Stratégies et déterminants de la vaccination au Burkina Faso 1993-2003

Introduction : La vaccination est l’une des interventions de santé publique les plus efficaces et les plus efficientes. Comme dans la plupart des pays de la région Ouest africaine, le programme national de vaccination a bénéficié du soutien de nombreuses initiatives internationales et nationales dans le but d’accroître la couverture vaccinale. La politique vaccinale du Burkina Faso s’est appuyée sur différentes stratégies à savoir: la vaccination-prospection, la «vaccination commando», le Programme élargi de vaccination (PEV) et les Journées nationales de vaccination. La couverture vaccinale complète des enfants de 12 à 23 mois a certes augmenté, mais elle est restée en deçà des attentes passant de 34,7% en 1993, à 29,3% en 1998 et 43,9% en 2003. Objectif : Le but de cette thèse est d’analyser à plusieurs périodes et à différents niveaux, les facteurs associés à la vaccination complète des enfants de 12 à 23 mois en milieu rural au Burkina Faso. Méthodes : Nous avons utilisé plusieurs stratégies de recherche et quatre sources de données : - les enquêtes démographiques et de santé (EDS) de 1998-1999 et de 2003 - les annuaires statistiques de 1997 et de 2002 - des entretiens individuels auprès de décideurs centraux, régionaux et d’acteurs de terrain, œuvrant pour le système de santé du Burkina Faso - des groupes de discussion et des entretiens individuels auprès de populations desservies par des centres de santé et de promotion sociale (niveau le plus périphérique du système de santé) et du personnel local de santé. Des approches quantitatives (multiniveau) et qualitatives ont permis de répondre à plusieurs questions, les principaux résultats sont présentés sous forme de trois articles. Résultats : Article 1: « Les facteurs individuels et du milieu de vie associés à la vaccination complète des enfants en milieu rural au Burkina Faso : une approche multiniveau ». En 1998, bien que la propension à la vaccination s’accroisse significativement avec le niveau de vie des ménages et l’utilisation des services de santé, ces 2 variables n’expliquent pas totalement les différences de vaccination observées entre les districts. Plus de 37 % de la variation de la vaccination complète est attribuable aux différences entre les districts sanitaires. A ce niveau, si les ressources du district semblent jouer un rôle mineur, un accroissement de 1 % de la proportion de femmes éduquées dans le district accroît de 1,14 fois les chances de vaccination complète des enfants. Article 2: « Rates of coverage and determinants of complete vaccination of children in rural areas of Burkina Faso (1998 - 2003) ». Entre 1998 et 2003, la couverture vaccinale complète a augmenté en milieu rural, passant de 25,90% à 41,20%. Alors que les ressources du district n’ont présenté aucun effet significatif et que celui de l’éducation s’est atténué avec le temps, le niveau de vie et l’expérience d’utilisation des services de santé par contre, restent les facteurs explicatifs les plus stables de la vaccination complète des enfants. Mais, ils n’expliquent pas totalement les différences de vaccination complète qui persistent entre les districts. Malgré une tendance à l’homogénéisation des districts, 7.4% de variation de la vaccination complète en 2003 est attribuable aux différences entre les districts sanitaires. Article 3: « Cultures locales de vaccination : le rôle central des agents de santé. Une étude qualitative en milieu rural du Burkina Faso ». L’exploration des cultures locales de vaccination montre que les maladies cibles du PEV sont bien connues de la population et sont classées parmi les maladies du «blanc», devant être traitées au centre de santé. Les populations recourent à la prévention traditionnelle, mais elles attribuent la régression de la fréquence et de la gravité des épidémies de rougeole, coqueluche et poliomyélite à la vaccination. La fièvre et la diarrhée post vaccinales peuvent être vues comme un succès ou une contre-indication de la vaccination selon les orientations de la culture locale de vaccination. Les deux centres de santé à l’étude appliquent les mêmes stratégies et font face aux mêmes barrières à l’accessibilité. Dans une des aires de santé, l’organisation de la vaccination est la meilleure, le comité de gestion y est impliqué et l’agent de santé est plus disponible, accueille mieux les mères et est soucieux de s’intégrer à la communauté. On y note une meilleure mobilisation sociale. Le comportement de l’agent de santé est un déterminant majeur de la culture locale de vaccination qui à son tour, influence la performance du programme de vaccination. Tant dans la sphère professionnelle que personnelle il doit créer un climat de confiance avec la population qui acceptera de faire vacciner ses enfants, pour autant que le service soit disponible. Résultats complémentaires : le PEV du Burkina est bien structuré et bien supporté tant par un engagement politique national que par la communauté internationale. En plus de la persistance des inégalités de couverture vaccinale, la pérennité du programme reste un souci de tous les acteurs. Conclusion : Au delà des conclusions propres à chaque article, ce travail a permis d’identifier plusieurs facteurs critiques qui permettraient d’améliorer le fonctionnement et la performance du PEV du Burkina Faso et également de pays comparables. Le PEV dispose de ressources adéquates, ses dimensions techniques et programmatiques sont bien maîtrisées et les différentes initiatives internationales soutenues par les bailleurs de fonds lui ont apporté un support effectif. Le facteur humain est crucial : lors du recrutement du personnel de santé, une attention particulière devrait être accordée à l’adoption d’attitudes d’ouverture et d’empathie vis-à-vis de la population. Ce personnel devrait être en nombre suffisant au niveau périphérique et surtout sa présence et sa disponibilité devraient être effectives. Les liens avec la population sont à renforcer par une plus grande implication du comité de gestion dans l’organisation de la vaccination et en définissant plus clairement le rôle des agents de santé villageois. Ces différents points devraient constituer des objectifs du PEV et à ce titre faire l’objet d’un suivi et d’une évaluation adéquats. Finalement, bien que la gratuité officielle de la vaccination ait réduit les barrières financières, certaines entraves demeurent et elles devraient être levées pour améliorer l’accès aux services de vaccination.

Facteurs liés à l’adoption du dossier médical électronique (DME): une étude de cas sur le processus d'implantation d’un DME dans un groupe de médecine de famille.

Dans l’espoir d'améliorer l'efficacité, l’efficience, la qualité et la sécurité des soins de santé, la plupart des pays investissent dans l’informatisation de leur système de santé. Malgré l’octroi de ressources substantielles, les projets d'implantation d’un Dossier médical électronique (DME) font parfois l’objet d’une résistance importante de la part des utilisateurs au moment de leur implantation sur le terrain. Pour expliquer l’adoption d’un DME par les professionnels de la santé, plusieurs modèles théoriques ont été développés et appliqués. Une diversité de facteurs agissant à différents niveaux (individuel, organisationnel et liés à la technologie elle-même) a ainsi été identifiée. L’objectif de cette recherche est d’approfondir les connaissances empiriques quant aux facteurs influençant l’utilisation du DME chez les professionnels de la santé. Le devis de recherche repose sur une étude de cas unique avec douze entrevues et une observation non participante réalisées un an suite au lancement du processus d’implantation d’un DME auprès d’un groupe de médecine famille (GMF) au sein du Centre de santé et de services sociaux du Sud-Ouest-Verdun (Montréal, Canada). Dans le cadre de cette étude, l’analyse a permis l’identification de facilitateurs et de barrières influençant l’adoption du DME. Les facilitateurs étaient l’utilité perçue, la décision du GMF d’implanter le DME, le support de la direction ainsi que la présence de champions et de superutilisateurs. Les barrières les plus importantes étaient l’impact négatif sur le travail clinique, la fragmentation de l’information dans le DME ainsi que les problèmes liés à l’infrastructure technique. Cette connaissance permettra d’alimenter des stratégies visant à mieux répondre aux défis suscités par l’implantation du dossier médical électronique.

Éco-épidémiologie de la maladie de Lyme dans le Sud-Ouest du Québec : étude des facteurs environnementaux associés à son établissement.

Depuis les années 90, les études réalisées au Canada ont permis d’identifier de nouvelles zones endémiques de l’agent de la maladie de Lyme, Borrelia burgdorferi, ou de sa tique vectrice, Ixodes scapularis. Ces régions représentent des zones privilégiées pour étudier le cycle de transmission dans son contexte environnemental. L’objectif principal de ce projet est d’étudier les relations spirochètes – tiques - hôtes et les facteurs environnementaux impliqués dans le cycle de transmission à partir des données du vecteur et de l’agent pathogène recueilli dans le Sud-Ouest du Québec de 2007 à 2008. Tout d’abord sera décrite la saisonnalité des tiques et des associations entre le vecteur et les hôtes rongeurs capturés. En effet, l’identification de la saisonnalité spécifique à chaque stade de la tique I. scapularis permet d’établir quels seront les mois propices pour effectuer les futures collectes de tiques. La saisonnalité synchrone des tiques immatures en quête peut également être un indicateur de la nature ou des souches de B. burgdorferi retrouvées. L’association des tiques immatures à différentes espèces ou à différentes classes d’hôtes (c.-à-d. âge, sexe, statut reproductif) a également été explorée. Nos résultats montrent que les souris du genre Peromyscus, principalement les mâles adultes, contribuent significativement à la survie et au développement du complexe I. scapularis - B. burgdorferi. Les tamias et les écureuils contribuent aussi à la survie et au développement des populations de la tique I. scapularis. Ensuite les associations entre le vecteur et les hôtes cervidés ont été examinées en tenant compte des facteurs environnementaux associés à leur niveau d’infestation. Ceci a permis d’évaluer l’utilisation des cerfs à titre de sentinelles pour le vecteur et les agents pathogènes. D’après nos résultats, bien qu’ils soient des sentinelles efficaces pour détecter Anaplasma phagocytophilum, les cerfs semblent des sentinelles inefficaces pour détecter les zones d’établissement du complexe I. scapularis-B. burgdorferi. Enfin, une analyse de l’impact de la diversité des hôtes et de l’habitat sur l’abondance de la tique I. scapularis et la prévalence de B. burgdorferi a été effectuée et ce, en tenant compte d’autres facteurs environnementaux. Ces analyses ont permis de déterminer les facteurs critiques pour l’établissement du complexe I. scapularis – B. burgdorferi et d’explorer la contribution relative de diverses espèces d’hôtes. D’après nos études, la diversité de la communauté d’hôte et la diversité de l’habitat influencent le complexe I. scapularis - B. burgdorferi. De plus, le climat (la température et les précipitations) joue un rôle significatif dans l’établissement, la survie et le développement des populations d’I. scapularis. Ce projet de recherche a permis d’explorer et d’identifier divers facteurs environnementaux biotiques et abiotiques influençant l’établissement du complexe I. scapularis - B. burgdorferi dans le Sud-Ouest du Québec. Ceux-ci pourraient être utilisés à titre d’indicateurs environnementaux du risque de la maladie de Lyme au Québec et possiblement ailleurs au Canada.

Mass spectrometry as a tool to dissect the role of chromatin assembly factors in regulating nucleosome assembly

L'assemblage des nucléosomes est étroitement couplée à la synthèse des histones ainsi qu’à la réplication et la réparation de l’ADN durant la phase S. Ce processus implique un mécanisme de contrôle qui contribue soigneusement et de manière régulée à l’assemblage de l’ADN en chromatine. L'assemblage des nucléosomes durant la synthèse de l’ADN est crucial et contribue ainsi au maintien de la stabilité génomique. Cette thèse décrit la caractérisation par spectrométrie de masse(SM) des protéines jouant un rôle critique dans l’assemblage et le maintien de la structure chromatinienne. Plus précisément, la phosphorylation de deux facteurs d’assemblage des nucléosome, le facteur CAF-1, une chaperone d’histone qui participe à l'assemblage de la chromatine spécifiquement couplée à la réplication de l'ADN, ainsi que le complexe protéique Hir, jouant de plus un rôle important dans la régulation transcriptionelle des gènes d’histones lors de la progression normale du cycle cellulaire et en réponse aux dommages de l'ADN, a été examiné. La caractérisation des sites de phosphorylation par SM nécéssite la séparation des protéines par éléctrophorèse suivi d’une coloration a l’argent. Dans le chapitre 2, nous demontrons que la coloration à l’argent induit un artéfact de sulfatation. Plus précisément, cet artéfact est causé par un réactif spécifiquement utilisé lors de la coloration. La sulfatation présente de fortes similitudes avec la phosphorylation. Ainsi, l’incrément de masse observé sur les peptides sulfatés et phosphorylés (+80 Da) nécéssite des instruments offrant une haute résolution et haute précision de masse pour différencier ces deux modifications. Dans les chapitres 3 et 4, nous avons d’abord démontré par SM que Cac1, la plus grande sous-unité du facteur CAF-1, est cible de plusieurs sites de phosphorylation. Fait intéréssant, certains de ces sites contiennent des séquences consensus pour les kinases Cdc7-Dbf4 et CDKs. Ainsi, ces résultats fournissent les premières évidences que CAF-1 est potentiellement régulé par ces deux kinases in vivo. La fonction de tous les sites de phosphorylation identifiés a ensuite été évaluée. Nous avons démontré que la phosphorylation de la Ser-503, un site consensus de la DDK, est essentielle à la répréssion transcriptionelle des gènes au niveau des télomères. Cependant, cette phosphorylation ne semble pas être nécéssaire pour d’autres fonctions connues de CAF-1, indiquant que le blocage de la phsophorylation de Cac1 Ser-503 affecte spécifiquement la fonction de CAF-1 aux structures hétérochromatiques des télomères. Ensuite, nous avons identifiés une intéraction physique entre CAF-1 et Cdc7-Dbf4. Des études in vitro ont également demontré que cette kinase phosphoryle spécifiquement Cac1 Ser-503, suggérant un rôle potential pour la kinase Cdc7-Dbf4 dans l’assemblage et la stabilité de la structure hétérochromatique aux télomères. Finalement, les analyses par SM nous ont également permi de montrer que la sous-unité Hpc2 du complexe Hir est phosphorylée sur plusieurs sites consensus des CDKs et de Cdc7-Dbf4. De plus, la quantification par SM d’un site spécifique de phosphorylation de Hpc2, la Ser-330, s’est révélée être fortement induite suite à l’activation du point de contrôle de réplication (le “checkpoint”) suite au dommage a l’ADN. Nous montrons que la Ser-330 de Hpc2 est phopshorylée par les kinases de point de contrôle de manière Mec1/Tel1- et Rad53-dépendante. Nos données préliminaires suggèrent ainsi que la capacité du complex Hir de réguler la répréssion transcriptionelle des gènes d'histones lors de la progression du cycle cellulaire normal et en réponse au dommage de l'ADN est médiée par la phosphorylation de Hpc2 par ces deux kinases. Enfin, ces deux études mettent en évidence l'importance de la spectrométrie de masse dans la caractérisation des sites de phosphorylation des protéines, nous permettant ainsi de comprendre plus précisement les mécanismes de régulation de l'assemblage de la chromatine et de la synthèse des histones.

A longitudinal study of overweight during childhood : etiology, mental health outcomes and mediating factors

Au cours des 30 dernières années, l’embonpoint et l’obésité infantile sont devenus de véritables défis pour la santé publique. Bien que l’obésité soit, à la base, un problème physiologique (i.e. balance calorique positive) une série de facteurs psychosociaux sont reliés à son développement. Dans cette thèse, nous avons étudié le rôle des facteurs périnataux et de la petite enfance dans le développement du surpoids, ainsi que la relation entre le surpoids et les troubles internalisés au cours de l’enfance et au début de l’adolescence. Nous avions trois objectifs généraux: 1) Modéliser le développement de l’indice de masse corporelle (IMC) ou du statut pondéral (le fait d’être en surpoids ou non) durant l’enfance, ainsi qu’estimer l’hétérogénéité dans la population au cours du temps (i.e. identification de trajectoires développementales de l’IMC). 2) Identifier les facteurs périnataux et de la petite enfance pouvant accroitre le risque qu’un enfant suive une trajectoire menant au surpoids adolescente. 3) Tester la possibilité que le surpoids durant l’enfance soit associé avec des problèmes de santé mentale internalisés à l’adolescence, et vérifier la possibilité qu’une telle association soit médiatisée par l’expérience de victimisation par les pairs et l’insatisfaction corporelle. Ce travail est mené dans une perspective de développement au cours de la vie (life span perspective), considérant l’accumulation des facteurs de risques au cours du temps ainsi que les facteurs qui se manifestent durant certaines périodes critiques de développement.1,2 Nous avons utilisé les données provenant de l’Étude Longitudinale du Développement des Enfants du Québec (ELDEQ), une cohorte de naissances de la province de Québec, Canada. L’échantillon initial était composé de 2120 familles avec un bébé de 5 mois nés au Québec en 1997. Ces familles ont été suivies annuellement ou à tous les deux ans jusqu’à ce que les enfants atteignent l’âge de 13 ans. En ce qui concerne le premier objectif de recherche, nous avons utilisé la méthode des trajectoires développementales fondée sur des groupes pour modéliser l’IMC en continu et en catégories (surpoids vs poids normal). Pour notre deuxième objectif, nous avons effectué des modèles de régression multinomiale afin d’identifier les facteurs périnataux et de la petite enfance associés aux différents groupes développementaux du statut pondéral. Les facteurs de risques putatifs ont été choisis parmi les facteurs identifiés dans la littérature et représentent l’environnement périnatal, les caractéristiques de l’enfant, ainsi que l’environnement familial. Ces facteurs ont été analysés longitudinalement dans la mesure du possible, et les facteurs pouvant servir de levier potentiel d’intervention, tels que l’usage de tabac chez la mère durant la grossesse, le sommeil de l’enfant ou le temps d’écoute de télévision, ont été sélectionnés pour l’analyse. Pour notre troisième objectif, nous avons examiné les associations longitudinales (de 6 à 12 ans) entre les scores-z d’IMC (selon la référence CDC 2000) et les problèmes internalisés avec les modèles d’équations structurales de type « cross-lagged ». Nous avons ensuite examiné comment la victimisation par les pairs et l’insatisfaction corporelle durant l’enfance peuvent médiatiser un lien potentiel entre le surpoids et les troubles internalisés au début de l’adolescence. Les contributions scientifiques de la présente thèse incluent l’identification de trajectoires distinctes du statut pondérale durant l’enfance (précoce, tardive, jamais en surpoids), ainsi que les facteurs de risques précoces et les profils de santé mentale pouvant différer selon la trajectoire d’un enfant. De plus, nous avons identifié des mécanismes importants qui expliquent une partie de l’association entre les trajectoires de surpoids et les troubles internalisés: la victimisation par les pairs et l’insatisfaction corporelle.

New insights into small molecules inhibitors and protein-protein interactions of VirB8 : a critical conserved component of the type IV secretion system.

Les systèmes bactériens de sécrétion de type IV (T4SS) sont constitués d’un ensemble de 8 à 12 protéines conservées. Ces dernières sont utilisées lors de la translocation de protéines, la translocation de complexes ADN-protéines mais aussi pour le transport de ces derniers au travers de la membrane cellulaire. Les T4SS, en tant que facteurs de virulence pour beaucoup de pathogènes comme Brucella suis, sont donc d’excellents modèles cibles pour le développement de médicaments d’antivirulence. Ces médicaments, en privant le pathogène de son facteur essentiel de virulence : le T4SS, constituent une alternative ou encore une amélioration des traitements antibiotiques utilisés actuellement. VirB8, un facteur d’assemblage conservé dans le T4SS, forme des dimères qui sont importants pour la fonction des T4SS dans ces pathogènes. De par ses interactions multiples, VirB8 est un excellent modèle pour l’analyse des facteurs d’assemblage mais aussi en tant que cible de médicaments qui empêcheraient son interaction avec d’autres protéines et qui, in fine, désarmeraient les bactéries en les privant de leur fonctions essentielles de virulence. À ce jour, nous savons qu’il existe un équilibre monomère-dimère et un processus d’homodimerization de VirB8 dont l’importance est vitale pour la fonctionnement biologique des T4SSs. En se basant sur des essais quantitatifs d’interaction, nous avons identifié (i) des sites potentiels d’interaction avec d’autres protéines VirB du T4SS mais aussi (ii) isolé des petites molécules inhibitrices afin de tester la fonction protéique de VirB8. Afin de déterminer les acides aminés importants pour l’hétérodimérization de VirB8 avec VirB10, nous avons effectué des expériences de mutagenèse aléatoire, de phage display et d’arrimage moléculaire in silico. Ces expériences ont démontré l’importance de trois acides aminés localisés sur le feuillet β : R160, S162, T164 et I165. Ces derniers seraient importants pour l’association de VirB8 avec VirB10 étant donné que leur mutagenèse entraine une diminution de la formation du complexe VirB8-VirB10. L’objectif actuel de notre projet de recherche est de pouvoir mieux comprendre mais aussi d’évaluer le rôle de VirB8 dans l’assemblage du T4SS. Grace à un méthode de criblage adaptée à partir de la structure de VirB8, nous avons pu identifié une petite molécule inhibitrice BAR-068, qui aurait un rôle prometteur dans l’inhibition du T4SS. Nous avons utilisé la spectroscopie par fluorescence, l’essai à deux hybrides, le cross-linking et la cristallographie afin de déterminer le mécanisme d'interaction existant entre VirB8 et BAR-068. Ces travaux pourraient permettre de nombreuses avancées, notamment en termes de compréhension des mécanismes d’inhibition du T4SS. Notre objectif ultime est de pouvoir caractériser la séquence d’évènements essentiels à l’assemblage et au fonctionnement du T4SS. De manière globale, notre projet de recherche permettrait de révéler les grands principes d’assemblage des protéines membranaires, les processus de sécrétion de protéines chez les bactéries mais aussi de proposer une nouvelle stratégie lors du développement de drogues antimicrobiennes.