AnaBench: a Web/CORBA-based workbench for biomolecular sequence analysis

Affiliation: Département de biochimie, Faculté de médecine, Université de Montréal

Quand le problème est de définir le problème : les compétences mobilisées par les acteurs de la problématisation des projets de stage de coopération internationale

Cette étude a été réalisée dans le cadre d’une maîtrise en Aménagement. Elle s’efforce à démontrer que l’étape d’un projet que l’on appelle problématisation, c’est-à-dire l’étape de construction des problèmes à être résolus, permet de s’assurer que les actions entreprises soient en cohérence et en pertinence avec le contexte du projet. Nous constatons désormais que nous ne pouvons plus nous contenter d’évaluer les projets sur la seule base de son efficience, c’est-à-dire la concordance de ses résultats avec les objectifs prévus. Dans ces circonstances, nous émettons l’hypothèse que la problématisation fait appel à des compétences particulières et généralement peu utilisées par rapport à d’autres étapes de la réalisation d’un projet. À cet égard, nous avons réalisé un travail de recherche exploratoire sur ce thème en ayant comme objectif d’obtenir une compréhension des compétences mobilisées lors de la problématisation en situation de projet en général et d’identifier plus spécifiquement ces compétences dans une situation de projet en particulier, celle des projets de coopération internationale. Pour y arriver, nous avons procédé à la construction d’un référentiel d’emploi et d’activités pour en déduire un référentiel de compétences de la problématisation. Pour ce faire, nous avons réalisé une étude de cas sur les projets de stage de coopération internationale. L’utilisation de la technique de l’« instruction au sosie » et d’une rechercheintervention nous ont permis de dégager les principaux résultats suivant: la problématisation fait appel à des compétences particulières de gestion de l’information et de médiation. Les compétences générales de problématisation que les responsables des stages dans les organisations de coopération internationale v doivent maîtriser sont : être capable de générer les disponibilités de projets à partir de données primaires et secondaires; être capable de faire des choix et de justifier ces choix en fonction de l’analyse des données; être capable de présenter des informations écrites claires, respectueuses des idées des partenaires en fonction du langage de projet utilisé par le public auquel s’adresse la proposition; être capable d’utiliser les commentaires des évaluateurs pour améliorer un projet et être capable de mener à terme un projet. La contribution principale de ce travail de recherche réside dans la proposition d’un outil précieux pour le recrutement et la sélection, l’évaluation du rendement, la formation et le perfectionnement des acteurs de la problématisation.

L'expérience de parents expertisés en matière de garde d'enfant et de droits d'accès

La présente étude porte sur l’expérience vécue par les parents pendant une expertise en matière de garde d’enfant et de droits d’accès. Elle vise une meilleure compréhension de l’expérience des parents qui rencontrent un expert pour l’évaluation de leurs capacités parentales au nom du meilleur intérêt de leur enfant. Elle souhaite provoquer une réflexion des intervenants des milieux social et juridique sur les pratiques d’expertise, sur leur éthique et sur leur renouvellement. Il s’agit d’une étude qualitative de nature exploratoire. Les données proviennent d’entrevues semi-dirigées réalisées auprès de vingt parents, dix mères et dix pères. Ces parents ont été évalués par les experts du Service d’expertise psychosociale du Centre jeunesse de Montréal. L’analyse des données recueillies a été réalisée à partir de l’approche phénoménologique et de la méthode d’analyse de contenu. Les résultats permettent d’observer qu’en participant à une expertise psychosociale, les parents sont confrontés à un haut niveau de risque dans une relation de pouvoir avec l’expert où ils aspirent à être reconnus compétents en conformité avec la norme sociale régissant le meilleur intérêt de l’enfant. Le tiers des parents rencontrés ont été satisfaits de leur expérience, ce qui les a validés dans leur perception de la réalité ou restaurés dans leur dignité. Les deux tiers des parents rencontrés ont été insatisfaits de leur expérience, ce qui a confirmé leurs craintes quant aux comportements inadéquats de l’autre parent et alimenté une perte de confiance envers le système de justice. Ils ont eu l’impression d’avoir été invalidés et ont développé de l’amertume contre l’expert qui n’a pas répondu à leurs attentes et n’a pas su capter correctement, selon eux, leur dynamique familiale. Cette étude permet de comprendre l’importance primordiale pour le parent de la conservation ou de la restauration de sa dignité parentale. Par ailleurs, elle soulève la question du savoir-être et du savoir-faire des experts. La teneur critique des propos des parents face à certains experts oblige à une réflexion sérieuse sur les attitudes et les pratiques des experts en matière de garde d’enfant et de droits d’accès.

Analyse des ressources de développement de la résilience éducationnelle devant la violence scolaire chez des enseignants québécois et roumains

S’inscrivant dans le paradigme de la recherche qualitative, cette étude fait état d’une investigation des ressources mobilisées par cinq enseignantes québécoises et cinq enseignantes roumaines pour le développement de la résilience éducationnelle devant la violence scolaire, évaluée comme facteur de risque. L’analyse des données révèle le rôle des compétences professionnelles dans le développement de la résilience éducationnelle, en tant que ressources, chez les enseignantes rencontrées. En tant que recherche exploratoire comparative, cette étude s’intéresse à l’influence des différences culturelles sur la perception et l’impact des expériences de violence vécues, à la mise en pratique des compétences professionnelles, aux sentiments d’efficacité et de satisfaction professionnelle, au développement et au fonctionnement du processus de résilience éducationnelle chez les enseignantes de deux groupes nationaux. L’approche écosystémique met en lumière le caractère de processus dynamique de la résilience éducationnelle qui exige des ressources et repose sur des facteurs dont l’interaction assure son fonctionnement.

Entre conservation et développement local : étude des projets écotouristiques dans deux groupes quechua au Pérou

Depuis les années 1980, les projets intégrés de conservation et de développement (PICD) sont des modèles fonctionnels de développement durable. L’écotourisme est une de ces stratégies, combinant les objectifs sociaux et économiques de développement pour les populations locales dans un contexte de conservation des ressources naturelles. Cette maîtrise étudie un projet écotouristique réalisé dans la zone de transition du parc national Huascarán (Pérou) dans deux communautés quechuaphones, Vicos et Humachucco. Un PICD « réussi » combine la participation et la satisfaction des besoins de la population tout en contribuant à la conservation des écosystèmes. Cette étude a donc deux objectifs principaux : 1) une analyse de la participation pour mieux comprendre si et comment ce projet a su impliquer les populations et pour connaitre les facteurs favorisant un partenariat entre différents acteurs du projet; 2) une analyse des impacts environnementaux, économiques et socioculturels de l’écotourisme pour déterminer si les besoins des populations et les objectifs du projet ont été atteints, apportant ainsi une nouvelle dynamique à la communauté. La méthodologie combine les approches de l’écologie culturelle, de l’approche exploratoire et de l’étude de cas. Les données sont issues du terrain de recherche, soit des données écrites, de l’observation participante et des entretiens semi-dirigés. Elles ont été traitées en utilisant différentes grilles d’analyse. Les résultats démontrent que, malgré un manque de clarté et de transparence, de nombreux efforts ont permis de favoriser la participation et d’impliquer la population locale, créant des impacts économiques favorables.

Les perceptions d’étudiants au baccalauréat en sciences infirmières de l’utilisation du journal d’apprentissage

L’approche par compétences est de plus en plus choisie pour guider les curriculums universitaires de formation professionnelle. Accordant un intérêt primordial au développement des compétences, les responsables des programmes élaborés selon cette approche doivent déterminer les stratégies pédagogiques qui seront les plus efficaces et qui permettront une participation active de l’étudiant. Depuis plus de 30 années (Cameron et Mitchell, 1993; Wellard et Bethune, 1996), le journal d’apprentissage favorise la construction des savoirs en pratique clinique et le développement de la pensée réflexive, une compétence nécessaire à la pratique des infirmières qui s’inspirent d’une vision spécifique de la discipline, comme celle du modèle de McGill (Kravitz et Frey, 1989; Thorpe, 2003). Malgré cela, les études sur les perceptions d’étudiants relativement au journal d’apprentissage sont rares, et ce, surtout au Canada (Epp, 2008). Il importe de s’intéresser aux perceptions d’étudiants afin d’atteindre l’efficacité optimale de l’outil. Le but de cette étude était d’explorer les perceptions d’étudiants au baccalauréat en sciences infirmières de l’utilisation du journal d’apprentissage. Elle a été réalisée auprès d’étudiants de 2e et 3e année, selon un devis de type qualitatif exploratoire. Les participants (n=52) ont rempli un formulaire constitué d’une mise en situation comprenant 5 questions ouvertes. L’analyse des données a fait émerger trois thèmes principaux de l’utilisation du journal soit : un outil personnel, un outil de communication et un outil d’apprentissage de la pratique. Des recommandations pour la formation et la recherche sont formulées.

L’accommodation des valeurs professionnelles aux valeurs culturelles chez les bibliothécaires universitaires sénégalais

La présente recherche vise à explorer et à décrire l’accommodation des valeurs professionnelles au sein du système de valeurs culturelles par les bibliothécaires universitaires sénégalais. Elle répond aux questions de recherche suivantes : (1) Quel est le système de valeurs culturelles dominant chez les bibliothécaires universitaires sénégalais ? (2) Comment les bibliothécaires universitaires sénégalais priorisent-ils leurs valeurs professionnelles ? (3) Comment les bibliothécaires universitaires sénégalais accommodent-ils leurs valeurs professionnelles à leurs valeurs culturelles ?cette recherche confirme la théorie de la prédominance dans les sociétés africaines en général d’un système de valeurs s’inscrivant dans l’axe « Continuité – Dépassement de soi » du modèle théorique de Schwartz (2006, 1992). Dans ce système, les valeurs dominantes sont des valeurs de types universalisme, bienveillance, tradition, conformité et sécurité. Ces valeurs favorisent l’intégration de l’individu au groupe, la solidarité et la sécurité familiale et le refus des actions de nature à porter atteinte à l’harmonie du groupe. Au plan pratique, la recherche démontre la nécessité de renforcer la socialisation professionnelle en intégrant l’éthique et les valeurs dans la formation des bibliothécaires universitaires sénégalais.

Towards the identification of a neighbourhood park typology : a conceptual and methodological exploration

Peu d’études ont évalué les caractéristiques des parcs pouvant encourager l’activité physique spécifiquement chez les jeunes. Cette étude vise à estimer la fiabilité d’un outil d’observation des parcs orienté vers les jeunes, à identifier les domaines conceptuels des parcs capturés par cet outil à l’aide d’une opérationnalisation du modèle conceptuel des parcs et de l’activité physique et à identifier différents types de parcs. Un total de 576 parcs ont été évalués en utilisant un outil d’évaluation des parcs. La fiabilité intra-juges et la fiabilité inter-juges de cet outil ont été estimées. Une analyse exploratoire par composantes principales (ACP) a été effectuée en utilisant une rotation orthogonale varimax et les variables étaient retenues si elles saturaient à ≥0.3 sur une composante. Une analyse par grappes (AG) à l’aide de la méthode de Ward a ensuite été réalisée en utilisant les composantes principales et une mesure de l’aire des parcs. L’outil était généralement fiable et l’ACP a permis d'identifier dix composantes principales qui expliquaient 60% de la variance totale. L’AG a donné un résultat de neuf grappes qui expliquaient 40% de la variance totale. Les méthodes de l’ACP et l’AG sont donc faisables avec des données de parcs. Les résultats ont été interprétés en utilisant l’opérationnalisation du modèle conceptuel.

Détection et caractérisation de naines brunes et exoplanètes avec un filtre accordable pour applications dans l'espace

Cette thèse porte sur la capacité à détecter des compagnons de faible intensité en présence de bruit de tavelures dans le contexte de l’imagerie à haute gamme dynamique pour l’astronomie spatiale. On s’intéressera plus particulièrement à l’imagerie spectrale différentielle (ISD) obtenue en utilisant un étalon Fabry-Pérot comme filtre accordable. Les performances d’un tel filtre accordable sont présentées dans le cadre du Tunable Filter Imager (TFI), instrument conçu pour le télescope spatial James Webb (JWST). La capacité de l’étalon à supprimer les tavelures avec ISD est démontrée expérimentalement grâce à un prototype de l’étalon installé sur un banc de laboratoire. Les améliorations de contraste varient en fonction de la séparation, s’étendant d’un facteur 10 pour les séparations supérieures à 11 lambda/D jusqu’à un facteur 60 à 5 lambda/D. Ces résultats sont cohérents avec une étude théorique qui utilise un modèle basé sur la propagation de Fresnel pour montrer que les performances de suppression de tavelures sont limitées par le banc optique et non pas par l’étalon. De plus, il est démontré qu’un filtre accordable est une option séduisante pour l’imagerie à haute gamme dynamique combinée à la technique ISD. Une seconde étude basée sur la propagation de Fresnel de l’instrument TFI et du télescope, a permis de définir les performances de la technique ISD combinée avec un étalon pour l’astronomie spatiale. Les résultats prévoient une amélioration de contraste de l’ordre de 7 jusqu’à 100, selon la configuration de l’instrument. Une comparaison entre ISD et la soustraction par rotation a également été simulée. Enfin, la dernière partie de ce chapitre porte sur les performances de la technique ISD dans le cadre de l’instrument Near-Infrared Imager and Slitless Spectrograph (NIRISS), conçu pour remplacer TFI comme module scientifique à bord du Fine Guidance Sensor du JWST. Cent quatre objets localisés vers la région centrale de la nébuleuse d’Orion ont été caractérisés grâce à un spectrographe multi-objet, de basse résolution et multi-bande (0.85-2.4 um). Cette étude a relevé 7 nouvelles naines brunes et 4 nouveaux candidats de masse planétaire. Ces objets sont utiles pour déterminer la fonction de masse initiale sous-stellaire et pour évaluer les modèles atmosphériques et évolutifs futurs des jeunes objets stellaires et sous-stellaires. Combinant les magnitudes en bande H mesurées et les valeurs d’extinction, les objets classifiés sont utilisés pour créer un diagramme de Hertzsprung-Russell de cet amas stellaire. En accord avec des études antérieures, nos résultats montrent qu’il existe une seule époque de formation d’étoiles qui a débuté il y a environ 1 million d’années. La fonction de masse initiale qui en dérive est en accord avec des études antérieures portant sur d’autres amas jeunes et sur le disque galactique.

Musique, immigration et intégration au Québec

La version intégrale de ce mémoire est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l'Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca)

Religion et homicide : étude du taux d’homicide des pays du monde en fonction des variables mesurant la religion et la pratique religieuse

L’impact de la religion sur la violence demeure à ce jour ambivalent dans la littérature. D’un côté, les religions et leurs préceptes de paix sont identifiés comme des facteurs de dissuasion dans la commission d’actes violents. D’un autre côté, l’identité religieuse est historiquement décriée comme une source majeure de guerres. Cette étude propose de comparer dans 163 pays du monde l’influence sur le taux d’homicide de quatre aspects religieux : la religion principale, l’hétérogénéité religieuse, la liberté religieuse et la religiosité. Les taux d’homicide sont fournis par l’Organisation mondiale de la santé alors que les variables religieuses proviennent de sources variées. Les analyses de régressions linéaires tiennent également compte de quelques facteurs socio-économiques. Certains sont considérés dans la littérature comme des facteurs majeurs influant sur l’homicide et d’autres sont plutôt soupçonnés d’interaction sur la relation ici étudiée. Les résultats indiquent qu’il y a modérément plus d’homicides dans les pays qui présentent une forte hétérogénéité religieuse ou une faible religiosité dans la population. Par ailleurs, les pays musulmans, notamment chiites, présentent les taux d’homicide les plus bas, surpassant les pays bouddhistes et hindouistes, alors que les pays chrétiens, notamment catholiques, présentent des taux d’homicide très élevés. Ce constat s’oppose à la théorie libérale chrétienne qui démonise les États religieux musulmans. Néanmoins, l’interprétation des conclusions de cette étude invite à la prudence étant donné son aspect délicat et exploratoire.

La qualité des soins obstétricaux en milieu rural malien : une étude exploratoire

Afin d’améliorer la santé maternelle, il est essentiel de mettre en œuvre des interventions qui agissent sur la période intrapartum, interventions qui consistent essentiellement en l’amélioration de l’accès aux soins obstétricaux et néonataux d’urgence (SONU). Néanmoins, plusieurs pays qui se sont tournés vers ce type d’interventions rencontrent d’importants défis au niveau de leur implantation et les taux élevés de mortalité maternelle persistent. Cette étude vise à identifier des caractéristiques de structure et de processus dans les centres de santé communautaire (CSCOM) où des décès maternels ont eu lieu et de comparer ces caractéristiques avec celles de CSCOM où aucun décès maternel n’a eu lieu. Nous avons opté pour une démarche exploratoire comparative des groupes de CSCOM qui diffèrent de par les issues des parturientes qui y ont été traitées ainsi que par leur configuration en termes de ressources humaines. La population à l’étude correspond à des CSCOM de la région de Kayes dans lesquels ont été prises en charge des femmes qui ont fait face à des urgences obstétricales. Les ressources humaines, les ressources matérielles, les ressources en pharmacie et les connaissances des prestataires de soins de ces établissements constituent les principaux objets à l’étude. L’analyse de nos données montre qu’il existe de grandes disparités au niveau des ressources disponibles dans les CSCOM, ressources pourtant nécessaires à une prise en charge adéquate des urgences obstétricales. Bien qu’aucune caractéristique des CSCOM ne puisse être associée aux issues défavorables des femmes qui y ont été traitées, l’accumulation de déficits au niveau des ressources matérielles et humaines ainsi que le faible niveau de connaissances de certaines catégories de personnel laissent penser que la prise en charge des parturientes est déficiente au point de menacer leur survie.

Contraintes et conditions d’émergence de l’engagement des jeunes en situation de marginalité

Cette recherche doctorale vise à comprendre et interpréter les conditions d’émergence d’un engagement chez des jeunes en situation de marginalité. Des études ont montré que cette situation peut-être un frein important à l’engagement, en raison d’un manque de ressources personnelles, organisationnelles, ou culturelles. Généralement, on a tendance à insister sur le fait que « les jeunes » ne veulent plus militer. Pourtant, d’importantes actions collectives (mouvements étudiants ou communautaires) ou initiatives citoyennes personnelles (écriture de blogues ou signature de pétitions) viennent contredire cette affirmation. En fait, certaines prises de position, dans la sphère privée notamment, échappent à toute analyse classique et sont prises pour un non-engagement, de l’individualisme voire de l’apathie. À partir d’une approche qualitative, exploratoire et interprétative, le dispositif méthodologique de cette thèse privilégie l’observation participante et les entretiens de groupe afin de recueillir le point de vue des jeunes et d’observer un certain nombre d’actions collectives. C’est par le truchement d’organismes communautaires de jeunesse (OCJ) montréalais qu’une centaine de jeunes ont été rencontrés, de septembre 2010 à décembre 2011. L’analyse itérative du corpus de données s’est inspirée des principes de la théorisation ancrée (grounded theory). Un premier niveau d’analyse descriptive a permis de mettre en exergue les contraintes et les conditions d’émergence de l’engagement ainsi que les performances des jeunes en situation de marginalité. Les différentes formes d’engagement ont ensuite été explorées puis mises en perspective dans différents espaces : « original », « intermédiaire » et « négatif ». L’espace original correspond, dans cette thèse, aux moyens d’actions traditionnels (vote, militantisme politique). Nos résultats montrent que le positionnement des jeunes dans ce cadre est très tranché. En fait, non seulement ces modes d’actions émergent rarement mais, s’ils existent, sont le plus souvent soutenus par des intervenants. Dans un autre espace, les jeunes développent parfois des postures particulières, plus radicales ou, au contraire, des postures de retrait, de non-engagement. Cela se rapporte à ce qu’il conviendrait d’appeler l’espace négatif. Dans ce cas, les contraintes de la situation de marginalité poussent certains jeunes à mettre à distance l’engagement et à se situer aux marges des espaces de participation. L’opposition à toutes formes traditionnelles d’engagement amène des jeunes à envisager des moyens d’action plus radicaux que l’on peut également circonscrire dans cet espace négatif. On trouve au final une tout autre dynamique selon laquelle des jeunes prennent position au sein de ce que l’on a appelé l’espace intermédiaire. Les territoires et les modes d’action sont alors aussi éclectiques que la rue, l’entourage personnel, ou la création artistique underground. Si les rapports à l’engagement des jeunes rencontrés sont complexes, parfois ambivalents, ils révèlent toutefois la recherche d’une alternative, la construction de modes d’action particuliers. Une analyse dynamique des contraintes et des conditions d’émergence de l’engagement des jeunes en difficulté montre que leurs prises de position dépassent la simple dialectique engagement/non-engagement. Ainsi, ce que l’on pourrait appeler un « alter-engagement » se dessine à travers les prises de position de ces jeunes, particulièrement au sein de l’espace intermédiaire. Ce concept est développé pour mettre en évidence les formes d’engagement plus intimes, plus communautaires ou plus artistiques. L’alter-engagement se définit alors comme une forme de prise de position critique, impolitique, en réaction à la fois à l’engagement traditionnel, à une posture de retrait et à une posture plus radicale.

Les significations du processus transitionnel de personnes âgées hospitalisées nécessitant un hébergement permanent et vivant de multiples relocalisations

Au Québec, les personnes âgées hospitalisées nécessitant un hébergement dans le secteur public peuvent être déplacées plusieurs fois au sein d’un hôpital et de différents établissements jusqu’à ce qu’une place permanente soit disponible. Cette pratique peut avoir des conséquences sur leur santé. Les significations qu’accordent les personnes âgées à cette expérience sont peu connues alors qu’elles peuvent influencer leur processus transitionnel et les conséquences sur leur santé et leur bien-être. Basée sur la théorie de transitions de Meleis (2010), une micro ethnographie critique ayant pour but de comprendre les significations du processus transitionnel de personnes âgées hospitalisées nécessitant un hébergement et vivant de multiples relocalisations a été conçue. L’échantillon était composé de huit personnes âgées ayant vécu au moins deux relocalisations durant leur attente d’hébergement. Des entrevues semi-dirigées et des conversations informelles ont été utilisées. L’analyse des données a respecté la méthode décrite par Braun et Clarke (2006). Les résultats de cette analyse thématique ont démontré que les personnes âgées vivent, durant leur expérience transitionnelle, des discontinuités spatio-temporelles auxquelles elles attribuent différentes significations. Ces significations correspondent à la perception de vivre de longues périodes d’attente dans des milieux temporaires, des déménagements rapides et impromptus et des coupures affectives. L’incertitude et l’impuissance ressenties à divers degrés d’intensité par les personnes âgées sont également des significations qui ressortent du processus transitionnel. Une autre signification accordée par les personnes âgées à leur expérience de transitions est l’importance des « petites choses » de la vie quotidienne. Les connaissances issues de cette étude ont des implications pour les différents champs d’activités des infirmières. Notamment, elles offrent des pistes pour favoriser la santé et le bien-être des personnes âgées vivant un processus transitionnel.

Assessment of Tandem Mass Spectrometry and High Resolution Mass Spectrometry for the Analysis of Bupivacaine in Plasma

Triple quadrupole mass spectrometers coupled with high performance liquid chromatography are workhorses in quantitative bioanalyses. It provides substantial benefits including reproducibility, sensitivity and selectivity for trace analysis. Selected Reaction Monitoring allows targeted assay development but data sets generated contain very limited information. Data mining and analysis of non-targeted high-resolution mass spectrometry profiles of biological samples offer the opportunity to perform more exhaustive assessments, including quantitative and qualitative analysis. The objectives of this study was to test method precision and accuracy, statistically compare bupivacaine drug concentration in real study samples and verify if high resolution and accurate mass data collected in scan mode can actually permit retrospective data analysis, more specifically, extract metabolite related information. The precision and accuracy data presented using both instruments provided equivalent results. Overall, the accuracy was ranging from 106.2 to 113.2% and the precision observed was from 1.0 to 3.7%. Statistical comparisons using a linear regression between both methods reveal a coefficient of determination (R2) of 0.9996 and a slope of 1.02 demonstrating a very strong correlation between both methods. Individual sample comparison showed differences from -4.5% to 1.6% well within the accepted analytical error. Moreover, post acquisition extracted ion chromatograms at m/z 233.1648 ± 5 ppm (M-56) and m/z 305.2224 ± 5 ppm (M+16) revealed the presence of desbutyl-bupivacaine and three distinct hydroxylated bupivacaine metabolites. Post acquisition analysis allowed us to produce semiquantitative evaluations of the concentration-time profiles for bupicavaine metabolites.