Caractérisation structurale et thermodynamique de la reconnaissance du substrat par le ribozyme VS de Neurospora

Les interactions ARN/ARN de type kissing-loop sont des éléments de structure tertiaire qui jouent souvent des rôles clés chez les ARN, tant au niveau fonctionnel que structural. En effet, ce type d’interaction est crucial pour plusieurs processus dépendant des ARN, notamment pour l’initiation de la traduction, la reconnaissance des ARN antisens et la dimérisation de génome rétroviral. Les interactions kissing-loop sont également importantes pour le repliement des ARN, puisqu’elles permettent d’établir des contacts à longue distance entre différents ARN ou encore entre les domaines éloignés d’un même ARN. Ce type d’interaction stabilise aussi les structures complexes des ARN fonctionnels tels que les ARNt, les riborégulateurs et les ribozymes. Comme d’autres ARN fonctionnels, le ribozyme VS de Neurospora contient une interaction kissing-loop importante. Celle-ci est impliquée dans la reconnaissance du substrat et se forme entre la tige-boucle I (stem-loop I, SLI) du substrat et la tige-boucle V (stem-loop V, SLV) du domaine catalytique. Des études biochimiques ont démontré que l’interaction kissing-loop I/V, dépendante du magnésium, implique trois paires de bases Watson-Crick (W-C). De plus, cette interaction est associée à un réarrangement de la structure du substrat, le faisant passer d’une conformation inactive dite unshifted à une conformation active dite shifted. Les travaux présentés dans cette thèse consistent en une caractérisation structurale et thermodynamique de l’interaction kissing-loop I/V du ribozyme VS, laquelle est formée de fragments d’ARN représentant les tige-boucles I et V dérivées du ribozyme VS (SLI et SLV). Cette caractérisation a été réalisée principalement par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire (RMN) et par titrage calorimétrique isotherme (isothermal titration calorimetry, ITC) en utilisant différents complexes SLI/SLV dans lesquels l’ARN SLV est commun à tous les complexes, alors que différentes variations de l’ARN SLI ont été utilisées, soit en conformation shiftable ou preshifted. Les données d’ITC ont permis de démontrer qu’en présence d’une concentration saturante de magnésium, l’affinité d’un substrat SLI preshifted pour SLV est extrêmement élevée, rendant cette interaction plus stable que ce qui est prédit pour un duplexe d’ARN équivalent. De plus, l’étude effectuée par ITC montre que des ARN SLI preshifted présentent une meilleure affinité pour SLV que des ARN SLI shiftable, ce qui a permis de calculer le coût énergétique associé au réarrangement de structure du substrat. En plus de confirmer la formation des trois paires de bases W-C prédites à la jonction I/V, les études de RMN ont permis d’obtenir une preuve structurale directe du réarrangement structural des substrats SLI shiftable en présence de magnésium et de l’ARN SLV. La structure RMN d’un complexe SLI/SLV de grande affinité démontre que les boucles terminales de SLI et SLV forment chacune un motif U-turn, ce qui facilite l’appariement W-C intermoléculaire. Plusieurs autres interactions ont été définies à l’interface I/V, notamment des triplets de bases, ainsi que des empilements de bases. Ces interactions contribuent d’ailleurs à la création d’une structure présentant un empilement continu, c’est-à-dire qui se propage du centre de l’interaction jusqu’aux bouts des tiges de SLI et SLV. Ces études de RMN permettent donc de mieux comprendre la stabilité exceptionnelle de l’interaction kissing-loop I/V au niveau structural et mènent à l’élaboration d’un modèle cinétique de l’activation du substrat par le ribozyme VS. En considérant l’ensemble des données d’ITC et de RMN, l’étonnante stabilité de l’interaction I/V s’explique probablement par une combinaison de facteurs, dont les motifs U-turn, la présence d’un nucléotide exclu de la boucle de SLV (U700), la liaison de cations magnésium et l’empilement de bases continu à la jonction I/V.

Études structurales par résonance magnétique nucléaire du ribozyme VS de Neurospora

Le ribozyme VS de Neurospora catalyse des réactions de clivage et de ligation d’un lien phosphodiester spécifique essentielles à son cycle de réplication. Il est formé de six régions hélicales (I à VI), qui se divisent en deux domaines, soit le substrat (SLI) et le domaine catalytique (tiges II à VI). Ce dernier comprend deux jonctions à trois voies qui permettent de reconnaître le substrat en tige-boucle de façon spécifique. Ce mode de reconnaissance unique pourrait être exploité pour cibler des ARN repliés pour diverses applications. Bien que le ribozyme VS ait été caractérisé biochimiquement de façon exhaustive, aucune structure à haute résolution du ribozyme complet n’a encore été publiée, ce qui limite la compréhension des mécanismes inhérents à son fonctionnement. Précédemment, une approche de divide-and-conquer a été initiée afin d’étudier la structure des sous-domaines importants du ribozyme VS par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire (RMN) mais doit être complétée. Dans le cadre de cette thèse, les structures de la boucle A730 et des jonctions III-IV-V et II-III-VI ont été déterminées par spectroscopie RMN hétéronucléaire. De plus, une approche de spectroscopie RMN a été développée pour la localisation des ions divalents, tandis que diverses approches de marquage isotopique ont été implémentées pour l’étude d’ARN de plus grandes tailles. Les structures RMN de la boucle A730 et des deux jonctions à trois voies révèlent que ces sous-domaines sont bien définis, qu’ils sont formés de plusieurs éléments structuraux récurrents (U-turn, S-turn, triplets de bases et empilement coaxial) et qu’ils contiennent plusieurs sites de liaison de métaux. En outre, un modèle du site actif du ribozyme VS a été construit sur la base des similarités identifiées entre les sites actifs des ribozymes VS et hairpin. Dans l’ensemble, ces études contribuent de façon significative à la compréhension de l’architecture globale du ribozyme VS. De plus, elles permettront de construire un modèle à haute résolution du ribozyme VS tout en favorisant de futures études d’ingénierie.

Le motif d’empaquetage le long du sillon: une nouvelle entité structurale récurrente dans les ARN ribosomiques

La plupart des molécules d’ARN doivent se replier en structure tertiaire complexe afin d’accomplir leurs fonctions biologiques. Cependant, les déterminants d’une chaîne de polynucléotides qui sont nécessaires à son repliement et à ses interactions avec d’autres éléments sont essentiellement inconnus. L’établissement des relations structure-fonction dans les grandes molécules d’ARN passe inévitablement par l’analyse de chaque élément de leur structure de façon individuelle et en contexte avec d’autres éléments. À l’image d’une construction d’immeuble, une structure d’ARN est composée d’unités répétitives assemblées de façon spécifique. Les motifs récurrents d’ARN sont des arrangements de nucléotides retrouvés à différents endroits d’une structure tertiaire et possèdent des conformations identiques ou très similaires. Ainsi, une des étapes nécessaires à la compréhension de la structure et de la fonction des molécules d’ARN consiste à identifier de façon systématique les motifs récurrents et d’en effectuer une analyse comparative afin d’établir la séquence consensus. L’analyse de tous les cas d’empaquetage de doubles hélices dans la structure du ribosome a permis l’identification d’un nouvel arrangement nommé motif d’empaquetage le long du sillon (AGPM) (along-groove packing motif). Ce motif est retrouvé à 14 endroits dans la structure du ribosome de même qu’entre l’ARN ribosomique 23S et les molécules d’ARN de transfert liées aux sites ribosomaux P et E. Le motif se forme par l’empaquetage de deux doubles hélices via leur sillon mineur. Le squelette sucre-phosphate d’une hélice voyage le long du sillon mineur de l’autre hélice et vice versa. Dans chacune des hélices, la région de contact comprend quatre paires de bases. L’empaquetage le plus serré est retrouvé au centre de l’arrangement où l’on retrouve souvent une paire de bases GU dans une hélice interagissant avec une paire de bases Watson-Crick (WC) dans l’autre hélice. Même si la présence des paires de bases centrales GU versus WC au centre du motif augmente sa stabilité, d’autres alternatives existent pour différents représentants du motif. L’analyse comparative de trois librairies combinatoires de gènes d’AGPM, où les paires de bases centrales ont été variées de manière complètement aléatoire, a montré que le contexte structural influence l’étendue de la variabilité des séquences de nucléotides formant les paires de bases centrales. Le fait que l’identité des paires de bases centrales puisse varier suggérait la présence d’autres déterminants responsables au maintien de l’intégrité du motif. L’analyse de tous les contacts entre les hélices a révélé qu’en dehors du centre du motif, les interactions entre les squelettes sucre-phosphate s’effectuent via trois contacts ribose-ribose. Pour chacun de ces contacts, les riboses des nucléotides qui interagissent ensemble doivent adopter des positions particulières afin d’éviter qu’ils entrent en collision. Nous montrons que la position de ces riboses est modulée par des conformations spécifiques des paires de bases auxquelles ils appartiennent. Finalement, un autre motif récurrent identifié à l’intérieur même de la structure de trois cas d’AGPM a été nommé « adenosine-wedge ». Son analyse a révélé que ce dernier est lui-même composé d’un autre arrangement, nommé motif triangle-NAG (NAG-triangle). Nous montrons que le motif « adenosine-wedge » représente un arrangement complexe d’ARN composé de quatre éléments répétitifs, c’est-à-dire des motifs AGPM, « hook-turn », « A-minor » et triangle-NAG. Ceci illustre clairement l’arrangement hiérarchique des structures d’ARN qui peut aussi être observé pour d’autres motifs d’ARN. D’un point de vue plus global, mes résultats enrichissent notre compréhension générale du rôle des différents types d’interactions tertiaires dans la formation des molécules d’ARN complexes.

L'âge, un motif autorisé de discrimination? : étude critique des effets conjugués des articles 10 de la Charte des droits et libertés de la personne et 15 de la Charte canadienne des droits et libertés comme obstacles à la protection contre la discrimination fondée sur l'âge

"Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de Maître en droit (LL.M.)"

« Accommodements raisonnables » pour motif religieux : étude d’un débat public

Ce mémoire porte sur la polémique qui a eu lieu au Québec entre mars 2006 et décembre 2007 autour des pratiques d’« accommodements raisonnables » pour motif religieux. À partir d’une approche compréhensive et d’un cadre théorique propre à la sociologie des relations ethniques, il propose une analyse qualitative de lettres d’opinion publiées dans des quotidiens québécois. Une première analyse, thématique, a permis de constituer des registres argumentaires dans lesquels ont puisé les participants au débat public sur les « accommodements raisonnables » par le biais de lettres d’opinion. Une seconde analyse, comparative, a permis de construire des figures d’intervenants du débat public qui témoignent non seulement des forces idéologiques qui se sont affrontées dans le débat public, mais également de leur positionnement au croisement des axes saillants de la différenciation sociale dans cette polémique Les résultats de ces analyses suggèrent d’abord que la polémique résulte d’un conflit entre marqueurs identitaires devant servir au positionnement des frontières ethniques, et ensuite que la polémique des « accommodements raisonnables » a donné lieu à une reconfiguration des rapports ethniques au Québec, attribuable à la dissociation entre le conflit entre deux nations et celui sur les critères d’inclusion à la nation.

Les sens des cris de personnes âgées vivant avec une démence en centre d’hébergement et de soins de longue durée

Dans les centres d’hébergement et de soins de longue durée (CHSLD), jusqu’à 80 % des personnes admises vivent avec une démence (Conseil des aînés, 2007). Parmi ces personnes âgées, plusieurs crient. Ce comportement a fait l’objet de quelques études, mais ces études ne fournissent pas une compréhension des sens de ces cris qui pourrait orienter le choix d’interventions face à ces personnes et leur entourage. À l’aide de la perspective infirmière de Leininger (2001) et de la théorie de la communication et des interactions à l’intérieur de triades d’Adams et Gardiner (2005), le but de cette étude était de décrire les sens des cris de personnes âgées vivant avec une démence et les facteurs les influençant en tenant compte de la perspective des personnes âgées, de leurs aidants familiaux et de leurs soignants. Pour atteindre ce but, l’ethnographie critique a été choisie comme méthode. L’étude s’est découlée dans un CHSLD au sein duquel sept triades, composées de personnes âgées vivant avec une démence qui crient, d’aidants familiaux principaux et de soignants, ont été recrutées selon un échantillonnage théorique. Diverses méthodes de collecte des données ont été utilisées dont l’observation des personnes âgées et du milieu et des entrevues semi-dirigées auprès des aidants et soignants. L’analyse des données a été effectuée à l’aide des quatre approches proposées par Spradley (1979) soit l’analyse : des domaines, taxonomique, componentielle et thématique. Les résultats ont permis d’identifier des thèmes sur les sens des cris et sur les facteurs influençant ceux-ci. Les cris peuvent avoir pour sens la vulnérabilité, la souffrance et la perte de sens vécues par la personne âgée. Ce comportement peut aussi indiquer diverses finalités, par exemple l’expression d’insatisfactions ou d’émotions. Ces finalités peuvent être distinguées à partir de critères de modulation tels que la prévisibilité des cris ou un faciès émotif. Par ailleurs, divers aspects rendent les sens des cris singuliers. La stabilité et la flexibilité dans la façon d’organiser les soins ainsi que l’effet réciproque entre les personnes âgées qui crient et les autres personnes dans le CHSLD se sont dégagées comme étant des facteurs qui influencent les sens des cris. Il s’est aussi révélé que les cris de chaque personne âgée peuvent être considérés comme un langage unique que les aidants et les soignants sont en mesure d’apprendre et qui influence l’interprétation des sens des cris. L’accompagnement de la personne âgée, en tenant compte de ses volontés, ses besoins et de sa personnalité, les fluctuations dans les relations de pouvoir au sein des triades personnes âgées-aidants-soignants et les sentiments d’impuissance et de culpabilité des aidants et des soignants sont d’autres facteurs qui influencent les cris. Les connaissances découlant de cette étude augmentent la compréhension sur les sens des cris des personnes âgées vivant avec une démence. Elles ont des implications pour les divers champs d’activités des infirmières et qui pourront contribuer à offrir des soins culturellement cohérents et caring pour les personnes âgées vivant avec une démence et leur entourage.

Mortuaires suivi de La mort-vivance comme motif d'écriture dans Aurélia de Gérard de Nerval

Dans Mortuaires, une pièce de théâtre en fragments, deux soeurs se rencontrent dans une chambre d'hôtel; Jiji, la plus vieille, vient de retrouver les cendres de leur mère, morte dix ans auparavant; elle voudrait enterrer l'urne définitivement, alors que la plus jeune, Ge, tient à la garder près d'elle. Ce sera l'occasion pour les soeurs de faire valoir leur propre désir et de célébrer la morte, de reprendre contact avec ce qui reste d'elle dans leur mémoire. Le texte se présente sous forme de mini-scènes sans continuité, bien qu’étant toutes reliées, comme un dialogue interrompu, une cérémonie rejouant la mise en pièces du corps. La fragmentation de la mémoire constitue le projet esthétique de la pièce, dont le ressort dramatique tourne autour du souvenir endeuillé et du corps mort. La mort-vivance comme motif d'écriture dans « Aurélia » de Gérard de Nerval est un essai portant sur le rapport qu'entretient Nerval avec les morts dans le récit, ceux-ci constituant son moteur d'écriture. Au moyen de théories telles que la psychanalyse (Freud, Jackson), la sociologie (Muray) et la théorie de la lecture (Picard), il sera démontré que Nerval, dans Aurélia, se fait spirite en faisant revenir les morts au moyen du rêve. L'écriture se pose comme un lieu de rencontre entre les vivants et les morts, un espace dans lequel chacun doit se faire mort-vivant pour aller retrouver l'autre. Les frontières se brouillent et il devient difficile pour Nerval, ainsi que pour le lecteur, de distinguer le rêve de la réalité.

Le motif du voile dans Sordidissimes de Pascal Quignard

Les trois paradigmes majeurs à partir desquels s’oriente l’analyse du voile dans Sordidissimes de Pascal Quignard sont les vêtements et la nudité, les « sordes » et le linceul, la toile et le regard. C’est à l’aide de l’analyse thématique et de la psychanalyse que la relation du voile au corps, à la mort et à l’art, est interprétée. Ce que l’on souhaite mettre en évidence est que le voile tient lieu de l’ambivalence. Il se trouve perpétuellement tendu par la volonté du sujet qui l’utilise tour à tour pour recouvrir ou révéler l’objet de ses désirs ou de ses peurs. Le voile incarne ainsi la frontière d’où s’origine la fascination, qu’elle soit morbide ou sexuelle.

Le motif du "domaine" : espace d'une subjectivité dans Les vies frontalières et Rabatteurs d'étoiles de Rachel Leclerc

Ce mémoire cherche à dévoiler le mode d’habitation singulier que développe le sujet poétique dans Les vies frontalières et Rabatteur d’étoiles de Rachel Leclerc par l’intermédiaire de l’analyse du motif du « domaine », récurrent dans les deux œuvres. Il s’agira donc de clarifier ce à quoi fait référence ce motif particulier en dégageant les différentes structures le sous-tendant et en tentant d’observer comment son élaboration se fait en parallèle étroit avec celle de la subjectivité des recueils de Leclerc. Ainsi, les trois premiers chapitres du présent ouvrage s’attardent à expliciter l’importance de la structure d’horizon, terme emprunté à Michel Collot, pour saisir la façon unique dont le sujet poétique perçoit l’espace, la temporalité et sa propre subjectivité. Le quatrième chapitre est quant à lui consacré à ce qu’on peut qualifier de structure du chemin, qui vient recouper et enrichir celle de l’horizon. Le croisement de ces deux lignes trace enfin l’espace du domaine et dessine une sorte de T qui supporte l’entreprise poétique dans son ensemble.

Les rubans bleus ; suivi de La robe trouée comme figuration de l’écriture réparatrice dans "Ma mère et Gainsbourg" de Diane-Monique Daviau

À partir de fragments décousus, de morceaux du passé, du présent et même de rêves d’avenir, la narratrice du récit Les rubans bleus réfléchit sur la signification de femmes qu’elle a côtoyées durant sa vie. Elle tente ainsi de recoudre la lignée dont elle est issue et de tisser une histoire qui restera effilochée. Les diverses femmes rencontrées structurent ce récit rapiécé qui, comme une courtepointe, va rassembler de façon hétéroclite les souvenirs d’un « je ». Dans le récit Ma mère et Gainsbourg de Diane-Monique Daviau, le motif omniprésent de la robe constitue une enveloppe psychique qui permet une continuité imaginaire entre la mère et la fille, la narratrice. Cette robe, nous dit cette dernière, est trouée, et la reprise tout au long du récit de ce motif préfigure l’absence ressentie par la fille devant le deuil à faire de sa mère. Les nombreux trous à la robe, que la narratrice met en évidence, se lisent comme des manques et des silences entre la mère et la fille. Ces accrocs à la robe marquent l’identité de cette dernière et fondent cet « héritage-fardeau » qu’elle porte et dont elle témoigne dans le livre. Par l’écriture, la narratrice nous convie à un patient travail de deuil (Anzieu, Delvaux, Green, Harel). Celui-ci s’offre comme un assemblage de fils servant à recoudre les diffé-rents morceaux de sa vie qui lui permettront de mieux reconstituer la figure de cette mère-absente, et, par là même, sa propre identité. C’est donc à la manière d’un patchwork qu’elle lie entre eux des souvenirs d’enfance, des rêves et des réflexions portant sur la perte et le manque. Ceux-ci donneront forme à son texte, cette robe d’endeuillée.

Génomique fonctionnelle des cellules corticotropes hypophysaires : contrôle génétique de la gestion systémique des stress

L'axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien (HPA) permet de maintenir l'homéostasie de l'organisme face à divers stress. Qu'ils soient de nature psychologique, physique ou inflammatoire/infectieux, les stress provoquent la synthèse et la libération de CRH par l'hypothalamus. Les cellules corticotropes hypophysaires perçoivent ce signal et en réaction, produisent et sécrètent l'ACTH. Ceci induit la synthèse des glucocorticoïdes (Gc) par le cortex surrénalien; ces stéroïdes mettent le système métabolique en état d’alerte pour la réponse au stress et à l’agression. Les Gc ont le rôle essentiel de contrôler les défenses de l'organisme, en plus d'exercer une rétro-inhibition sur l'axe HPA. L'ACTH est une petite hormone peptidique produite par le clivage d'un précurseur: la pro-opiomélanocortine (POMC). À cause de sa position critique dans la normalisation de l'homéostasie, le contrôle transcriptionnel du gène Pomc a fait l'objet d'études approfondies au cours des dernières décennies. Nous savons maintenant que la région promotrice du gène Pomc permet une expression ciblée dans les cellules POMC hypophysaires. L'étude du locus Pomc par des technologies génomiques m'a permis de découvrir un nouvel élément de régulation qui est conservé à travers l'évolution des mammifères. La caractérisation de cet enhancer a démontré qu'il dirige une expression restreinte à l'hypophyse, et plus particulièrement dans les cellules corticotropes. De façon intéressante, l'activité de cet élément dépend d'un nouveau site de liaison recrutant un homodimère du facteur de transcription Tpit, dont l'expression est également limitée aux cellules POMC de l'hypophyse. La découverte de cet enhancer ajoute une toute nouvelle dimension à la régulation de l'expression de POMC. Les cytokines pro-inflammatoires IL6/LIF et les Gc sont connus pour leur antagonisme sur la réaction inflammatoire et sur le promoteur Pomc via l'action des facteurs de transcription Stat3 et GR respectivement. L'analyse génomique des sites liés ii par ces deux facteurs nous a révélé une interrelation complexe et a permis de définir un code transcriptionnel entre ces voies de signalisation. En plus de leur action par interaction directe avec l’ADN au niveau des séquences régulatrices, ces facteurs interagissent directement entre eux avec des résultats transcriptionnels différents. Ainsi, le recrutement de GR par contact protéine:protéine (tethering) sur Stat3 étant lié à l'ADN provoque un antagonisme transcriptionnel. Inversement, le tethering de Stat3 sur GR supporte une action synergique, tout comme leur co-recrutement à l'ADN sur des sites contigus ou composites. Lors d'une activation soutenue, ce synergisme entre les voies IL6/LIF et Gc induit une réponse innée de défense cellulaire. Ainsi lors d'un stress majeur, ce mécanisme de défense est mis en branle dans toutes les cellules et tissus. En somme, les travaux présentés dans cette thèse définissent les mécanismes transcriptionnels engagés dans le combat de l'organisme contre les stress. Plus particulièrement, ces mécanismes ont été décrits au niveau de la réponse globale des corticotropes et du gène Pomc. Il est essentiel pour l'organisme d'induire adéquatement ces mécanismes afin de faire face aux stress et d'éviter des dérèglements comme les maladies inflammatoires et métaboliques.

Synthèse et utilisation de composés à motif gem-diiodé

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

De la guivre au crapaud : l'analyse du motif merveilleux du baiser désenchanteur à la bête, dans le roman médiéval et dans le conte

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Solution de C. Hyltén-Cavallius pour un problème de P. Turán concernant des polynômes

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Le festin comique : le motif alimentaire dans la structure dramatique d'Aristophane

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal