Posttranslationale Chromatin-Modifikationen in Dictyostelium discoideum

Die Erforschung posttranslationaler Veränderungen von Chromatin-Komponenten stellt einen wichtigen Pfeiler der Epigenetik dar. Epigenetische Mechanismen verändern die Aussagekraft der DNA-Sequenz und entscheiden somit beispielsweise über die Aktivierung oder Stilllegung von Genen. Ein häufiges Ziel der Stilllegung sind springende genetische Elemente, die ansonsten zur Destabilisierung des Genoms führen können. Im Rahmen dieser Arbeit wurden zwei unterschiedliche Stilllegungsmechanismen der Transpo-sons DIRS-1 und Skipper aus Dictyostelium discoideum untersucht. Dabei konnte gezeigt werden, auf welche Weise die RNA-Interferenz (RNAi) zur Zerstörung des DIRS-1 Transkripts führt und dass die Ursache dafür in der Promotor-Aktivität des Elements selbst liegt. Eine überraschende Erkenntnis konnte auch für das zweite Element gewonnen werden. Experimente legen nahe, dass die in der kodierenden Skipper-Sequenz gefundene Chromo-Domäne zu einer gezielten Integration des Elements in bereits stillgelegte heterochromatische Bereiche führt. Diese zeichnen sich vor allem durch eine spezielle posttranslationale Histon-Modifikation, der Methylierung von Lysin 9 des Histons H3 (H3K9), aus. Während zu der Methylierung von H3K9 bereits Arbeiten erschienen sind, war ein Großteil der anderen in Dictyostelium discoideum kodierten Histon-Modifikationen bislang unbekannt. Mit Hilfe der Massenspektrometrie konnte erstmalig eine umfassende Karte der veränderten Aminosäuren erstellt werden. Dabei konnten neue, bislang für keinen Organismus beschriebene Modifikationsziele identifiziert werden. Weitere lassen durch einen Vergleich mit Modellorganismen wie Hefe und Fruchtfliege Schlüsse auf die Evolution des Histon-Codes zu. Die erstellte Karte kann in Zukunft Forschern als Grundlage dienen, um weitergehende Fragestellungen in Bezug auf die Funktionen der hier vorgestellten Modifikationen zu erforschen. Ein weiteres Ergebnis dieser Arbeit stellt die Charakterisierung posttranslationaler Veränderungen des an H3K9 bindenden Heterochromatin-Proteins 1 (HP1) dar. Neben einer ersten Analyse der in Dictyostelium discoideum vorhandenen Modifikationen der beiden Homologe HcpA und HcpB, wurde auch die Funktion der in der Chromoshadow-Domäne lokalisierten Acetylierung erforscht. Hierbei konnte gezeigt werden, dass ein Fehlen des veränderten Lysins zu einem deutlichen Phänotyp in der Sporenform und im Wachstum der Zellen führt. Als Ursache dafür konnte eine Veränderung in der Fähigkeit zur Gen-Stilllegung durch das mutierte HP1-Protein nachgewiesen werden. Dies gelang mit Hilfe eines dafür etablierten Reporters auf Basis des Gal4/UAS-Systems aus der Fruchtfliege und beweist erstmalig die Funktion einer Acetylierung der HP1-Proteine.

Endogene Immunstimulation durch zelluläre DNA bei HIV-1 Infektionen

Endogene Gefahrensignale, die das Immunsystem aktivieren, sind ein neues Konzept der Immunbiologie. Sie spielen eine Rolle für eine Vielzahl von viralen und bakteriellen Erkrankungen und werden als massgebliche Ursache für eine Reihe von Autoimmunerkrankungen diskutiert. Diese Arbeit testet die Hypothese, dass fragmentierte mitochondriale DNA (mtDNA) immunstimulatorische DNA-Motive beinhaltet, die in der Lage sind, eine Immunantwort durch plasmazytoide dendritische Zellen (PDC, engl. plasmacytoid dendritic cells) zu vermitteln. Daher wurden mtDNA und genomische DNA aus mononukleären Zellen des peripheren Bluts (PBMC, engl. peripheral blood mononuclear cells) und Thrombozyten isoliert. Diese DNA-Spezies wurde mithilfe des liposomalen Transfektionsreagenzes DOTAP in PBMC transfiziert und die Immunaktivierung anhand des Interferon-alpha Spiegels im Zellkulturüberstand gemessen. Beide DNA-Spezies induzierten eine vergleichbare Interferon-Produktion. Eine Verkürzung der mtDNA zu CpG-Inseln verstärkte die immunstimulatorische Kapazität, abhängig vom Vorhandensein unmethylierter CpG-Motive. Die Komplexierung der CpG-Inseln mit dem humanem Cathelicidin LL-37 führte auch ohne DOTAP Transfektion zu einer Interferon-Antwort. Ein weiteres Verkürzen der mtDNA zu mitochondrialen Oligodeoxynukleotiden (mtODN) mit Sequenz- und Strukturähnlichkeiten zu kommerziellen CpG-ODN, lieferte Sequenzen mit starker Interferon-Induktion und der Fähigkeit, PDC zu maturieren und migrieren. Insbesondere waren zwei mtODN mit Doppelpalindromstruktur in der Lage, PDC spontan ohne Transfektion oder als Immunkomplex zu aktivieren. Durchflusszytometrie, Lebendzell- und konfokale Laserscanningmikroskopie zeigte die Anheftung und Aufnahme eines der mtODN in endosomale Kompartimente und Kolokalisation mit TLR9. Auch konnte eine schwache aber signifikante PDC-, B-Zell- und NK-Zell-Aktivierung durch dieses ODN gezeigt werden. Zusammengefaßt deuten unsere Daten darauf hin, dass fragmentierte mitochondriale DNA aus apoptotischen oder nekrotischen Zellen als Gefahrensignal für das Immunsystem fungieren kann und so über Stimulation von PDC zur akuten oder chronischen Immunaktivierung und damit zur Immunpathogenese von HIV-Infektionen beitragen kann.