Étude des mécanismes non-conventionnels de traduction chez le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 et le virus de l'hépatite C

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Approche cognitive de la traduction dans les langues de spécialité : vers une systématisation de la description de la conceptualisation métaphorique

Département de linguistique et de traduction

WebCT : une panacée pour l’enseignement de la traduction médicale?

Département de linguistique et de traduction

Logiciels de traduction automatique: protection, responsabilité

La présente recherche a pour but de faire le point sur l'état du droit canadien et sur ses perspectives futures en relation avec les œuvres créées par ordinateurs. L'outil terminologique choisi pour notre objectif est le logiciel de traduction automatique multilingue qui, à cause de sa complexité, s'éloigne le plus du programmeur « créateur» et se rapproche le plus d'œuvres qui ne peuvent être directement attribuées aux linguistes et programmeurs. Ces outils et leurs créations seront d'après nous les prochains outils technologiques à confronter le droit. En effet, dans un avenir prévisible, considérant l'évolution technologique, ces logiciels produiront des textes qui bénéficieront d'une valeur commerciale ajoutée et c'est alors que certains feront valoir leurs « droits », non seulement sur les textes mais aussi sur la technologie. Pour atteindre cet objectif, nous débuterons par un retour historique sur la technologie et ses origines. Par la suite, nous ferons une analyse de la protection actuelle accordée aux logiciels, aux banques de données et aux traductions qu'ils produisent. Nous déterminerons ensuite qui sera responsable des textes produits en relation avec le texte d'origine et avec sa résultante au niveau du droit d'auteur et de celui de la responsabilité civile. Cette recherche nous amènera à conclure que le droit actuel est « mésadapté » tant à l'égard de la protection qu'au niveau de la responsabilité. Ces conclusions devront d'après nous imposer un retour aux principes fondamentaux du droit. Ce fondamentalisme légal sera pour nous le prix à payer pour la légitimité. En effet, plus particulièrement concernant le droit d'auteur, nous conclurons qu'il devra cesser d'être le « fourre-tout» du droit de la propriété intellectuelle et redevenir ce qu'il doit être: un droit qui protège la créativité. Cette démarche prospective tirera ses racines du fait que nous serons obligés de conclure que les juristes canadiens ont refusé, à tort à notre point de vue, de renvoyer au monde des brevets les méthodes et procédés nouveaux et inventifs, ce qui donc a introduit des problématiques inutiles qui exacerbent l'incertitude. Finalement, notre cheminement nous dirigera vers le droit de la responsabilité où nous soutiendrons que le fournisseur ne peut actuellement être responsable du texte produit puisqu'il ne participe pas directement aux choix et ne porte pas atteinte au contenu. Voici donc en quelques mots le cœur de notre recherche qui entrouvre une boîte de Pandore.

Traduction statistique par recherche locale

La traduction statistique vise l’automatisation de la traduction par le biais de modèles statistiques. Dans ce travail, nous relevons un des grands défis du domaine : la recherche (Brown et al., 1993). Les systèmes de traduction statistique de référence, tel Moses (Koehn et al., 2007), effectuent généralement la recherche en explorant l’espace des préfixes par programmation dynamique, une solution coûteuse sur le plan computationnel pour ce problème potentiellement NP-complet (Knight, 1999). Nous postulons qu’une approche par recherche locale (Langlais et al., 2007) peut mener à des solutions tout aussi intéressantes en un temps et un espace mémoire beaucoup moins importants (Russell et Norvig, 2010). De plus, ce type de recherche facilite l’incorporation de modèles globaux qui nécessitent des traductions complètes et permet d’effectuer des modifications sur ces dernières de manière non-continue, deux tâches ardues lors de l’exploration de l’espace des préfixes. Nos expériences nous révèlent que la recherche locale en traduction statistique est une approche viable, s’inscrivant dans l’état de l’art.

Le paratexte et la traduction du Popol Vuh de l’abbé Brasseur de Bourbourg

Le Popol Vuh, récit historique du peuple maya quiché, a été traduit des dizaines de fois. Jusqu’au milieu du 20e siècle, bon nombre de ces traductions se fondaient sur la version réalisée en 1861 par Brasseur de Bourbourg, un missionnaire français. Pour souligner le travail du traducteur, nous avons étudié sa traduction non pas d’un point de vue comparatif des deux textes, mais du point de vue du paratexte, c’est-à-dire ce qui entoure le texte (page de titre, préface, notes, illustrations, etc.). Pour ce faire, nous avons dressé le cadre théorique du paratexte à l’appui des écrits de Genette et de Lane, puis nous l’avons appliqué à celui de la traduction du Popol Vuh de Brasseur de Bourbourg. D’une taille colossale, ce paratexte nous renseigne sur ce qui a motivé le travail du traducteur et sur ce qu’il a fait. L’étude de son avant-propos nous indique clairement que son but est de faire connaître la culture des Amériques sous un jour nouveau, et le Popol Vuh est pour lui l’exemple parfait d’une richesse littéraire, historique et culturelle jusque-là largement ignorée. Cette partie du paratexte de Brasseur de Bourbourg nous prépare à la lecture, alors que les nombreuses notes de bas de page nous guident pendant celle-ci. Force est toutefois d’admettre que le paratexte de cet ouvrage est si imposant qu’il porte ombrage à la traduction. Bref, l’étude du paratexte nous amène à aborder la traduction de Brasseur de Bourbourg d’un oeil critique, en fonction de ce que nous dit le paratexte. La lecture du paratexte et la connaissance de ses tenants et aboutissants devraient donc faire d’un simple lecteur un véritable lecteur averti, qu’il s’agisse d’une traduction ou de tout autre texte.

Influence de l'initiation de la traduction sur le changement programmé du cadre de lecture en -1 responsable de la synthèse des enzymes du virus de l’immunodéficience humaine de type 1

Le virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) est responsable du syndrome de l’immunodéficience acquise (SIDA). Il faut identifier de nouvelles cibles pour le développement d’agents anti-VIH-1, car ce virus développe une résistance aux agents présentement utilisés. Notre but est d’approfondir la caractérisation de l’étape du changement de cadre de lecture ribosomique en -1 (déphasage -1) nécessaire à la production du précurseur des enzymes du VIH-1. Ce déphasage est programmé et effectué par une minorité de ribosomes lorsqu’ils traduisent la séquence dite glissante à un endroit spécifique de l’ARN messager (ARNm) pleine-longueur du VIH-1. L’efficacité de déphasage est contrôlée par le signal stimulateur de déphasage (SSF), une tige-boucle irrégulière située en aval de la séquence glissante. La structure du SSF est déroulée lors du passage d’un ribosome, mais elle peut se reformer ensuite. Nous avons montré que des variations de l’initiation de la traduction affectent l’efficacité de déphasage. Nous avons utilisé, dans des cellules Jurkat-T et HEK 293T, un rapporteur bicistronique où les gènes codant pour les luciférases de la Renilla (Rluc) et de la luciole (Fluc) sont séparés par la région de déphasage du VIH-1. La Rluc est produite par tous les ribosomes traduisant l’ARNm rapporteur alors que la Fluc est produite uniquement par les ribosomes effectuant un déphasage. L’initiation de ce rapporteur est coiffe-dépendante, comme pour la majorité des ARNm cellulaires. Nous avons examiné l’effet de trois inhibiteurs de l’initiation et montré que leur présence augmente l’efficacité de déphasage. Nous avons ensuite étudié l’effet de la tige-boucle TAR, qui est présente à l’extrémité 5’ de tous les ARNm du VIH-1. TAR empêche la liaison de la petite sous-unité du ribosome (40S) à l’ARNm et module aussi l’activité de la protéine kinase dépendante de l’ARN double-brin (PKR). L’activation de PKR inhibe l’initiation en phosphorylant le facteur d’initiation eucaryote 2 (eIF2) alors que l’inhibition de PKR a l’effet inverse. Nous avons étudié l’effet de TAR sur la traduction et le déphasage via son effet sur PKR en utilisant TAR en trans ou en cis, mais à une certaine distance de l’extrémité 5’ afin d’éviter l’interférence avec la liaison de la 40S. Nous avons observé qu’une faible concentration de TAR, qui active PKR, augmente l’efficacité de déphasage alors qu’une concentration élevée de TAR, qui inhibe PKR, diminue cette efficacité. Nous avons proposé un modèle où des variations de l’initiation affectent l’efficacité de déphasage en modifiant la distance entre les ribosomes parcourant l’ARNm et, donc, la probabilité qu’ils rencontrent un SSF structuré. Par la suite, nous avons déterminé l’effet de la région 5’ non traduite (UTR) de l’ARNm pleine-longueur du VIH-1 sur l’efficacité de déphasage. Cette 5’UTR contient plusieurs régions structurées, dont TAR à l’extrémité 5’, qui peut interférer avec l’initiation. Cet ARNm a une coiffe permettant une initiation coiffe-dépendante ainsi qu’un site d’entrée interne des ribosomes (IRES), permettant une initiation IRES-dépendante. Nous avons introduit cette 5’UTR, complète ou en partie, comme 5’UTR de notre ARNm rapporteur bicistronique. Nos résultats démontrent que cette 5’UTR complète inhibe l’initiation coiffe dépendante et augmente l’efficacité de déphasage et que ces effets sont dus à la présence de TAR suivie de la tige-boucle Poly(A). Nous avons aussi construit un rapporteur tricistronique où les ribosomes exprimant les luciférases utilisent obligatoirement l’IRES. Nous avons observé que cette initiation par l’IRES est faible et que l’efficacité de déphasage correspondante est également faible. Nous avons formulé une hypothèse pour expliquer cette situation. Nous avons également observé que lorsque les deux modes d’initiation sont disponibles, l’initiation coiffe dépendante est prédominante. Finalement, nous avons étudié l’effet de la protéine virale Tat sur l’initiation de la traduction et sur l’efficacité de déphasage. Nous avons montré qu’elle augmente l’initiation de la traduction et que son effet est plus prononcé lorsque TAR est située à l’extrémité 5’ des ARNm. Nous proposons un modèle expliquant les effets de Tat sur l’initiation de la traduction par l’inhibition de PKR ainsi que par des changements de l’expression de protéines cellulaires déroulant TAR. Ces résultats permettent de mieux comprendre les mécanismes régissant le déphasage du VIH-1, ce qui est essentiel pour le développement d’agents anti-déphasage.

Étude de la traduction IRES-dépendante du VIH-1

Le virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) est responsable de la pandémie du SIDA (syndrome de l’immunodéficience acquise). Des souches virales résistantes aux antirétroviraux actuellement utilisés apparaissent rapidement. Il est donc important d’identifier de nouvelles cibles dans le cycle de réplication du VIH-1 pour développer de nouveaux agents contre ce virus. La traduction des protéines de structure et des enzymes du VIH-1 est une étape essentielle du cycle de réplication virale. Ces protéines sont exprimées à partir de l’ARN messager (ARNm) pleine-longueur (ARNmPL) à la fin du cycle de réplication. L’ARNmPL du VIH-1 peut utiliser un mode d’initiation de la traduction coiffe-dépendant, comme la majorité des ARNm cellulaires, mais peut aussi utiliser un mode d’initiation alternatif, car sa région 5’ non-traduite (5’UTR) contient un site interne d’entrée du ribosome (IRES), ce qui lui permet d’initier la traduction suivant un mode IRES-dépendant. L’initiation IRES-dépendante permet à l’ARNmPL d’être traduit quand l’initiation coiffe-dépendante est inhibée. L’activité de l’IRES de la région 5’UTR de l’ARNmPL du VIH-1 (IRES5’UTR) est faible dans des conditions physiologiques, mais est stimulée lorsque la cellule est arrêtée à la transition G2/M du cycle cellulaire, un arrêt qu’induit l’infection par le VIH-1. Une grande portion de l’IRES5’UTR, que nous nommons IRES5’UTRc, est présente dans tous les ARNm viraux et a une activité semblable à celle de l’ IRES5’UTR, ce qui indique que le mode IRES-dépendant peut être utilisé par tous les messagers du VIH-1. Lors de mes études doctorales, j’ai caractérisé le fonctionnement de l’IRES5’UTR du VIH-1. J’ai transfecté des cellules lymphocytaires Jurkat T, dérivées des cibles naturelles du VIH-1, avec un vecteur dual-luciférase contenant les séquences codantes des luciférases de la Renilla (Rluc) et de la luciole (Fluc) séparées par la région 5’UTR de l’ARNmPL du VIH-1. La traduction de la Rluc est coiffe-dépendante alors que celle de la Fluc dépend de l’IRES5’UTR. J’ai d’abord effectué une analyse mutationnelle et j’ai identifié trois régions qui stimulent l’activité de l’IRES5’UTR et une tige-boucle qui réprime l’activité de cet IRES, que j’ai nommée IRENE (IRES negative element). J’ai montré que l’effet répresseur d’IRENE est aboli lorsque les cellules sont soumises à un stress oxydatif, un type de stress induit lors d’une infection par le VIH-1. Nous proposons que IRENE maintiendrait l’IRES5’UTR dans une conformation peu active dans des conditions physiologiques. On sait que les IRES sont activés par divers facteurs cellulaires, appelés ITAF (IRES trans-acting factors). Nous proposons que l’IRES5’UTR adopterait une conformation active suite à la liaison d’un ITAF exprimé ou relocalisé lors d’un stress oxydatif. Ces travaux ont fait l’objet d’une publication (Gendron et al., 2011, Nucleic Acids Research, 39, 902-912). J’ai ensuite étudié l’effet de la protéine virale Tat sur l’activité de l’IRES5’UTR. En plus de son rôle essentiel dans la transactivation de la transcription des ARNm viraux, Tat stimule leur traduction coiffe-dépendante, en empêchant l’inhibition d’un facteur d’initiation canonique, eIF2, induite par la protéine kinase modulée par l’ARN double-brin (PKR) et en déroulant la structure TAR présente à l’extrémité 5’ de tous les ARNm du VIH-1. Elle affecte aussi l’expression de plusieurs gènes cellulaires. J’ai montré que les isoformes Tat86 et Tat72, mais non Tat101, stimulent l’activité de l’IRES5’UTR. Cet effet est indépendant de PKR et de TAR, mais dépendrait de la conformation de Tat. Nous proposons que Tat activerait un facteur de transcription cellulaire qui déclenche l’expression d’un ITAF de l’IRES5’UTR ou encore qu’elle activerait directement un tel ITAF. J’ai de plus montré que PKR stimule l’activité de l’IRES5’UTR, ce qui est surprenant puisque PKR est une protéine antivirale. Cet effet est indépendant de l’inhibition d’eIF2 par PKR et pourrait résulter de l’activation d’un ITAF. Sachant qu’une portion active de l’IRES5’UTR, IRES5’UTRc, est présente dans tous les ARNm viraux, notre hypothèse est que la stimulation de cet IRES par PKR permettait de traduire l’ARNm de Tat au début du cycle de réplication, ce qui permettrait ensuite la traduction coiffe-dépendante des ARNm du VIH-1, qui est stimulée par Tat. Ces travaux font l’objet d’un manuscrit (Gendron et al., soumis à RNA). Mes résultats, couplés aux données de la littérature, me conduisent à la conclusion que, à la fin du cycle de réplication du VIH-1, l’activité de l’IRES5’UTR est stimulée par le stress oxydatif, l’arrêt en G2/M et la présence de quantités élevées de Tat, alors que la traduction coiffe-dépendante est compromise. L’initiation IRES-dépendante serait alors indispensable pour que le VIH-1 traduise l’ARNmPL. L’IRES5’UTR constituerait donc une cible très intéressante pour développer des agents anti-VIH.

La stratégie sénégalaise du faire faire et la construction du sens de la gouvernance de l’éducation non formelle

Traduction du titre en anglais: Making sense of governance in non-formal education : A critical analysis of the Senegalese faire faire strategy

Les cadres de lectures alternatifs : une approche non-conventionnelle pour le développement de vecteurs vaccinaux

Introduction: Les cadres de lectures alternatifs (CLA) sont utilisés par de multiples virus afin de générer plusieurs protéines à partir d'une seule séquence nucléotidique. Les épitopes dits « cryptiques », c’est-à-dire les épitopes dérivés de protéines codées dans des CLAs, ont étés dernièrement l’objet de différentes études portant sur la réponse immunitaire antivirale et les lymphocytes T cytotoxiques. Méthodologie: Afin de vérifier le potentiel immunogène d'épitopes encodés dans des CLAs programmés, trois cassettes ont été construites pour mener à l'expression de trois épitopes bien caractérisés (épitope GAG77–85 du virus de l'immunodéficience humaine de type 1; épitope NS31406-1415 du virus de l'hépatite C; épitope core18-27 du virus de l'hépatite B) à partir de trois cadres de lectures superposés. La première cassette permet une initiation alternative de la traduction, la deuxième comprend deux signaux bipartites en tandem permettant un frameshift ribosomique et la troisième est une cassette contrôle. Ces éléments ont été introduits dans des vecteurs adénoviraux. Les virions générés ont servi à immuniser des souris C57BL/6 transgéniques pour HLA-A*0201 et HLA-DR1. La réponse immunitaire induite une semaine post-immunisation a été mesurée par essai ELISpot IFN . Résultats: Dans le contexte de cassettes vaccinales, les peptides dérivés d'une initiation alternative de traduction et de changement de cadre de lecture ribosomique ribosomal peuvent être exprimés et détectés par le système immunitaire dans un modèle animal. Conclusion: Ces expériences suggèrent la possibilité de développer de nouvelles stratégies vaccinales dans le but de prévenir ou de guérir certaines maladies associées aux infections virales chroniques telles que celles causées par le virus de l’immunodéficience humaine et le virus de l’hépatite C.

La coédition franco-québécoise et ses conséquences sur les oeuvres de fiction publiées en traduction

La coédition de traductions faites au Québec, puis diffusées sous la marque d’un éditeur français, est une pratique à laquelle ont recours les éditeurs pour accroître le rayonnement de leurs titres. Ces coéditions s’effectuent selon des modalités variées dont l’évolution est parfois imprévisible. Dans le processus, les éditeurs et les traducteurs sont amenés à faire des compromis sur la langue d’arrivée afin de rejoindre les publics cibles outre-Atlantique. En quoi consistent ces compromis? Sont-ils terminologiques, lexicaux, culturels ou purement subjectifs? Comment sont-ils perçus par les traducteurs et les éditeurs? Ce mémoire explore ces questions par le biais de quatre études de cas de coéditions de traductions par des éditeurs et des traducteurs littéraires du Québec. L’analyse montre que ces compromis, qu’ils soient ou non culturels, affectent peu la qualité du français mais qu’ils créent parfois chez les éditeurs et les traducteurs un sentiment de domination culturelle de la part de la France. Ce discours est cependant nuancé par les types de pratiques de coédition et par la position des traducteurs dans la structure de l’édition. Un meilleur encadrement des pratiques de coédition et une valorisation du statut du traducteur dans le champ littéraire pourraient contribuer à atténuer certaines tensions liées à la coédition.

La traduction au Maroc sous le protectorat français 1912-1956 : étude de trois auto-traducteurs de l’IHEM

Les références proviennent du Centre des archives diplomatiques de Nantes (France)