Web Service Composition Systems for the Web Service Challenge - A Detailed Review

This report gives a detailed discussion on the system, algorithms, and techniques that we have applied in order to solve the Web Service Challenges (WSC) of the years 2006 and 2007. These international contests are focused on semantic web service composition. In each challenge of the contests, a repository of web services is given. The input and output parameters of the services in the repository are annotated with semantic concepts. A query to a semantic composition engine contains a set of available input concepts and a set of wanted output concepts. In order to employ an offered service for a requested role, the concepts of the input parameters of the offered operations must be more general than requested (contravariance). In contrast, the concepts of the output parameters of the offered service must be more specific than requested (covariance). The engine should respond to a query by providing a valid composition as fast as possible. We discuss three different methods for web service composition: an uninformed search in form of an IDDFS algorithm, a greedy informed search based on heuristic functions, and a multi-objective genetic algorithm.

Untersuchung zum Phosphorylierungsstatus der katalytischen Untereinheit der PKA mittels proteomischer Techniken

ZUSAMMENFASSUNG: Das Phosphorylierungsmuster eines Proteins ist kein statischer Zustand, sondern vielmehr ein dynamischer Status, den es in der modernen funktionellen (Phospho-) Proteomik und Analytik abzubilden gilt. Klassischerweise erfolgt der Nachweis der Proteinphosphorylierung auf Peptid-Ebene mittels MS/MS Sequenzierung. Diese Standardmethode der shotgun Phosphoproteomanalytik vernachlässigt jedoch wegen den in LC MS/MS Analysen oftmals schwer detektierbaren Phosphopeptiden gerade den variablen und oftmals nur geringen Phosphorylierungsgrad vieler Phosphorylierungsstellen (P-Stellen). Mittels phosphospezifischer Anreicherungsstrategien und MS/MS Sequenzierung konnten an der Modellkinase PKA-Cα nach rekombinanter Expression in E. coli insgesamt acht P-Stellen identifiziert werden. Der Phosphorylierungsgrad wurde in Kooperation mit Dr. J. Seidler über quantitative Signalintensitätsmessungen bestimmt und zeigte eine nahezu vollständige Phosphorylierung von pS10, pS139, pT197 und pS338, während der Phosphorylierungsgrad für pS34, pS53, pS65 und pS259 zwischen <5 und 45 % variierte. Neben der Quantifizierung der P-Stellen wurde auch das Auftreten und die Verteilung definierter Phosphoformen der PKA-Cα untersucht und deren Abhängigkeit von der primären Aminosäureabfolge, dem Auftreten von zusätzlichen Modifikationen sowie den gewählten Expressions- und Reinigungsbedingungen aufgezeigt. Endogene, aus Säugergewebe isolierte PKA-Cα wies nur eine einzige Phosphoform mit den P-Stellen pT197 und pS338 auf. Auch in vitro autophosphorylierte rekombinante PKA-Cα, die zuvor dephosphoryliert worden war, wies eine zweifach modifizierte Phosphoform auf. Im Vergleich zum endogenen Protein ließ sich dieses Protein an S10 und S338 exzessiv phosphorylieren, wohingegen an T197 keine Autophosphorylierung nachzuweisen war. Das Ausbleiben weiterer Phosphorylierungen stellt in Frage, ob die Hyperphosphorylierung in E. coli ausschließlich auf Autophosphorylierungsprozessen beruht, was anhand einer nicht phosphorylierten, katalytisch inaktiven Variante von PKA-Cα (PKA-Cα K72H) vermutet wurde. Im Hinblick auf die funktionellen P-Stellen pT197 und pS338 erfordert diese Entdeckung sowie der unabhängige Nachweis, dass zellfrei exprimierte PKA-Cα nur an S338 phosphoryliert ist, eine Modifizierung des sequenziellen Vorhersagemodells, wonach die Phosphorylierung an T197 eine zwingende Voraussetzung für die nachfolgende Phosphorylierung an S338 ist. Ferner konnte über phosphomimetische Mutagenese die Funktionalität der Phosphorylierung an S53 innerhalb der glycinreichen Schleife der PKA-Cα und somit ein potenzieller Weg zur Regulation der enzymatischen Aktivität gezeigt werden. Ein weiterer möglicher upstream Regulator von PKA-Cα ist die Proteinphosphatase 5, die in der Lage war, die bislang als phosphatasestabil beschriebene P Stelle pT197 in vitro zu dephosphorylieren. Die vorliegende Arbeit zeigt, dass der Phosphorylierungszustand eines Proteins von zahlreichen internen und externen Faktoren abhängt – eine Tatsache, die gerade für rekombinante Proteine, insbesondere enzymatisch aktive Kinasen, oft vernachlässigt wurde. Daher müssen auch in der shotgun Phosphoproteomanalytik P-Stellen nicht mehr nur identifiziert und quantifiziert werden, sondern die resultierenden Proteinphosphoformen differenziert auch in ihrem physiologischen Kontext beschrieben werden.

Political Education in Plural Societies: Using the Anti-Bias Approach to Challenge Oppression in Bombay and Berlin

This study addresses the effectivity of the Anti-Bias approach and training methodology as a pedagogical political strategy to challenge oppression among student groups in the cities of Bombay and Berlin. The Anti-Bias trainings conducted within the framework of this study also become the medium through which the perpetuation of oppressive structures by students within and outside the school is investigated. Empirical data from predominantly qualitative investigations in four secondary schools, two each in Bombay and Berlin, is studied and analysed on the basis of theoretical understandings of prejudice, discrimination and identity. This study builds on insights offered by previous research on prejudices and evaluations of anti-bias and diversity interventions, where the lack of sufficient research and thorough evaluations testing impact has been identified (Levy Paluck, 2006). The theoretical framework suggests that prejudices and discriminatory practices are learnt and performed by individuals over the years by way of pre-existing discourses, and that behaviour and practices can be unlearnt through a multi-step process. It proposes that the discursive practices of students contribute to the constitution of their viable selves and in the constitution of ‘others’. Drawing on this framework, the study demonstrates how student-subjects in Bombay and Berlin perpetuate oppressive discourses by performing their identities and performing identities onto ‘others’. Such performative constitution opens up the agency of the individual, disclosing the shifting and dynamic nature of identities. The Anti-Bias approach is posited as an alternative to oppressive discourses and a vehicle that encourages and assists the agency of individuals. The theoretical framework, which brings together a psychological approach to prejudice, a structural approach to discrimination and a poststructural approach to identity, facilitates the analysis of the perpetuation of dominant discourses by the students, as well as how they negotiate their way through familiar norms and discourses. Group discussions and interviews a year after the respective trainings serve to evaluate the agency of the students and the extent to which the training impacted on their perceptions, attitudes and behavioural practices. The study reveals the recurrence of the themes race, religion, gender and sexuality in the representational practices of the students groups in Berlin and Bombay. It demonstrates how students in this study not only perform, but also negotiate and resist oppressive structures. Of particular importance is the role of the school: When schools offer no spaces for discussion, debate and action on contemporary social issues, learning can neither be put into practice nor take on a positive, transformative form. In such cases, agency and resistance is limited and interventionist actions yield little. This study reports the potential of the Anti-Bias approach and training as a tool of political education and action in education. It demonstrates that a single training can initiate change but sustaining change requires long-term strategies and on-going actions. Taking a poststructural perspective, it makes concrete suggestions to adapt and alter the Anti-Bias approach and the implementation of Anti-Bias trainings.