Microcalcification evaluation in computer assisted diagnosis for digital mammography

In order to develop applications for z;isual interpretation of medical images, the early detection and evaluation of microcalcifications in digital mammograms is verg important since their presence is often associated with a high incidence of breast cancers. Accurate classification into benign and malignant groups would help improve diagnostic sensitivity as well as reduce the number of unnecessa y biopsies. The challenge here is the selection of the useful features to distinguish benign from malignant micro calcifications. Our purpose in this work is to analyse a microcalcification evaluation method based on a set of shapebased features extracted from the digitised mammography. The segmentation of the microcalcifications is performed using a fixed-tolerance region growing method to extract boundaries of calcifications with manually selected seed pixels. Taking into account that shapes and sizes of clustered microcalcifications have been associated with a high risk of carcinoma based on digerent subjective measures, such as whether or not the calcifications are irregular, linear, vermiform, branched, rounded or ring like, our efforts were addressed to obtain a feature set related to the shape. The identification of the pammeters concerning the malignant character of the microcalcifications was performed on a set of 146 mammograms with their real diagnosis known in advance from biopsies. This allowed identifying the following shape-based parameters as the relevant ones: Number of clusters, Number of holes, Area, Feret elongation, Roughness, and Elongation. Further experiments on a set of 70 new mammogmms showed that the performance of the classification scheme is close to the mean performance of three expert radiologists, which allows to consider the proposed method for assisting the diagnosis and encourages to continue the investigation in the sense of adding new features not only related to the shape

Glob3 Mobile: hacia un SIG 3D para entornos Apple-iOS, Android y WebGL

El trabajo describe el proyecto de desarrollo de un SIG 3D de código abierto para dispositivos móviles (Apple-iOS y Android) y para navegadores web con tecnología WebGL. En la fase actual, nos centraremos en el diseño e implementación del globo virtual, como elemento esencial que da soporte al SIG 3D y de una IDE que permite la programación de nuevas funcionalidades al globo. Dentro de los objetivos de diseño del globo virtual tenemos (i) simplicidad, con código estructurado que facilita la portabilidad y con una API de código abierto sencilla, (ii) eficiencia, tomando en cuenta los recursos hardware de los dispositivos móviles más extendidos en el mercado, (ii) usabilidad, implementando una navegación intuitiva mediante gestos para la interacción en pantalla y (iv) escalabilidad, gracias a una API desarrollada, se permite aumentar de las prestaciones mediante el desarrollo de scripts y podrán ser ejecutados tanto dentro del navegador web como de forma nativa en las plataformas móviles. Ante un panorama de clara proliferación de aplicaciones para móviles, Glob3 Mobile pretende ser una apuesta fuerte que llegue a convertirse en un SIG 3D de código abierto que abarque variadas aplicaciones sectoriales, algunas ya en marcha

Molecular quantum similarity in QSAR: applications in computer-aided molecular design

La present tesi està centrada en l'ús de la Teoria de Semblança Quàntica per a calcular descriptors moleculars. Aquests descriptors s'utilitzen com a paràmetres estructurals per a derivar correlacions entre l'estructura i la funció o activitat experimental per a un conjunt de compostos. Els estudis de Relacions Quantitatives Estructura-Activitat són d'especial interès per al disseny racional de molècules assistit per ordinador i, en particular, per al disseny de fàrmacs. Aquesta memòria consta de quatre parts diferenciades. En els dos primers blocs es revisen els fonaments de la teoria de semblança quàntica, així com l'aproximació topològica basada en la teoria de grafs. Ambdues teories es fan servir per a calcular els descriptors moleculars. En el segon bloc, s'ha de remarcar la programació i implementació de programari per a calcular els anomenats índexs topològics de semblança quàntica. La tercera secció detalla les bases de les Relacions Quantitatives Estructura-Activitat i, finalment, el darrer apartat recull els resultats d'aplicació obtinguts per a diferents sistemes biològics.