Who is to protect whom from what? The human security dilemmas of Iraq, North Korea and Darfur

Brian Job, Professor, Department of Political Science, University of British Columbia, Director, Center of International Relations. Présentation dans le cadre du cycle de conférences organisé par le CRDP intitulé « Le droit à la sécurité ... la sécurité par le droit ».

Requirements for the selective degradation of CD4 receptor molecules by the human immunodeficiency virus type 1 Vpu protein in the endoplasmic reticulum.

BACKGROUND: HIV-1 Vpu targets newly synthesized CD4 receptor for rapid degradation by a process reminiscent of endoplasmic reticulum (ER)-associated protein degradation (ERAD). Vpu is thought to act as an adaptor protein, connecting CD4 to the ubiquitin (Ub)-proteasome degradative system through an interaction with beta-TrCP, a component of the SCFbeta-TrCP E3 Ub ligase complex. RESULTS: Here, we provide direct evidence indicating that Vpu promotes trans-ubiquitination of CD4 through recruitment of SCFbeta-TrCP in human cells. To examine whether Ub conjugation occurs on the cytosolic tail of CD4, we substituted all four Ub acceptor lysine residues for arginines. Replacement of cytosolic lysine residues reduced but did not prevent Vpu-mediated CD4 degradation and ubiquitination, suggesting that Vpu-mediated CD4 degradation is not entirely dependent on the ubiquitination of cytosolic lysines and as such might also involve ubiquitination of other sites. Cell fractionation studies revealed that Vpu enhanced the levels of ubiquitinated forms of CD4 detected in association with not only the ER membrane but also the cytosol. Interestingly, significant amounts of membrane-associated ubiquitinated CD4 appeared to be fully dislocated since they could be recovered following sodium carbonate salt treatment. Finally, expression of a transdominant negative mutant of the AAA ATPase Cdc48/p97 involved in the extraction of ERAD substrates from the ER membrane inhibited Vpu-mediated CD4 degradation. CONCLUSION: Taken together, these results are consistent with a model whereby HIV-1 Vpu targets CD4 for degradation by an ERAD-like process involving most likely poly-ubiquitination of the CD4 cytosolic tail by SCFbeta-TrCP prior to dislocation of receptor molecules across the ER membrane by a process that depends on the AAA ATPase Cdc48/p97.

Cloning and Characterisation of the human gene gremlin promoter

L’ostéoarthrose (OA) est une maladie articulaire invalidante caractérisée par la perte de l’intégrité du cartilage articulaire. Les recherches tentent de comprendre les mécanismes moléculaires de la maladie afin de trouver des inhibiteurs efficaces pouvant prévenir la dégradation du cartilage articulaire. Les BMPs (bone morphogenic proteins) jouent un rôle dans le processus pathophysiologique de cette maladie. Cette étude cible le rôle d’un antagoniste des BMPs, le gremlin. Nous avons étudié la régulation de l’expression de gremlin par le clonage et la caractérisation de son promoteur et en déterminant si gremlin pouvait jouer un rôle autre qu’antagoniste des BMP, en affectant l’expression d’autres gènes par l’activation d’une cascade de signalisation dans la cellule. Les résultats ont identifié une région importante dans le promoteur de gremlin qui affecte son activité basale et induite, et ont montré que le gremlin ne pouvait pas affecter l’expression génique et l’activation de signalisation intracellulaire indépendamment des BMPs. Cette étude démontre que le rôle de gremlin dans l’OA en est un essentiellement d’antagoniste des BMPs.

Systematic analysis of protein complexes involved in the human RNA polymerase II machinery

La transcription, la maturation d’ARN, et le remodelage de la chromatine sont tous des processus centraux dans l'interprétation de l'information contenue dans l’ADN. Bien que beaucoup de complexes de protéines formant la machinerie cellulaire de transcription aient été étudiés, plusieurs restent encore à identifier et caractériser. En utilisant une approche protéomique, notre laboratoire a purifié plusieurs composantes de la machinerie de transcription de l’ARNPII humaine par double chromatographie d’affinité "TAP". Cette procédure permet l'isolement de complexes protéiques comme ils existent vraisemblablement in vivo dans les cellules mammifères, et l'identification de partenaires d'interactions par spectrométrie de masse. Les interactions protéiques qui sont validées bioinformatiquement, sont choisies et utilisées pour cartographier un réseau connectant plusieurs composantes de la machinerie transcriptionnelle. En appliquant cette procédure, notre laboratoire a identifié, pour la première fois, un groupe de protéines, qui interagit physiquement et fonctionnellement avec l’ARNPII humaine. Les propriétés de ces protéines suggèrent un rôle dans l'assemblage de complexes à plusieurs sous-unités, comme les protéines d'échafaudage et chaperonnes. L'objectif de mon projet était de continuer la caractérisation du réseau de complexes protéiques impliquant les facteurs de transcription. Huit nouveaux partenaires de l’ARNPII (PIH1D1, GPN3, WDR92, PFDN2, KIAA0406, PDRG1, CCT4 et CCT5) ont été purifiés par la méthode TAP, et la spectrométrie de masse a permis d’identifier de nouvelles interactions. Au cours des années, l’analyse par notre laboratoire des mécanismes de la transcription a contribué à apporter de nouvelles connaissances et à mieux comprendre son fonctionnement. Cette connaissance est essentielle au développement de médicaments qui cibleront les mécanismes de la transcription.

The human right to water - normative foundations and ethical implications

La présente contribution examine les fondements normatifs ainsi que les implications éthiques du droit à l’eau, tel qu’il fut reconnu en 2002 par le comité onusien des droits économiques, sociaux et culturels. Il sera défendu que le droit à l’eau potable peut être justifié en tant que droit moral fondamental, de par son caractère indispensable en vue de la garantie des conditions basiques de survie. Cet état de fait, cependant, s’avère moins évident au vue d’un droit à l’eau d’usage non-domestique. Ici, la discussion se rapproche des débats accompagnant le concept beaucoup plus complexe des droits sociaux et économiques. Par rapport à ce groupe de droits, la question de l’allocation est des plus controversées: à qui incombe-t-il de garantir leur respect? Dans le but d’éviter cette problématique d’allocation, le présent essai soulèvera la question de savoir, si la limitation de l’accès à l’eau peut être conçue comme une violation d’autres droits moraux: bien qu’il y ait des cas où des entreprises transnationales déploient des activités nuisibles à l’égard des populations pauvres en polluant sciemment leurs ressources en eau ou en initiant et en exécutant des stratégies de privatisation les privant de leurs droits, la crise globale de l’eau ne saura être rattachée uniquement aux effets de la mondialisation. Plutôt, l’on reconnaîtra la nécessité d’efforts positifs et soutenus de la part des pays développés en vue de la réalisation d’un approvisionnement suffisant en eau pour tous.

Optimizing urothelial cell preparation for the human urinary micronucleus assay.

Biological monitoring of early genotoxic effects in urothelial cells using the urinary micronucleus (MNu) assay is promising for early detection of cancer, such as bladder carcinoma. But many problems are encountered, the major being the poorly differential staining of cells, particularly in women having an important amount of squamous cells. We have optimized the protocol and obtained a differential staining of the cell types present in urine on 10 subjects. Following Carnoy I fixation and Papanicolaou staining, urothelial cells were blue while most squamous cells were pink. This differential staining allowed for optimization of the MNu assay on a single urine void, for both females and males. Even if our MNu means were comparable to the literature, the great variation in reported MNu results could reside in the ability of scorers to distinguish correctly between urothelial and squamous cells. When monitoring exposed populations, this erroneous distinction could largely influence the results, even more in women’s urine samples. Given a situation where exposure would not increase micronuclei frequency in vaginal squamous cells, their erroneous analysis in the MNu assay could mask an early genotoxic effect. Therefore, as transitional cell carcinoma of the bladder originates from transformed urothelial cells, restricting micronuclei analysis to urothelial cells could yield a more precise estimate of cancer risk in exposed populations. Moreover, it is hoped that the improvements proposed in this paper will allow for an easier implementation of the MNu assay in various set-ups and enhance its specificity, since MNu are considered a suitable biomarker.

"Judicial Activism in the ""Eye of the Beholder"" : the Israeli High Court of Justice and the Human Rights of the Palestinians in the Occupied Territories"

Il est mondialement reconnu que les institutions judiciaires jouent un rôle central dans le processus de prise de décisions politiques, à la fois au niveau national et international. C’est d’ailleurs le cas à la Haute Cour de justice d’Israël. L’étendue de son succès (ou de son échec) dans la tentative de trouver une solution aux violations des droits humains dans les territoires occupés est un problème qui continue de faire l’objet de bien des débats et de recherches académiques. À cet égard, il a été suggéré que, malgré l’absence de constitution écrite et l’existence d’un état d’urgence prolongé en Israël, la Haute Cour de justice a réussi à adopter une approche « judiciairement active » quant à la protection et la promotion des droits de l’homme de manière générale, y compris ceux des Palestiniens dans les territoires occupés. Dans cette perspective, le débat sur le processus d’examen judiciaire de la Haute Cour de Justice tient pour acquise la notion qu’Israël est une démocratie. Ainsi, cet article cherche à examiner cette hypothèse. Premièrement, en adoptant la position que le processus de révision judiciaire est compatible avec la démocratie et la règle de loi. Deuxièmement, il examine l’approche « judiciairement active » de la Cour et soumet un bref aperçu du processus, des outils et des principes légaux que la Cour adopte pour examiner les actions des autorités israéliennes, y compris l’armée, et imposer une loi commune de protection des droits de la personne, donc ceux des Palestiniens dans les territoires occupés. L’article argumente également que le contrôle prolongé des territoires occupés par Israël a eu des conséquences significatives, car tout effort fourni par la Cour pour garantir le respect des droits humains de la population civile palestinienne doit se faire sans compromettre la sécurité du pouvoir israélien. La conclusion à laquelle on arrive ici dépend de la façon dont on qualifie ce contrôle: une occupation à long terme ou une annexion (ce qui n’est pas réglementaire par rapport à loi internationale), ce qui n’est pas sans conséquence sur le rôle que la Haute Cour de justice peut effectivement jouer pour faire respecter les droits de la personne dans les territoires occupés.

Systems biology of the human MHC class I immunopeptidome

Le système de différenciation entre le « soi » et le « non-soi » des vertébrés permet la détection et le rejet de pathogènes et de cellules allogéniques. Il requiert la surveillance de petits peptides présentés à la surface cellulaire par les molécules du complexe majeur d’histocompatibilité de classe I (CMH I). Les molécules du CMH I sont des hétérodimères composés par une chaîne lourde encodée par des gènes du CMH et une chaîne légère encodée par le gène β2-microglobuline. L’ensemble des peptides est appelé l’immunopeptidome du CMH I. Nous avons utilisé des approches en biologie de systèmes pour définir la composition et l’origine cellulaire de l’immunopeptidome du CMH I présenté par des cellules B lymphoblastoïdes dérivés de deux pairs de fratries avec un CMH I identique. Nous avons découvert que l’immunopeptidome du CMH I est spécifique à l’individu et au type cellulaire, qu’il dérive préférentiellement de transcrits abondants, est enrichi en transcrits possédant d’éléments de reconnaissance par les petits ARNs, mais qu’il ne montre aucun biais ni vers les régions génétiques invariables ni vers les régions polymorphiques. Nous avons également développé une nouvelle méthode qui combine la spectrométrie de masse, le séquençage de nouvelle génération et la bioinformatique pour l’identification à grand échelle de peptides du CMH I, dont ceux résultants de polymorphismes nucléotidiques simples non-synonymes (PNS-ns), appelés antigènes mineurs d’histocompatibilité (AMHs), qui sont les cibles de réponses allo-immunitaires. La comparaison de l’origine génomique de l’immunopeptidome de soeurs avec un CMH I identique a révélé que 0,5% des PNS-ns étaient représentés dans l’immunopeptidome et que 0,3% des peptides du CMH I seraient immunogéniques envers une des deux soeurs. En résumé, nous avons découvert des nouveaux facteurs qui modèlent l’immunopeptidome du CMH I et nous présentons une nouvelle stratégie pour l’indentification de ces peptides, laquelle pourrait accélérer énormément le développement d’immunothérapies ciblant les AMHs.