Lagrangian approximations and weak solutions of the Navier-Stokes equations

The motion of a viscous incompressible fluid flow in bounded domains with a smooth boundary can be described by the nonlinear Navier-Stokes equations. This description corresponds to the so-called Eulerian approach. We develop a new approximation method for the Navier-Stokes equations in both the stationary and the non-stationary case by a suitable coupling of the Eulerian and the Lagrangian representation of the flow, where the latter is defined by the trajectories of the particles of the fluid. The method leads to a sequence of uniquely determined approximate solutions with a high degree of regularity containing a convergent subsequence with limit function v such that v is a weak solution of the Navier-Stokes equations.

Uncover the Concealed Link: Gender & Ethnicity-Divided Local Knowledge on the Agro-Ecosystem of a Forest Margin

This research is a study about knowledge interface that aims to analyse knowledge discontinuities, the dynamic and emergent characters of struggles and interactions within gender system and ethnicity differences. The cacao boom phenomenon in Central Sulawesi is the main context for a changing of social relations of production, especially when the mode of production has shifted or is still underway from subsistence to petty commodity production. This agrarian change is not only about a change of relationship and practice, but, as my previous research has shown, also about the shift of knowledge domination, because knowledge construes social practice in a dialectical process. Agroecological knowledge is accumulated through interaction, practice and experience. At the same time the knowledge gained from new practices and experiences changes mode of interaction, so such processes provide the arena where an interface of knowledge is manifested. In the process of agro-ecological knowledge interface, gender and ethnic group interactions materialise in the decision-making of production and resource allocation at the household and community level. At this point, power/knowledge is interplayed to gain authority in decision-making. When authority dominates, power encounters resistance, whereas the dominant power and its resistance are aimed to ensure socio-economic security. Eventually, the process of struggle can be identified through the pattern of resource utilisation as a realisation of production decision-making. Such processes are varied from one community to another, and therefore, it shows uniqueness and commonalities, especially when it is placed in a context of shifting mode of production. The focus is placed on actors: men and women in their institutional and cultural setting, including the role of development agents. The inquiry is informed by 4 major questions: 1) How do women and men acquire, disseminate, and utilise their agro ecological knowledge, specifically in rice farming as a subsistence commodity, as well as in cacao farming as a petty commodity? How and why do such mechanisms construct different knowledge domains between two genders? How does the knowledge mechanism apply in different ethnics? What are the implications for gender and ethnicity based relation of production? ; 2) Using the concept of valued knowledge in a shifting mode of production context: is there any knowledge that dominates others? How does the process of domination occur and why? Is there any form of struggle, strategies, negotiation, and compromise over this domination? How do these processes take place at a household as well as community level? How does it relate to production decision-making? ; 3) Putting the previous questions in two communities with a different point of arrival on a path of agricultural commercialisation, how do the processes of struggle vary? What are the bases of the commonalities and peculiarities in both communities?; 4) How the decisions of production affect rice field - cacao plantation - forest utilisation in the two villages? How does that triangle of resource use reflect the constellation of local knowledge in those two communities? What is the implication of this knowledge constellation for the cacao-rice-forest agroecosystem in the forest margin area? Employing a qualitative approach as the main method of inquiry, indepth and dialogic interviews, participant observer role, and document review are used to gather information. A small survey and children’s writing competition are supplementary to this data collection method. The later two methods are aimed to give wider information on household decision making and perception toward the forest. It was found that local knowledge, particularly knowledge pertaining to rice-forest-cacao agroecology is divided according to gender and ethnicity. This constellation places a process of decision-making as ‘the arena of interface’ between feminine and masculine knowledge, as well as between dominant and less dominant ethnic groups. Transition from subsistence to a commercial mode of production is a context that frames a process where knowledge about cacao commodity is valued higher than rice. Market mechanism, as an external power, defines valued knowledge. Valued knowledge defines the dominant knowledge holder, and decision. Therefore, cacao cultivation becomes a dominant practice. Its existence sacrifices the presence of rice field and the forest. Knowledge about rice production and forest ecosystem exist, but is less valued. So it is unable to challenge the domination of cacao. Various forms of struggles - within gender an ethnicity context - to resist cacao domination are an expression of unequal knowledge possession. Knowledge inequality implies to unequal access to withdraw benefit from market valued crop. When unequal knowledge fails to construct a negotiated field or struggles fail to reveal ‘marginal’ decision, e.g. intensification instead of cacao expansion to the forest, interface only produces divergence. Gender and ethnicity divided knowledge is unabridged, since negotiation is unable to produce new knowledge that accommodates both interests. Rice is loaded by ecological interest to conserve the forest, while cacao is driven by economic interest to increase welfare status. The implication of this unmediated dominant knowledge of cacao production is the construction of access; access to the forest, mainly to withdraw its economic benefit by eliminating its ecological benefit. Then, access to cacao as the social relationship of production to acquire cacao knowledge; lastly, access to defend sustainable benefit from cacao by expansion. ‘Socio-economic Security’ is defined by Access. The convergence of rice and cacao knowledge, however, should be made possible across gender and ethnicity, not only for the sake of forest conservation as the insurance of ecological security, but also for community’s socio-economic security. The convergence might be found in a range of alternative ways to conduct cacao sustainable production, from agroforestry system to intensification.

Biologische Funktionsanalyse und Identifizierung neuer Substrate der Methyltransferase Dnmt2

Obwohl die DNA Methyltransferase 2 (Dnmt2) hoch konserviert ist und zu der am weitesten verbreiteten eukaryotischen MTase-Familie gehört, ist ihre biologische Funktion nach wie vor unklar. Nachdem lange Zeit keine DNA Methylierungsaktivität nachgewiesen werden konnte, wurde vor einigen Jahren über geringe Mengen an 5-Methylcytosin (5mC) in Retroelementen der “Dnmt2-only”-Organismen D. melanogaster, D. discoideum und E. histolytica berichtet (Kunert et al. 2003; Fisher et al. 2004; Kuhlmann et al. 2005; Phalke et al. 2009). Als kurze Zeit später robuste Methylierung der tRNAAsp durch humane Dnmt2 gezeigt wurde (Goll et al. 2006), wurde zunächst eine Dualspezifität des Enzyms vorgeschlagen (Jeltsch et al. 2006). Neuere Daten zum 5mC-Status verschiedener „Dnmt2-only“-Organismen bilden Anlass für kontroverse Diskussionen über Ausmaß und Bedeutung der DNA Methyltransferaseaktivität von Dnmt2 (Schaefer et al. 2010a; Krauss et al. 2011). Die vorliegende Arbeit konzentriert sich auf die Identifizierung neuer RNA Substrate des Dnmt2-Homologs DnmA aus D. discoideum sowie die biologische Bedeutung der tRNA-Methylierung durch Dnmt2. Wie in anderen Organismen beschrieben, fungiert auch DnmA als tRNAAsp(GUC) MTase in vitro und in vivo. Zusätzlich konnte in vitro tRNAGlu(UUC) als neues Substrat der Dnmt2-Homologe aus D. discoideum und dem Menschen identifiziert werden. In einem Kooperationsprojekt wurde außerdem auch tRNAAsp-Methylierungsaktivität für das Dnmt2-Homolog aus S. pombe (Pmt1) nachgewiesen. Crosslink-RNA-Immunopräzipitationen (RNA-CLIP) mit anschließender Next-Generation-Sequenzierung der mit DnmA assoziierten RNAs zeigen, dass DnmA mit tRNA Fragmenten interagiert, die sich vom Anticodonloop bis in den T-loop erstrecken. Neben der tRNAAsp(GUC) und tRNAGlu(UUC/CUC) sind Fragmente der tRNAGly(GCC) verstärkt angereichert. Inwiefern diese Fragmente eine biologische Funktion haben oder spezifische Degradationsprodukte darstellen, ist noch ungeklärt. Interessanterweise sind von einigen tRNAs wenige Sequenzen von antisense-Fragmenten in den RNA-CLIP Daten zu finden, die etwas kürzer, jedoch exakt komplementär zu den genannten sense-Fragmenten sind. Besonders stark sind diese Fragmente der tRNAGlu(UUC) vertreten. In einem weiteren RNA-CLIP Experiment wurden U-snRNAs, snoRNA und intergenische Sequenzen mit DnmA angereichert. Bei nachfolgenden in vitro Methylierungsstudien konnte ausschließlich die U2-snRNA als potentielles Nicht-tRNA-Substrat der hDnmt2 und DnmA identifiziert werden. Da tRNA Modifikationen im Anticodonloop die Codonerkennung beeinflussen können, wurde ein System etabliert um die Translationseffizienz eines GFP-Reportergens in Wildtyp- und dnmAKO-Zellen zu messen. In D. discoideum wird das Aspartat-Codon GAU ca. zehnmal häufiger genutzt als das GAC Codon, allerdings ist nur eine tRNAAsp(GUC) im Genom der Amöbe kodiert. Aus diesem Grund wurde zusätzlich die Frage adressiert, inwiefern die DnmA-abhängige Methylierung dieser tRNA das „Wobbling“ beeinflusst. Dazu wurde dem Reportergen jeweils eine (GAU)5- und (GAC)5-Leadersequenz vorgeschaltet. Entgegen der Annahme wurde der (GAC)5-Leader in beiden Stämmen etwas effizienter translatiert. Insgesamt zeigte der dnmAKO-Stamm eine leicht erhöhte Translationseffizienz der Reportergene. Vergleichende Analysen zur Aufnahme von Fremd-DNA zeigten signifikant reduzierte Transformationseffizienzen mit einem integrierenden Plasmid in dnmAKO-Zellen. Ein weiterer dnmAKO-Stamm zeigte diesen Effekt jedoch nicht, wobei bei derselben Mutante eine deutlich reduzierte Aufnahme eines extrachromosomalen Plasmids zu verzeichnen war. Untersuchungen zum Einfluss von DnmA auf die Regulation des Retroelements skipper ergaben keinen Zusammenhang zwischen der Generierung kleiner RNAs und der erhöhten Transkription des Retrotransposons in dnmAKO-Zellen (Kuhlmann et al. 2005). Durch Kompensationsversuche sowie Experimente mit einer weiteren dnmAKO-Mutante konnte die Mobilisierung des Retrotransposons nicht eindeutig als DnmA-Funktion eingeordnet werden. In einem weiteren Projekt wurden die Bindung des m5C-bindenden Proteins EhMLBP aus E. histolytica an DNA mittels Rasterkraftmikroskopie abgebildet (Lavi et al. 2006). Neben vermutlich unspezifischen Endbindungsereignissen konnte eine bevorzugte Bindungsstelle des Proteins an LINE DNA (long intersperesed nuclear element) identifiziert werden. Möglicherweise fällt diese mit einem von zwei A/T-reichen Bereichen der LINE DNA zusammen, von denen vermutet wird, dass diese für die Bindung von EhMLBP an DNA von Bedeutung sind. Insgesamt bestätigen die Ergebnisse dieser Arbeit die tRNAAsp Methylierungsaktivität als konservierte Dnmt2-Funktion. Darüber hinaus erweitern sie das Substratspektrum der Dnmt2-Methyltransferasen im Bereich der tRNA. Außerdem wird erstmals ein potentielles Nicht-tRNA Substrat vorgeschlagen. Zusätzlich geben neu entdeckte Phänotypen Hinweise auf vielfältige zelluläre Dnmt2-Funktionen.