Étude de l’évolution des génomes par duplications, pertes et réarrangements

La duplication est un des évènements évolutifs les plus importants, car elle peut mener à la création de nouvelles fonctions géniques. Durant leur évolution, les génomes sont aussi affectés par des inversions, des translocations (incluant des fusions et fissions de chromosomes), des transpositions et des délétions. L'étude de l'évolution des génomes est importante, notamment pour mieux comprendre les mécanismes biologiques impliqués, les types d'évènements qui sont les plus fréquents et quels étaient les contenus en gènes des espèces ancestrales. Afin d'analyser ces différents aspects de l'évolution des génomes, des algorithmes efficaces doivent être créés pour inférer des génomes ancestraux, des histoires évolutives, des relations d'homologies et pour calculer les distances entre les génomes. Dans cette thèse, quatre projets reliés à l'étude et à l'analyse de l'évolution des génomes sont présentés : 1) Nous proposons deux algorithmes pour résoudre des problèmes reliés à la duplication de génome entier : un qui généralise le problème du genome halving aux pertes de gènes et un qui permet de calculer la double distance avec pertes. 2) Nous présentons une nouvelle méthode pour l'inférence d'histoires évolutives de groupes de gènes orthologues répétés en tandem. 3) Nous proposons une nouvelle approche basée sur la théorie des graphes pour inférer des gènes in-paralogues qui considère simultanément l'information provenant de différentes espèces afin de faire de meilleures prédictions. 4) Nous présentons une étude de l'histoire évolutive des gènes d'ARN de transfert chez 50 souches de Bacillus.

Three works on religious themes : psalmus 150, string quartet on the life of Saint John Paul II and symphony “The Redemption”

Dans cette dissertation, je présente trois pièces sur des thèmes religieux composées au cours de ma maîtrise, ainsi que leur analyse : Psalmus 150 pour chœur de jeunes à trois voix, chœur d'adultes à huit voix et orgue ou piano ; Quatuor à Cordes sur la vie de Saint Jean-Paul II ; et la Symphonie « La Rédemption » pour orchestre et chœur. Malgré les particularités de chacune, elles présentent des aspects communs. L'idée principale des compositions fut d'éviter la rupture avec la tradition tout en apportant des nouvelles idées aux pièces, et de souligner l'importance de ma recherche sur la beauté. À cet égard, certaines techniques contemporaines, ainsi que les sonorités médiévales des quintes et octaves parallèles, furent utilisées en accord avec un langage tonal / modal qui demeure la base des trois compositions. Le chant Grégorien fut aussi une importante caractéristique de ces compositions. Pour mieux comprendre les analyses des œuvres, deux techniques seront expliquées, la douce toile de dissonances linéaires et l'harmonie d'accords parfaits majeurs. L'analyse de chaque pièce est divisée en deux parties. La première est une vision générale et la deuxième est plus détaillée. À la fin, les connaissances acquises par la composition des ces œuvres seront résumées et l'importance intemporelle de la beauté sera réaffirmée.