Hardy-Weinberg Equilibrium and the Ternary Plot

The Hardy-Weinberg law, formulated about 100 years ago, states that under certain assumptions, the three genotypes AA, AB and BB at a bi-allelic locus are expected to occur in the proportions p2, 2pq, and q2 respectively, where p is the allele frequency of A, and q = 1-p. There are many statistical tests being used to check whether empirical marker data obeys the Hardy-Weinberg principle. Among these are the classical xi-square test (with or without continuity correction), the likelihood ratio test, Fisher's Exact test, and exact tests in combination with Monte Carlo and Markov Chain algorithms. Tests for Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) are numerical in nature, requiring the computation of a test statistic and a p-value. There is however, ample space for the use of graphics in HWE tests, in particular for the ternary plot. Nowadays, many genetical studies are using genetical markers known as Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). SNP data comes in the form of counts, but from the counts one typically computes genotype frequencies and allele frequencies. These frequencies satisfy the unit-sum constraint, and their analysis therefore falls within the realm of compositional data analysis (Aitchison, 1986). SNPs are usually bi-allelic, which implies that the genotype frequencies can be adequately represented in a ternary plot. Compositions that are in exact HWE describe a parabola in the ternary plot. Compositions for which HWE cannot be rejected in a statistical test are typically “close" to the parabola, whereas compositions that differ significantly from HWE are “far". By rewriting the statistics used to test for HWE in terms of heterozygote frequencies, acceptance regions for HWE can be obtained that can be depicted in the ternary plot. This way, compositions can be tested for HWE purely on the basis of their position in the ternary plot (Graffelman & Morales, 2008). This leads to nice graphical representations where large numbers of SNPs can be tested for HWE in a single graph. Several examples of graphical tests for HWE (implemented in R software), will be shown, using SNP data from different human populations

Estudi hidrodinàmic per elements finits de diferents pales simètriques per a la impulsió a rem en banc fix

Actualment l’esport del rem només s’entén com a activitat de lleure o esport de competició. Dins del rem, hi ha una gran varietat de disciplines esportives; totes coincideixen en l’impuls d’una embarcació mitjançant un sistema de palanques simple. Es diferencien en dos grans grups: el banc mòbil i el banc fix. El banc mòbil disposa d’un seient sobre rodes que permet aprofitar la força de les cames per la impulsió, en canvi, en el banc fix, no hi ha desplaçament del seient, el que implica el treball del tors i braços. Un dels punts que tenen en comú tot el banc fix, és el disseny del seu rem; a diferència del banc mòbil on la pala pot tenir el disseny que es vulgui. En banc fix la pala del rem ha de ser simètrica i alineada amb la canya del rem. L’objectiu d’aquest projecte és l’anàlisi hidrodinàmic de diferents models de pales simètriques per tal de determinar el model més eficient, des del punt de vista hidrodinàmic, per a la impulsió de l’embarcació de banc fix. Així, es simularan virtualment diferents models de pales simètriques disponibles en el mercat com models prototipus amb un programa de dinàmica de fluids computacional. L’anàlisi dels resultats determinarà el model més eficient. En la realització del projecte, l’estudi hidrodinàmic es realitzarà de manera virtual a partir de la utilització de programes comercials de dinàmica de fluids. Així com també programes de disseny 3D i programes de mallat que siguin compatibles amb el programa de simulació a utilitzar. En el disseny s’utilitzaran programes com Autocad i Rhinoceros, després, en funció del disseny, utilitzarem un programa d’elements finits anomenat ICEM ANSYS que mallarà la geometria emprada. Finalment, la simulació s’efectuarà amb el programa ANSYS CFX. L’estudi no preveu el càlcul de resistència mecànica dels models ni la seva construcció

Desenvolupament d’una metodologia de simulació mitjançant programari CFD per a la optimització d’agitadors

La dinàmica de fluids computacional (CFD) és una eina que serveix per analitzar mitjançant computadors diferents problemes que involucren fluxos de fluids. Els programes de CFD usen expressions matemàtiques no lineals que defineixen les equacions fonamentals de fluxos i transport de calor en fluids. Aquestes es resolen amb complexos algoritmes iteratius. Actualment aquesta eina és una part fonamental en els procés de disseny en moltes empreses relacionades amb la dinàmica de fluids. Les simulacions que es realitzen amb aquests programes s’ha demostrat que són fiables i que estalvien temps i diners, ja que eviten haver de realitzar els costosos processos d’assaig-error. En el projecte s’utilitza el programa de CFD Ansys CFX 11.0 per simular una agitació bifàsica composta per aigua i aire a temperatura ambient. Els objectius són determinar els paràmetres òptims de simulació que permetin recrear aquesta agitació, per posteriorment dissenyar un nou impulsor

An R Library for Compositional Data Analysis in Archaeometry

Compositional data naturally arises from the scientific analysis of the chemical composition of archaeological material such as ceramic and glass artefacts. Data of this type can be explored using a variety of techniques, from standard multivariate methods such as principal components analysis and cluster analysis, to methods based upon the use of log-ratios. The general aim is to identify groups of chemically similar artefacts that could potentially be used to answer questions of provenance. This paper will demonstrate work in progress on the development of a documented library of methods, implemented using the statistical package R, for the analysis of compositional data. R is an open source package that makes available very powerful statistical facilities at no cost. We aim to show how, with the aid of statistical software such as R, traditional exploratory multivariate analysis can easily be used alongside, or in combination with, specialist techniques of compositional data analysis. The library has been developed from a core of basic R functionality, together with purpose-written routines arising from our own research (for example that reported at CoDaWork'03). In addition, we have included other appropriate publicly available techniques and libraries that have been implemented in R by other authors. Available functions range from standard multivariate techniques through to various approaches to log-ratio analysis and zero replacement. We also discuss and demonstrate a small selection of relatively new techniques that have hitherto been little-used in archaeometric applications involving compositional data. The application of the library to the analysis of data arising in archaeometry will be demonstrated; results from different analyses will be compared; and the utility of the various methods discussed

Migración a software libre del SIG de la Diputación de A Coruña

En el año 2006, la Diputación de A Coruña junto con el Laboratorio de Bases de Datos de la Universidad de A Coruña emprendieron un proyecto para la migración a software libre de webEIEL, la aplicación de publicación en web y descarga de la información cartográfica y alfanumérica contenida en la base de datos territoriales de la Encuesta sobre Infraestructura y Equipamiento Local (EIEL) de la provincia de A Coruña. Un objetivo adicional en este proyecto era la construcción de un nodo de la infraestructura de datos espaciales de España (IDEE) que actuara como proveedor para la red de IDEs de los datos georreferenciados de la EIEL de A Coruña y de la red provincial de carreteras recogidos a escalas mayores que 1/10.000, con generalizaciones a escalas menores de estos mismos datos, y con servicios interoperables relacionados con los mismos. Este nodo incluye los siguientes servicios de acceso a datos: • Servidor de mapas (WMS) • Servidor de entidades (WFS) • Servicio de catálogo de metadatos, y • Servicio de nomenclátor. El objetivo de este artículo es describir el nodo ideAC de la Diputación de A Coruña tanto en términos de funcionalidad como en términos técnicos

Uso de R y GRASS para la obtención de mapas de disponibilidad de hábitat mediante análisis factorial de nicho

It is possible to obtain habitat suitability maps using several applications like "Biomapper" v. 3.1.5 (http://www2.unil.ch/biomapper) or the "adehabitat" library v. 1.2.1, developed to be used within R program (http//www.R-project.org)

Transition between metadata models: approach based on the use open source software

This article shows the work developed for adapting metadata conform to the official Colombian metadata standard NTC 4611 to the international standard ISO 19115. CatMDedit, an open source metadata editor, is used in this task. CatMDedit is able of import variants of CSDGM such as NTC 4611 and export to the stable version of ISO 19139 (the XML implementation model of ISO 19115)

Desenvolupament d’una biblioteca per a la generació de diagrames vectorials basat en l’entorn gràfic de JAVA2D i aplicació d’aquesta biblioteca per a la implementació d’una eina per al desenvolupament de diagrames d’E/R

En aquest projecte es vol implementar una llibreria en Java, que proporcioni les eines necessàries per a crear diagrames i esquemes. Es vol proporcionar a la llibreria un conjunt d’objectes bàsics, també mètodes i funcionalitats suficients per a gestionar aquests objectes. Per altra part, es vol implementar una aplicació per a dissenyar diagrames Entitat-Relació que utilitzi aquesta llibreria

Implantación de un SIG basado en software libre para el estudio de recursos hídricos y procesos hidrológicos

En este trabajo se describe la solución ideada para la implantación de un Sistema de Información Geográfica que debe dar servicio al Instituto Universitario del Agua y del Medio Ambiente de la Universidad de Murcia y al Instituto Euromediterráneo del Agua. Dada la naturaleza de ambas instituciones, se trata de una herramienta orientada fundamentalmente al estudio de recursos hídricos y procesos hidrológicos. El proceso se inició con una identificación de las necesidades de los usuarios (con perfiles y requerimiento diferentes) y el posterior desarrollo del diseño conceptual que pudiera asegurar la satisfacción de estas necesidades. Debido a que los requerimientos de los usuarios así lo demandaban, se ha tenido en cuenta tanto a usuarios que trabajan en entorno linux como a otros que lo hacen en entorno windows. Se ha optado por un sistema basado en software libre utilizando GRASS para el manejo de información raster y modelización; postgis (sobre postgreSQL) y GRASS para la gestión de información vectorial; y QGIS, gvSIG y Kosmo como interfaces gráficas de usuario. Otros programas utilizados para propósitos específicos han sido R, Mapserver o GMT

Utilización de software libre para el análisis de la evolución de usos del suelo en la cuenca del Segura mediante teledetección

En este trabajo se describe la utilización de herramientas de software libre, básicamente GRASS y R, para obtener una serie de mapas de coberturas del suelo (1976-2006) a partir de imágenes de satélite Landsat MSS y Landsat TM. Se trata de un proyecto concedido a un año, por lo que se requería una metodología que permitiera realizar el análisis de forma rápida y sencilla, aún tratando de aplicar técnicas de clasificación avanzadas. Dada la complejidad del trabajo y la premura de tiempo, se ha tratado de automatizar gran parte del trabajo mediante diversos scripts con BASH y R. (...)

Elaboración de software para la supervisión in situ de ejercicios prácticos de análisis de estructuras con enunciado personalizado

Se expone la experiencia de los autores en el desarrollo de las clases prácticas de análisis de estructuras, en la asignatura ESTRUCTURAS II de la ETS de Arquitectura de la Universidad de Granada, consistente en el desarrollo de ejercicios prácticos semanales con enunciados personalizados para cada alumno, previa elaboración de software que permite la supervisión y corrección in situ de los mismos. El objetivo de la metodología docente que se presenta, es la mejora de los tradicionalmente muy bajos índices de rendimiento académico, en las asignaturas de Análisis de Estructuras, en las escuelas de ingeniería y arquitectura, propiciando la participación activa del alumnado en el desarrollo de las clases mediante el planteamiento y resolución de ejercicios prácticos semanales de enunciado personalizado

Uso del Software libre aplicado a los SIG: un caso práctico en la Consejería de Medio Ambiente

En estos momentos se está produciendo una evolución hacia el uso de plataformas basadas en software libre orientadas por la política de la Junta de Andalucía (JA), en general y por el proyecto del SIG Corporativo en particular. La Consejería de Medio Ambiente (CMA) ha sido siempre dentro de la JA un gran baluarte en todo lo referido al tratamiento de información ambiental, por ello su gran preocupación por innovar y ser pionera. En esta línea se plantea esta comunicación donde se describirá el proceso completo que hemos conseguido desarrollar sobre un proyecto complejo tanto tecnológicamente como metodológicamente. En dicho proyecto se utiliza una arquitectura basada en tecnología de software libre en el que podemos destacar un visor geográfico desarrollado sobre OpenLayers, una aplicación para PDA desarrollado sobre el núcleo de Enebro y el uso de estándares OGC, tanto para la utilización de cartografía base mediante WMS, como el acceso y la edición vía web a través de WFS-T. Para la CMA, este proyecto es un claro exponente de las nuevas líneas seguidas por la organización en una clara apuesta por el uso del software libre como elemento principal para desarrollos complejos

Benchmarking de implementaciones WMS-C de software libre

La propuesta WMS Cached (WMS-C) surge ante la necesidad de disponer de una solución más escalable al actual servicio web de mapas (WMS). Mediante la limitación de los parámetros de las peticiones a un conjunto discreto de valores, el servidor de mapas puede servir imágenes pregeneradas (teselas) a gran velocidad. En este documento se recogen las medidas de rendimiento realizadas sobre las implementaciones WMS-C: Tilecache, GeoWebcache y WMSCWrapper, todas ellas basadas en software libre. Los resultados de los benchmarks reflejan que, con todas las peticiones cacheadas y bajo las mismas condiciones, la caché WMSCWrapper ofrece un mejor rendimiento que las otras implementaciones. La difusión de estos resultados será de utilidad para ayudar a diversas entidades en la elección de una de estas soluciones libres en función de su objetivo de optimización

Implementació dels mòduls SD i MM del sistema SAP R/3 en una empresa del sector metal·lúrgic

SAP R/3 és un software estàndard de gestió empresarial que engloba tots els processos i activitats d’una companyia i permet el disseny de l’aplicació a les necessitats de l’empresa. Diferents avantatges, com ara disposar d’una base de dades única, han fet escollir aquest sistema a una empresa del sector metal·lúrgic com a eina de gestió: Aquest projecte té com a objecte la implantació de dos dels mòduls que inclou el sistema SAP R/3, concretament el mòdul SD (Sales and Distribution), amb el qual es controlen les vendes de l’empresa, i el mòdul MM (Material Management), mòdul amb el qual es controla tot el que fa referència als materials, la gestió d’estocs i tota la gestió de compres de l’empresa