Stabilité de l’acide ribonucléique pour la datation des fluides corporels en biologie judiciaire

Projet de recherche réalisé en collaboration avec la section Biologie/ADN du Laboratoire de sciences judiciaires et de médecine légale (LSJML) de Montréal.

Metaphorical Conceptualization in Cell Biology

Département de linguistique et de traduction

Systems biology of the human MHC class I immunopeptidome

Le système de différenciation entre le « soi » et le « non-soi » des vertébrés permet la détection et le rejet de pathogènes et de cellules allogéniques. Il requiert la surveillance de petits peptides présentés à la surface cellulaire par les molécules du complexe majeur d’histocompatibilité de classe I (CMH I). Les molécules du CMH I sont des hétérodimères composés par une chaîne lourde encodée par des gènes du CMH et une chaîne légère encodée par le gène β2-microglobuline. L’ensemble des peptides est appelé l’immunopeptidome du CMH I. Nous avons utilisé des approches en biologie de systèmes pour définir la composition et l’origine cellulaire de l’immunopeptidome du CMH I présenté par des cellules B lymphoblastoïdes dérivés de deux pairs de fratries avec un CMH I identique. Nous avons découvert que l’immunopeptidome du CMH I est spécifique à l’individu et au type cellulaire, qu’il dérive préférentiellement de transcrits abondants, est enrichi en transcrits possédant d’éléments de reconnaissance par les petits ARNs, mais qu’il ne montre aucun biais ni vers les régions génétiques invariables ni vers les régions polymorphiques. Nous avons également développé une nouvelle méthode qui combine la spectrométrie de masse, le séquençage de nouvelle génération et la bioinformatique pour l’identification à grand échelle de peptides du CMH I, dont ceux résultants de polymorphismes nucléotidiques simples non-synonymes (PNS-ns), appelés antigènes mineurs d’histocompatibilité (AMHs), qui sont les cibles de réponses allo-immunitaires. La comparaison de l’origine génomique de l’immunopeptidome de soeurs avec un CMH I identique a révélé que 0,5% des PNS-ns étaient représentés dans l’immunopeptidome et que 0,3% des peptides du CMH I seraient immunogéniques envers une des deux soeurs. En résumé, nous avons découvert des nouveaux facteurs qui modèlent l’immunopeptidome du CMH I et nous présentons une nouvelle stratégie pour l’indentification de ces peptides, laquelle pourrait accélérer énormément le développement d’immunothérapies ciblant les AMHs.

Disclosure of Child Sexual Abuse : Impact of Interviewers’ Attitudes & Children's Collaboration during Forensic Interviews

L’agression sexuelle (AS) commise envers les enfants est un sujet complexe à enquêter et les allégations reposent souvent exclusivement sur le témoignage de l’enfant. Cependant, même quand l’enfant divulgue une AS, il peut être réticent à révéler certains détails personnels et gênants de l’AS à un étranger. Étant donné qu’il n'est pas toujours possible d'obtenir le consentement de filmer et qu’il est relativement difficile de mesurer l’attitude non verbale de l’enfant et celui de l’enquêteur au cours des entrevues d’investigations, cette recherche a été novatrice dans sa création d’échelles verbales de telles attitudes. Afin de déterminer la corrélation de l’attitude des enquêteurs et la collaboration des enfants, 90 entrevues d’enfants âgés de 4 à 13 ans ont été analysées. Les entrevues ont été enregistrées sur bande audio, transcrites et codifiées à l'aide des sous-échelles verbales d'attitudes soutenantes et non-soutenantes des enquêteurs ainsi que d’attitudes de résistance et de coopération de la part de l'enfant. La proportion des détails sur l’AS fournie par les enfants a également été calculée. Afin de comparer les entrevues avec et sans le protocole du National Institute of Child Health and Human Development (NICHD), une MANCOVA, contrôlant pour l’âge de l’enfant et la proportion de questions ouvertes, démontre tel qu’attendu que les entrevues avec le protocole obtiennent plus de détails fournis à la suite des questions ouvertes que les entrevues sans le protocole. Cependant, aucune différence ne ressort quant aux attitudes de l’enfant et celle de l’enquêteur. Afin de trouver le meilleur prédicteur de la quantité de détails dévoilés par les enfants, une analyse de régression multiple hiérarchique a été faite. Après avoir contrôlé pour l'âge de l’enfant, l’utilisation du protocole et la proportion de questions ouvertes, la résistance de l’enfant et l’attitude non-soutenante de l’enquêteur expliquent 28 % supplémentaire de la variance, tandis que la variance totale expliquée par le modèle est de 58%. De plus, afin de déterminer si la collaboration de l’enfant et l’attitude de l’enquêteur varient en fonction de l’âge des enfants, une MANOVA démontre que les enquêteurs se comportent similairement, quel que soit l'âge des enfants. Ceci, malgré le fait que les jeunes enfants sont généralement plus réticents et coopèrent significativement moins bien que les préadolescents. Finalement, une régression multiple hiérarchique démontre que le soutien de l'enquêteur est le meilleur prédicteur de la collaboration des enfants, au-delà des caractéristiques de l'enfant et de l’AS. Bien que l’utilisation du protocole NICHD ait permis des progrès considérables dans la manière d’interroger les enfants, augmentant la proportion de détails obtenus par des questions ouvertes/rappel libre et amplifiant la crédibilité du témoignage, l’adhésion au protocole n’est pas en soi suffisante pour convaincre des jeunes enfants de parler en détail d’une AS à un inconnu. Les résultats de cette thèse ont une valeur scientifique et contribuent à enrichir les connaissances théoriques sur les attitudes de l'enfant et de l'enquêteur exprimées lors des entrevues. Même si les enquêteurs de cette étude offrent plus de soutien aux enfants résistants, indépendamment de leur âge, pour promouvoir la divulgation détaillée de l’AS, de meilleures façons de contrer les attitudes de résistance exprimées par les jeunes enfants et une minimisation des attitudes non-soutenantes lors des entrevues sont nécessaires.

Biology and characterisation of polyalanine as an emerging pathological marker

Dix-huit maladies humaines graves ont jusqu'ici été associées avec des expansions de trinucléotides répétés (TNR) codant soit pour des polyalanines (codées par des codons GCN répétés) soit pour des polyglutamines (codées par des codons CAG répétés) dans des protéines spécifiques. Parmi eux, la dystrophie musculaire oculopharyngée (DMOP), l’Ataxie spinocérébelleuse de type 3 (SCA3) et la maladie de Huntington (MH) sont des troubles à transmission autosomale dominante et à apparition tardive, caractérisés par la présence d'inclusions intranucléaires (IIN). Nous avons déjà identifié la mutation responsable de la DMOP comme étant une petite expansion (2 à 7 répétitions supplémentaires) du codon GCG répété du gène PABPN1. En outre, nous-mêmes ainsi que d’autres chercheurs avons identifié la présence d’événements de décalage du cadre de lecture ribosomique de -1 au niveau des codons répétés CAG des gènes ATXN3 (SCA3) et HTT (MH), entraînant ainsi la traduction de codons répétés hybrides CAG/GCA et la production d'un peptide contenant des polyalanines. Or, les données observées dans la DMOP suggèrent que la toxicité induite par les polyalanines est très sensible à leur quantité et leur longueur. Pour valider notre hypothèse de décalage du cadre de lecture dans le gène ATXN3 dans des modèles animaux, nous avons essayé de reproduire nos constatations chez la drosophile et dans des neurones de mammifères. Nos résultats montrent que l'expression transgénique de codons répétés CAG élargis dans l’ADNc de ATXN3 conduit aux événements de décalage du cadre de lecture -1, et que ces événements sont néfastes. À l'inverse, l'expression transgénique de codons répétés CAA (codant pour les polyglutamines) élargis dans l’ADNc de ATXN3 ne conduit pas aux événements de décalage du cadre de lecture -1, et n’est pas toxique. Par ailleurs, l’ARNm des codons répétés CAG élargis dans ATXN3 ne contribue pas à la toxicité observée dans nos modèles. Ces observations indiquent que l’expansion de polyglutamines dans nos modèles drosophile et de neurones de mammifères pour SCA3 ne suffit pas au développement d'un phénotype. Par conséquent, nous proposons que le décalage du cadre de lecture ribosomique -1 contribue à la toxicité associée aux répétitions CAG dans le gène ATXN3. Pour étudier le décalage du cadre de lecture -1 dans les maladies à expansion de trinucléotides CAG en général, nous avons voulu créer un anticorps capable de détecter le produit présentant ce décalage. Nous rapportons ici la caractérisation d’un anticorps polyclonal qui reconnaît sélectivement les expansions pathologiques de polyalanines dans la protéine PABPN1 impliquée dans la DMOP. En outre, notre anticorps détecte également la présence de protéines contenant des alanines dans les inclusions intranucléaires (IIN) des échantillons de patients SCA3 et MD.