 3-indolacètic (IAA), sideròfors i quitinases. L'objectiu principal del nostre treball ha estat la comparació de les característiques d'un grup de Pseudomonas del grup fluorescent utilitzant una aproximació polifàsica amb la finalitat d'establir possibles relacions entre algunes de les característiques i la capacitat d'actuar com a ACB o BPCP. Atesa la importància en el biocontrol de la producció de metabòlits com Phl, PCA i Prn, l'objectiu preliminar ha estat la recerca i obtenció de soques productores d'aquests metabòlits. Per assolir aquest objectiu s'ha emprat una aproximació molecular basada en la detecció dels gens biosintètics implicats en la seva producció en lloc de la detecció directa dels metabòlits per evitar els efectes que poden tenir les condicions de cultiu en la inducció o repressió de la seva síntesi. S'han realitzat diferents protocols basats (i) en la cerca assistida de productors mitjançant l'ús de marcadors fenotípics i posterior confirmació per PCR i, (ii) en l'ús de la PCR per a la detecció dels gens directament dels extractes bacterians, d'enriquiments d'aquests extractes i la realització de la hibridació en colònies per al posterior aïllament. La cerca assistida de productors de Phl mitjançant marcadors fenotípics i posteriorment la utilització de tècniques moleculars (amplificació per PCR del gen phlD), ha estat el millor mètode en el tipus de mostres processades en el nostre treball, on la proporció de productors és relativament baixa. En total s'han aïllat a partir de diversos ambients 4 soques portadores dels gens de la síntesi de PCA, 15 de Phl i 1 de Prn. S'ha constituït una col·lecció de 72 soques de Pseudomonas del grup fluorescent que inclou 18 aïllats propis portadors dels gens biosintètics necessaris per la producció de Phl PCA i Prn; 6 soques de referència procedents de col·leccions de cultius tipus, 14 soques productores dels diferents antibiòtics cedides per altres investigadors i una selecció de 34 soques procedents d'un treball previ realitzat en el nostre grup de recerca. A la col·lecció s'hi troben soques candidates a ACB i BPCP de diverses malalties i plantes. Les 72 soques s'han caracteritzat fenotípica i genotípicament. La caracterització fenotípica s'ha portat a terme mitjançant la identificació a nivell d'espècie amb galeries API 20NE i proves bioquímiques específiques; la producció de metabòlits com PCA, Phl, Prn, IAA, HCN, quitinases i sideròfors mitjançant l'ús de diferents tècniques; antagonisme in vitro en diversos medis enfront dos fongs (Stemphylium vesicarium i Penicillium expansum) i tres bacteris fitopatògens (Erwinia amylovora, Pseudomonas syringae pv. syringae i Xanthomonas arboricola pv. juglandis); l'eficàcia de la inhibició de la infecció en bioassaigs in vivo sobre material vegetal enfront els fongs P. expansum en poma i S. vesicarium en fulles de perera i enfront el bacteri E. amylovora en fruits immadurs de perera i, finalment, en assaigs de promoció de creixement en dos portaempelts comercials de Prunus. Cal destacar que P. expansum causa la podridura blava en pomes i peres en postcollita, S. vesicarium la taca bruna de la perera i E. amylovora el foc bacterià de les rosàcies. El nombre de soques de Pseudomonas, sobre el total de les 72 estudiades, productores d'IAA (4) i quitinases (6) és baix, mentre que és elevat en el cas del HCN (32), que a més està associat a la producció de Phl. Els resultats obtinguts en l'antagonisme in vitro han mostrat en el cas dels bacteris que és dependent del patogen indicador i del medi de cultiu. La presència o absència de ferro no sembla ser un factor que potencií l'antagonisme. En el cas dels fongs no s'ha observat però, influència del medi de cultiu emprat. En el total de 72 soques s'ha observat un percentatge baix de soques que manifesten antagonisme en tots els medis assajats vers 3 o 4 dels patògens (7). Solament 2 d'aquestes 7 soques han mostrat ser també efectives en bioassaigs d'inhibició de les infeccions causades per 2 dels 3 patògens assajats. Algunes de les soques efectives en els bioassaigs no són antagonistes in vitro en cap dels medis assajats enfront el mateix patogen. En el cas de la promoció del creixement, s'han observat més soques promotores del creixement del portaempelts de prunera Marianna 2624 que no en l'híbrid de presseguer-ametller GF677 i les eficàcies assolides són també majors en el cas de Marianna 2624, detectant una elevada especificitat soca/portaempelts La caracterització genotípica s'ha realitzat mitjançant l'anàlisi dels polimorfismes en la longitud dels fragments de restricció de DNA ribosomal (RFLP-rDNA) i l'anàlisi dels polimorfismes en la longitud dels fragments de macrorestricció genòmica de DNA cromosòmic separats per electroforesi en camp polsant (MRFLP-PFGE). Ambdues anàlisis van mostrar una gran heterogeneïtat genètica entre les soques caracteritzades i no s'ha pogut relacionar les agrupacions obtingudes amb les característiques fenotípiques o capacitat d'actuar com a ACB o BPCP. Els patrons de macrorestricció genòmica (MRFLP-PFGE) del bacteri model P. fluorescens EPS288 són estables en el temps i independents de les condicions de cultiu assajades al laboratori o en mostres naturals, mostrant ser una tècnica eficaç en la identificació de reaïllats de mostres naturals inoculades prèviament amb el bacteri. Una selecció de soques que comparteixen el fet de produir floroglucinol s'han caracteritzat mitjançant RFLP i seqüenciació del gen phlD. S'ha establert una relació entre les agrupacions obtingudes en les anàlisis RFLP-rDNA, RFLP-phlD i les seqüències del gen. En l'anàlisi filogenètica de les seqüències del gen phlD s'ha observat un elevat grau de polimorfisme obtenint-se 3 agrupacions principals. Les agrupacions semblen relacionar-se amb els patrons de producció de metabòlits (Phl, HCN i Prn en una primera agrupació; Phl i HCN en la segona i solament Phl en la tercera), però aquestes no s'han pogut relacionar amb l'origen geogràfic de les soques o la seva activitat com a ACBs i/o BPCP. Amb les dades obtingudes de la caracterització fenotípica i genotípica s'ha realitzat una anàlisi multivariant (correspondències, correlacions d'Spearman i de freqüències amb variables categòriques). S'ha demostrat la importància de disposar d'una tècnica que permeti depurar una col·lecció de soques descartant les soques genèticament idèntiques, ja que influeixen en els resultats de les anàlisis. Pels tres patògens assajats com a indicadors i els dos portaempelts emprats, no s'ha observat cap correlació entre la inhibició de la infecció o la promoció del creixement amb les característiques fenotípiques i genotípiques de les soques que fos significatiu i consistent en les tres tècniques emprades.

La Mirada geogràfica des del planeta SIGTE

El Servei de Sistemes d'Informació Geogràfica i Teledetecció de la Universitat de Girona, el SIGTE, el planeta SIGTE, especialitzat en el tractament de la informació geogràfica, està situat a l'òrbita més alta del Campus del Barri Vell

Quimeres que no són quimera

Fa vuit anys, els investigadors Eduard Bardají i Emili Montesinos van decidir que podien treballar conjuntament. Van començar per produir una sèrie de molècules basades en pèptids antimicrobians d’origen animal, que es van sintetitzar en unes molècules híbrides més petites anomenades quimeres, i que després van provar en plantes vives. La intenció era esbrinar si serien capaces de guarir algunes de les malalties més greus que afectaven els fruiters. I va resultar que sí

Un Modelo para evaluar el futuro de Proyectos Open Source

Presentación de CENATI, Centro Nacional de Referencia de Aplicación de las TIC basadas en fuentes abiertas

Arquitectura SIG corporativa apoyada en software libre y estándares

Presentación de SIG corporativos, software libre, estandáres y casos prácticos

Panorama actual del ecosistema de software libre para SIG

Los proyectos y productos comúnmente llamados Free and Open Source Software1 relacionados con la geomática están experimentando una evolución y actualización vertiginosa. A los “tradicionales” proyectos de servicios de mapas, bases de datos espaciales o clientes pesados, se les están uniendo un amplio conjunto de componentes como servicios de publicación, clientes ligeros, servicios de geoprocesamiento, movilidad, frameworks, …o nuevos estándares como GeoRSS, WMS Tiled, WPS,… Este artículo pretende efectuar una breve pausa para analizar el panorama actual del mundo del software libre, categorizando los proyectos y productos existentes en la actualidad, para valorar cada uno de ellos, analizando su situación actual, su trayectoria, su evolución futura y las interrelaciones existentes en el ecosistema de software libre SIG. Se analizará la situación y el catálogo disponible de proyectos/productos de servidores de datos espaciales, servidores OGC , publicación/clientes de mapas ligeros, aplicaciones de escritorio, clientes IDE, bibliotecas de desarrollo, herramientas de catálogo cliente y servidor, etc.. Se mostrará el ecosistema de proyectos, organizaciones y personas que colaboran con los principales productos, con sus interrelaciones entre sí, y los planes de futuro conocidos. El resultado esperado es mostrar al lector una imagen general (“big-picture”) que le permita posicionar sus necesidades con criterio dentro del panorama actual de las soluciones SIG basadas en software libre

gvSIG Mobile. Cliente GIS/IDE móvil

En la actualidad el proyecto gvSIG se encuentra en una etapa bastante avanzada. La aplicación ya posee múltiples funcionalidades que la convierten en una herramienta de referencia dentro del mundo de SIG, especialmente en ambientes opensource. En este momento, en que gvSIG es una aplicación consolidada sobre equipos de sobremesa, surge la necesidad de ampliar las plataformas de ejecución de gvSIG a una gama de dispositivos móviles, para dar respuesta a las necesidades de un creciente número de usuarios de soluciones móviles que desean hacer uso de un SIG en diferentes tipos de dispositivos. De esta manera el universo de gvSIG se verá ampliado al dotarlo de todas las ventajas de utilización en una amplia gama de dispositivos. Se va a describir el alcance previsto del proyecto gvSIG Mobile, la situación actual y una introducción tecnológica a las características del desarrollo de la aplicación sobre la plataforma J2ME

OpenLayers

En este ultimo año y medio el mundo del Web Mapping ha visto nacer y crecer una comunidad muy activa alrededor de OpenLayers, una librería en Javascript para la publicación de mapas en el web. En este artículo se muestran las rutinas y herramientas para la creación de una aplicación de Web Mapping con OpenLayers. OpenLayers ofrece muchas herramientas con las que añadir al mapa, capas raster desde servicios WMS o desde servicios propietarios como los de Google Maps. Ademas, cuenta con una nueva librería de dibujo vectorial con lo que veremos como relacionarse con el editing online. En conclusión, vamos a evaluar el futuro de OpenLayers con las nuevas funciones y soporte a formatos con los que se esta trabajando

SIG e IDE del Cabildo Insular de la Palma: una propuesta tecnológica orientada al software libre

El Sistema de Información Geográfico Corporativo así como la implantación de la IDE Insular de La Palma se plantea como un proyecto a medio plazo, de progresión constante y orientada no sólo a la publicación de información siguiendo la directiva INSPIRE, sino también a la explotación de la propia IDE mediante herramientas SIG avanzadas como gvSIG. La IDE insular de La Palma pretende dar servicio tanto al propio Cabildo como a la administración local y al ciudadano. El proyecto se aborda en la medida de lo posible con tecnología libre, orientando la inversión a los servicios y prescindiendo, en la medida de lo posible, del consumo de licencias. El uso de tecnologías libres se amplia a todos los componentes de la Infraestructura, haciendo especial hincapié en el desarrollo de nuevas aplicaciones de escritorio orientadas a la explotación de la IDE por las distintas áreas del Cabildo. En Abril de 2007 hemos puesto en marcha dentro de la IDE Insular el servicio WMS, y en base a este, el Geoportal www.mapasdelapalma.es. Paralelamente nos hemos dado de alta en la IDE Española con el fin de hacernos participes en el desarrollo de la IDE nacional. Para finales de año tenemos previsto implementar los Metadatos, el Nomenclator y el Catálogo, y poner a disposición un servicio WCS Durante el proceso inicial de implantacion hemos instalado como software de gestión y análisis de la información geográfica insular gvSIG en todas nuestras dependencias que hacen uso de información geográfica (40 PC aprox.). Paralelamente hemos suscrito convenios de colaboaración con otras entidades locales y participamos activamente en la difusión de esta tecnología mediante la organización de Jornadas, cursos y seminarios. Todos los geoservicios ofertados están disponibles en www.siglapalma.es

LBD LOCAL: un sistema para la recuperación de documentos con referencias geográficas

Tanto los Sistemas de Información Geográfica como la Recuperación de Información han sido campos de investigación muy importantes en las últimas décadas. Recientemente, un nuevo campo de investigación llamado Recuperación de Información Geográfica ha surgido fruto de la confluencia de estos dos campos. El objetivo principal de este campo es definir estructuras de indexación y técnicas para almacenar y recuperar documentos de manera eficiente empleando tanto las referencias textuales como las referencias geográficas contenidas en el texto. En este artículo presentamos la arquitectura de un sistema para recuperación de información geográfica y definimos el flujo de trabajo para la extracción de las referencias geográficas de los documentos. Presentamos además una nueva estructura de indexación que combina un índice invertido, un índice espacial y una ontología. Esta estructura mejora las capacidades de consulta de otras propuestas

Implantación de una IDE costera y portuaria y desarrollo de un cliente SIG para su mantenimiento y gestión

La División de Puertos y Costas de la Conselleria de Infraestructuras y Transporte de la Comunidad Valenciana es el departamento regional que tiene las competencias de gestión costera. Para la gestión de la costa, en constante evolución, y el mantenimiento de todos los datos espaciales relacionados, así como su interconexión con los datos portuarios, la División de Puertos y Costas ha utilizado tradicionalmente como herramientas de apoyo los Sistemas de Información Geográfica. La División de Puertos y Costas, para optimizar su gestión, se planteó la migración de un sistema centralizado y con software propietario a un sistema distribuido (Infraestructura de Datos Espaciales) y con software libre. Para llevarlo a cabo se ha utilizado MapServer como Servidor de Mapas y PostGIS como base de datos espacial, partiendo de gvSIG como cliente de escritorio sobre el que se ha desarrollado un complejo gestor SIG costero y portuario. Las necesidades de partida principales en cuanto al cliente SIG a desarrollar eran: Módulo de validación de usuarios: acceso a datos según el perfil de usuario, herramientas personalizadas de consulta de datos, gestor de informes y un gestor de imágenes históricas no georreferenciadas

Desarrollo de una geoplataforma cibertaxonómica europea

Desde hace unos años se han tomado iniciativas muy importantes para facilitar la inserción de información biológica georeferenciada en bases de datos accesibles al público en general, mediante estándares para el intercambio de información en la red (TDWG; http://www.tdwg.org/). La iniciativa mundial más importante orientada a la digitalización y difusión de datos sobre la diversidad biológica es GBIF (http://www.gbif.org/) la cual ha logrado compilar más de 180 millones de registros provenientes de más de 500 colecciones repartidas por todo el mundo. Sin embargo, desafortunadamente, la calidad y representatividad espacial y taxonómica de esta información impide su utilización generalizada con fines aplicados. Desde el MNCN (CSIC), estamos comenzando a desarrollar una serie de herramientas dentro del proyecto EDIT (http://www.e-taxonomy.eu/) a fin de proporcionar aplicaciones capaces de visualizar y evaluar la calidad de la información biológica georeferenciada a la comunidad de taxónomos europea. El desarrollo creciente de técnicas de modelización capaces de extrapolar la distribución de los organismos a partir de datos fragmentarios, requiere de aplicaciones que permitan un estudio previo de la información de partida para: i) estimar las unidades espaciales con inventarios relativamente fiables, ii) representar su ubicación y iii) localizar espacialmente el conjunto mínimo de unidades espaciales que garantice una cobertura ambiental adecuada de los datos a modelizar. La ausencia de aplicaciones web asequibles y de fácil manejo ha motivado el desarrollo de este proyecto. Hasta el presente esta disponible una plataforma para descarga libre de capas de información geográfica -unidades espaciales y variables ambientales-, y una herramienta de visualización basada en la librería javascript de MapBuilder, que toma datos de PostGIS a través del servidor de mapas GeoServer (http://edit.csic.es). En un futuro cercano pretendemos aprovechar la posibilidad que nos proporciona PostGIS para realizar el análisis espacial (punto-en-polígono) “al vuelo”, plasmándose dichos resultados en la generación de mapas temáticos