The cumate gene-switch: a system for regulated expression in mammalian cells

Affiliation: Sophie Broussau, Amelie Pilotte & Bernard Massie : Départment de microbiologie et immunologie, Faculté de médecine, Université de Montréal

A Type-Preserving Compiler from System F to Typed Assembly Language

L'utilisation des méthodes formelles est de plus en plus courante dans le développement logiciel, et les systèmes de types sont la méthode formelle qui a le plus de succès. L'avancement des méthodes formelles présente de nouveaux défis, ainsi que de nouvelles opportunités. L'un des défis est d'assurer qu'un compilateur préserve la sémantique des programmes, de sorte que les propriétés que l'on garantit à propos de son code source s'appliquent également au code exécutable. Cette thèse présente un compilateur qui traduit un langage fonctionnel d'ordre supérieur avec polymorphisme vers un langage assembleur typé, dont la propriété principale est que la préservation des types est vérifiée de manière automatisée, à l'aide d'annotations de types sur le code du compilateur. Notre compilateur implante les transformations de code essentielles pour un langage fonctionnel d'ordre supérieur, nommément une conversion CPS, une conversion des fermetures et une génération de code. Nous présentons les détails des représentation fortement typées des langages intermédiaires, et les contraintes qu'elles imposent sur l'implantation des transformations de code. Notre objectif est de garantir la préservation des types avec un minimum d'annotations, et sans compromettre les qualités générales de modularité et de lisibilité du code du compilateur. Cet objectif est atteint en grande partie dans le traitement des fonctionnalités de base du langage (les «types simples»), contrairement au traitement du polymorphisme qui demande encore un travail substantiel pour satisfaire la vérification de type.

Patterns and quality of object-oriented software systems

Lors de ces dix dernières années, le coût de la maintenance des systèmes orientés objets s'est accru jusqu' à compter pour plus de 70% du coût total des systèmes. Cette situation est due à plusieurs facteurs, parmi lesquels les plus importants sont: l'imprécision des spécifications des utilisateurs, l'environnement d'exécution changeant rapidement et la mauvaise qualité interne des systèmes. Parmi tous ces facteurs, le seul sur lequel nous ayons un réel contrôle est la qualité interne des systèmes. De nombreux modèles de qualité ont été proposés dans la littérature pour contribuer à contrôler la qualité. Cependant, la plupart de ces modèles utilisent des métriques de classes (nombre de méthodes d'une classe par exemple) ou des métriques de relations entre classes (couplage entre deux classes par exemple) pour mesurer les attributs internes des systèmes. Pourtant, la qualité des systèmes par objets ne dépend pas uniquement de la structure de leurs classes et que mesurent les métriques, mais aussi de la façon dont celles-ci sont organisées, c'est-à-dire de leur conception, qui se manifeste généralement à travers les patrons de conception et les anti-patrons. Dans cette thèse nous proposons la méthode DEQUALITE, qui permet de construire systématiquement des modèles de qualité prenant en compte non seulement les attributs internes des systèmes (grâce aux métriques), mais aussi leur conception (grâce aux patrons de conception et anti-patrons). Cette méthode utilise une approche par apprentissage basée sur les réseaux bayésiens et s'appuie sur les résultats d'une série d'expériences portant sur l'évaluation de l'impact des patrons de conception et des anti-patrons sur la qualité des systèmes. Ces expériences réalisées sur 9 grands systèmes libres orientés objet nous permettent de formuler les conclusions suivantes: • Contre l'intuition, les patrons de conception n'améliorent pas toujours la qualité des systèmes; les implantations très couplées de patrons de conception par exemple affectent la structure des classes et ont un impact négatif sur leur propension aux changements et aux fautes. • Les classes participantes dans des anti-atrons sont beaucoup plus susceptibles de changer et d'être impliquées dans des corrections de fautes que les autres classes d'un système. • Un pourcentage non négligeable de classes sont impliquées simultanément dans des patrons de conception et dans des anti-patrons. Les patrons de conception ont un effet positif en ce sens qu'ils atténuent les anti-patrons. Nous appliquons et validons notre méthode sur trois systèmes libres orientés objet afin de démontrer l'apport de la conception des systèmes dans l'évaluation de la qualité.

L’adoption des innovations dans les systèmes PACS et la perception des bénéfices : le concept de l’alignement tâche-technologie comme outil d’évaluation

Contexte : Les premières implantations PACS (Picture Archiving and Communication System) remontent aux années 80. Le rehaussement récent du PACS au sein d’un centre hospitalier universitaire a permis d’étudier l’introduction d’innovations dans une technologie mature. Objectif : Dans un premier temps, effectuer une revue de la littérature sur les études évaluant la perceptions des utilisateurs de l’implantation des PACS. Deuxièmement, évaluer dans une étude de cas si le niveau d’alignement entre les tâches et la technologie prédit l’utilisation et la perception des bénéfices. Méthodes : Il y a eu une revue systématique de la littérature afin d’identifier les études sur la perception des utilisateurs du PACS. Une adaptation du modèle TTF (Task-Technology-Fit) développé par Goodhue (1995) a servi de base théorique pour l’étude de cas effectuée par questionnaire auto-administré. Résultats : Les modèles recensés dans la revue systématique sont mieux adaptés à des nouvelles implantions PACS qu’à des systèmes matures en évolution. Il y a une corrélation significative entre le niveau de l’alignement, tel que perçu par les utilisateurs, et la perception des bénéfices nets, ainsi que l’utilisation de la technologie. L’étude a démontré un écart entre la perception des utilisateurs et celle des développeurs interviewés. Conclusions : Cette étude supporte la validité du concept alignement tâche-technologie dans l’analyse d’un rehaussement PACS. Il est important de maintenir une interaction soutenue entre développeurs et utilisateurs, qui va audelà de la phase initiale de développement.

Les déterminants de l’utilisation des services en santé mentale dans le sud-ouest de Montréal

Objectif : L’objectif principal de cette thèse est d’examiner les déterminants de l’utilisation des services de soins pour des raisons de santé mentale dans le sud-ouest de Montréal. Données et méthodes : L’étude utilise les données de la première phase du projet portant sur « le développement d’une zone circonscrite d’études épidémiologiques en psychiatrie dans le sud-ouest de Montréal ». Les données ont été collectées entre mai 2007 et août 2008 auprès d’un échantillon de 2434 personnes sélectionnées au hasard dans tout le territoire de l’étude. De cet échantillon, nous avons sélectionné un sous-échantillon de personnes ayant eu au moins un diagnostic de santé mentale au cours de la dernière année. 423 personnes ont rencontrées ce critère et constituent l’échantillon pour les analyses de la présente thèse. Le modèle comportemental d’Andersen a servi de cadre pour le choix des variables à analyser. Parce que l’approche socio-spatiale a été privilégiée pour modéliser les déterminants de l’utilisation des services, les analyses ont été effectuées à l’aide de quatre logiciels distincts à savoir : SPSS, AMOS, ArcGIS et MlWin. Résultats : Les résultats montrent que 53,66% de notre échantillon ont utilisés au moins un service de santé pour des raisons de santé mentale. On constate néanmoins que les déterminants de l’utilisation des services en santé mentale sont à la fois complexes et spatialement inégalement réparties. En ce qui concerne les caractéristiques sociodémographiques et cliniques, les femmes et ceux qui perçoivent la stigmatisation envers les personnes ayant un problème de santé mentale utilisent plus les services. Le nombre de diagnostics de santé mentale est aussi associé à l’utilisation des services. L’augmentation du nombre de diagnostics entraîne une augmentation de l’utilisation des services (=0,38; p<0,001). D’autres variables comme l’âge, le statut matrimonial, la taille du ménage, le soutien social et la qualité de vie influencent indirectement l’utilisation des services. À titre illustratif toute augmentation de l’âge entraîne une augmentation du soutien social de (=0,69; p<0,001) qui à son tour fait diminuer la détresse psychiatrique (= -0,09 (p<0,05). Or, toute augmentation d’une unité de détresse psychiatrique entraîne une augmentation de l’utilisation des services (=0,58 (p<0,001). Sur le plan spatiale, il existe une corrélation positive entre l’utilisation des services et la défavorisation matérielle, la défavorisation sociale et le nombre d’immigrants récents sur un territoire. Par contre, la corrélation entre la prévalence de la santé mentale et l’utilisation des services est négative. Les analyses plus poussées indiquent que le contexte de résidence explique 12,26 % (p<0,05) de la variation totale de l’utilisation des services. De plus, lorsqu’on contrôle pour les caractéristiques individuelles, vivre dans un environnement stable augmente l’utilisation des services (O.R=1,24; p<0,05) tandis que les contextes défavorisés du point de vue socioéconomique ont un effet néfaste sur l’utilisation (O.R=0,71; p<0,05). Conclusion : Les résultats de l’étude suggèrent que si on veut optimiser l’utilisation des services en santé mentale, il est important d’agir prioritairement au niveau de la collectivité. Plus spécifiquement, il faudrait mener des campagnes de sensibilisation auprès de la population pour combattre la stigmatisation des personnes ayant un problème de santé mentale. Sur le plan de la planification des soins de santé, on devrait augmenter l’offre des services dans les territoires défavorisés pour en faciliter l’accès aux habitants.

Evaluating Design Decay during Software Evolution

Les logiciels sont en constante évolution, nécessitant une maintenance et un développement continus. Ils subissent des changements tout au long de leur vie, que ce soit pendant l'ajout de nouvelles fonctionnalités ou la correction de bogues dans le code. Lorsque ces logiciels évoluent, leurs architectures ont tendance à se dégrader avec le temps et deviennent moins adaptables aux nouvelles spécifications des utilisateurs. Elles deviennent plus complexes et plus difficiles à maintenir. Dans certains cas, les développeurs préfèrent refaire la conception de ces architectures à partir du zéro plutôt que de prolonger la durée de leurs vies, ce qui engendre une augmentation importante des coûts de développement et de maintenance. Par conséquent, les développeurs doivent comprendre les facteurs qui conduisent à la dégradation des architectures, pour prendre des mesures proactives qui facilitent les futurs changements et ralentissent leur dégradation. La dégradation des architectures se produit lorsque des développeurs qui ne comprennent pas la conception originale du logiciel apportent des changements au logiciel. D'une part, faire des changements sans comprendre leurs impacts peut conduire à l'introduction de bogues et à la retraite prématurée du logiciel. D'autre part, les développeurs qui manquent de connaissances et–ou d'expérience dans la résolution d'un problème de conception peuvent introduire des défauts de conception. Ces défauts ont pour conséquence de rendre les logiciels plus difficiles à maintenir et évoluer. Par conséquent, les développeurs ont besoin de mécanismes pour comprendre l'impact d'un changement sur le reste du logiciel et d'outils pour détecter les défauts de conception afin de les corriger. Dans le cadre de cette thèse, nous proposons trois principales contributions. La première contribution concerne l'évaluation de la dégradation des architectures logicielles. Cette évaluation consiste à utiliser une technique d’appariement de diagrammes, tels que les diagrammes de classes, pour identifier les changements structurels entre plusieurs versions d'une architecture logicielle. Cette étape nécessite l'identification des renommages de classes. Par conséquent, la première étape de notre approche consiste à identifier les renommages de classes durant l'évolution de l'architecture logicielle. Ensuite, la deuxième étape consiste à faire l'appariement de plusieurs versions d'une architecture pour identifier ses parties stables et celles qui sont en dégradation. Nous proposons des algorithmes de bit-vecteur et de clustering pour analyser la correspondance entre plusieurs versions d'une architecture. La troisième étape consiste à mesurer la dégradation de l'architecture durant l'évolution du logiciel. Nous proposons un ensemble de m´etriques sur les parties stables du logiciel, pour évaluer cette dégradation. La deuxième contribution est liée à l'analyse de l'impact des changements dans un logiciel. Dans ce contexte, nous présentons une nouvelle métaphore inspirée de la séismologie pour identifier l'impact des changements. Notre approche considère un changement à une classe comme un tremblement de terre qui se propage dans le logiciel à travers une longue chaîne de classes intermédiaires. Notre approche combine l'analyse de dépendances structurelles des classes et l'analyse de leur historique (les relations de co-changement) afin de mesurer l'ampleur de la propagation du changement dans le logiciel, i.e., comment un changement se propage à partir de la classe modifiée è d'autres classes du logiciel. La troisième contribution concerne la détection des défauts de conception. Nous proposons une métaphore inspirée du système immunitaire naturel. Comme toute créature vivante, la conception de systèmes est exposée aux maladies, qui sont des défauts de conception. Les approches de détection sont des mécanismes de défense pour les conception des systèmes. Un système immunitaire naturel peut détecter des pathogènes similaires avec une bonne précision. Cette bonne précision a inspiré une famille d'algorithmes de classification, appelés systèmes immunitaires artificiels (AIS), que nous utilisions pour détecter les défauts de conception. Les différentes contributions ont été évaluées sur des logiciels libres orientés objets et les résultats obtenus nous permettent de formuler les conclusions suivantes: • Les métriques Tunnel Triplets Metric (TTM) et Common Triplets Metric (CTM), fournissent aux développeurs de bons indices sur la dégradation de l'architecture. La d´ecroissance de TTM indique que la conception originale de l'architecture s’est dégradée. La stabilité de TTM indique la stabilité de la conception originale, ce qui signifie que le système est adapté aux nouvelles spécifications des utilisateurs. • La séismologie est une métaphore intéressante pour l'analyse de l'impact des changements. En effet, les changements se propagent dans les systèmes comme les tremblements de terre. L'impact d'un changement est plus important autour de la classe qui change et diminue progressivement avec la distance à cette classe. Notre approche aide les développeurs à identifier l'impact d'un changement. • Le système immunitaire est une métaphore intéressante pour la détection des défauts de conception. Les résultats des expériences ont montré que la précision et le rappel de notre approche sont comparables ou supérieurs à ceux des approches existantes.

Paradigm Shift in European Intellectual Property Law? From Microsoft to Linux

"L’auteure Lucie Guibault aborde la question des ""logiciels libres"" dans le cadre des droits d’auteurs et des brevets. Ces logiciels sont des programmes informatiques qui sont gratuitement distribués au public, dont la modification et la redistribution sont fortement encouragées, mais dont la vente ou la commercialisation est découragée ou même carrément prohibée. Ces caractéristiques particulières distinguent les logiciels libres des ""programmes propriétés"" traditionnels, qui se basent sur le principe que le créateur d’un programme en possède les droits de propriété et qu’il est le seul autorisé à le modifier ou le vendre, sous réserve de sa capacité à faire cession de ces droits. Les logiciels libres sont fondés sur une idéologie de coopération, qui promeut la propagation des idées et des connaissances et qui favorise ainsi la création de meilleurs logiciels. L’auteure présente les grandes caractéristiques des trois principales licences de logiciels libres, soit la ""General Public License"", la licence ""Berkeley Software Distribution"" et la ""Mozilla Public License"". Elle soutient que ces logiciels libres et les régimes normatifs qui les encadrent sont à l’origine d’un changement de paradigme au sein des régimes européens et hollandais de protection des droits d’auteurs et des brevets. La première partie de l’article analyse les régimes des droits d’auteur des trois licences de logiciels libres. L’auteure souligne que ces régimes ont été établis en se basant sur la prémisse qu’il n’y a pas de distinction significative entre les créateurs et les utilisateurs de logiciels libres. Les régimes normatifs reflètent cette situation en prévoyant un ensemble de droits et d’obligations pour les utilisateurs dans le cadre de l’utilisation, de la reproduction, de la modification et de la redistribution gratuite des logiciels libres. L’auteur explique comment ces régimes normatifs s’intègrent au sein de la législation européenne et hollandaise, entre autre au niveau du droit de propriété, du droit commercial, du droit des communications et du droit des obligations. L’auteur démontre que, de façon générale, ces régimes normatifs législatifs semblent s’être adéquatement adaptés aux nouvelles réalités posées par les règles de droits d’auteurs des logiciels libres. La seconde partie aborde la problématique du droit des brevets, tel que défini par la législation européenne et hollandaise. La plupart des utilisateurs et créateurs de logiciels libres s’opposent aux régimes de brevets traditionnels, qui limitent l’innovation et les possibilités de développement techniques. L’auteur décrit les différents régimes alternatifs de brevets offerts par les trois licences de logiciels libres. De plus, l’auteur présente l’encadrement légal pour ces nouveaux brevets, tel que défini par les législations européennes et hollandaises. Elle soutient que cet encadrement légal est inadéquat et qu’il n’est pas adapté aux besoins des utilisateurs de logiciels libres."

Localization and function of the endocannabinoid system throughout the retinogeniculate pathway of vervet monkeys

Le système endocannabinoïde (eCB) est présent dans le système nerveux central (SNC) de mammifères, incluant la rétine, et est responsable de la régulation de nombreux processus physiologiques. Bien que la présence du récepteur cannabinoïde de type 1 (CB1R) a bien été documenté dans la rétine de rongeurs et primates, il y a encore une controverse quant à la présence du récepteur cannabinoïde de type 2 (CB2R) au niveau du SNC. En utilisant la microscopie confocale, nous sommes les premiers à signaler les patrons d’expression du CB2R dans la rétine de singe. Nos résultats démontrent que le CB2R est exprimé exclusivement dans les cellules de Müller de la rétine du singe. En outre, nous avons comparé les différents patrons d’expression du système eCB dans la rétine de la souris, du toupaye, ainsi que du singe vervet et macaque. Nous rapportons que les distributions de CB1R, FAAH (fatty acid amid hydrolase), MAGL (monoacylglycerol lipase) et DAGLα (diacylglycerol lipase alpha) sont hautement conservées parmi ces espèces alors que CB2R et NAPE-PLD (N-acyl phosphatidylethanolamine phospholipase D) présentent différents profils d'expression. CB2R n'a pas été détecté dans les cellules neuronales de la rétine des primates. L’immunoréactivité de NAPE-PLD est présente dans les couches de la rétine de souris et toupayes, mais a été limitée à la couche des photorécepteurs des singes vervet et macaque. Pour étudier les corrélats neuronaux et le rôle de la signalisation du système eCB dans la rétine, nous avons établi un protocole standard pour l'électrorétinographie (ERG), puis enregistré la réponse ERG de la rétine après le blocage des récepteurs avec des antagonistes spécifiques pour CB1R (AM251) et CB2R (AM630). Comparé au témoin, dans des conditions photopiques, et à certaines intensités faibles du stimulus, le blocage de CB1R diminue l'amplitude de l'onde-b, alors qu’à des intensités plus élevées, le blocage de CB2R augmente l'amplitude des deux-ondes a et b. De plus, le blocage des récepteurs cannabinoïdes provoque une augmentation de la latence des deux ondes a et b. Dans des conditions d’adaptation à l'obscurité, le blocage de CB1R et CB2R réduit l’amplitudes de l'onde a seulement à des intensités plus élevées et réduit l’onde b à intensités plus faibles. Des augmentations significatives de latence ont été observées dans les deux cas. Ces résultats indiquent que les récepteurs CB1 et CB2 chez les primates non humains sont impliqués dans la fonction rétinienne conditions photopiques. En outre, nous avons évalué le profil d'expression du CB1R, de FAAH et de NAPE-PLD au-delà de la rétine dans le corps géniculé latéral des singes et nous rapportons pour la première fois que CB1R et FAAH sont exprimés davantage dans les couches magnocellulaires. La NAPE-PLD a été localisée à travers les couches magno- et parvocellulaires. Aucune de ces composantes n’est exprimée dans les couches koniocellulaires. Ces résultats nous aident à mieux comprendre les effets des cannabinoïdes sur le système visuel qui pourraient nous mener à trouver éventuellement de nouvelles cibles thérapeutiques.