Clustering algorithms and shape factor methods to discriminate among small GTPase phenotypes using DIC image analysis.

Naïvement perçu, le processus d’évolution est une succession d’événements de duplication et de mutations graduelles dans le génome qui mènent à des changements dans les fonctions et les interactions du protéome. La famille des hydrolases de guanosine triphosphate (GTPases) similaire à Ras constitue un bon modèle de travail afin de comprendre ce phénomène fondamental, car cette famille de protéines contient un nombre limité d’éléments qui diffèrent en fonctionnalité et en interactions. Globalement, nous désirons comprendre comment les mutations singulières au niveau des GTPases affectent la morphologie des cellules ainsi que leur degré d’impact sur les populations asynchrones. Mon travail de maîtrise vise à classifier de manière significative différents phénotypes de la levure Saccaromyces cerevisiae via l’analyse de plusieurs critères morphologiques de souches exprimant des GTPases mutées et natives. Notre approche à base de microscopie et d’analyses bioinformatique des images DIC (microscopie d’interférence différentielle de contraste) permet de distinguer les phénotypes propres aux cellules natives et aux mutants. L’emploi de cette méthode a permis une détection automatisée et une caractérisation des phénotypes mutants associés à la sur-expression de GTPases constitutivement actives. Les mutants de GTPases constitutivement actifs Cdc42 Q61L, Rho5 Q91H, Ras1 Q68L et Rsr1 G12V ont été analysés avec succès. En effet, l’implémentation de différents algorithmes de partitionnement, permet d’analyser des données qui combinent les mesures morphologiques de population native et mutantes. Nos résultats démontrent que l’algorithme Fuzzy C-Means performe un partitionnement efficace des cellules natives ou mutantes, où les différents types de cellules sont classifiés en fonction de plusieurs facteurs de formes cellulaires obtenus à partir des images DIC. Cette analyse démontre que les mutations Cdc42 Q61L, Rho5 Q91H, Ras1 Q68L et Rsr1 G12V induisent respectivement des phénotypes amorphe, allongé, rond et large qui sont représentés par des vecteurs de facteurs de forme distincts. Ces distinctions sont observées avec différentes proportions (morphologie mutante / morphologie native) dans les populations de mutants. Le développement de nouvelles méthodes automatisées d’analyse morphologique des cellules natives et mutantes s’avère extrêmement utile pour l’étude de la famille des GTPases ainsi que des résidus spécifiques qui dictent leurs fonctions et réseau d’interaction. Nous pouvons maintenant envisager de produire des mutants de GTPases qui inversent leur fonction en ciblant des résidus divergents. La substitution fonctionnelle est ensuite détectée au niveau morphologique grâce à notre nouvelle stratégie quantitative. Ce type d’analyse peut également être transposé à d’autres familles de protéines et contribuer de manière significative au domaine de la biologie évolutive.

Towards a communicative understanding of organizational change : Koumbit's change process

Comment comprendre les dynamiques qui sous-tendent les changements des organisations? Le changement organisationnel fait partie de la réalité quotidienne des organisations et, comme en témoigne une vaste littérature, le sujet a été abordé à partir de diverses perspectives conceptuelles. Toutefois, plusieurs questions fondamentales demeurent quant à la façon dont le changement organisationnel est accompli (Tsoukas & Chia, 2002; Chia, 1999). Je suggère que la clé pour répondre à ces questions se trouve dans l’étude de la communication. Cependant, le rôle de la communication dans la production du changement reste peu exploré dans les conceptualisations actuelles sur le sujet. Ainsi, l’objectif principal de cette thèse est de décrire la façon dont le changement émerge dans la communication, en d’autres termes, comment il est accompli à partir des interactions. Dans cette recherche, je propose que la compréhension du changement passe par une vision de la communication comme un processus constant dans lequel les réalités sont créées, négociées et transformées de manière interactive. Cette conception est fondée sur a plurified view of interactions (Cooren, Fox, Robichaud & Talih, 2005; Cooren 2010) qui prend en considération la contribution d’êtres appartenant à diverses ontologies (e.g., ordinateurs, règlements, principes, émotions, règles, c.) dans l’action. En mobilisant cette vision de la communication, j’ai étudié les changements qui ont eu lieu à Koumbit — une organisation à but non lucratif basée à Montréal qui œuvre dans le domaine des technologies de l’information. L’observation, les entrevues ainsi que la révision de documents officiels ont été les techniques choisies pour cueillir les données. Ma recherche m’a permis de déterminer que le changement organisationnel est un processus progressif qui se matérialise d’interaction en interaction. C’est en composant et en recomposant des ensembles d’associations que se crée une différence dans l’état des choses. Si bien les interactions sont accomplies dans le ici et le maintenant, leur caractère hybride leur permet de rendre compte de ce que l’organisation a été et de ce qu’elle sera. Cette étude suggère que, d’un point de vue communicationnel, les mécanismes à partir desquels le changement organisationnel est accompli n sont pas aussi différents de ceux qui produisent les processus organisants (organizing).

Un protocole de diffusion des messages dans les réseaux véhiculaires

De nos jours, la voiture est devenue le mode de transport le plus utilisé, mais malheureusement, il est accompagné d’un certain nombre de problèmes (accidents, pollution, embouteillages, etc.), qui vont aller en s’aggravant avec l’augmentation prévue du nombre de voitures particulières, malgré les efforts très importants mis en œuvre pour tenter de les réduire ; le nombre de morts sur les routes demeure très important. Les réseaux sans fil de véhicules, appelés VANET, qui consistent de plusieurs véhicules mobiles sans infrastructure préexistante pour communiquer, font actuellement l’objet d'une attention accrue de la part des constructeurs et des chercheurs, afin d’améliorer la sécurité sur les routes ou encore les aides proposées aux conducteurs. Par exemple, ils peuvent avertir d’autres automobilistes que les routes sont glissantes ou qu’un accident vient de se produire. Dans VANET, les protocoles de diffusion (broadcast) jouent un rôle très important par rapport aux messages unicast, car ils sont conçus pour transmettre des messages de sécurité importants à tous les nœuds. Ces protocoles de diffusion ne sont pas fiables et ils souffrent de plusieurs problèmes, à savoir : (1) Tempête de diffusion (broadcast storm) ; (2) Nœud caché (hidden node) ; (3) Échec de la transmission. Ces problèmes doivent être résolus afin de fournir une diffusion fiable et rapide. L’objectif de notre recherche est de résoudre certains de ces problèmes, tout en assurant le meilleur compromis entre fiabilité, délai garanti, et débit garanti (Qualité de Service : QdS). Le travail de recherche de ce mémoire a porté sur le développement d’une nouvelle technique qui peut être utilisée pour gérer le droit d’accès aux médias (protocole de gestion des émissions), la gestion de grappe (cluster) et la communication. Ce protocole intègre l'approche de gestion centralisée des grappes stables et la transmission des données. Dans cette technique, le temps est divisé en cycles, chaque cycle est partagé entre les canaux de service et de contrôle, et divisé en deux parties. La première partie s’appuie sur TDMA (Time Division Multiple Access). La deuxième partie s’appuie sur CSMA/CA (Carrier Sense Multiple Access / Collision Avoidance) pour gérer l’accès au medium. En outre, notre protocole ajuste d’une manière adaptative le temps consommé dans la diffusion des messages de sécurité, ce qui permettra une amélioration de la capacité des canaux. Il est implanté dans la couche MAC (Medium Access Control), centralisé dans les têtes de grappes (CH, cluster-head) qui s’adaptent continuellement à la dynamique des véhicules. Ainsi, l’utilisation de ce protocole centralisé nous assure une consommation efficace d’intervalles de temps pour le nombre exact de véhicules actifs, y compris les nœuds/véhicules cachés; notre protocole assure également un délai limité pour les applications de sécurité, afin d’accéder au canal de communication, et il permet aussi de réduire le surplus (overhead) à l’aide d’une propagation dirigée de diffusion.

Représentations votives pour la « Dame de Vie » : analyse iconographique des bols de faïence du Nouvel Empire égyptien

La question de recherche à la base de cette étude soulève le point de la nature paradoxale du canon de représentation égyptien qui démontre, simultanément, une certaine rigidité dans l’application de règles stylistiques et iconographiques établies, particulièrement dans l’art non commandité par l’État, et des preuves de transformation et d’intégration de motifs nouveaux. Partant de cette problématique, l’étude vise à identifier les mécanismes par lesquels ce canon permet, à la fois, l’innovation et le maintien d’une certaine tradition. L’approche est de nature double et consiste tout d’abord à identifier de grandes tendances et discontinuités stylistiques et iconographiques sur les bols de faïence du Moyen au Nouvel Empire. De plus, elle tente de déterminer si les transformations d’ordre sociopolitique et idéologique, survenant à ces périodes, peuvent être lues dans les variations stylistiques et iconographiques trouvées sur les bols de faïence. Après une description du champ conceptuel de la « représentation » en contexte égyptien, l’auteur effectue l’analyse iconographique exhaustive de ce qui constitue l’apport majeur de son étude, un corpus de 500 bols et fragments de faïence provenant de divers sites égyptiens du Moyen au Nouvel Empire. Les données ont été traitées par le biais de la méthode d’analyse iconologique proposée par Panofsky, qui lui permet de dévoiler un grand nombre de continuités et de transformations d’ordre stylistique et iconographique pour les différentes périodes. Plusieurs facteurs semblent avoir été à l’origine de ces transformations, dont la fluctuation entre un contexte de centralisation et de décentralisation politique de l’État, ainsi que l’intégration de motifs étrangers (proche-orientaux et égéens) résultant d’un contact accru entre l’Égypte et les régions voisines. De plus, les transformations idéologiques apportées par le règne d’Akhénaton et par la « contre-réforme » idéologique à la période ramesside, semblent avoir également contribué à des innovations au sein du canon, même si ce dernier maintient une certaine continuité légitimée par le pouvoir étatique. Le canon de représentation, devient ainsi une forme de langage dont l’État se sert et qui, parfois malgré lui, se transforme et fluctue selon les réalités des différentes périodes.

The association between caries and periodontal diseases

Objectifs: Le but de cette étude clinique était de comparer un groupe d’adultes ayant un parodonte sain avec un groupe d’adultes atteints de parodontite chronique en terme de risque carieux et mesures cliniques et microbiologiques de la carie. Méthodes: Quatre-vingt-seize individus ont été divisés en deux groupes en fonction de leur état de santé parodontal et ont été appariés pour l'âge, le sexe et l'origine ethnique. Trente-huit sujets étaient atteints de parodontite chronique définie comme ayant au moins quatre dents avec ≥ 1 site avec une profondeur de sondage ≥ 4 mm et une perte d'attache clinique ≥ 2 mm, et 58 sujets présentaient un parodonte sain. Par la suite, les groupes ont été subdivisés en deux groupes en fonction de leur statut carieux : les participants ayant au moins une lésion carieuse non traitée sur une surface dentaire et ceux n’ayant pas de lésion carieuse non traitée. Les données ont été recueillies par le biais d’un questionnaire, un examen clinique et des échantillons de plaque supra- et sous-gingivale. L’évaluation de la charge buccale de Streptococcus mutans et de six agents pathogènes parodontaux a été réalisée par la technique d'amplification de la réaction en chaine de la polymérase (PCR). Les données ont été analysées à l'aide d’analyses statistiques descriptives et bivariées. Résultats: Les individus atteints de parodontite chronique étaient 3,5 fois plus susceptibles d'avoir des caries que les individus en bonne santé (OR 3,5 ; IC: 1,5 - 8,3 ; P = 0,006). Les sujets à la fois atteints de parodontite chronique et de caries dentaires ont eu un niveau d’éducation significativement plus faible que les sujets ayant un parodonte sain et sans caries dentaires (OR 6,0 ; IC: 1,7 à 21,7 ; P = 0,04). La proportion de sujets ayant une charge buccale élevée de Porphyromonas gingivalis (P. g.) et Treponema denticola (T. d.) était significativement plus élevée chez les patients atteints de parodontite chronique et de carie que chez les patients sains présentant des caries (P. g.: OR 8,6 ; IC: 2,4 - 30,3 ; P = 0,004 et T. d.: OR 10,0 ; CI: 2,6 - 38.1 ; P = 0,003). Conclusions: Les résultats de cette étude suggèrent que, chez les sujets adultes atteints de la parodontite chronique, la fréquence des caries est plus élevée que chez les sujets ayant un parodonte sain. De plus, le faible niveau d'éducation influence négativement le statut parodontal des individus.

Les facteurs internes et externes ayant un impact sur le retour aux études universitaires des professionnels en transition de carrière

Objet : Au Québec, comme dans le reste du Canada, le nombre de professionnels en reprise d’étude est en nette augmentation. Parmi ces professionnels, un certain nombre se trouve en situation de transition professionnelle après plusieurs années de travail. L'objectif de cette recherche est de déterminer quels facteurs influent sur les retours aux études de ces professionnels. Méthode : au total, 625 étudiants adultes de la faculté d’éducation permanente de l’Université de Montréal ont reçu une invitation à répondre à un sondage en ligne après avoir informé de leur intérêt pour notre étude. Le sondage en ligne a rendu possible la collection de 170 réponses (taux de réponses de 27,2%) à notre questionnaire de 64 questions. Les informations collectées ont permis la création de diverses variables ainsi que d’indices de confiance, de volonté, de temps, d’information qui ont par la suite été recoupés avec les informations dispositionnelles, situationnelles, institutionnelles et démographiques de notre échantillon. Découvertes : Il apparaît que la confiance, la motivation et le temps sont les facteurs ayant le plus d’impact sur le retour aux études de notre échantillon. Implication : Maintenir la motivation et la confiance semble être la clé pour minimiser l'impact de facteurs défavorables sur les professionnels qui décident de retourner à l'école après leur début de carrière. Originalité et intérêt : Peu d'études ont été réalisées sur la participation de ces professionnels en transition à des programmes de formation universitaire, cette étude exploratoire est un premier pas dans la collecte d’information sur une population méconnue.

Dépistage du décrochage scolaire à l’aide d’informations administratives ou auto-rapportées

Les adolescents qui décrochent de l’école secondaire arrivent difficilement à s’intégrer dans une économie axée sur le savoir et éprouvent plusieurs problèmes d’ajustement à l’adolescence et à l’âge adulte. Pour prévenir le décrochage scolaire, une étape cruciale consiste à dépister efficacement les élèves les plus à risque. Deux formes de dépistage axées sur des données peuvent être utilisées en milieu scolaire: une forme utilisant des informations auto-rapportées par les élèves à partir de questionnaires, et une autre fondée sur des informations administratives consignées au dossier des élèves. Toutefois, à notre connaissance, l’efficacité de ces différentes modalités n’a jamais été comparée directement. De plus, il est possible que l’efficacité relative de ces outils de dépistage soit différente selon le sexe de l’élève. Cette étude vise à comparer différents outils de dépistage pour prédire le décrochage scolaire, en tenant compte de l’effet modérateur du sexe. Les outils utilisés seront a) un questionnaire auto-rapporté validé (Archambault et Janosz, 2009) et b) un outil conçu à l’aide de données administratives, créé par une commission scolaire du Québec. La comparaison de ces outils est effectuée en termes de qualités psychométriques et d’aspect pratique pour le milieu scolaire. Pour ce faire, un échantillon de 1557 élèves (50% de garçons), âgé entre 14 et 18 ans est utilisé. Les résultats indiquent que l’indice administratif possède une capacité discriminante adéquate, mais inférieure à celle de l’indice auto-rapportée, jugée excellente. L’effet modérateur du sexe n’a pas été confirmé. Les avantages et inconvénients respectifs de ces deux modes de dépistage sont discutés.

L’utilisation des services de centre de jour par les personnes âgées qui présentent des incapacités

Contexte: Les centres de jour offrent des interventions de groupe à des personnes âgées qui présentent des incapacités, dans le but de favoriser leur maintien à domicile. Des études récentes tendent à démontrer qu’une utilisation régulière du service serait nécessaire pour induire des effets bénéfiques. Objectifs: Cette recherche visait à documenter l’utilisation des centres de jour par des personnes âgées qui présentent des incapacités. Elle comportait trois principaux objectifs: 1) Caractériser les utilisateurs de centre de jour et ce qui les distingue des non-utilisateurs et analyser les déterminants de l’utilisation du centre de jour. 2) Explorer l’adéquation entre les activités offertes par les centres de jour et les caractéristiques d’autonomie et de santé des utilisateurs. 3) Définir les facteurs associés à la régularité de la participation. Méthodes: Cette recherche s’appuie sur une analyse secondaire de données recueillies auprès de 723 personnes âgées qui ont participé au projet de démonstration SIPA (Services intégrés pour personnes âgées) implanté dans deux CLSC de la région de Montréal. L’utilisation du centre de jour a été documentée pendant une période de six mois, auprès des cinq centres de jour existant sur ce même territoire. Des informations sur le fonctionnement des centres de jour ont été obtenues par des entrevues et des rencontres de groupe auprès de coordonnateurs de ces centres. Les données ont été analysées à l’aide de statistiques descriptives, d’analyses en regroupement et d’analyses de régression logistique et multiple. Résultats: Les résultats sont présentés dans trois articles, soit un pour chacun des objectifs. Article 1: La proportion d’utilisateurs de centre de jour est de 18,8% (IC-0,95: 16,0 à 21,7%). Les facteurs suivants augmentent la probabilité d’utiliser le centre de jour: être plus jeune (RC: 1,12; IC-0,95: 1,06 à 1,19); ne pas avoir une éducation universitaire (RC: 1,92; IC-0,95: 1,04 à 3,57); recevoir l’aide du CLSC pour les activités de vie quotidienne plus d’une fois par semaine (RC: 1,73 et 2,48 pour aide de deux à cinq fois par semaine et aide de six à sept fois par semaine respectivement; IC-0,95: 1,06 à 2,80 et 1,22 à 5,06); faire partie du bassin de desserte d’un centre de jour dont les coûts sont moins élevés (RC: 1,054 ; IC-0,95: 1,001 à 1,108 pour chaque augmentation de 1$); et pour les hommes seulement, avoir déjà subi un accident vasculaire cérébral et présenter davantage d’incapacités fonctionnelles (interaction entre le sexe et la présence d’un AVC: RC: 0,298; IC-0,95: 0,108 à 0,825; interaction entre le sexe et les capacités fonctionnelles mesurées à l’OARS: RC: 1,096; IC-0,95: 1,019 à 1,178). De plus, on observe une plus grande probabilité d’utiliser le centre de jour chez les personnes qui cohabitent avec une personne de soutien. Toutefois, cette relation ne s’observe que chez les personnes nées au Canada (interaction entre la cohabitation avec la personne de soutien et le pays de naissance: RC: 0,417; IC-0,95: 0,185 à 0,938). Article 2: Des analyses en regroupement ont permis de distinguer quatre profils de participants ayant des caractéristiques similaires: 1) les personnes fragilisées par un âge avancé et un grand nombre de problèmes de santé; 2) les participants plus jeunes et plus autonomes que la moyenne, qui semblent des utilisateurs précoces; 3) les personnes qui présentent des incapacités d’origine cognitive; et 4) celles qui présentent des incapacités d’origine motrice. Les activités de groupe des centres de jour ont été regroupées en huit catégories: exercices physiques; groupe spécifique pour un diagnostic ou un problème fonctionnel commun; activités fonctionnelles; stimulation cognitive; activités musicales ou de réminiscence; sports et jeux physiques; intégration sociale; prévention et promotion de la santé. Les activités les plus fréquentes sont les exercices physiques et les activités d’intégration sociale auxquelles ont participé plus de 90% des utilisateurs de centre de jour, et ce en moyenne à respectivement 78% (±23%) et 72% (±24%) de leurs présences au centre de jour. Les autres catégories d’activités rejoignent de 45% à 77% des participants, et ce en moyenne à 35% (±15%) à 46% (±33%) de leurs présences. La participation aux diverses catégories d’activités a été étudiée pour chaque profil d’utilisateurs et comparée aux activités recommandées pour divers types de clientèle. On observe une concordance partielle entre les activités offertes et les besoins des utilisateurs. Cette concordance apparaît plus grande pour les participants qui présentent des problèmes de santé physique ou des incapacités d’origine motrice et plus faible pour ceux qui présentent des symptômes dépressifs ou des atteintes cognitives. Article 3: Les participants au centre de jour y sont inscrits en moyenne à raison de 1,56 (±0,74) jours par semaine mais sont réellement présents à 68,1% des jours attendus. Les facteurs suivants sont associés à une participation plus régulière au centre de jour en termes de taux de présences réelles / présences attendues: ne pas avoir travaillé dans le domaine de la santé (b: ,209; IC-0,95: ,037 à ,382); recevoir de l’aide du CLSC les jours de fréquentation du centre de jour (b: ,124; IC-0,95: ,019 à ,230); être inscrit pour la journée plutôt que la demi-journée (b: ,209: IC-0,95: ,018 à ,399); lors de ses présences au centre de jour, avoir une moins grande proportion d’activités de prévention et promotion de la santé (b: ,223; IC-0,95: ,044 à ,402); et enfin, avoir un aidant qui présente un fardeau moins élevé pour les personnes avec une atteinte cognitive et un fardeau plus élevé pour les personnes sans atteinte cognitive (interaction entre la présence d’atteinte cognitive et le fardeau de l’aidant: b: -,008; IC-0,95: -,014 à -,044). Conclusion: Conformément à leur mission, les centres de jour rejoignent une bonne proportion des personnes âgées qui présentent des incapacités. Cette étude fait ressortir les caractéristiques des personnes les plus susceptibles d’y participer. Elle suggère la nécessité de revoir la planification des activités pour assurer une offre de services qui tienne davantage compte des besoins des participants, en particulier de ceux qui présentent des atteintes cognitives et des symptômes de dépression. Elle démontre aussi que l’intensité d’exposition au service semble faible, ce qui soulève la question des seuils d’exposition nécessaires pour induire des effets favorables sur le maintien à domicile et sur la qualité de vie de la clientèle cible.

Mediators of the effects of past corporal punishment experiences on the intent to use corporal punishment

Les analyses statistiques ont été réalisées avec le logiciels SPSS 11.0(Statistical Package for Social Sciences) et AMOS 6 (Analysis of Moment Structures. La base de données de l'étude a été crée et receuillie par Caroline Despatie en collaboration avec Dr. Dianne Casoni.

Modélisation des bi-grappes et sélection des variables pour des données de grande dimension : application aux données d’expression génétique

Les simulations ont été implémentées avec le programme Java.