SCaFoS: a tool for Selection, Concatenation and Fusion of Sequences for phylogenomics

Affiliation: Département de Biochimie, Université de Montréal

Élaboration d’un simulateur de gravure par plasma de haute densité basé sur une approche cellulaire pour l’étude de profils dans divers matériaux

La réalisation de dispositifs à des dimensions sous-micrométriques et nanométriques demande une maîtrise parfaite des procédés de fabrication, notamment ceux de gravure. La réalisation des ces dispositifs est complexe et les exigences en termes de qualité et de géométrie des profils de gravure imposent de choisir les conditions opératoires les mieux adaptées. Les simulations de l'évolution spatio-temporelle des profils de gravure que nous proposons dans cette thèse s'inscrivent parfaitement dans ce contexte. Le simulateur que nous avons réalisé offre la possibilité de mieux comprendre les processus qui entrent en jeu lors de la gravure par plasma de profils dans divers matériaux. Il permet de tester l'influence des paramètres du plasma sur la forme du profil et donc de déterminer les conditions opératoires optimales. La mise au point de ce simulateur s'appuie sur les concepts fondamentaux qui gouvernent la gravure par plasma. À partir de l'état des lieux des différentes approches numériques pouvant être utilisées, nous avons élaboré un algorithme stable et adaptable permettant de mettre en évidence l'importance de certains paramètres clés pour la réalisation de profils de gravure par un plasma à haute densité et à basse pression. Les capacités de cet algorithme ont été testées en étudiant d'une part la pulvérisation de Si dans un plasma d'argon et d'autre part, la gravure chimique assistée par les ions de SiO2/Si dans un plasma de chlore. Grâce aux comparaisons entre profils simulés et expérimentaux, nous avons montré l'importance du choix de certains paramètres, comme la nature du gaz utilisé et la pression du plasma, la forme initiale du masque, la sélectivité masque/matériau, le rapport de flux neutre/ion, etc. Nous avons aussi lié ces paramètres à la formation de défauts dans les profils, par exemple celle de facettes sur le masque, de parois concaves, et de micro-tranchées. Enfin, nous avons montré que le phénomène de redépôt des atomes pulvérisés entre en compétition avec la charge électrique de surface pour expliquer la formation de profils en V dans le Pt pulvérisé par un plasma d'argon.

Las políticas lingüísticas en Quebec y Cataluña : un reflejo de las dinámicas sociales

Le but de cette recherche est de mieux comprendre les fondements et enjeux sociopolitiques d’un processus d’aménagement linguistique, ainsi que de cerner le rôle que le fait linguistique peut avoir dans le processus de construction d’un système national et dans son fonctionnement et de quelle manière l’application d’une politique linguistique se révèle efficace. Pour ce faire, nous procéderons à une étude comparative des cas concrets de la planification linguistique de la Catalogne et du Québec. Le choix des deux régions se base principalement sur le fait qu’elles représentent toutes les deux un type de nation « subétatique » au sein de laquelle la langue propre (le catalan et le français respectivement) s’est révélée être un élément clé de la représentation de l’identité collective, et qu’elle y possède à la fois un rôle symbolique et participatif. Cependant, la nature du conflit linguistique engendré par la cohabitation entre la langue propre et la langue de l’état (français-anglais/ catalan-espagnol) est visiblement perçu et traité de manière différente dans les deux régions. Donc, les environnements sociopolitiques et linguistiques québécois et catalans offrent à la fois des similitudes et des divergences qui mettent en relief certaines caractéristiques essentielles à la compréhension des mécanismes dans le développement d’une politique linguistique. Les étapes de l’étude se divisent en trois : après une exposition de l’évolution de la théorie de la planification linguistique, seront abordés les moments et évènements historiques marquants, intimement liés au développement du sentiment nationaliste dans les deux régions, ce qui permettra par le fait même d’explorer les relations entre les entités « subétatiques » et étatiques: Québec/Canada et Catalogne/Espagne. Puis seront passés en revue les textes législatifs et juridiques et leur portée. C’est-à-dire que sera vue plus spécifiquement l’application concrète des politiques linguistiques dans les domaines de l’éducation, de l’immigration et des médias de communication. Finalement, au regard des recensements sociolinguistiques les plus récents, les relations seront établies entre les résultats statistiques de l’usage des langues dans les régions respectives et les moyens ayant été déployés dans le cadre de la planification linguistique.

L’expérience de vieillir au quotidien de femmes âgées montréalaises vivant seules à domicile dans un contexte de précarité économique

À ce jour, peu d’intérêt a été porté à l’exploration des expériences et réalités spécifiques au sous-groupe et sous-culture des femmes âgées vivant seules dans la pauvreté. Dans ce contexte, le but de cette étude était d’explorer et d’analyser l’expérience de vieillir au quotidien de femmes âgées montréalaises vivant seules à domicile dans un contexte de précarité économique. La théorie de l’universalité et de la diversité du soin de Madeleine Leininger a été l'assise théorique de cette étude et une approche qualitative avec devis de type mini-ethnographie a été retenue pour répondre au but de l’étude. Sept femmes âgées de 65 ans et plus, vivant seules à domicile dans un contexte de précarité économique, ont été recrutées pour participer à l’étude. Une approche «boule de neige» a été sélectionnée pour effectuer le recrutement des participantes qui s’est réalisé avec l’aide de deux ressources communautaires de Montréal. La collecte de données a été effectuée auprès de ces femmes par l’entremise d’entrevues individuelles semi-dirigées, d’un court questionnaire sociodémographique ainsi que par la tenue d'un journal de terrain. L’analyse qualitative de contenu s’est basée sur les quatre étapes du guide d'analyse des données de Leininger, soit : l'analyse des données brutes, le regroupement de celles-ci en patterns récurrents, l’émergence des sous-thèmes et thèmes ainsi que la formulation des résultats de recherche sous forme d’énoncés théoriques ou de recommandations. Les résultats de cette étude renseignent sur l’expérience de vieillir au quotidien de ces femmes par rapport à six facteurs culturels de leur structure sociale soit l’environnement, les valeurs culturelles, le mode de vie, les relations humaines, le facteur économique et l’ethnohistoire de même que par rapport à leur expérience de santé/maladie et vieillissement et à leur relation avec le système de soins. Les résultats en lien avec les facteurs culturels permettent de conclure que cette expérience de vieillir s’ancre principalement dans l’environnement intime du domicile de ces femmes, se concrétise en des sentiments de liberté, d’indépendance et de contrôle, s’enrichit dans le don de soi, se délimite à l’intérieur d’un réseau social appauvri et s’épanouit dans une vision positive de la vie et le refus d’un statut de pauvreté et de dépendance. Quant aux résultats relatifs aux dimensions de l’expérience humaine et du système de soins, ils révèlent que l’expérience de vieillir de ces femmes s’inscrit dans une volonté de préserver la fonctionnalité de leur corps, de conserver leur autonomie et de se positionner comme l’experte sur leur santé dans leur rapport avec les soins professionnels reçus. Les résultats révèlent aussi des indices de leur autodétermination, de leur résilience, de leur pouvoir d’agir et du sens qu’elles donnent à la vie dans les différents aspects de leur expérience de vieillir. Finalement, les résultats de la présente étude soutiennent des recommandations cliniques promouvant des approches de soins infirmiers culturellement cohérentes et empreintes d’empowerment auprès de ces femmes.

Critique praxéologique d’une exposition sur le « vrai » visage de Jésus : un essai de théologie trash

Ce mémoire s'inscrit dans la méthode de praxéologie pastorale. Il analyse en qua-tre temps la mise en œuvre d'une exposition picturale qui oppose une figure alié-nante (conventionnelle et doucereuse) de Jésus à une vision trash (c'est à dire sub-versive et provocante) qui se veut plus fidèle à l'évangile. Le premier temps (ob-servation), qui présente le premier projet d'exposition ainsi que ses sources d'inspi-ration (personnelle, culturelle et artistique), amène à cerner deux problématique : la question de la vérité et l'orientation subversive (trash) du Jésus des évangiles. Le deuxième temps (interprétation) creuse tout d'abord la question de la vérité avec Hans Georg Gadamer, ce qui pousse à dépasser l'affirmation violente de la vérité du premier projet d'exposition pour le réorienter dans une perspective de questionnement. Par ailleurs, un modèle de dynamique trash permet de fonder la figure subversive et provocante de Jésus dans une relecture des évangiles, d’où un troisième temps (intervention) : l’amendement du premier projet d'exposition. En guise de conclusion, le quatrième temps (prospective) exporte des pointes de ré-flexion au-delà de l'interprétation concrète, à savoir au plan des questions de l'art et du public, du deuil de la vérité, de la dynamique trash et de la foi.

Le film d'enquête portant sur les tueurs en série : l'avènement d'un sous-genre et l'exception de Zodiac

Ce mémoire a comme objectif premier, l’étude du film d’enquête sur les tueurs en série. Plus spécifiquement, le mémoire examine le cas du film Zodiac réalisé par David Fincher en 2007. En procédant par analyses comparatives portant sur la structure narrative, les thématiques et les mécanismes de réception du film d’enquête, nous avons tenté de mettre en lumière des hypothèses quant à l’insuccès commercial de Zodiac. La première section de l’étude examine la spécificité et les fonctions propres au film d’enquête sur les tueurs en série et parvient ainsi à tirer la conclusion qu’il prévaut de catégoriser ce corpus d’œuvres comme un sous-genre du film policier. Nous avons étudié la fonction sociale et médiatique des archétypes filmiques du tueur et de l’enquêteur afin d’atteindre une meilleure compréhension de la fascination du public américain pour ce sous-genre. La seconde section du mémoire examine comment Zodiac se détache des conventions génériques et, particulièrement, comment la mise en scène opère une démystification de la figure du tueur en série. De plus, nous avons soulevé le traitement particulier déployé par Zodiac, soit la monstration, par le biais des personnages, du travail spectatoriel de mise en récit de l’enquête. La troisième section vise à démontrer la rupture de l’horizon d’attente du spectateur chez Zodiac ainsi que la chute de l’imaginaire mythique qui est ainsi engendré.

Facteurs liés à l’adoption du dossier médical électronique (DME): une étude de cas sur le processus d'implantation d’un DME dans un groupe de médecine de famille.

Dans l’espoir d'améliorer l'efficacité, l’efficience, la qualité et la sécurité des soins de santé, la plupart des pays investissent dans l’informatisation de leur système de santé. Malgré l’octroi de ressources substantielles, les projets d'implantation d’un Dossier médical électronique (DME) font parfois l’objet d’une résistance importante de la part des utilisateurs au moment de leur implantation sur le terrain. Pour expliquer l’adoption d’un DME par les professionnels de la santé, plusieurs modèles théoriques ont été développés et appliqués. Une diversité de facteurs agissant à différents niveaux (individuel, organisationnel et liés à la technologie elle-même) a ainsi été identifiée. L’objectif de cette recherche est d’approfondir les connaissances empiriques quant aux facteurs influençant l’utilisation du DME chez les professionnels de la santé. Le devis de recherche repose sur une étude de cas unique avec douze entrevues et une observation non participante réalisées un an suite au lancement du processus d’implantation d’un DME auprès d’un groupe de médecine famille (GMF) au sein du Centre de santé et de services sociaux du Sud-Ouest-Verdun (Montréal, Canada). Dans le cadre de cette étude, l’analyse a permis l’identification de facilitateurs et de barrières influençant l’adoption du DME. Les facilitateurs étaient l’utilité perçue, la décision du GMF d’implanter le DME, le support de la direction ainsi que la présence de champions et de superutilisateurs. Les barrières les plus importantes étaient l’impact négatif sur le travail clinique, la fragmentation de l’information dans le DME ainsi que les problèmes liés à l’infrastructure technique. Cette connaissance permettra d’alimenter des stratégies visant à mieux répondre aux défis suscités par l’implantation du dossier médical électronique.

Développement d’un modèle centré sur l’individu des déplacements du caribou, du loup et de l’orignal, et de leurs interactions, en forêt boréale aménagée

Le caribou forestier est une espèce menacée au Canada, la principale hypothèse au déclin des populations étant l’intensification de la prédation provoquée par les perturbations anthropiques du paysage. Afin de faire face à cette situation, il est nécessaire d’étudier et comprendre l’impact de l’environnement sur les interactions prédateur-proies entre le caribou et le loup, ainsi qu’avec l’orignal, qui est sa principale proie alternative. Pour cela, cette thèse présente la conception d’un modèle centré sur l’individu des déplacements de ces trois espèces en fonction de leur environnement, dont résulteront les interactions prédateur-proies. Afin de permettre l’application de ce modèle sur de longues périodes, et donc pour un environnement changeant, une méthodologie a été développée, qui s’articule atour de deux aspects principaux. Tout d’abord, la notion de niveaux d’émergence est introduite, permettant d’ordonner les comportements observables du système selon leurs interdépendances, afin de choisir comme trait du modèle un com- portement correspondant au domaine d’applicabilité visé. Ordonner les comportements selon leurs niveaux d’émergence permet également d’identifier la redondance entre les patrons, qui peut être à l’origine d’un phénomène de sur-apprentissage lorsqu’ils sont utilisés lors de la calibration. Dans un second temps, un nouveau protocole pour la calibration et la validation du ou des traits choisis à l’aide des niveaux d’émergence, nommé réplication de système basé sur l’individu (Individual Based System Replication - IBSRtion) est également présenté. Ce protocole met l’emphase sur la modélisation directe, contrairement au principal protocole existant, la modélisation orientée patrons (Pattern Oriented Modelling - POM), et permet une approche empirique en générant artificiellement des données non disponibles ou ne pouvant être récoltées par des études de terrains. IBSRtion a également l’avantage de pouvoir être intégrée dans POM, afin de contribuer à la création d’une méthodologie universelle pour la conception de modèles centrés sur l’individu. Le processus de conception de ce modèle aura entre autre permis de faire une synthèse des connaissances et d’identifier certaines lacunes. Une étude visant à palier le manque de connaissances satisfaisantes sur les réponses comportementales à court-terme des proies face au risque de prédation a notamment permis d’observer que celles-ci sont une combinaison de comportements chroniques et éphémères, et que les mécanismes qui en sont à l’origine sont complexes et non-linéaires. Le résultat de ce travail est un modèle complexe utilisant de nombreux sous-modèles, et calibré de façon empirique, applicable à une grande variété d’environnements. Ce modèle a permis de tester l’impact de l’enfeuillement sur les relations prédateur-proies. Des simulations ont été effectuées pour différentes quantités d’enfeuillement, suivant deux configurations spatiales différentes. Les résultats de simulation suggèrent que des plans d’aménagement considérant également l’habitat de l’orignal pourraient être bénéfiques pour le caribou forestier, car ils permettraient d’améliorer la ségrégation spatiale entre les deux espèces, et donc entre le caribou et le loup. En le couplant avec un module de naissances et de morts naturelles ainsi qu’un modèle d’évolution du paysage, ce modèle permettra par la suite d’évaluer l’impact de plans d’aménagement forestier sur la viabilité des populations de caribou forestier.

Empéripolèse des cellules de lymphomes humains Ramos par les fibroblastes.

Le fichier vidéo en format .avi accompagne mon document et correspond à l'annexe II. C'est une vidéomicroscopie dont la légende est mise en annexe II.

Application et efficacité d'une thérapie basée sur les inférences auprès d'une population d'accumulateurs compulsifs: une étude de cas clinique.

Essai doctoral présenté à la Faculté des Arts et des Sciences Humaines en vue de l'obtention du grade de doctorat en psychologie clinique (D.Psy)

Une nouvelle méthode pour estimer la torsion géométrique en scoliose idiopathique de l’adolescent

La scoliose idiopathique de l’adolescent (SIA) est une déformation tridimensionnelle (3D) de la colonne vertébrale. Pour la plupart des patients atteints de SIA, aucun traitement chirurgical n’est nécessaire. Lorsque la déformation devient sévère, un traitement chirurgical visant à réduire la déformation est recommandé. Pour déterminer la sévérité de la SIA, l’imagerie la plus utilisée est une radiographie postéroantérieure (PA) ou antéro-postérieure (AP) du rachis. Plusieurs indices sont disponibles à partir de cette modalité d’imagerie afin de quantifier la déformation de la SIA, dont l’angle de Cobb. La conduite thérapeutique est généralement basée sur cet indice. Cependant, les indices disponibles à cette modalité d’imagerie sont de nature bidimensionnelle (2D). Celles-ci ne décrivent donc pas entièrement la déformation dans la SIA dû à sa nature tridimensionnelle (3D). Conséquemment, les classifications basées sur les indices 2D souffrent des mêmes limitations. Dans le but décrire la SIA en 3D, la torsion géométrique a été étudiée et proposée par Poncet et al. Celle-ci mesure la tendance d’une courbe tridimensionnelle à changer de direction. Cependant, la méthode proposée est susceptible aux erreurs de reconstructions 3D et elle est calculée localement au niveau vertébral. L’objectif de cette étude est d’évaluer une nouvelle méthode d’estimation de la torsion géométrique par l’approximation de longueurs d’arcs locaux et par paramétrisation de courbes dans la SIA. Une première étude visera à étudier la sensibilité de la nouvelle méthode présentée face aux erreurs de reconstructions 3D du rachis. Par la suite, deux études cliniques vont présenter la iv torsion géométrique comme indice global et viseront à démontrer l’existence de sous-groupes non-identifiés dans les classifications actuelles et que ceux-ci ont une pertinence clinique. La première étude a évalué la robustesse de la nouvelle méthode d’estimation de la torsion géométrique chez un groupe de patient atteint de la SIA. Elle a démontré que la nouvelle technique est robuste face aux erreurs de reconstructions 3D du rachis. La deuxième étude a évalué la torsion géométrique utilisant cette nouvelle méthode dans une cohorte de patient avec des déformations de type Lenke 1. Elle a démontré qu’il existe deux sous-groupes, une avec des valeurs de torsion élevées et l’autre avec des valeurs basses. Ces deux sous-groupes possèdent des différences statistiquement significatives, notamment au niveau du rachis lombaire avec le groupe de torsion élevée ayant des valeurs d’orientation des plans de déformation maximales (PMC) en thoraco-lombaire (TLL) plus élevées. La dernière étude a évalué les résultats chirurgicaux de patients ayant une déformation Lenke 1 sous-classifiées selon les valeurs de torsion préalablement. Cette étude a pu démontrer des différences au niveau du PMC au niveau thoraco-lombaire avec des valeurs plus élevées en postopératoire chez les patients ayant une haute torsion. Ces études présentent une nouvelle méthode d’estimation de la torsion géométrique et présentent cet indice quantitativement. Elles ont démontré l’existence de sous-groupes 3D basés sur cet indice ayant une pertinence clinique dans la SIA, qui n’étaient pas identifiés auparavant. Ce projet contribue dans la tendance actuelle vers le développement d’indices 3D et de classifications 3D pour la scoliose idiopathique de l’adolescent.

Study of the diffusion in polymer solutions and hydrogels by NMR spectroscopy and NMR imaging

Afin d'étudier la diffusion et la libération de molécules de tailles inférieures dans un gel polymère, les coefficients d'auto-diffusion d'une série de polymères en étoile avec un noyau d'acide cholique et quatre branches de poly(éthylène glycol) (PEG) ont été déterminés par spectroscopie RMN à gradient de champ pulsé dans des solutions aqueuses et des gels de poly(alcool vinylique). Les coefficients de diffusion obtenus ont été comparés avec ceux des PEGs linéaires et dendritiques pour étudier l'effet de l'architecture des polymères. Les polymères en étoile amphiphiles ont des profils de diffusion en fonction de la concentration similaires à leurs homologues linéaires dans le régime dilué. Ils diffusent plus lentement dans le régime semi-dilué en raison de leur noyau hydrophobe. Leurs conformations en solution ont été étudiées par des mesures de temps de relaxation spin-réseau T1 du noyau et des branches. L'imagerie RMN a été utilisée pour étudier le gonflement des comprimés polymères et la diffusion dans la matrice polymère. Les comprimés étaient constitués d'amidon à haute teneur en amylose et chargés avec de l'acétaminophène (de 10 à 40% en poids). Le gonflement des comprimés, ainsi que l'absorption et la diffusion de l'eau, augmentent avec la teneur en médicament, tandis que le pourcentage de libération du médicament est similaire pour tous les comprimés. Le gonflement in vitro des comprimés d'un complexe polyélectrolyte à base d'amidon carboxyméthylé et de chitosane a également été étudié par imagerie RMN. Ces comprimés sont sensibles au pH : ils gonflent beaucoup plus dans les milieux acides que dans les milieux neutres en raison de la dissociation des deux composants et de la protonation des chaînes du chitosane. La comparaison des résultats avec ceux d'amidon à haute teneur en amylose indique que les deux matrices ont des gonflements et des profils de libération du médicament semblables dans les milieux neutres, alors que les comprimés complexes gonflent plus dans les milieux acides en raison de la dissociation du chitosane et de l'amidon.

Identity Theft in Cyberspace: Issues and Solutions

Cet article présente et analyse la menace grandissante que représente le vol d’identité dans le cyberespace. Le développement, dans la dernière décennie, du commerce électronique ainsi que des transactions et des communications numériques s’accélère. Cette progression non linéaire a généré une myriade de risques associés à l’utilisation des technologies de l’information et de la communication (les TIC) dans le cyberespace, dont un des plus importants est sans conteste la menace du vol d’identité. Cet article vise à donner un aperçu des enjeux et des risques relatifs au vol d’identité et cherche à offrir certaines solutions basées sur la nécessité d’opter pour une politique à trois volets qui englobe des approches stratégiques et règlementaires, techniques et culturelles.

Multisite Research Ethics Review: Problems and Potential Solutions

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