Quantifying rock fabrics: a test of autocorrelation of the spatial distribution of cristals

A novel test of spatial independence of the distribution of crystals or phases in rocks based on compositional statistics is introduced. It improves and generalizes the common joins-count statistics known from map analysis in geographic information systems. Assigning phases independently to objects in RD is modelled by a single-trial multinomial random function Z(x), where the probabilities of phases add to one and are explicitly modelled as compositions in the K-part simplex SK. Thus, apparent inconsistencies of the tests based on the conventional joins{count statistics and their possibly contradictory interpretations are avoided. In practical applications we assume that the probabilities of phases do not depend on the location but are identical everywhere in the domain of de nition. Thus, the model involves the sum of r independent identical multinomial distributed 1-trial random variables which is an r-trial multinomial distributed random variable. The probabilities of the distribution of the r counts can be considered as a composition in the Q-part simplex SQ. They span the so called Hardy-Weinberg manifold H that is proved to be a K-1-affine subspace of SQ. This is a generalisation of the well-known Hardy-Weinberg law of genetics. If the assignment of phases accounts for some kind of spatial dependence, then the r-trial probabilities do not remain on H. This suggests the use of the Aitchison distance between observed probabilities to H to test dependence. Moreover, when there is a spatial uctuation of the multinomial probabilities, the observed r-trial probabilities move on H. This shift can be used as to check for these uctuations. A practical procedure and an algorithm to perform the test have been developed. Some cases applied to simulated and real data are presented. Key words: Spatial distribution of crystals in rocks, spatial distribution of phases, joins-count statistics, multinomial distribution, Hardy-Weinberg law, Hardy-Weinberg manifold, Aitchison geometry

Compositions in life science data

The aim of this talk is to convince the reader that there are a lot of interesting statistical problems in presentday life science data analysis which seem ultimately connected with compositional statistics. Key words: SAGE, cDNA microarrays, (1D-)NMR, virus quasispecies

Hardy-Weinberg Equilibrium and the Ternary Plot

The Hardy-Weinberg law, formulated about 100 years ago, states that under certain assumptions, the three genotypes AA, AB and BB at a bi-allelic locus are expected to occur in the proportions p2, 2pq, and q2 respectively, where p is the allele frequency of A, and q = 1-p. There are many statistical tests being used to check whether empirical marker data obeys the Hardy-Weinberg principle. Among these are the classical xi-square test (with or without continuity correction), the likelihood ratio test, Fisher's Exact test, and exact tests in combination with Monte Carlo and Markov Chain algorithms. Tests for Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) are numerical in nature, requiring the computation of a test statistic and a p-value. There is however, ample space for the use of graphics in HWE tests, in particular for the ternary plot. Nowadays, many genetical studies are using genetical markers known as Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). SNP data comes in the form of counts, but from the counts one typically computes genotype frequencies and allele frequencies. These frequencies satisfy the unit-sum constraint, and their analysis therefore falls within the realm of compositional data analysis (Aitchison, 1986). SNPs are usually bi-allelic, which implies that the genotype frequencies can be adequately represented in a ternary plot. Compositions that are in exact HWE describe a parabola in the ternary plot. Compositions for which HWE cannot be rejected in a statistical test are typically “close" to the parabola, whereas compositions that differ significantly from HWE are “far". By rewriting the statistics used to test for HWE in terms of heterozygote frequencies, acceptance regions for HWE can be obtained that can be depicted in the ternary plot. This way, compositions can be tested for HWE purely on the basis of their position in the ternary plot (Graffelman & Morales, 2008). This leads to nice graphical representations where large numbers of SNPs can be tested for HWE in a single graph. Several examples of graphical tests for HWE (implemented in R software), will be shown, using SNP data from different human populations

Coherent forecasting of multiple-decrement life tables: a test using Japanese cause of death data

Planners in public and private institutions would like coherent forecasts of the components of age-specic mortality, such as causes of death. This has been di cult to achieve because the relative values of the forecast components often fail to behave in a way that is coherent with historical experience. In addition, when the group forecasts are combined the result is often incompatible with an all-groups forecast. It has been shown that cause-specic mortality forecasts are pessimistic when compared with all-cause forecasts (Wilmoth, 1995). This paper abandons the conventional approach of using log mortality rates and forecasts the density of deaths in the life table. Since these values obey a unit sum constraint for both conventional single-decrement life tables (only one absorbing state) and multiple-decrement tables (more than one absorbing state), they are intrinsically relative rather than absolute values across decrements as well as ages. Using the methods of Compositional Data Analysis pioneered by Aitchison (1986), death densities are transformed into the real space so that the full range of multivariate statistics can be applied, then back-transformed to positive values so that the unit sum constraint is honoured. The structure of the best-known, single-decrement mortality-rate forecasting model, devised by Lee and Carter (1992), is expressed in compositional form and the results from the two models are compared. The compositional model is extended to a multiple-decrement form and used to forecast mortality by cause of death for Japan

Mixing compositions and other scales

Theory of compositional data analysis is often focused on the composition only. However in practical applications we often treat a composition together with covariables with some other scale. This contribution systematically gathers and develop statistical tools for this situation. For instance, for the graphical display of the dependence of a composition with a categorical variable, a colored set of ternary diagrams might be a good idea for a first look at the data, but it will fast hide important aspects if the composition has many parts, or it takes extreme values. On the other hand colored scatterplots of ilr components could not be very instructive for the analyst, if the conventional, black-box ilr is used. Thinking on terms of the Euclidean structure of the simplex, we suggest to set up appropriate projections, which on one side show the compositional geometry and on the other side are still comprehensible by a non-expert analyst, readable for all locations and scales of the data. This is e.g. done by defining special balance displays with carefully- selected axes. Following this idea, we need to systematically ask how to display, explore, describe, and test the relation to complementary or explanatory data of categorical, real, ratio or again compositional scales. This contribution shows that it is sufficient to use some basic concepts and very few advanced tools from multivariate statistics (principal covariances, multivariate linear models, trellis or parallel plots, etc.) to build appropriate procedures for all these combinations of scales. This has some fundamental implications in their software implementation, and how might they be taught to analysts not already experts in multivariate analysis

Física bàsica per a la universitat [versió comprimida]

Llibre preparat per ser utilitzat com a material de text de Física bàsica, assignatura de lliure elecció de 6 crèdits, del segon quadrimestre dels nous plans d'estudis d' Informàtica Tècnica (especialitats de Sistemes i de Gestió) i d' Enginyeria Tècnica Agrícola (especialitats d' Explotacions Agropecuàries i d' Indústries Agràries i Agroalimentàries) de la Universitat de Girona. L’objectiu estratègic és donar als alumnes, en un sol quadrimestre, la formació necessària per a seguir un curs de primer de física, així com que l’alumne tingui agilitat en la transformació d’unitats, s’habituï a comprovar la raonabilitat dels resultats i sigui capaç de superar la noció que la física és un conjunt de formules inconnexes

Introducció a l'estadística aplicada per a educadors [versió comprimida]

Es tracta d’un material docent, amb què s’intenta facilitar als estudiants del camp de l’educació l’aprenentatge dels fonaments de l’estadística descriptiva i aplicada. Aquesta publicació vol ajudar a comprendre els conceptes bàsics per utilitzar-los amb seguretat en contextos de recerca i per entendre les dades d’estudis educatius i socials. El document està organitzat en cinc apartats i cada apartat conté una explicació sobre el concepte o conceptes que s’hi treballen, un o dos exemples d’exercicis desenvolupats, propostes d’exercicis i les respostes a aquests exercicis. Finalment, hi ha un sisè capítol amb exercicis de recopilació

"Aquí es redacten i s'esculpeixen inscripcions" : aproximació al corpus epigràfic de la ciutat de Girona

La idea primera d'aquest projecte d’investigació, sobre les escriptures exposades del Claustre de la Catedral de Santa Maria de Girona, va sorgir d'un senzill treball de classe de doctorat. Es tractava de fer un estudi que tractés sobre el món de la mort: el ritual, la cerimònia, l'enterrament, el dol, etc. Tot el que envolta els primers dies de la mort d'un individu i com el seu record pretén ser etern. Si bé l'època històrica que tractaven era l'antiguitat, el treball que jo pretenia dur a terme era d'una època diferent la qual cosa ja presentava una sèrie de reptes com el fet de tractar-se d'un estudi inèdit degut al plantejament que pretenia portar a la pràctica. Es tractava, doncs, de l'anàlisi de l'actitud socio-cultural de la dona i l'home davant la mort a partir dels testimonis escrits en les seves tombes. Amb la qual cosa es podia veure l'evolució del pensament humà en vers un dels temes que més va preocupar i preocupa i interessa al llarg de tots els temps històrics

Pesca i associacionisme al litoral de Girona : la confraria de Sant Pere de Palamós (segles XVII-XVIII)

L’objectiu ha estat utilitzar el cas concret del Palamós modern per introduir-nos en l’estudi de l’associacionisme marítimo-pesquer anterior a les convulsions polítiques i administratives provocades per les reformes introduïdes per la monarquia il·lustrada a partir de la segona meitat del segle XVIII. La Matrícula de Mar – nom amb que es coneix el sistema de lleves ideat per la Monarquia a partir de 1751 per dotar d’efectius humans els vaixells de l’Armada – va capgirar radicalment la situació del sector pesquer, a banda d’importat i instaurar, pels que l’han estudiat, un model associatiu extern al model confraternal devocional català que aquí presentem. La intenció és veure quina era la situació precedent, en què es caracteritzava i com encaixava l’associacionisme pesquer català en el panorama confraternal medieval i modern: solucionar, en resum, aquest decalatge primigeni. Abans, però, caldria parlar breument de les bases materials, socials i culturals del sector, i molt en concret del paper, rellevant al nostre entendre, de la religió i de les institucions eclesiàstiques en tot aquest procés

Avaluació dels aprenentatges en les innovacions docents dels estudis de biologia de la Universitat Pompeu Fabra

Els organitzadors de les Jornades de Treball sobre L’Avaluació dels Aprenentatges a partir de Competències ens van invitar a explicar l’experiència d’avaluació de les innovacions docents que s’estan desenvolupant als estudis de Biologia de la Universitat Pompeu Fabra (UPF) en la seva adaptació a l’espai europeu d’educació superior (EEES). Aquest escrit pretén resumir la nostra experiència i destacar els elements que considerem més rellevants. En primer lloc resumirem les característiques del projecte educatiu i d’avaluació de la Facultat de Ciències de la Salut i de la Vida (FCSV) de la UPF, centre on es desenvolupa l’experiència. Posteriorment descriurem la nostra experiència d’avaluació de les innovacions docents i, finalment, en farem una valoració i destacarem els problemes principals

La Participació dels estudiants a la universitat. Anàlisi de la situació a la UdG

Aquesta comunicació vol posar a debat tant els nivells com les formes de participació dels estudiants en el funcionament de les universitats. Per això, es proporcionen dades sobre els estudis existents en l’actualitat sobre aquesta temàtica i es presenta la recerca que s’està realitzant a la UdG sobre la participació des estudiants en aquesta universitat. L’objectiu final es aprofundir en els models i les dinàmiques que afavoreixen la participació dels estudiants. L’estudi que s’està portant a terme vol recollir, des de diferents punts de vista, quina és la situació actual pel que fa a la participació dels estudiants a la Universitat de Girona i contribuir a dibuixar algunes línies d’actuació per promoure la participació dels estudiants. A la base d’aquest projecte se situa el convenciment que aquest és un objectiu desitjable per part de la comunitat universitària, i que, com a centre de formació que és la universitat, cal que es plantegi la participació com un objectiu d’aprenentatge propi ja que, a més de formar científics i professionals en diferents àmbits, la universitat també contribueix (o hauria de contribuir) a la formació dels joves com a ciutadans. Es tracta d’un treball finançat per la convocatòria 2007 de la UdG d’ajuts a projectes cooperatius de R+D en els àmbits humanístic i de les ciències socials. Per això, l’estudi es portarà a terme al llarg de l’any 2008. En aquesta comunicació es presentarà un primer avançament de resultats, amb dades encara provisionals i parcials. La voluntat és, però, aprofundir en les causes i els obstacles que condicionen els índexs i els processos de participació des estudiants en la universitat

La Participació dels estudiants a la universitat: una pura quimera?

Darrerament, i més concretament des que es va començar a parlar de l’Espai Europeu d’Educació Superior, s’ha començat a percebre un cert interès institucional per la participació dels estudiants a la universitat. Aquest interès, en part ve promogut per les baixes taxes de participació en les estructures acadèmiques convencionals (fet que difereix, i molt, del que succeí a les universitats catalanes i espanyoles durant el tardofranquisme, transició i primers anys de la democràcia) i per la preocupació institucional d’aconseguir majors quotes de participació dels estudiants en la vida universitària. En qualsevol cas, l’escassa participació dels joves universitaris té a veure, a priori, amb dos fets de caràcter estructural: un descens de l’interès per la cosa pública i a la presència d’unes estructures participatives i democràtiques a la universitat molt allunyades de les noves formes de participació dels joves. La comunicació que es presenta a aquest congrés té com objectiu relacionar els aspectes que s’acaben de presentar tot aportant proves empíriques que verifiquin la hipòtesi plantejada. D’altra banda, i en una dimensió més pràctica, es vol exposar tot un seguit de mesures que afavoreixin l’increment de participació dels estudiants universitaris per, entre altres coses, ajudar a formar ciutadans que despleguin tot el seu potencial

Representar l'univers referencial: estratègies per a la visibilitat dels processos de socialització a la universitat

Sota el nom d’Univers de la Comunicació Audiovisual definim un projecte que té, com a element més significatiu, la representació visual d’un mapa conceptual format per les referències (autors, obres i conceptes) que tant el professorat com l’alumnat hem considerat més significatives del nostre camp d’estudi. L’ Univers... es defineix també com un espai a internet on podem trobar, a més del mapa conceptual, un espais de debat i un conjunt de fitxes que interrelacionen el mapa amb les assignatures dels estudis. El projecte busca apropar i potenciar la participació de l’alumnat en el reconeixement i la lectura crítica del seu autors, obres i conceptes de referència, donant visibilitat al procés i fent-lo públic. Des de l’Univers... proposem una nova aproximació a la competència general descrita com a capacitat crítica de naturalesa multidisciplinària que doti a l’alumnat de capacitat de recerca acadèmica i aplicada. Entenem aquesta capacitació crítica com un procés que va desenvolupant l’alumnat durant tot el grau. Procés que suposa, en una dimensió individual, assolir objectius com el reconeixement, localització i configuració d’un marc referencial propi, i que permet, en la seva dimensió col·lectiva, participar en la definició i concreció d’un marc comú. Amb aquesta aproximació busquem ubicar les competències generals en el centre del procés de socialització que suposa l’etapa de formació universitària, dotant-les d’un entorn propi que, alhora, es relaciona amb l’espai de les assignatures. El projecte Univers... ha estat desenvolupat pel Deganat i la Unitat de Suport a la Innovació Docent dels Estudis de Comunicació Audiovisual de la Universitat Pompeu Fabra durant el curs acadèmic 2006/2007

La Participació estudiantil a la universitat com a oferta docent. L'experiència pilot de la UPF en un context institucional de canvis

Aquesta ponència tracta sobre la baixa participació estudiantil a les universitats públiques catalanes i l’experiència d’una assignatura pilot sobre participació estudiantil a la Universitat Pompeu Fabra (UPF). Primer, es fa una diagnosi de l’estat de la participació estudiantil per plantejar, entre algunes de les mesures per intentar incrementar la participació, la formació en aquest àmbit. En segon lloc, s’explica l’experiència pilot de la realització d’una assignatura de lliure elecció sobre participació estudiantil a la universitat des del procés d’elaboració del programa fins la implementació en dos cursos acadèmics. Es conclou amb una avaluació de l’experiència docent destacant els aspectes positius i les seves limitacions

Cantar en el cor de la universitat

L’objectiu d’aquesta comunicació és donar a conèixer un instrument comú que la universitat posa a disposició de la comunitat educativa per poder formar part de la vida cultural i participativa d’aquesta a través de la veu, la música, els concerts, els intercanvis i totes les activitats que se’n desprenen. També explicar com aquesta eina coral ha transformat certes pràctiques i certes relacions entre el professorat, PAS, estudiants i post graduats. Per finalitzar, exposar el fet de que com activitat complementaria pot esdevenir i ha esdevingut una porta oberta, una targeta de visita, una referència puntual de la universitat al seu entorn més immediat (Girona ciutat i comarques) i al seu entorn més llunyà (altres universitats catalanes, espanyoles, d’Europa i d’arreu del món. En aquesta comunicació s’exposaran els resultats d’una recerca descriptiva amb l’objectiu bàsic de conèixer, recollir, quantificar i analitzar tota una sèrie de dades a l’entorn de les corals universitàries de la Xarxa Lluís Vives per poder descriure, reflexionar, elaborar conclusions i, si cal, prendre decisions i corregir estratègies vers posteriors accions a planificar