Study of baleen whales’ ecology and interaction with maritime traffic activities to support management of a complex socio-ecological system

Thesis written in co-mentorship with Robert Michaud.

Analysis of HIV-1 Vpr determinants responsible for cell growth arrest in Saccharomyces cerevisiae

Affiliation: Département de microbiologie et immunologie, Faculté de médecine, Université de Montréal

Cloning and Characterisation of the human gene gremlin promoter

L’ostéoarthrose (OA) est une maladie articulaire invalidante caractérisée par la perte de l’intégrité du cartilage articulaire. Les recherches tentent de comprendre les mécanismes moléculaires de la maladie afin de trouver des inhibiteurs efficaces pouvant prévenir la dégradation du cartilage articulaire. Les BMPs (bone morphogenic proteins) jouent un rôle dans le processus pathophysiologique de cette maladie. Cette étude cible le rôle d’un antagoniste des BMPs, le gremlin. Nous avons étudié la régulation de l’expression de gremlin par le clonage et la caractérisation de son promoteur et en déterminant si gremlin pouvait jouer un rôle autre qu’antagoniste des BMP, en affectant l’expression d’autres gènes par l’activation d’une cascade de signalisation dans la cellule. Les résultats ont identifié une région importante dans le promoteur de gremlin qui affecte son activité basale et induite, et ont montré que le gremlin ne pouvait pas affecter l’expression génique et l’activation de signalisation intracellulaire indépendamment des BMPs. Cette étude démontre que le rôle de gremlin dans l’OA en est un essentiellement d’antagoniste des BMPs.

Anatomo-functional magnetic resonance imaging of the spinal cord and its application to the characterization of spinal lesions in cats

Les lésions de la moelle épinière ont un impact significatif sur la qualité de la vie car elles peuvent induire des déficits moteurs (paralysie) et sensoriels. Ces déficits évoluent dans le temps à mesure que le système nerveux central se réorganise, en impliquant des mécanismes physiologiques et neurochimiques encore mal connus. L'ampleur de ces déficits ainsi que le processus de réhabilitation dépendent fortement des voies anatomiques qui ont été altérées dans la moelle épinière. Il est donc crucial de pouvoir attester l'intégrité de la matière blanche après une lésion spinale et évaluer quantitativement l'état fonctionnel des neurones spinaux. Un grand intérêt de l'imagerie par résonance magnétique (IRM) est qu'elle permet d'imager de façon non invasive les propriétés fonctionnelles et anatomiques du système nerveux central. Le premier objectif de ce projet de thèse a été de développer l'IRM de diffusion afin d'évaluer l'intégrité des axones de la matière blanche après une lésion médullaire. Le deuxième objectif a été d'évaluer dans quelle mesure l'IRM fonctionnelle permet de mesurer l'activité des neurones de la moelle épinière. Bien que largement appliquées au cerveau, l'IRM de diffusion et l'IRM fonctionnelle de la moelle épinière sont plus problématiques. Les difficultés associées à l'IRM de la moelle épinière relèvent de sa fine géométrie (environ 1 cm de diamètre chez l'humain), de la présence de mouvements d'origine physiologique (cardiaques et respiratoires) et de la présence d'artefacts de susceptibilité magnétique induits par les inhomogénéités de champ, notamment au niveau des disques intervertébraux et des poumons. L'objectif principal de cette thèse a donc été de développer des méthodes permettant de contourner ces difficultés. Ce développement a notamment reposé sur l'optimisation des paramètres d'acquisition d'images anatomiques, d'images pondérées en diffusion et de données fonctionnelles chez le chat et chez l'humain sur un IRM à 3 Tesla. En outre, diverses stratégies ont été étudiées afin de corriger les distorsions d'images induites par les artefacts de susceptibilité magnétique, et une étude a été menée sur la sensibilité et la spécificité de l'IRM fonctionnelle de la moelle épinière. Les résultats de ces études démontrent la faisabilité d'acquérir des images pondérées en diffusion de haute qualité, et d'évaluer l'intégrité de voies spinales spécifiques après lésion complète et partielle. De plus, l'activité des neurones spinaux a pu être détectée par IRM fonctionnelle chez des chats anesthésiés. Bien qu'encourageants, ces résultats mettent en lumière la nécessité de développer davantage ces nouvelles techniques. L'existence d'un outil de neuroimagerie fiable et robuste, capable de confirmer les paramètres cliniques, permettrait d'améliorer le diagnostic et le pronostic chez les patients atteints de lésions médullaires. Un des enjeux majeurs serait de suivre et de valider l'effet de diverses stratégies thérapeutiques. De telles outils représentent un espoir immense pour nombre de personnes souffrant de traumatismes et de maladies neurodégénératives telles que les lésions de la moelle épinière, les tumeurs spinales, la sclérose en plaques et la sclérose latérale amyotrophique.

Character and professionalism in the context of developing countries – the example of mercenaries

On pense souvent que le professionnalisme moderne exige qu’on regarde comme non relevante les traditions particulières ainsi que les liens avec familiaux, tribaux et religieux. Du point de vue du professionnalisme, ce qu’est important sont des règles internes à la profession et aussi les droits universels de l’homme vu comme individu abstrait. Dans une société où l’individualisme et le commerce deviennent omniprésents, les traditions éthiques et les identités narratives pourraient pourtant constituer un cadre de motivations clé pour l’intégrité éthique professionnelle. Je prendrai comme exemple la profession militaire et en particulier l’utilisation de mercenaires. En distinguant entre les compétences et les vertus je me demanderai si oui ou non il y a une relation nécessaire entre un bon soldat et le fait d’être un citoyen. Le fait d’être est compris ici comme catégorie morale qui occasionne un certain idéal de caractère et en particulier des vertus. Je conclus que l’action de contractualisation privée d’un soldat n’est pas en général moralement digne d’éloge et ne devrait pas être encouragée dans une société éthiquement orientée.

Investigation of femtosecond laser technology for the fabrication of drug nanocrystals in suspension

La technique du laser femtoseconde (fs) a été précédemment utilisée pour la production de nanoparticules d'or dans un environnement aqueux biologiquement compatible. Au cours de ce travail de maîtrise, cette méthode a été investiguée en vue d'une application pour la fabrication de nanocristaux de médicament en utilisant le paclitaxel comme modèle. Deux procédés distincts de cette technologie à savoir l'ablation et la fragmentation ont été étudiés. L'influence de la puissance du laser, de point de focalisation, et de la durée du traitement sur la distribution de taille des particules obtenues ainsi que leur intégrité chimique a été évaluée. Les paramètres ont ainsi été optimisés pour la fabrication des nanoparticules. L’évaluation morphologique et chimique a été réalisée par microscopie électronique et spectroscopie infrarouge respectivement. L'état cristallin des nanoparticules de paclitaxel a été caractérisé par calorimétrie differentielle et diffraction des rayons X. L'optimisation du procédé de production de nanoparticules par laser fs a permis d'obtenir des nanocristaux de taille moyenne (400 nm, polydispersité ≤ 0,3). Cependant une dégradation non négligeable a été observée. La cristallinité du médicament a été maintenue durant la procédure de réduction de taille, mais le paclitaxel anhydre a été transformé en une forme hydratée. Les résultats de cette étude suggèrent que le laser fs peut générer des nanocristaux de principe actif. Cependant cette technique peut se révéler problématique pour des médicaments sensibles à la dégradation. Grâce à sa facilité d'utilisation et la possibilité de travailler avec des quantités restreintes de produit, le laser fs pourrait représenter une alternative valable pour la production de nanoparticules de médicaments peu solubles lors des phases initiales de développement préclinique. Mots-clés: paclitaxel, nanocristaux, laser femtoseconde, ablation, fragmentation

La banque d'investissement et la conglomération du secteur financier : une multiplicité d'intérêts en quête d'équilibre

Jouant un rôle crucial pour l’efficience des marchés, la banque d’investissement contemporaine se caractérise par l’exercice d’une grande diversité d’activités aussi complexes qu’hétérogènes sous un même toit. Agissant tantôt auprès d’une clientèle de particuliers, d’entreprises, d’institutions financières, de fonds d’investissement ou de gouvernements, et tantôt pour son propre compte, elle compose avec une multitude d’intérêts divergents, ce qui soulève un certain questionnement quant à la portée de l’obligation de loyauté dont elle peut être tributaire envers ses clients. Les implications répétées des banques d’affaires dans la vague de récents scandales financiers ont inévitablement affecté la confiance que les épargnants témoignent envers l’intégrité de cette institution et des marchés financiers en général. Elles ont de plus contribué significativement à relancer le débat concernant la pertinence de contrôler, et même d’éliminer les conflits d’intérêts, un phénomène largement répandu au sein de la banque d’investissement. À titre de mécanismes préventifs, les solutions de marchés et l’autodiscipline des intermédiaires financiers sont imparfaits. La réglementation des conflits d’intérêts se justifie alors afin de pallier les défaillances du marché et de l’autorégulation. Pour autant qu’il maintienne sa réglementation dans un rapport efficience-équité acceptable, l’État est appelé à concevoir des normes de contrôle aux objectifs variés, allant de la réforme structurelle du secteur financier à l’élaboration de principes généraux devant servir de balises à la conduite des intermédiaires financiers. Ainsi, dans une industrie caractérisée par une forte conglomération, la réponse des législateurs semble s’articuler autour du traitement adéquat des conflits d’intérêts, traitement qui s’opère par divers mécanismes, dont la muraille Chine, la divulgation et le refus d’agir.

BA'S : The practice and law of bankers' acceptance

Au cours d'une transaction portant sur une acceptation bancaire (ci-après «BA» tel que dénommée dans le jargon juridique) différents types de relations peuvent s'établir entre les parties impliquées, certaines plus directes que d'autres. Dans une transaction donnée, à part le client et la banque, on peut trouver une ou plusieurs banques participantes et un ou plusieurs investisseurs, qui deviennent détenteurs de BA. La situation peut devenir complexe et les relations légales risquent de devenir assez compliquées. Cependant, il est important d'identifier si la relation s'est établie à travers l'instrument de BA, si elle existe par le biais d'une relation contractuelle ordinaire ou encore, si elle existe par le fait de la loi. Une bonne analyse des circonstances entourant la transaction, des facteurs connexes à la transaction et des droits et obligations qui existent entre les parties, sera nécessaire pour déterminer laquelle de la loi provinciale ou fédérale s'appliquera, et dans quelle mesure. Une fois accordée, la BA est gouvernée par la Loi sur les lettres de change. Toutes solutions apportées à un problème qui implique des BA, doivent, en principe, respecter la nature inhérente de la BA en tant qu'effet de commerce, gouverné par la loi fédérale. En matière de BA, c'est, soit la Loi sur les lettres de change soit la Loi sur les lettres et billets de dépôt (Depository Bills and Note Act) qui s'appliqueront à l'acte. Comme il existe des lois fédérales applicables à la BA, l'objet de notre étude est de déterminer si, et dans quelle circonstance la loi de la province, tel que le Code civil du Québec, trouvera application et éclaircira dans certains cas la disposition contenue dans la Loi sur les lettres de change, notamment lorsque les dispositions de ladite loi sont silencieuses ou ambigües. La solution la plus simple serait d'appliquer la loi provinciale aux matières qui ne sont pas traitées dans la loi, étant donné que les lois provinciales apportent souvent un complément à la législation fédérale. Cependant, la Loi sur les lettres de change contient des dispositions spéciales, tel que l'article 9 qui stipule : « 9. Les règles de la common law d'Angleterre, y compris en droit commercial, s'appliquent aux lettres, billets et chèques dans la mesure de leur compatibilité avec les dispositions expresses de la présente loi. » Cette disposition a crée une certaine confusion relativement à l'application du droit civil du Québec en matière de Lettres de change. En effet, il existe un doute quant à savoir si l'application de l'article 9 est une incorporation par référence qui exclue totalement l'application du droit civil. Cette question continue de se poser inexorablement dans la doctrine et la jurisprudence. Elle a en effet donné lieu à une série de théories quand au degré d'application de la common law en matière de lettres de change. Une revue de la jurisprudence dominante nous permet de conclure que les tribunaux ont accepté l'application du droit provinciale dans certaines questions impliquant les lettres de change. La question essentielle traitée lors de notre analyse est la suivante: lorsqu'un litige prend naissance dans une transaction de BA, quelle est la règle qui devra s'appliquer? Quel sera le droit qui gouvernera les problèmes émergeant dans une BA, celui du Code Civil du Québec ou celui de la common law d'Angleterre? Étant donne le nombre de cas qui sont portés devant les cours de justice en rapport avec des transactions de BA, comprendre quelle sera la loi applicable est d'une importance fondamentale. Pour répondre à cette question, nous commencerons par un examen de l'historique, du développement et de l'évolution de la BA. Afin de mieux comprendre la BA, nous débuterons par un bref survol des origines de cet instrument juridique. Dans le deuxième chapitre, nous analyserons la nature et le caractère légal de la BA. Cela constituera le cadre aux travers duquel nous pourrons identifier les règles et les principes qui s'appliquent aux différents aspects de la transaction de BA. Le chapitre trois fera l'objet d'un examen détaillé des mécanismes de l'opération de BA tout en étudiant de près les exigences imposées par la législation applicable. Après avoir examine l'aspect légal de la BA, nous procéderons au chapitre quatre, à l'étude de l'applicabilité de la loi provinciale relativement à certains aspects de la transaction de BA. A cet effet, nous examinerons les différentes approches de compréhension de la Loi sur les lettres de change et plus particulièrement la problématique rencontrée à l'article 9. Nous étudierons aussi l'application et l'interprétation de cette loi par les tribunaux du Québec au cours du siècle dernier. Les juges et les juristes se sont penchés sur les sens qu'a voulu donner le législateur lorsqu'il a stipulé dans l'article 9 «Le règles de la common law d'Angleterre, y compris en droit commercial, s appliquent aux lettres, billets et chèques dans la mesure de leur compatibilité avec les dispositions expresses de la présente loi ». Cette section doit-elle être appliquée à la lettre, nous obligeant à appliquer la common law d'Angleterre a chaque problème qui peut se poser en relation avec les lettres et les billets? Le Parlement a-t-il l'intention que cette disposition s'applique également au Québec, dont le droit privé est basé sur le système du Code Civil? Notre étude portera sur les différentes approches d'interprétation qui offrent une diversité de solutions au problème posé par l'article 9. Finalement, compte tenu des nouveaux développements législatifs, au chapitre cinq, nous proposons une méthode en vue de déterminer la loi applicable aux différents aspects de la transaction de BA. Notre analyse nous a conduit à adopter la solution proposée par la majorité des juristes, à la différence que notre approche de l'article 9 est basée sur des raisons de politique. Nous avons donc adopté la stricte dichotomie (en tant qu'effet négociable d'une part, et d'une sorte de contrat et de propriété de l'autre) en prenant en compte les difficultés inhérentes à déterminer quand l'un finit et l'autre commence. En conclusion, selon notre opinion, il existe deux solutions. Premièrement, il y a la possibilité que l'article 9 puisse être écarté. Dans ce cas, toutes les matières qui ne sont pas expressément évoquées dans la loi tomberont dans la compétence de la loi provinciale, comme c'est le cas dans d'autres types de législations fédérales. Dans ces situations, le droit civil du Québec joue un rôle supplétif dans les applications d'une loi fédérale au Québec. Deuxièmement, modifier l'article 9 plutôt que d'en écarter son application offre une autre possibilité. Incorporer la large stricte dichotomie dans l'article 9 nous semble être une solution préférable. La disposition pourrait se lire comme suit: « Les règles de la common law d'Angleterre incluant le droit commercial dans la mesure ou elles ne sont pas incompatibles avec les dispositions expresses de la Loi, s’appliquent aux lettres, billets, et chèques au sens stricte. Pour plus de certitude, les lettres et les billets au sens strict, incluent la forme, la délivrance et I’émission des lettres, billets, et chèques.» Ce type de changement se révélera être un pas important dans le but de clarifier la loi et déterminer l'équilibre à trouver entre l'application des lois fédérales et provinciales en matière de BA.

Structural aspects of the ribosome evolution and function

Les résultats ont été obtenus avec le logiciel "Insight-2" de Accelris (San Diego, CA)

Characterization of polycystin-1 in ADPKD pathogenetic mechanism : biogenesis and functional implications by genetic approaches in mouse

La polykystose rénale autosomique dominante (ADPKD) est une des maladies génétiques les plus communes. ADPKD se manifeste le plus souvent au stade adulte par la présence de kystes rénaux, et bien souvent de kystes hépatiques, avec une progression très variable. ADPKD mène à une insuffisance rénale: les seuls recours sont la dialyse puis la transplantation rénale. Les mutations dispersées sur les gènes PKD1 (majoritairement; la protéine polycystine-1, PC1) et PKD2 (la protéine polycystine-2, PC2) sont responsables de l’ADPKD. Le mécanisme pathogénétique de perte de fonction (LOF) et donc d’un effet récessif cellulaire est évoqué comme causatif de l’ADPKD. LOF est en effet supporté par les modèles murins d’inactivation de gènes PKD1/PKD2, qui développent de kystes, quoique in utéro et avec une rapidité impressionnante dans les reins mais pas dans le foie. Malgré de nombreuses études in vitro, le rôle de PC1/PC2 membranaire/ciliaire reste plutôt hypothétique et contexte-dépendant. Ces études ont associé PC1/PC2 à une panoplie de voies de signalisation et ont souligné une complexité structurelle et fonctionnelle exceptionnelle, dont l’implication a été testée notamment chez les modèles de LOF. Toutefois, les observations patho-cellulaires chez l’humain dont une expression soutenue, voire augmentée, de PKD1/PC1 et l’absence de phénotypes extrarénaux particuliers remet en question l’exclusivité du mécanisme de LOF. Il était donc primordial 1) d’éclaircir le mécanisme pathogénétique, 2) de générer des outils in vivo authentiques d’ADPKD en terme d’initiation et de progression de la maladie et 3) de mieux connaitre les fonctions des PC1/PC2 indispensables pour une translation clinique adéquate. Cette thèse aborde tous ces points. Tout d’abord, nous avons démontré qu’une augmentation de PKD1 endogène sauvage, tout comme chez l’humain, est pathogénétique en générant et caractérisant en détail un modèle murin transgénique de Pkd1 (Pkd1TAG). Ce modèle reproduit non seulement les caractéristiques humaines rénales, associées aux défauts du cil primaire, mais aussi extrarénales comme les kystes hépatiques. La sévérité du phénotype corrèle avec le niveau d’expression de Pkd1 ce qui supporte fortement un modèle de dosage. Dans un deuxième temps, nous avons démontré par les études de complémentations génétiques que ces deux organes reposent sur une balance du clivage GPS de Pc1, une modification post-traductionelle typique des aGPCR, et dont l’activité et l’abondance semblent strictement contrôlées. De plus, nous avons caractérisé extensivement la biogénèse de Pc1 et de ses dérivés in vivo générés suite au clivage GPS. Nous avons identifié une toute nouvelle forme et prédominante à la membrane, la forme Pc1deN, en plus de confirmer deux fragments N- et C-terminal de Pc1 (NTF et CTF, respectivement) qui eux s’associent de manière non-covalente. Nous avons démontré de façon importante que le trafic de Pc1deN i.e., une forme NTF détachée du CTF, est toutefois dépendant de l’intégrité du fragment CTF in vivo. Par la suite, nous avons généré un premier modèle humanisant une mutation PKD1 non-sens tronquée au niveau du domaine NTF(E3043X) en la reproduisant chez une souris transgénique (Pkd1extra). Structurellement, cette mutation, qui mimique la forme Pc1deN, s’est également avérée causative de PKD. Le modèle Pkd1extra a permis entre autre de postuler l’existence d’une cross-interaction entre différentes formes de Pc1. De plus, nos deux modèles murins sont tous les deux associés à des niveaux altérés de c-Myc et Pc2, et soutiennent une implication réelle de ces derniers dans l’ADPKD tou comme une interaction fonctionnelle entre les polycystines. Finalement, nous avons démontré un chevauchement significatif entre l’ADPKD et le dommage rénal aigüe (ischémie/AKI) dont une expression augmentée de Pc1 et Pc2 mais aussi une stimulation de plusieurs facteurs cystogéniques tel que la tubérine, la β-caténine et l’oncogène c-Myc. Nos études ont donc apporté des évidences cruciales sur la contribution du gène dosage dans l’ADPKD. Nous avons développé deux modèles murins qui serviront d’outil pour l’analyse de la pathologie humaine ainsi que pour la validation préclinique ADPKD. L’identification d’une nouvelle forme de Pc1 ajoute un niveau de complexité supplémentaire expliquant en partie une capacité de régulation de plusieurs voies de signalisation par Pc1. Nos résultats nous amènent à proposer de nouvelles approches thérapeutiques: d’une part, le ciblage de CTF i.e., de style chaperonne, et d’autre part le ciblage de modulateurs intracellulaires (c-Myc, Pc2, Hif1α). Ensemble, nos travaux sont d’une importance primordiale du point de vue informatif et pratique pour un avancement vers une thérapie contre l’ADPKD. Le partage de voies communes entre AKI et ADPKD ouvre la voie aux approches thérapeutiques parallèles pour un traitement assurément beaucoup plus rapide.